Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414160.1
Sequence Length
2814 nt
GC Content
0.5963
ACACAAAGGCUGCUGCUGCCGCCAGAGGAAGGACUGCUCUGCACGCACCUCUCAGACUUCUUCCUAAUCGGCACCUUGGUCACAGACUCCACUGUCCUGGGACACUGAGGCCCAGCAGCUCAGUUCCGUCCCCUCCUUGUGACUCCCAGUGGGCAGCAGAGGGUUCUGCUUGAUUUGGAAGGGCAUGGUGGCUUUGCCAAUGGUCCUUGUUUUGCUGCUGGUCCUGAGCAGAGGUGAGAGUGAAUUGGACGCCAAGAUCCCAUCCACAGGGGAUGCCACAGAAUGGCGGAAUCCUCACCUGUCCAUGCUGGGGUCCUGCCAGCCAGCCCCCUCCUGCCAGAAGUGCAUCCUCUCACACCCCAGCUGUGCAUGGUGCAAGCAACUGAACUUCACCGCGUCGGGAGAGGCGGAGGCGCGGCGCUGCGCCCGACGAGAGGAGCUGCUGGCUCGAGGCUGCCCGCUGGAGGAGCUGGAGGAGCCCCGCGGCCAGCAGGAGGUGCUGCAGGACCAGCCGCUCAGCCAGGGCGCCCGCGGAGAGGGUGCCACCCAGCUGGCGCCGCAGCGGGUCCGGGUCACGCUGCGGCCUGGGGAGCCCCAGCAGCUCCAGGUCCGCUUCCUUCGUGCUGAGGGAUACCCGGUGGACCUGUACUACCUUAUGGACCUGAGCUACUCCAUGAAGGACGACCUGGAACGCGUGCGCCAGCUCGGGCACGCUCUGCUGGUCCGGCUGCAGGAAGUCACCCAUUCUGUGCGCAUUGGUUUUGGUUCCUUUGUGGACAAAACGGUGCUGCCCUUUGUGAGCACAGUACCCUCCAAACUGCGCCACCCCUGCCCCACCCGGCUGGAGCGCUGCCAGUCACCAUUCAGCUUUCACCAUGUGCUGUCCCUGACGGGGGACGCACAAGCCUUCGAGCGGGAGGUGGGGCGCCAGAGUGUGUCCGGCAAUCUGGACUCGCCUGAAGGUGGCUUCGAUGCCAUUCUGCAGGCUGCACUCUGCCAGGAGCAGAUUGGCUGGAGAAAUGUGUCCCGGCUGCUGGUGUUCACUUCAGACGACACAUUCCAUACAGCUGGGGACGGGAAGUUGGGCGGCAUUUUCAUGCCCAGUGAUGGGCACUGCCACUUGGACAGCAAUGGCCUCUACAGUCGCAGCACAGAGUUUGACUACCCUUCUGUGGGUCAGGUAGCCCAGGCCCUCUCUGCAGCAAAUAUCCAGCCCAUCUUUGCUGUCACCAGUGCCGCACUGCCUGUCUACCAGGAGCUGAGUAAACUGAUUCCUAAGUCUGCAGUUGGGGAGCUGAGUGAGGACUCCAGCAACGUGGUACAGCUCAUCAUGGAUGCUUAUAAUAGCCUGUCUUCCACCGUGACCCUUGAACACUCUUCACUCCCUCCUGGGGUCCACAUUUCUUACGAAUCCCAGUGUGAGGGUCCUGAGAAGAGGGAGGGUAAGGCUGAGGAUCGAGGACAGUGCAACCACGUCCGAAUCAACCAGACGGUGACUUUCUGGGUUUCUCUCCAAGCCACCCACUGCCUCCCAGAGCCCCAUCUCCUGAGGCUCCGGGCCCUUGGCUUCUCAGAGGAGCUGAUUGUGGAGUUGCACACGCUGUGUGACUGUAAUUGCAGUGACACCCAGCCCCAGGCUCCCCACUGCAGUGAUGGCCAGGGACACCUACAAUGUGGUGUAUGCAGCUGUGCCCCUGGCCGCCUAGGUCGGCUCUGUGAGUGCUCUGUGGCAGAGCUGUCCUCCCCAGACCUGGAAUCUGGGUGCCGGGCUCCCAAUGGCACAGGGCCCCUGUGCAGUGGAAAGGGUCACUGUCAAUGUGGACGCUGCAGCUGCAGUGGACAGAGCUCUGGGCAUCUGUGCGAGUGUGACGAUGCCAGCUGUGAGCGACAUGAGGGCAUCCUCUGCGGAGGCUUUGGUCGCUGCCAAUGUGGAGUAUGUCACUGUCAUGCCAACCGCACGGGCAGAGCAUGCGAAUGCAGUGGGGACAUGGACAGUUGCAUCAGUCCCGAGGGAGGGCUCUGCAGUGGGCAUGGACGCUGCAAAUGCAACCGCUGCCAGUGCUUGGACGGCUACUAUGGUGCUCUAUGCGACCAAUGCCCAGGCUGCAAGACACCAUGCGAGAGACACCGGGACUGUGCAGAGUGUGGGGCCUUCAGGACUGGCCCACUGGCCACCAACUGCAGUACAGCUUGUGCCCAUACCAAUGUGACCCUGGCCUUGGCCCCUAUCUUGGAUGAUGGCUGGUGCAAAGAGCGGACCCUGGACAACCAGCUGUUCUUCUUCUUGGUGGAGGAUGACGCCAGAGGCACGGUCGUGCUCAGAGUGAGACCCCAAGAAAAGGGAGCAGACCACACGCAGGCCAUUGUGCUGGGCUGCGUAGGGGGCAUCGUGGCAGUGGGGCUGGGGCUGGUCCUGGCUUACCGGCUCUCGGUGGAAAUCUAUGACCGCCGGGAAUACAGUCGCUUUGAGAAGGAGCAGCAACAACUCAACUGGAAGCAGGACAGUAAUCCUCUCUACAAAAGUGCCAUCACGACCACCAUCAAUCCUCGCUUUCAAGAGGCAGACAGUCCCACUCUCUGAAGGAGGGAGGGACACUUACCCAAGGCUCUUCUCCUUGGAGGACAGUGGGAACUGGAGGGUGAGAGGAAGGGUGGGUCUGUAAGACCUUGGUAGGGGACUAAUUCACUGGCGAGGUGCGGCCACCACCCUACUUCAUUUUCAGAGUGACACCCAAGAGGGCUGCUUCCCAUGCCUGCAACCUUGCAUCCAUCUGGGCUACCCCACCCAAGUAUACAAUAAAGUCUUACCUCAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1217.