Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414158.1
Sequence Length
2760 nt
GC Content
0.5953
ACACAAAGGCUGCUGCUGCCGCCAGAGGAAGGACUGCUCUGCACGCACCUAUGUGGAAACUAAAGCCCAGAGAGAAAGUCUGACUUGCCCCACAGCCAGUGAGUGACUGCAGCAGCACCAGAAUCUGGGCAUGGUGGCUUUGCCAAUGGUCCUUGUUUUGCUGCUGGUCCUGAGCAGAGGUGAGAGUGAAUUGGACGCCAAGAUCCCAUCCACAGGGGAUGCCACAGAAUGGCGGAAUCCUCACCUGUCCAUGCUGGGGUCCUGCCAGCCAGCCCCCUCCUGCCAGAAGUGCAUCCUCUCACACCCCAGCUGUGCAUGGUGCAAGCAACUGAACUUCACCGCGUCGGGAGAGGCGGAGGCGCGGCGCUGCGCCCGACGAGAGGAGCUGCUGGCUCGAGGCUGCCCGCUGGAGGAGCUGGAGGAGCCCCGCGGCCAGCAGGAGGUGCUGCAGGACCAGCCGCUCAGCCAGGGCGCCCGCGGAGAGGGUGCCACCCAGCUGGCGCCGCAGCGGGUCCGGGUCACGCUGCGGCCUGGGGAGCCCCAGCAGCUCCAGGUCCGCUUCCUUCGUGCUGAGGGAUACCCGGUGGACCUGUACUACCUUAUGGACCUGAGCUACUCCAUGAAGGACGACCUGGAACGCGUGCGCCAGCUCGGGCACGCUCUGCUGGUCCGGCUGCAGGAAGUCACCCAUUCUGUGCGCAUUGGUUUUGGUUCCUUUGUGGACAAAACGGUGCUGCCCUUUGUGAGCACAGUACCCUCCAAACUGCGCCACCCCUGCCCCACCCGGCUGGAGCGCUGCCAGUCACCAUUCAGCUUUCACCAUGUGCUGUCCCUGACGGGGGACGCACAAGCCUUCGAGCGGGAGGUGGGGCGCCAGAGUGUGUCCGGCAAUCUGGACUCGCCUGAAGGUGGCUUCGAUGCCAUUCUGCAGGCUGCACUCUGCCAGGAGCAGAUUGGCUGGAGAAAUGUGUCCCGGCUGCUGGUGUUCACUUCAGACGACACAUUCCAUACAGCUGGGGACGGGAAGUUGGGCGGCAUUUUCAUGCCCAGUGAUGGGCACUGCCACUUGGACAGCAAUGGCCUCUACAGUCGCAGCACAGAGUUUGACUACCCUUCUGUGGGUCAGGUAGCCCAGGCCCUCUCUGCAGCAAAUAUCCAGCCCAUCUUUGCUGUCACCAGUGCCGCACUGCCUGUCUACCAGGAGCUGAGUAAACUGAUUCCUAAGUCUGCAGUUGGGGAGCUGAGUGAGGACUCCAGCAACGUGGUACAGCUCAUCAUGGAUGCUUAUAAUAGCCUGUCUUCCACCGUGACCCUUGAACACUCUUCACUCCCUCCUGGGGUCCACAUUUCUUACGAAUCCCAGUGUGAGGGUCCUGAGAAGAGGGAGGGUAAGGCUGAGGAUCGAGGACAGUGCAACCACGUCCGAAUCAACCAGACGGUGACUUUCUGGGUUUCUCUCCAAGCCACCCACUGCCUCCCAGAGCCCCAUCUCCUGAGGCUCCGGGCCCUUGGCUUCUCAGAGGAGCUGAUUGUGGAGUUGCACACGCUGUGUGACUGUAAUUGCAGUGACACCCAGCCCCAGGCUCCCCACUGCAGUGAUGGCCAGGGACACCUACAAUGUGGUGUAUGCAGCUGUGCCCCUGGCCGCCUAGGUCGGCUCUGUGAGUGCUCUGUGGCAGAGCUGUCCUCCCCAGACCUGGAAUCUGGGUGCCGGGCUCCCAAUGGCACAGGGCCCCUGUGCAGUGGAAAGGGUCACUGUCAAUGUGGACGCUGCAGCUGCAGUGGACAGAGCUCUGGGCAUCUGUGCGAGUGUGACGAUGCCAGCUGUGAGCGACAUGAGGGCAUCCUCUGCGGAGGCUUUGGUCGCUGCCAAUGUGGAGUAUGUCACUGUCAUGCCAACCGCACGGGCAGAGCAUGCGAAUGCAGUGGGGACAUGGACAGUUGCAUCAGUCCCGAGGGAGGGCUCUGCAGUGGGCAUGGACGCUGCAAAUGCAACCGCUGCCAGUGCUUGGACGGCUACUAUGGUGCUCUAUGCGACCAAUGCCCAGGCUGCAAGACACCAUGCGAGAGACACCGGGACUGUGCAGAGUGUGGGGCCUUCAGGACUGGCCCACUGGCCACCAACUGCAGUACAGCUUGUGCCCAUACCAAUGUGACCCUGGCCUUGGCCCCUAUCUUGGAUGAUGGCUGGUGCAAAGAGCGGACCCUGGACAACCAGCUGUUCUUCUUCUUGGUGGAGGAUGACGCCAGAGGCACGGUCGUGCUCAGAGUGAGACCCCAAGAAAAGGGAGCAGACCACACGCAGGCCAUUGUGCUGGGCUGCGUAGGGGGCAUCGUGGCAGUGGGGCUGGGGCUGGUCCUGGCUUACCGGCUCUCGGUGGAAAUCUAUGACCGCCGGGAAUACAGUCGCUUUGAGAAGGAGCAGCAACAACUCAACUGGAAGCAGGACAGUAAUCCUCUCUACAAAAGUGCCAUCACGACCACCAUCAAUCCUCGCUUUCAAGAGGCAGACAGUCCCACUCUCUGAAGGAGGGAGGGACACUUACCCAAGGCUCUUCUCCUUGGAGGACAGUGGGAACUGGAGGGUGAGAGGAAGGGUGGGUCUGUAAGACCUUGGUAGGGGACUAAUUCACUGGCGAGGUGCGGCCACCACCCUACUUCAUUUUCAGAGUGACACCCAAGAGGGCUGCUUCCCAUGCCUGCAACCUUGCAUCCAUCUGGGCUACCCCACCCAAGUAUACAAUAAAGUCUUACCUCAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1185.