Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414159.1
Sequence Length
2937 nt
GC Content
0.5931
ACACAAAGGCUGCUGCUGCCGCCAGAGGAAGGACUGCUCUGCACGCACCUCUCAGACUUCUUCCUAAUCGGCACCUUGGUCACAGACUCCACUGUCCUGGGACACUGAGGCCCAGCAGCUCAGUUCCGUCCCCUCCUUGUGACUCCCAGUGGGCAGCAGAGGGUUCUGCUUGAUUUGGAAGAUGUGGAAACUAAAGCCCAGAGAGAAAGUCUGACUUGCCCCACAGCCAGUGAGUGACUGCAGCAGCACCAGAAUCUGGUCUGUUUCCUGUUUGGCUCUUCUACCACUACGGCUUGGGAUCUCGGGCAUGGUGGCUUUGCCAAUGGUCCUUGUUUUGCUGCUGGUCCUGAGCAGAGGUGAGAGUGAAUUGGACGCCAAGAUCCCAUCCACAGGGGAUGCCACAGAAUGGCGGAAUCCUCACCUGUCCAUGCUGGGGUCCUGCCAGCCAGCCCCCUCCUGCCAGAAGUGCAUCCUCUCACACCCCAGCUGUGCAUGGUGCAAGCAACUGAACUUCACCGCGUCGGGAGAGGCGGAGGCGCGGCGCUGCGCCCGACGAGAGGAGCUGCUGGCUCGAGGCUGCCCGCUGGAGGAGCUGGAGGAGCCCCGCGGCCAGCAGGAGGUGCUGCAGGACCAGCCGCUCAGCCAGGGCGCCCGCGGAGAGGGUGCCACCCAGCUGGCGCCGCAGCGGGUCCGGGUCACGCUGCGGCCUGGGGAGCCCCAGCAGCUCCAGGUCCGCUUCCUUCGUGCUGAGGGAUACCCGGUGGACCUGUACUACCUUAUGGACCUGAGCUACUCCAUGAAGGACGACCUGGAACGCGUGCGCCAGCUCGGGCACGCUCUGCUGGUCCGGCUGCAGGAAGUCACCCAUUCUGUGCGCAUUGGUUUUGGUUCCUUUGUGGACAAAACGGUGCUGCCCUUUGUGAGCACAGUACCCUCCAAACUGCGCCACCCCUGCCCCACCCGGCUGGAGCGCUGCCAGUCACCAUUCAGCUUUCACCAUGUGCUGUCCCUGACGGGGGACGCACAAGCCUUCGAGCGGGAGGUGGGGCGCCAGAGUGUGUCCGGCAAUCUGGACUCGCCUGAAGGUGGCUUCGAUGCCAUUCUGCAGGCUGCACUCUGCCAGGAGCAGAUUGGCUGGAGAAAUGUGUCCCGGCUGCUGGUGUUCACUUCAGACGACACAUUCCAUACAGCUGGGGACGGGAAGUUGGGCGGCAUUUUCAUGCCCAGUGAUGGGCACUGCCACUUGGACAGCAAUGGCCUCUACAGUCGCAGCACAGAGUUUGACUACCCUUCUGUGGGUCAGGUAGCCCAGGCCCUCUCUGCAGCAAAUAUCCAGCCCAUCUUUGCUGUCACCAGUGCCGCACUGCCUGUCUACCAGGAGCUGAGUAAACUGAUUCCUAAGUCUGCAGUUGGGGAGCUGAGUGAGGACUCCAGCAACGUGGUACAGCUCAUCAUGGAUGCUUAUAAUAGCCUGUCUUCCACCGUGACCCUUGAACACUCUUCACUCCCUCCUGGGGUCCACAUUUCUUACGAAUCCCAGUGUGAGGGUCCUGAGAAGAGGGAGGGUAAGGCUGAGGAUCGAGGACAGUGCAACCACGUCCGAAUCAACCAGACGGUGACUUUCUGGGUUUCUCUCCAAGCCACCCACUGCCUCCCAGAGCCCCAUCUCCUGAGGCUCCGGGCCCUUGGCUUCUCAGAGGAGCUGAUUGUGGAGUUGCACACGCUGUGUGACUGUAAUUGCAGUGACACCCAGCCCCAGGCUCCCCACUGCAGUGAUGGCCAGGGACACCUACAAUGUGGUGUAUGCAGCUGUGCCCCUGGCCGCCUAGGUCGGCUCUGUGAGUGCUCUGUGGCAGAGCUGUCCUCCCCAGACCUGGAAUCUGGGUGCCGGGCUCCCAAUGGCACAGGGCCCCUGUGCAGUGGAAAGGGUCACUGUCAAUGUGGACGCUGCAGCUGCAGUGGACAGAGCUCUGGGCAUCUGUGCGAGUGUGACGAUGCCAGCUGUGAGCGACAUGAGGGCAUCCUCUGCGGAGGCUUUGGUCGCUGCCAAUGUGGAGUAUGUCACUGUCAUGCCAACCGCACGGGCAGAGCAUGCGAAUGCAGUGGGGACAUGGACAGUUGCAUCAGUCCCGAGGGAGGGCUCUGCAGUGGGCAUGGACGCUGCAAAUGCAACCGCUGCCAGUGCUUGGACGGCUACUAUGGUGCUCUAUGCGACCAAUGCCCAGGCUGCAAGACACCAUGCGAGAGACACCGGGACUGUGCAGAGUGUGGGGCCUUCAGGACUGGCCCACUGGCCACCAACUGCAGUACAGCUUGUGCCCAUACCAAUGUGACCCUGGCCUUGGCCCCUAUCUUGGAUGAUGGCUGGUGCAAAGAGCGGACCCUGGACAACCAGCUGUUCUUCUUCUUGGUGGAGGAUGACGCCAGAGGCACGGUCGUGCUCAGAGUGAGACCCCAAGAAAAGGGAGCAGACCACACGCAGGCCAUUGUGCUGGGCUGCGUAGGGGGCAUCGUGGCAGUGGGGCUGGGGCUGGUCCUGGCUUACCGGCUCUCGGUGGAAAUCUAUGACCGCCGGGAAUACAGUCGCUUUGAGAAGGAGCAGCAACAACUCAACUGGAAGCAGGACAGUAAUCCUCUCUACAAAAGUGCCAUCACGACCACCAUCAAUCCUCGCUUUCAAGAGGCAGACAGUCCCACUCUCUGAAGGAGGGAGGGACACUUACCCAAGGCUCUUCUCCUUGGAGGACAGUGGGAACUGGAGGGUGAGAGGAAGGGUGGGUCUGUAAGACCUUGGUAGGGGACUAAUUCACUGGCGAGGUGCGGCCACCACCCUACUUCAUUUUCAGAGUGACACCCAAGAGGGCUGCUUCCCAUGCCUGCAACCUUGCAUCCAUCUGGGCUACCCCACCCAAGUAUACAAUAAAGUCUUACCUCAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1256.