Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414199.1
Sequence Length
3638 nt
GC Content
0.4808
AGAAGCUCCAGAGAGGGUGGAGACAGAGCUUCACGGAAGAAAAAUAUGUGAACCUGGUUGGUACACAUAGCUUCUCCAGACCCACCCACCCACUCUUUCCUGAGCCCUGUGCUUCGGAUGGCGGCGGGAGGUUGAUGGCGAGUGGUGCUGAAGGGACAGCUCCAGCAGUGGCUGAUUUGGGGGAGAAACAAAAUCUGCAGAUGGAAUCCGAGCAGGGCGACUUCACCUUCAAGUGGUGAGCUCUCCUGACCUGCGGCCAGUCUCCACUCCAUUCACGGCCAGCCGAUCUGCCCGCUCCCGGAGGGGUCGGGCAGUGCCGGCUGGACCCGCCCCGAGCUCCAUGGUUUGCCCAACCCUGCGCGAUGGUGACUCUGGGCGCGGAGGUUGGCGACUGGCAAAUCCGCAGAUCACAGAAUGAAGGCGGGGAGCGCGGCCGGCGGCCGGCGGGGGCUUUCUCCCCCACCCCAGCGCCCAGGGAAGCGGCUCAACCACCUGAAUCCGGAAAACGCCAACAAGUAGUUUCUCGUCGGAGAAGGGCGGCUCACCUGGGCGCCAAGACUCAGUCCCGCUGCCCAGAGAACCUCGUCCACUCGGAAACCAAAGCAGAACCACUUUUCUCUCGGUCUCGUUAAGUCAUGUCUGAGUCACAGAGAUGGGCAAGAUCGAGAACAACGAGAGGGUGAUCCUCAAUGUCGGGGGCACCCGGCACGAAACCUACCGCAGCACCCUCAAGACCCUGCCUGGAACACGCCUGGCCCUUCUUGCCUCCUCCGAGCCCCCAGGCGACUGCUUGACCACGGCGGGCGACAAGCUGCAGCCGUCGCCGCCUCCACUGUCGCCGCCGCCGAGAGCGCCCCCGCUGUCCCCCGGGCCAGGCGGCUGCUUCGAGGGCGGCGCGGGCAACUGCAGUUCCCGCGGCGGCAGGGCCAGCGACCAUCCCGGUGGCGGCCGCGAGUUCUUCUUCGACCGGCACCCGGGCGUCUUCGCCUAUGUGCUCAAUUACUACCGCACCGGCAAGCUGCACUGCCCCGCAGACGUGUGCGGGCCGCUCUUCGAGGAGGAGCUGGCCUUCUGGGGCAUCGACGAGACCGACGUGGAGCCCUGCUGCUGGAUGACCUACCGGCAGCACCGCGACGCCGAGGAGGCGCUGGACAUCUUCGAGACCCCCGACCUCAUUGGCGGCGACCCCGGCGACGACGAGGACCUGGCGGCCAAGAGGCUGGGCAUCGAGGACGCGGCGGGGCUCGGGGGCCCCGACGGCAAAUCUGGCCGCUGGAGGAGGCUGCAGCCCCGCAUGUGGGCCCUCUUCGAAGACCCCUACUCGUCCAGAGCCGCCAGGUUUAUUGCUUUUGCUUCUUUAUUCUUCAUCCUGGUUUCAAUUACAACUUUUUGCCUGGAAACACAUGAAGCUUUCAAUAUUGUUAAAAACAAGACAGAACCAGUCAUCAAUGGCACAAGUGUUGUUCUACAGUAUGAAAUUGAAACGGAUCCUGCCUUGACGUAUGUAGAAGGAGUGUGUGUGGUGUGGUUUACUUUUGAAUUUUUAGUCCGUAUUGUUUUUUCACCCAAUAAACUUGAAUUCAUCAAAAAUCUCUUGAAUAUCAUUGACUUUGUGGCCAUCCUACCUUUCUACUUAGAGGUGGGACUCAGUGGGCUGUCAUCCAAAGCUGCUAAAGAUGUGCUUGGCUUCCUCAGGGUGGUAAGGUUUGUGAGGAUCCUGAGAAUUUUCAAGCUCACCCGCCAUUUUGUAGGUCUGAGGGUGCUUGGACAUACUCUUCGAGCUAGUACUAAUGAAUUUUUGCUGCUGAUAAUUUUCCUGGCUCUAGGAGUUUUGAUAUUUGCUACCAUGAUCUACUAUGCCGAGAGAGUGGGAGCUCAACCUAACGACCCUUCAGCUAGUGAGCACACACAGUUCAAAAACAUUCCCAUUGGGUUCUGGUGGGCUGUAGUGACCAUGACUACCCUGGGUUAUGGGGAUAUGUACCCCCAAACAUGGUCAGGCAUGCUGGUGGGAGCCCUGUGUGCUCUGGCUGGAGUGCUGACAAUAGCCAUGCCAGUGCCUGUCAUUGUCAAUAAUUUUGGAAUGUACUACUCCUUGGCAAUGGCAAAGCAGAAACUUCCAAGGAAAAGAAAGAAGCACAUCCCUCCUGCUCCUCAGGCAAGCUCACCUACUUUUUGCAAGACAGAAUUAAAUAUGGCCUGCAAUAGUACACAGAGUGACACAUGUCUGGGCAAAGACAAUCGACUUCUGGAACAUAACAGAUCAGGAAGACAAUUGUCACUUUUAUUAUUGGCCACGAAACAUGUAUUACUCUAUAUCCCCAAGUCCUAGAGCAUGACCUGCAUGUUGGAGAUGUUGUACAGCAAUGUAUUUAUCCAGACAUACAUAUAUGAUAUUUAGAGACACAGUGAUUCUUUUGAUAACACCACACAUAGAACAUUAUAAUUACACACAAAUUUAUGGUAAAAGAAUUAAUAUGCUGUCUGGUGCUGCUGUUAUUGACUACAGUGUUGUACAGAAUUUAUCAUGGAUUAUUGACUGCUGAGAAAGGGACAGUGGAAUUUAGCCAUACCAAGGACUAUACUGGAAACAGACUUCUGCUGCUGAAUGUGCCCUGAUGUGACCAGGUUGCACUUGGAAGAGAUCCUCGCGUCUUCAUGAGGCACUUAAAGCUUAUAAAAGAACUGCGGCUGGAACUCAUCUGGUGCUCCCCAUGAGAGUGCUCUGCUUGUAGACUGGCCAGUGUCCAUGAAACAACUGUAAAUACCAACAUGUGUGCAUGGGUCAACAGUCUUGGCCAUUUCUCAUCAAAAGAAGCCAAAUUCAUGAUCAACAUCUCUGAAGUUUCAAGUAAGGCCCACACUUCUUUGAAUUACUCUUCAUGGGCCCACAUUAGGUUGUGCUGUGAAUUACUUAAGGCAGUGAUACUGAUGUAGUAUAGUUUUGUCUUAAUUUCCCUUAUUUCUACUUCUUUGGUUGAAUCUAUGAACUUGAUUGUAUAAUUUUCUUAUAAAUUACUGAUGUAAUCAGCUUGUCAAUUAUGUUGUGAAAUUGUUAGUAUUCAUUUAUCAAAAAUGACCUAUGUUUAGUCACAUAUUUGUUUAGUUCUGGGAAAUUGUUAUAGCUUAAAUGGAACUCACCAACAUUAUUCAUAGUUUAAGUCUUUUAUCAUUAUUACCUCAAUUAUAAAUAUUACAAAAACAUAAUUCUGGCAAUGAGAGUAUUUUUUUAUUCAAUGAUCAAGGAGCAAUGUCAGUAUAUAGUAGAAUAUCAAUUAAAUUAUAUCCUAAAAUGUAUAUUUUGCAUAAAAGAGAUAUUCUUUAAUCAAUUACUUUUUUGUGAGUUUUGUGGCAAAUGAAGCUUGUACGUGUCUUUAAAACUGUUGUAGAUGAAACUGUAUAAGAUUUUUACAUCUUGCUUAAUCAAUAUUUUCAGAGUCUAUUAGUUCCCCUGGGAUUCUGAAUAUAACAUAUAGCCUAUUAUAAAUCCCUGUAUCGUGGACCUUUUGUGAACAUUUCAAGGCGCAUGCACAACCUUGAUGAUAACCAGUGGAAAUGUAACUAACUGAAAUGAAGAAUAAAAGGCAAAUGAGCUGGGGAUAAACUUGAAUGUUAUCUGAUUAAAUUACUCAAAUUAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1213.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1281.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 974.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((..((((((((((.(........((..(((.(((...((((((.(((.....))).))))))..)))))).))........)))))))))))..))))((((.((((.(((((((((.(((.(.((..(((((.((((((....(((((..(.((.((((((.(((..((((((((((........(((((...(((..((((((..((((((..(((((.......)))))((((((((((.((((((((((((.(((((((......(((((((((..(((((((((((....)))).)))))))...))))))).))(((((.((((.((((.((..((........)))).)))).).))).))))).))))..))).))))))).....))))).)))............)))))))..((.((((((..((.(((((......))))).))...(((((((((..(((.((((......(((....)))...((........))...(((((....))))))))).)))..)))))))))...(((...))))))))).))........)))))).))))))..)))..)))))..........(((((((((.((....((((.((((.....)))).)))))).))))))))).......(((((((........(((((((....)))))))((........))...)))))))((((....(((.((......)).)))...))))..))))))))))......))).)))))).)).)..(((((.((((..((....)).)))))))))))).))..))))))))))).)).).))))))))))))...))))))))((((.(((((...((((.((((((((..(((((((.(((..((((.((((((.((.(((.....))).)))))).((((......))))...(((((..(((((....)))))..)))))......)).))))..)))..))))))).)))))((((......))))(((((((((((...))))))).))))....(((((.((.(((.......))).)))))))