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1260.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 767.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((.....(((((....((((((((..(.((((...........)))))))))))))...)))))...((((((..(((((...(((.(((.(((...((((((..((.((((((((((((((((..((.(((((.((((((((((((..((((((((((((.....(((((((((....((((...))))...))))))..((((((.((.(.(((......)))).))))))))((((...)))).(((((........))))).)))......))))))))))))..))))))..)))))))))((.((((((((.(..((((((.((((.(((((..((((..(.(((((((((...(((((((..(((...(..((((((((.((.(((..(((.((.(((((((..(((((((.(((.((.(((((((((((((((.((((.((((((.....))).)).).)))).)).)))))))).(((..((((......))))..)))......(((((((.......))))))).((((((((((((.((.(((..((((((((..(((((....((((....)))))))))..((((((((((((((((.....)))))).....)))))))))).....(((((((((..........)))))).)))..)))))))).)))))))))))))).)))...))))).)).))).))).))))(((........)))(((.((((..((........))..)))).)))....(((((((..(((...)))..))))))).......))))))).)))))..))))).))).)))))..))))..).)))))).))))).......(((((.((((((....))))))))))).((((((.....)))))))))).)..)))).(.((((((....)))))).)(((((.(((((((......)))).))).)))))))))))))).))))))..).)))))))))).((((((((....(((..(((....))).)))..))))))))....))))..))))))))))..)))))).)).......((((((....))))))(((((....)).)))....))))))....))).))).))))))))))))))........(((((..(((((((((((((((((..((((((((.............))))))))..(((((.((.((((((((((((...((((((((((...(((........)))..(((((.(((..(((..(.(((((.(((((..(((((((..(((((......)).))).......((((((((((((((...((((((...(.((((((...((((((((((((.(...........).)))))))...)))))......)))))))))))))..)).))......)))))))).)).))))))).....(((.((....)))))....))))).))))).)..)))..))))))))..(((.(((((.((.....)).))))).)))..))))))))))..(((((..((((.((((.((.((((.....((((.(((((....))))).)))).(((((((((...(((((((((..(((((((((((((((((........)))))..(((....)))))))))))....(((.(((((((((.(........).))))))))).))).((((((.......)))))).(((..((((((....(((((((...)))))))........(((((........(.((..((((((....))))))..)).)(((((((((((((((((......((.((((((..((((.....))).)..)))))).)).((.((((((..((((((......(((((.(((((.......)))))...))))).(((((((((.((....((((((.((....(((.((((((((.((((((((..(.....((((((((((........))))))).........(((((((.....))).))))...(((((((.(((.((((.((........)).)))))))))))))).)))...)..)))))))))))).......(((((.........))))))))).))))).))))))...)))))).)))))........))))))..)))))).))..(((((......)))))((((((((.(((((((...((((....)))))))))))((((((....)))))))).))))))..))))))..)))))))))))..)))))........))))))...((..((((((.(((......))).))))))..)))))))))..))))))))))))))))))((((((.(((.((((.(((((((((..........))))))))).....((.(((((.....))))).))..........))))))))))))).(((........)))....))))....))..)))).)))).)))))(((((...))))))))).(((((.((((((...)))))).)))))......((((((.......))))))))).))))))).))))).(((((.((((.((((((((.((((...((((((.(((.(((....))).))).)))))))))).).))))))).))))....(((...)))))))).)))))))