Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414023.1
Sequence Length
2179 nt
GC Content
0.5227
GCCCUGGCCUUCGCGCAUCUCCCAGGUUAGCUGCGUGUCCGGGUGCUAGGCUGCAGACCCGCCGCCAUGACGCUGCGCGCGGCCGUCUUCGACCUUGACGGGGUGCUGGCGCUGCCAGCGGUGUUCGGCGUCCUCGGCCGCACGGAGGAGGCCCUGGCGCUGCCCAGAGGACUUCUGAAUGAUGCUUUCCAGAAAGGGGGACCAGAGGGUGCCACUACCCGGCUUAUGAAAGGAGAGAUCACACUUUCCCAGUGGAUACCACUCAUGGAAGAAAACUGCAGGAAGUGCUCCGAGACCGCUAAAGUCUGCCUCCCCAAGAAUUUCUCCAUAAAAGAAAUCUUUGACAAGGCGAUUUCAGCCAGAAAGAUCAACCGCCCCAUGCUCCAGGCAGCUCUCAUGCUCAGGAAGAAAGGAUUCACUACUGCCAUCCUCACCAACACCUGGCUGGACGACCGUGCUGAGAGAGAUGGCCUGGCCCAGCUGAUGUGUGAGCUGAAGAUGCACUUUGACUUCCUGAUAGAGUCGUGUCAGGUGGGAAUGGUCAAACCUGAACCUCAGAUCUACAAGUUUCUGCUGGACACCCUGAAGGCCAGCCCCAGUGAGGUCGUUUUUUUGGAUGACAUCGGGGCUAAUCUGAAGCCAGCCCGUGACUUGGGAAUGGUCACCAUCCUGGUCCAGGACACUGACACGGCCCUGAAAGAACUGGAGAAAGUGACCGGAAUCCAGGUAACUUGACUUCUGAGCGAGCCAAGCUUCCUGGACUCAUCUGUGGUUUCUGGACUCAGGAGAAAACCACGAGCAGAGAAGCUGCUGUCCGUGGAGUCCAUGAAUGACUCCUGGGCACCGCUGGUUGGGAGUCCAUCACCCACUGUGCAGUCAGCACGAUGUCCCUAAGGAGCAUCUUGCCUCUUUCUCUGCAGUCAGUGAACAGGGAGACAAGAAUUUAUACUAGUGUUAGUGCCAGGGCCGGGGAACUGGCAGCAAGAGUGGGAUGUUCAAGGUCAUCCUGACCUCACUUUUGAGAGUAAGUAUGGAGAACGUUUACCCUAAGGAUCAGGGCCCCUACCUGGCAUGUCGAGCAUGCCGCUGGCACUCAGGUGCAGCCCUUUAGUUCCACCCAGCUCAGAGGGAAGCCUCUUAAGAAAAGCCUGUCCGUCCCUGAGGUGGUUGGGACAGCCAUCAUGAUGUCCCUGGGGUUGCCUGGGGAUUAGCCUGCUCCUCCAGUUCUGAGGCACCUUUCUUUUUUGGGGUUGACCUGAGAUCGCUGAUCUCACUGAGUCCACAGCCUUCUGCAGAAGUGCAGCACCCUCAUCCUGUGAGCACAGGGGAGAAGAGGCAGGAGAAAGCUGGCACUCAGCUGAGGCUGCCACAUGUCCAAGGAUGCACAGCCAUUGCCUCAAAGGGAAGUAGGUUAGUUUGCUCGGGCUGCCAUAACAAAGUACUACAGGCUGUGUGGCUUCAACAACAGACAUGUAUUUUCUCACUGUUCUGGAGGCUGGAAGUCCAAGAUCAAGGUGCCAGCAGGGUUGGUUUCUCCAGAAGCCUCUCUCCUUGGCUUGAAGACAGCCACUUUCUCCCUAUUUCCUCACUUGGUUUUUCCCUGUGUCUUUCUGCUUCCUAACUUCCUCCUUUUAUGAGGAUACCCGUCAGAUUGCACUAGGUCCCACCCUAAUGACGUCCUUUAACCUUAGUUACCUCUGUAAAGGCCUAAUCUCCGAAUACAGUCACAUUCUAAAGUAUUGGGGGCUAAGGCUGGGUGCAGUGGCUCACUCCUGUAAUCACAGCCCUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCGGAUCGGUUGAUGUCAGGAGUUCGAGACCAACCUGGCCAACAUGGCUACAACCCCGUCUCUACUAAAAAUAUAAAAACUUAGCCAAGCAUAGUGGUGGGCACCUGUAAUCCCAGCUGCUCGGGAAGCUGAGGCACGAGAAUAGCUUGAACCCAGGAGGUGGAGGUUGCAAUGAUUCAAGAUCGUGCUACUGCAUUUCAACCUGGACAACAAGAGCGAGACUCUGUCUCCAAAAACAAACAAACAAAAAAGUAUUGGCACUAAGACUUUAACGUGAAUUUUGAGAGUGAUACAGUUUAGCCCAUGACAAGACUGAUUUUUUUGUCUUUAGUGAAUAAAUUAAAAUGUAUACCCAGUGACUCCAUAACCUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-749.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -791.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 774.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((..((((.((((((..(((.((((((.(((((((((((...((((((.(((.(((((..((((((((((((..(((((.........))))).))))((((...)))))))))))).)))((((((((((((.(((.((...))))))))..)))..))))))(((((............))))).))))).(((((((((((((((...............((((((......)))))).))))).)))).))).))).......))))))..))))).))).))))))....(((.((((...((((.((((((.......)))))).))))...)))))))(((((((((...........(((..........)))(((......))).((((.(..((.........))..).)))).........))))))))).(((..(((.((((((((.(((......(((((........)))))(((((((.(((.(((.((((((((......))))))(((((...(((((....)).))).((((..........)))).(((((.(((....((((((((((((.(((.((((((...(((((..((.(((((((.......))))..((((.....))))...((((((..((((((((((((...(((...))).))))...).))))).))..)))))).((.((((((...((((.(((......))).))))...)))))).))...(((((((((((....)))))....))))))(((((.....)))))..)))))..))))).))))))))))))))....)))))))))).)))))...))))).((((.....)))))).)))...)))..)))))))))))))))))).))))))))).))).))))))