((((((((........))))))))...))).))))...)))))))))(((((..(((((..(((((.((((.(((.((.((....)).)).))).))))(((((((((((..(((...((((.(((((((((((((((((((..(.((((((..((((..........))))..)).)))).))))))))).)))).....))))))).).)))...))).....).)))))))))).....((((((((((.((((((((((((..(((((....(((((...((((..((((....((.((((((((.(((((((((......((((((((...(((.(((((((((((......((.(((((((.((((...((((..(((...)))..))))))))))))))).)).((((((((((((.(((.......((((((..(((...(((((..........))))).))).))))))((((....(((((.(((((((((....((((((((((((((((((((......))))))))))....((((((((((......(((.......(((((((((....((((((.((.........)).))))))((((..(((.((((..(((.....(((((...(((((((....(((((.....((.((((((.(((((((.......(((..((..(....)..))..)))))))))).))))))..))......)).)))..)))))))..(((((((.((((((..((....((........(((((((((..(((((((((..(((....))).........(((((((.((.((((((..((((((((...(((...)))..(((((........)))))..)))))))).))).))).)).)))))))))))))))))))))))))...(((((((.(.((.((....)).)).))))))))........))...)).))))))))))))))))))..))).)))).)))..))))........)))))))))......))).....))).))))))).((((..(((((.(.((..........)).).))))).))))...(((((((((..(((((............((....((((........))))....)))))))..)))))))))......))))))))))(((((((((((((((.............)))))..)))..)))))))((((......(((((....)))))...))))...........)))))))))))))).....))))......))).))))))))))))....(((((((............))))))).............)))))).))))))))))))).)))...)))))))))..((((....((((((((((...(((((.(((.....((...((((.......)))).)).......(((((((...(((...(((((.((.((..((((.((.(((......((..(((((.(((.(((.((((((((((((....((((.......))))....))))..)))))..))).))).))))))))..))))).)).)))))).))..)))))))).)))))))(((((..(((..(((........)))..))).))))).))).))))).((((...((((.......)))))))))))))))))).......)))))))))))).))..((((((........((((......))))))))))..(((((((((((((((((..((((..(((((..((((((.((((((((((((((((((((((((.........(((((((.......((((.........(((((((((.((((((......))))))(((((...))))).((((((((((((((((((......(((...((((((.....)))))).))).......))))((((((((..((((..((.....((.((.(((((((((.(((.............)))...))))))).))..)).))......))..))))))))))))......))))))))..))))))...(((((......))))).)))))))))........)))).....))))))).....((((((..(((((((...(((((.....)))))...)).)))))..))))))....(((......)))(((((((.((((...............))))..))))))))))).))))))))))))))........))))))..(((.......(((.((((((((((..(((.....))))))))))))).)))......)))...............))))))..).))))..))))...........)))).)))))))).)))))....))))..)))))))))..)))))..))))))))))))))))))..))))))))).....)))))))))).)))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,..