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1301.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 817.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((.....(((((....((((((((..(.((((...........)))))))))))))...)))))...((((((..(((((...(((.(((.(((...((((((..((.((((((((((((((((..((.(((((.((((((((((((..((((((((((((.....(((....((((((.....(((((((((.......))))(((.((......)).)))((((.(..(((((((.(((((...))))))))....)))).).))))............)))))(((((((..(((....((((...))))...((((....((((((.((.(.(((......)))).))))))))..))))))).))))))).)))))).......)))......))))))))))))..))))))..)))))))))((.((((((((.(..((((((.((((.(((((..((((..(.(((((((((...(((((((..(((...(..((((((((.((.(((..(((.((.(((((((..(((((((.(((.((.(((((((((((((((.((((.((((((.....))).)).).)))).)).)))))))).(((..((((......))))..)))......(((((((.......))))))).((((((((((((.((.(((..((((((((..(((((....((((....)))))))))..((((((((((((((((.....)))))).....)))))))))).....(((((((((..........)))))).)))..)))))))).)))))))))))))).)))...))))).)).))).))).))))(((........)))(((.((((..((........))..)))).)))....(((((((..(((...)))..))))))).......))))))).)))))..))))).))).)))))..))))..).)))))).))))).......(((((.((((((....))))))))))).((((((.....)))))))))).)..)))).(.((((((....)))))).)(((((.(((((((......)))).))).)))))))))))))).))))))..).)))))))))).((((((((....(((..(((....))).)))..))))))))....))))..))))))))))..)))))).)).......((((((....))))))(((((....)).)))....))))))....))).))).))))))))))))))........(((((..(((((((((((((((((..((((((((.............))))))))..(((((.((.((((((((((((...((((((((((...(((........)))..(((((.(((..(((..(.(((((.(((((..(((((((..(((((......)).))).......((((((((((((((...((((((...(.((((((...((((((((((((.(...........).)))))))...)))))......)))))))))))))..)).))......)))))))).)).))))))).....(((.((....)))))....))))).))))).)..)))..))))))))..(((.(((((.((.....)).))))).)))..))))))))))..(((((..((((.((((.((.((((.....((((.(((((....))))).)))).(((((((((...(((((((((..(((((((((((((((((........)))))..(((....)))))))))))....(((.(((((((((.(........).))))))))).))).((((((.......)))))).(((..((((((....(((((((...)))))))........(((((........(.((..((((((....))))))..)).)(((((((((((((((((......((.((((((..((((.....))).)..)))))).)).((.((((((..((((((......(((((.(((((.......)))))...))))).(((((((((.((....((((((.((....(((.((((((((.((((((((..(.....((((((((((........))))))).........(((((((.....))).))))...(((((((.(((.((((.((........)).)))))))))))))).)))...)..)))))))))))).......(((((.........))))))))).))))).))))))...)))))).)))))........))))))..)))))).))..(((((......)))))((((((((.(((((((...((((....)))))))))))((((((....)))))))).))))))..))))))..)))))))))))..)))))........))))))...((..((((((.(((......))).))))))..)))))))))..))))))))))))))))))((((((.(((.((((.(((((((((..........))))))))).....((.(((((.....))))).))..........))))))))))))).(((........)))....))))....))..)))).)))).)))))(((((...))))))))).(((((.((((((...)))))).)))))......((((((.......))))))))).))))))).))))).(((((.((((.((((((((.((((...((((((.(((.(((....))).))).)))))))))).).))))))).))))....(((...)))))))).)))))))