Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414171.1
Sequence Length
2239 nt
GC Content
0.5945
ACACAAAGGCUGCUGCUGCCGCCAGAGGAAGGACUGCUCUGCACGCACCUGGCAUGGUGGCUUUGCCAAUGGUCCUUGUUUUGCUGCUGGUCCUGAGCAGAGGUGAGAGUGAAUUGGACGCCAAGAUCCCAUCCACAGGGGAUGCCACAGAAUGGCGGAAUCCUCACCUGUCCAUGCUGGGGUCCUGCCAGCCAGCCCCCUCCUGCCAGAAGUGCAUCCUCUCACACCCCAGCUGUGCAUGGUGCAAGCAACUGAACUUCACCGCGUCGGGAGAGGCGGAGGCGCGGCGCUGCGCCCGACGAGAGGAGCUGCUGGCUCGAGGCUGCCCGCUGGAGGAGCUGGAGGAGCCCCGCGGCCAGCAGGAGGUGCUGCAGGACCAGCCGCUCAGCCAGGGCGCCCGCGGAGAGGGUGCCACCCAGCUGGCGCCGCAGCGGGUCCGGGUCACGCUGCGGCCUGGGGAGCCCCAGCAGCUCCAGGUCCGCUUCCUUCGUGCUGAGGGAUACCCGGUGGACCUGUACUACCUUAUGGACCUGAGCUACUCCAUGAAGGACGACCUGGAACGCGUGCGCCAGCUCGGGCACGCUCUGCUGGUCCGGCUGCAGGAAGUCACCCAUUCUGUGCGCAUUGGUUUUGGUUCCUUUGUGGACAAAACGGUGCUGCCCUUUGUGAGCACAGUACCCUCCAAACUGCGCCACCCCUGCCCCACCCGGCUGGAGCGCUGCCAGUCACCAUUCAGCUUUCACCAUGUGCUGUCCCUGACGGGGGACGCACAAGCCUUCGAGCGGGAGGUGGGGCGCCAGAGUGUGUCCGGCAAUCUGGACUCGCCUGAAGGUGGCUUCGAUGCCAUUCUGCAGGCUGCACUCUGCCAGGAGCAGAUUGGCUGGAGAAAUGUGUCCCGGCUGCUGGUGUUCACUUCAGACGACACAUUCCAUACAGCUGGGGACGGGAAGUUGGGCGGCAUUUUCAUGCCCAGUGAUGGGCACUGCCACUUGGACAGCAAUGGCCUCUACAGUCGCAGCACAGAGUUUGACUACCCUUCUGUGGGUCAGGUAGCCCAGGCCCUCUCUGCAGCAAAUAUCCAGCCCAUCUUUGCUGUCACCAGUGCCGCACUGCCUGUCUACCAGGAGCUGAGUAAACUGAUUCCUAAGUCUGCAGUUGGGGAGCUGAGUGAGGACUCCAGCAACGUGGUACAGCUCAUCAUGGAUGCUUAUAAUAGCCUGUCUUCCACCGUGACCCUUGAACACUCUUCACUCCCUCCUGGGGUCCACAUUUCUUACGAAUCCCAGUGUGAGGGUCCUGAGAAGAGGGAGGGUAAGGCUGAGGAUCGAGGACAGUGCAACCACGUCCGAAUCAACCAGACGGUGACUUUCUGGGUUUCUCUCCAAGCCACCCACUGCCUCCCAGAGCCCCAUCUCCUGAGGCUCCGGGCCCUUGGCUUCUCAGAGGAGCUGAUUGUGGAGUUGCACACGCUGUGUGACUGUAAUUGCAGUGACACCCAGCCCCAGGCUCCCCACUGCAGUGAUGGCCAGGGACACCUACAAUGUGGUGUAUGCAGGGACUGUGCAGAGUGUGGGGCCUUCAGGACUGGCCCACUGGCCACCAACUGCAGUACAGCUUGUGCCCAUACCAAUGUGACCCUGGCCUUGGCCCCUAUCUUGGAUGAUGGCUGGUGCAAAGAGCGGACCCUGGACAACCAGCUGUUCUUCUUCUUGGUGGAGGAUGACGCCAGAGGCACGGUCGUGCUCAGAGUGAGACCCCAAGAAAAGGGAGCAGACCACACGCAGGCCAUUGUGCUGGGCUGCGUAGGGGGCAUCGUGGCAGUGGGGCUGGGGCUGGUCCUGGCUUACCGGCUCUCGGUGGAAAUCUAUGACCGCCGGGAAUACAGUCGCUUUGAGAAGGAGCAGCAACAACUCAACUGGAAGCAGGACAGUAAUCCUCUCUACAAAAGUGCCAUCACGACCACCAUCAAUCCUCGCUUUCAAGAGGCAGACAGUCCCACUCUCUGAAGGAGGGAGGGACACUUACCCAAGGCUCUUCUCCUUGGAGGACAGUGGGAACUGGAGGGUGAGAGGAAGGGUGGGUCUGUAAGACCUUGGUAGGGGACUAAUUCACUGGCGAGGUGCGGCCACCACCCUACUUCAUUUUCAGAGUGACACCCAAGAGGGCUGCUUCCCAUGCCUGCAACCUUGCAUCCAUCUGGGCUACCCCACCCAAGUAUACAAUAAAGUCUUACCUCAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-964.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -999.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 464.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((.((....)).))).((((.((((((...((((.(((.((((((..(((((((........((((((.(((((.(((((((((((.((((..((..((.((((...(((..((...(((((........)))))((((.....))))))..)))))))))..)).)))).)))((((.(((((..((..((((..(((((....((.(((((((........(((.((((...)))))))............((((.((....)).)))).((((((....))))))....)))))))))..)))))..))))..))..)))))))))((.((......)).)).)))))))).)))....)))))))))))))))..)))))))))...))))((((.(((((....(((((((((.((.(((..((((((((..(((((....((((....)))))))))..((((((((((((((((.....)))))).....)))))))))).....(((((((((..........)))))).)))..)))))))).))))))))))))))..))))).))))((((...)))).(((((((((((...(((((((((((((((((((((..(((.....)))))))))((((((((((.......(((((...(((.((((.((((.((......((((((((.((((((.......))))))....(((.((((......(((((.((((((....))))))))))).......)))).)))))))))))(.((((((((((((((....))))))..(((((.(((((((......)))).))).))))).)))))))).).)).)))).))))..)).)...)))))((((((((.((((((((.........)).)))..)))..))))))))(((.....)))))))))))))....((((((....))))))