........(((..((((....))))..)))))))))))))..)))))............))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{(((({,,.,.{((((....((((((((,,{.((((...........)))},})))))))...))))}...{((({,,,(((({..,(((.(((.(((...((((((..((.((((((((((((((((..({{(((((.((((((((((((..((((((((((((...{,(((((((((....((((...))))...))))))..{{{{((,((.,.,,,.,,}}},||||}}}},,,,||{{.,,))}..{((((........))))).))}.,,...))))))))))))..)))))),.})))))))){{.((((((((.(..((((((.(((,,(((((..((((..(.(((((((((...(((((((..(((...(..((((((((.((,(((.,{((,((.(((((((.{{,{{,{{{.....}.)),))((((((((((.((((.((((((.....))).)).).)))).)).))))))))((((((((((..(((((((((((((.....))))){{...,,((((.(((((.,,.(((((((({,((.(((..((((((((..(((((....((((....)))))))))..((((((((((((((((,...,)))))).....)))))))))).....(((((((((..........))))))}}))..)))))))).)))))))))))))).}))))).)))))))))))).((({((((.{(.((((..{{.(((.((((..((........))..)))).))),},.)))))}.,}},.,}},))).)))))})})))...))))))).))))),,)})}).))),)))))..})))..).)))))).))))).......(((((.((((((....))))))))))).((((((.....)))))))))).)..)))).{.((((((....)))))).}(((((.(((((((......))))}})).)))))))))))))).))))))..).))))))))}}.((((((((....(((..(({....})}.))).,))))))))....)}))..))))))))))..)))))).)).......((((((....))))))(((((....)).)))....))))))....))).))).))))))))))}}})......,.(((((..(((((((((((((((((.,((((((({...........,.}))))))|,,(((((.((.((((((({({{{.,{((((({{{((,...{{,{{{,,..})}|.(((({{(((,.(((,.(.(((((,{((((..{((((((..{(({{......}}.))}.......((((((((((,{((.,.((((((...{.((((((...((((((((((((.,...........).)))))))...)))))......))))))}))))))..)).}},}}.,.)))))))).)).)))))))..,,,{(,,((....)))},.,,}))))},}})}).}..}))..)))}})}}..(((.(((((.{{.....}).))))).)))..|}}|||||||.,{{|||||{{|{,(((|.|||{{{|..,,,((((.(((((....))))).)))),(((((((((...(((((((((.,{({((((((((((((((........)))))..(((....)))))))))))|{{.(((.(((((((((.(........).))))))))).))).((((((.......)))))).{{{{{((({((,.,.(((((((...))))))).,}||..((((((((......(((({.((({((.{{{||||||{.((.{(((.,,((((((.(({(....}},}}))))))}))),)),{{{{|,,|{{|||.||{||.,,}}}|||}}||||||||{{{..{((((.(((((.,...|,}}}||,..|}|||..|||||.{{,{||,..|||{|{{,|,.{{{{,,{{,{{(((.{((((((,..,|.|||||{{((((((,,||||,.}||}}},...|||.,|{{{((({||.|,})).,)))...,,{||||}|||.||||.||,,,}}},.}}})))}}))}})),}|,,,,.,.}.,))))))))})))}.}}}}||||||,,}.,,..{||||}.,.)})),)),})))))}}.,,))..))}}))))}.....))))))))}}))||}||({((,(({{{(..|||||({{{({|.,(((((((...((((....)))))))))))}{((({,{{{|,,,,..,.))))))}))}}}||{{,|{((,..}))}.)})})}}}}}..}))),}}...{{..((((((.(((......))).)))))).})))))))))..))))))))))))))))))|{|{{|{{{{.||||.(((((((((..........))))))))).....((,((((({{{,,||||,.,,.....,,...|||}}}})))}},,||,.,{{{{{{,,,....|||,...,))..}}}}.,}},,|||||(((({...))))),,,|{(((((,((((((.,,||||||,|||}|.,,,..,,||||}}},,}}))))))))).})))))).}))))}|||||}||||,((((((({.((((...((((((.(((.(({....})).))).)))))))))).}.))))))).)))).}}}}}}}})))))}}}}.))))))).{,.....,||,.((({....))))..,,,))))))))))..))))),,..........))))))........
Back