........(((..((((....))))..)))))))))))))..)))))............))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{(((({,,.,.{((((....((((((((,,{.((((...........)))},})))))))...))))}...{((({,,,(((({..,(((.(((.(((...((((((..((.((((((((((((((((..({{(((((.((((((((((((..((((((((((((...{,(({....(((((,.....,(({{((((.,,..,,||}}{||,{,.,,|,|||{|||,,,,,}}}|,(((((.(((((...)))))))))}..|}|},|||}||,,,,.,,.,,..}|}}|(((((((..(((.,,,((((...))))...((((....((((((.((.(.(((......)))).))))))))..))))))).)))))))},}},,}.}}},,.))),},...))))))))))))..)))))),.})))))))){{.((((((((.(..((((((.(((,,(((((..((((..(.(((((((((...(((((((..(((...(..((((((((.((,(((.,{((,((.(((((((.{{,{{,{{{.....}.)),))((((((((((.((((.((((((.....))).)).).)))).)).))))))))((((((((((..(((((((((((((.....))))){{...,,((((.(((((.,,.(((((((({,((.(((..((((((((..(((((....((((....)))))))))..((((((((((((((((,...,)))))).....)))))))))).....(((((((((..........))))))}}))..)))))))).)))))))))))))).}))))).)))))))))))).((({((((.{(.((((..{{.(((.((((..((........))..)))).))),},.)))))}.,}},.,}},))).)))))})})))...))))))).))))),,)})}).))),)))))..})))..).)))))).))))).......(((((.((((((....))))))))))).((((((.....)))))))))).)..)))).{.((((((....)))))).}(((((.(((((((......))))}})).)))))))))))))).))))))..).))))))))}}.((((((((....(((..(({....})}.))).,))))))))....)}))..))))))))))..)))))).)).......((((((....))))))(((((....)).)))....))))))....))).))).))))))))))}}})......,.(((((..(((((((((((((((((.,((((((({...........,.}))))))|,,(((((,((.((((((({({{{.,{((((({{{((,...{{,{{{,,..}}}|.(((({{(((,.(((,.(.(((((,{((((..{((((((..{(({{......}}.))}.......((((((((((,{((.,.((((((...{.((((((...((((((((((((.,...........).)))))))...)))))......))))))}))))))..)).}},}}.,.)))))))).)).)))))))..,,,{(,,((....)))},.,,}))))},}})}).}..}))..)))}})}}..(((.(((((.{{.....}).))))).)))..|}}|||||||.,{{|||||{{|{,(((|.|||{{{|..,,,((((.(((((....))))).)))),(((((((((...(((((((((.,{({((((((((((((((........)))))..(((....)))))))))))|{{.(((.(((((((((.(........).))))))))).))).((((((.......)))))).{{{{{((({((,.,.(((((((...))))))).,}||..((((((((......(((({.((({((.{{{||||||{.((.{(((.,,((((((.(({(....}},}}))))))}))),)),{{{{|,,|{{|||.||{||.,,}}}|||}}||||||||{{{..{((((.(((((.,...|,}}}||,..|}|||..|||||.{{,{||,..|||{|{{,|,.{{{{,,{{,{{(((.{((((((,..,|.|||||{{((((((,,||||,.}||}}},...|||.,|{{{((({||.|,})).,)))...,,{||||}|||.||||.||,,,}}},.}}})))}}))}})),}|,,,,.,.}.,))))))))})))}.}}}}||||||,,}.,,..{||||}.,.)})),)),})))))}}.,,))..))}}))))}.....))))))))}}))||}||({((,(({{{(..|||||({{{({|.,(((((((...((((....)))))))))))}{((({,{{{|,,,,..,.))))))}))}}}||{{,|{((,..}))}.)})})}}}}}..}))),}}...{{..((((((.(((......))).)))))).})))))))))..))))))))))))))))))|{|{{|{{{{.||||.(((((((((..........))))))))).....((,((((({{{,,||||,.,,.....,,...|||}}}})))}},,||,.,{{{{{{,,,....|||,...,))..}}}}.,}},,|||||(((({...))))),,,|{(((((,((((((.,,||||||,|||}|.,,,..,,||||}}},,}}))))))))).})))))).}))))}|||||}||||,((((((({.((((...((((((.(((.(({....})).))).)))))))))).}.))))))).)))).}}}}}}}})))))}}}}.))))))).{,.....,||,.((({....))))..,,,))))))))))..))))),,..........))))))........
Back