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1229.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 759.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((.((....)).))).((((.((((((..((((((........))))))......((((((((..((((((...))))(((....((((((.((..(((..((((((((...((((..((((....((((...))))...))))..))))))))))))))).((((((..((((((.((((...(((..((...(((((........)))))((((.....))))))..)))))))(((((((((((((((((((..((..((((((((..((((.(((......(((((((........(((.((((...)))))))............((((.((....)).)))).((((((....))))))....))))))).(((((((((((.((((.((((((.....))).)).).)))).)).)))))))))....(((.((.(((((((((((((.....)))))((...))((((.(((((....(((((((((.((.(((..((((((((..(((((....((((....)))))))))..((((((((((((((((.....)))))).....)))))))))).....(((((((((..........)))))).)))..)))))))).))))))))))))))..))))).)))))))))))).)).)))((.(((((...(((((((((((((((((((((..(((.....)))))))))((((((((((.......(((((...(((.((((.((((.((......((((((((.((((((.......))))))....(((.((((......(((((.((((((....))))))))))).......)))).)))))))))))(.((((((((((((((....))))))..(((((.(((((((......)))).))).))))).)))))))).).)).)))).))))..)).)...)))))((((((((.((((((((.........)).)))..)))..))))))))(((.....)))))))))))))....((((((....))))))..((((.(((.....))))))).....)))).)).))))))))).))))).))((((((((((.(((((((....(((.((....((((((((.............))))))))....)).)))...))))))))))).))))))..((((......)))).....)))))))..)))).))))..))))))))))))))...))).)))))))))).....))))))......(((((((((..((...((((((...(.((((((...((((((((((((.(...........).)))))))...)))))......)))))))))))))..))..))))))..)))...(((((((....(((((((((.(((((.((...)).)))))((((((((..(((((((((...(((((..(((......)))...)))))...)))....))))))...))))))))))))).))))))))))).....((((.(((((....))))).))))((((((((((...(((((((((..(((((((((((((((((........)))))..(((....)))))))))))....(((.(((((((((.(........).))))))))).))).((((((.......)))))).(((..((((((....(((((((...)))))))........(((((........(.((..((((((....))))))..)).)(((((((((((((((((......((.((((((..((((.....))).)..)))))).)).((.((((((..((((((......(((((.(((((.......)))))...))))).(((((((((.((....((((((.((....(((.((((((((.((((((((..(.....((((((((((........))))))).........(((((((.....))).))))...(((((((.(((.((((.((........)).)))))))))))))).)))...)..)))))))))))).......(((((.........))))))))).))))).))))))...)))))).)))))........))))))..)))))).))..(((((......)))))((((((((.(((((((...((((....)))))))))))((((((....)))))))).))))))..))))))..)))))))))))..)))))........))))))...((..((((((.(((......))).))))))..)))))))))..)))))))))))))))))))))))))))....)))(((((((((..........))))))))).....(((((((((((((((((........(((...(((....)))...)))..(((((((.......(((....)))...........(((((((((((...)))))...((((((((((((((.(((((((.((((.(.(((....)))))))))))))))))))...)))))).)))))))))))))))))((((((((.((((...((((((.(((.(((....))).))).)))))))))).).))))))).)))).))))))))))))).