...............)))).)).)))))))).((((.(((((...((((((((((..(((..(((....)))))))))))))))).(((.(((((.((((((.((...((((.......)))).........(((((((...)))))))(((((((((..((((((((((....((((((.(((.((((((.(((.((.((....))...))...))).))..)))).))).))))))............(((((((((....)))))))))(((((((((..(((.....(((((((((((........))))).....(((((((...)))))))((((((.(.(((((((((((....(((...))).(((.((((((....))))))))).....)))))))...))))).))))))....(((((...(((........)))..)))))...))))))...))))))))))))........)))))))....(((.(((.......))).)))((((((...(((((...((........)))))))...))))))((....))...)))..)))))))))((((..((((((....)))))).))))....((((.......)))))).)))))).))))).)))....((((.....(((((((.(((((((((((....(((((.......))))).........(((((((...((((((((((((.((........((((....))))((.(((((..(((((...((((.(((((..............))))).))))...)))))...))))).))...(((((((..((((..(((((((((....)))))..))))........))))..)))))))..(((((.....((((((...)))))).......)))))..((((............)))).....))))).)))))).))))))))))..........))))))).((((((.(((....((((....((((((((((.((...(((.(((((...))))))))..)).)))))...))))).......))))....)))))))))......((((...((...(((((.(((....))).)))))...))....)))))))).)))))))...))))...(((((((.......)))))))((((((......))))))........)))))..))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{{((((,{,,(({(.,{((((,,(((,(((({(,(({{((({(({.((({((,{,,,{||{|||..,.||||)}),))))}{|||,.{{{{{{{,{{,(((,((((((.((,,(((,(((((((((((((((((((,((.{{{,({,.,))}}|}}),.)})..)||}||(((((...,,..,,||||}}},.{{{{{,((,{,((((({{,{|,,,},,,,...,...(((({{......}}|||}.|||||.,,))}))}.})),,,....|||,,|||}}}|}}},|.|,,,{{{.{((((.((((...((((.((((((.......)))))),))))...))))))))).}))|,{,..{{{{,.,{{{{.{{{{{((,,{({({{,,,,.,||{((((({(.{(((...,.....{(,{(((|(({,,.,{{{.|{({{{{.,{.{||{|{|,.},},}}}))},}}}.}|||||,..}}}}.,)}))}.)}}})}}}}},.|}}}}}}|,,}}},}|}}||||||}}{,.,||}}..,,||||.,,}}|},.,.....,,,,},)))))))}))}}}.}))))||||||.}}||}||||{{,...,||}}}.}.|{{(((((...,,...||||}|||{|||||}}|}..,{({{{{..{(({({{{({({...{||...,)),))))...,.,)}))|}},,))}}))}||.||||||,.,||||.|||,,,.}})))})}))||,))))))||}...,((((((((({....}}}}},.,}))))))|{{{|,||||}}|||(((((.((((((.......)))))))))))}..}}}|||||||||||,,.,,}}}||{((((|,.,.|||.((((({(....)),})))).})}...,|||})})),,.)))),,}),)))))}..{{,,,,,,,...,||}|{||{||||}}||{(({,.{||||}..((((((((((..{,{{.{((....)))))))))))))))).(((.(((((.((((((.{,...((({.,{{...|||}..,,..},,(((((((...)))))))(((((((((..{({(((((((....((((((.(((.((((((.(((,(,.,{,,.....,}),,,.))).)}.})))).))).))))))...,.......,||{{(((((....)))))))||(((((((((.,({{..,,.((((((({{{{........)))}}...,,{((((((...))))))}((((((.{.{{(({((((((,...,||},,|,,.(((.((((((....}))))))))..},,))}}})),,.)}))}.})))))....(((((...{{(,{,....,)))..)))))..})))))).,}))))))))))))}},..,,.))))}))}....,,.,,{.,,,..|}}},}}|{(((((...{{(((,,,,(........,}))))),}})))}}|||.,},)},..}}}..)))))))))||||..((((((....)))))).,,}},,,{((({,|....,)))))}.)))))).))))).)))....(({{.,,,.{((((((,{{{{(((((((....{{{((,,,....))))).....{...(((((({..,((((((((((({.((..,..,,.{{{{....|}},{{.(((((..(((((...((((.(((((..............))))).)))).,.)))))...))))),||,,.(((((((..(((({.(((((((((....)))))..))))........))))..)))))))..{((({.....((((({...}))))).......)))))..................,}}}},..,)}))).)))))).))))))))))...,,.....))))))).||||||,|{|....{(((,...((((((((((.((...(({,(((((...))))))))..)).))))),..))))).......)}}},{,,|}}}))))).............,{...,,,||.|||,}}}))).))),,...))},,})))}}))},)}))))),..|},,...{((((((.......}))))))|{((((......)))))}..,.....})})},,))))..,,,,.....
Back