..((((.(((.....))))))).....)))).)).))))))))).)))))....))))))((((..(((((((((((((((((..((((((((.............))))))))..(((((.((.((((((((((((...((((((((((...(((........)))..(((((.(((..(((..(.(((((.(((((..(((((((..(((((......)).))).......((((((((((((((...((((((...(.((((((...((((((((((((.(...........).)))))))...)))))......)))))))))))))..)).))......)))))))).)).))))))).....(((.((....)))))....))))).))))).)..)))..))))))))..(((.(((((.((.....)).))))).)))..))))))))))..(((((..((((.((((.((.((((.....((((.(((((....))))).)))).(((((((((...(((((((((..((((((((((((.(((........((((((..(((.((.((((((.((((.(((((((....((......))...)))).)))))).).)))))).)).)))..))))))..))).))))))))...((((((.((((((......((....)).((((((((...((((....))))))))))))(((((.((((........)))))))))...((((.((((...)))).))))))))))..)))).))...((..((((((.(((......))).))))))..))...))))..))))))))))))))))))((((((.(((.((((.(((((((((..........))))))))).....((.(((((.....))))).))..........))))))))))))).(((........)))....))))....))..)))).)))).)))))(((((...))))))))).(((((.((((((...)))))).)))))......((((((.......))))))))).))))))).))))).(((((.((((.((((((((.((((...((((((.(((.(((....))).))).)))))))))).).))))))).))))....(((...)))))))).)))))))........(((..((((....))))..)))))))))))))..)))).............)))))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((.((....)).))).((((.((((((.,{((((.(((.((((((.,((((((,.......,((((((.(({((.((((((((({{.((((..((..((.((((...(((..((...(((((........)))))((((.....)))))}..)))))))))..)).)))){|||((((.((((({{((..((((..(((((..,.((.(((((((........({(,(((,...}))}}))...||....,,.((((.((....)).)))).((((({....})))))....)))))))))..)))))..)))),,}|{,}}},,.,,,))}))})}),))))).))))))))).))).}}.},))))))))))))},,)))))))))...))))||((.(((((.,,.(((((((({,((.(((..((((((((..(((((....((((....)))))))))..((((((((((((((((,...,)))))).....)))))))))).....(((((((((..........))))))}}))..)))))))).)))))))))))))).}))))).)))}((((...}))).||{((,(((((...(((((((((((((((((((((..(((.....))))))))){(((((((((....,..(((((...{((.((((.((((.((......(((((((({{(((((,{.{{{,},}|}}....,,|.||{,......(((((.((((((....))))))))))).},.,,,,))).)).)))))))){.((((((((((((((....))))))..(((((.(((((((......))))}})).))))).)))))))),,.)).)))).))))..)).}...)))))((((((((.((((((({......,..)),)},..)))..)))))))){{|,.,..}},)))))))))}....((((((....))))))..((((.(((.....))))))).....)))).)).))))))))).)))))..,.},}}}|((((..(((((((((((((((((.,((((((({...........,.}))))))},,(((((.((.((((((((({{{.,,((((({{(((....{{,{{,....})}|.(((({{(((..(((..(.(((((.{((((..(((((((..(((((......)}.))}.......((((((((((,{((.,.((((((...{.((((((...((((((((((((.,...........).)))))))...)))))......)))))))))))))..)).}}.}}...)))))))).)).)))))))..,,,((,,((....)))}}.,,,))))).))))).}..)))..))))))))..(((.(((((.({.....}).))))).)))..}}}||}}}||..(((||,,{({{,((({.||,({{|.....((((.(((((....))))).)))){(((((((((...(((((((((..((((((((((((.(((........((((((..(((.((.((((((.{(((.(((((((....((.....,)}...)))).)))))).}.)))))),)).)))..))))))..))).)))))))).,.((((((.((((((...,{{(({{{({{.{(((((((...((((....)))))))))))}(((({,((((........)))))))))},,((((.{(((...}))).))))))))))..)))).}).,.((..((((((.(((......))).)))))).,)),.}))))..))))))))))))))))))|{{(({{{{{.|{||.(((((((((..........))))))))).....((,(((((,,,,,}|||}.}}.....,,...}||}}}})))}}}.||,.,,,,,,,}}}....|||,...,))..}}}}.}))}.}||||(((({...))))),,,|,(((((,((((((...||}}}}.||}}}.,,...{{||||}}}..}}))))))))).})))))).))))),{|{{|,||||.((((((({.((((...((((((.(((.(({....})).))).)))))))))).}.))))))).)))).}}}||,,,})))))})}.))))))).{,.....,{|,.((({....))))..,,,))))))))))..))))}............)))))).))))...
Back