(((....)))..((.......)).((((....))))))..))))))))......................)))))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((.((....)).))).((((.((((((((((((((({..({,..(((........((((((((({(..,(((({,{{{((,,,.,.||,|||.,,.|||},((((((((..,((((..((((....((((...))))...))))..)))))))))))){|{{{{{{(,.,((((({.{{{,.,,(({,,|||,.{{(((...,....})))|((((.....))))},..}})))}}||(((((((((((((((((..((.,((((((((..((({{(((..,{(.(((((((......,,(((,(({,.,,})}}}}}...|{....,|,((((.((....)).)))).((((({....})))))....)))))))}|((((((((((.((((.((((((.....))).)).).)))).)).))))))))|,,,,(((,((.(((((((((((((.....))))}{{...,,((((.(((((.{,.(((((((({,((.(((..((((((((..(((((....((((....)))))))))..((((((((((((((((,...,)))))).....)))))))))).....(((((((((..........))))))}}))..)))))))).)))))))))))))).}))))).)))))))))))).)).)))((.(((((...{((((((((((((((((((((..(((.....))))))))){(((((((((,,..,,.(((((.,.{({.((({.((((.((.....,(((((((({{((({(,{.{{{,},}}}}..,.,,|.||{,......(((((.((((((....))))))))))).}|.,,,,))).)),))))))))|.((((((((((((((....))))))..(((((.(((((((......))))}})).))))).)))))))),,.)).)))).))))..)).}...))))}((((((((.{(((((({......}..}}})},..)))..))))))))|{|,,,,.}},)))))))))}....((((((....))))))..((((.(((.....))})))).....)))).)).))))))))}.})))}.}}((((((((((.(((((((....(((.((....((((((((.,,.......,,.))))))))....)).)))...)))))))))))},)))))..,{{,...}}.}}}},,...)))))))..)))).)))).,)))))))))))))}..|))).}}}}|||},,.,||}}|||......}||{{((((((,,((.,.((((((...(.((((((...((((((((((((.,...........).)))))))...)))))......))))))}))))))..)).,)}))}}.},||||.(({,...))))))),,.,|..{||||,|},..))))))))}}}|(((((,,{{{(,{(({{{((,{({{.(((((.{{.,...}).))))).}||,(,..(((((((((((((((((..(((((..(((.((((.(((((((.(((((....))))).)))}..,|,,{(((((((.((((((((((,.,(((((((((((((........)))))..(((....)))))))))))|{{,(((.(((((((((.(........).))))))))).))).((((((.......)))))).|,.}}}},{({{.,.(((((((...))))))),,})}..{{.{||||,......)})))),))|}.))))))))))...)))).)))||((((.{{{(....}},}})))))}))))))))))..))))}.))).))))))).)))))))..))}|.(((((..(((((.(((((.,...,.)))))...)))))..))))).{{{{.,..}})),}|}|||,|,||},,.,,{{|||.{|||||,.,|}.)}|||{((((((({{{,{|,.}||}}},.,,))}.}|{|||{{{|.,,,))).})))...,((((((.(((.((((.((........)).)))))))))))))}.}})}},)}},))),,))))))))))((((((....((((((((((((.,.((((.((,,((((..,,(.,..,(({(((........(((.(((((((.((,,((.(((((..(((.{((((((((({,..((,{,,,...||,,...})))))))))},)||,{..}}})).))..}}.))))).)))))((((.(((({....,..,.,{||,......)))})))))))..((((((.(((......))).)))))).)))})))},})))))))))))))}))))))))))))(({....)))(((((((((..........))))))))).....(((((((((((((((((........{({...(((....)))...)))..(((((((.......(((....))),..........(((((((((((...)))))...((((((((((((((.((((((((((((.(.(((....))))))))))))))))))),..)))))),,))))))))))))))))((((((({.((((...((((((.(((.(({....})).))).)))))))))).}.))))))).)))).))))))))))))).(((....)))..,,..||||||,.{(({....}))).,},},)))),..})))))...............)))))).))))...
Back