((((..((((((((((.{........{{..(({,(((...((((((.(((.....))).))))))..)))))).)}........}))))))))))..)))).,,({(({((((,((((((((({,({{{,.{(((({(((({((((,,{({.||||(({{{((((,((({.{(((((((((,,......(((((...(((..((((((..((((((.,(((((.......)))))|{{{{{|{({.((((((((((((.(((((((......(((((((((..(((((((,{(({...}))).)))))))...))))))).))(((((.((((.((((.((..((........)))).)))).).))).))))).))))..))).))))))}....,))))).}}}......,..{{{|||||||,,(({((({{{,,((.(((((......))))).))...(((((((((..(((.((((.....,(((,...{(|.,,,{,,......)}.})|||{{.,,,)})},)))).)))..)))))))))...(((...)))))))))})}.,.,....)))))).))))))..)))..)))))......,,,,(((((((((.((....((((.((((.....)))).)))))).))))))))).......(((((((........(((((((....))))))),{........}}...))))))){(({....(((.((......)).)))...)))),.}}|||||||||||||||||.}}})))}).,,,{((({{(({,,..||,.,.))}))))}})))}||.||,|||||||||||},|||||}..{|||{((((,,.||||{.||{||{{}|||{{,{||||||(((((.,.({{{{||||||||||||||||||((((((.((.((((((((((((..((.(((((((((((((..((({(..(((((....)))))..||||,.........||||||||||,,},}}}..,|||{{(({.....,))))))},},...))))))))))))).)).....{((((.((.(((.......))).))))))|((((((((........)))))))).))))..))))).))))))))))).,.(((((((...{(({(.((((.(((((.((.{.({((.......)).))...}.)).))))))))).,)))..))))))},{(,((((((({,,|.})||||,.|,|}...,},,)))))))..))}}})))}})|)))))..},},}),}))))))},).},,..,}}}},}.,}}))))))||||||,,,((((((((((.((((((((((((..,(((((((.(((((((..(((...,(({.{(((.,,(((((((((...(((({...,(((({((.,..{{{,,,.....}))|....,{{,{{{({{{{,{{{{|..|{{{,..,,,.,.{{|(({{{{{{{,{|{{,||{,..((((((((((((.,.,......{((((((..(((...(((((..........))))).))).))))))|{{{....(((({,(((((((((....((((((((((((((((((((......))))))))))....((((((((((......(((.,.....(((((((((..((((((.(((((.((.(((({,.{(((,{{{{{.,|,,,,||||{(({,,{{(({{,{.,,{{{|||{...}|||{|,}|,,{{.((((((.(((((((.......(((..((..(....)..))..)))))))))).))))))..}}......||.,||,,}}|||}}..,,.,}})},,)))),}})},})))).)).))))|{((((((,.{((((((((..(({....,}}.........(((((((.((.((((((..((((((((.,,{{{...)))..(((((........)))))..)))))))).))).))).)).))))))))))))))))))))))||{{,(((.{....({(({({{{|,|,.,((((((,((((.....}})}}}}).,).,.,}})))))))))))...})}}..}}}},..))))..,}....)))))))))......))).....))),})))))).((((..(((((.{.((..........)).,.))))).))))...(((((((((..(((((......,,,},.{{....((((........))))...,)}))})}..)))))))))......)))))))))),(((((,,{,(((((...,.....,...))))),,}},..}}}||||({({,,,,..(((((....))))).,.))),,,,}}.,,...)))))))))))))).....)))..,....}}..))))))))))))...,.,|,,,.,|,|.,{,,,,,,,{((({({{{({.{{,{{((({((,,{{{(({{{((((,,,,{,..}}}}}{((((((({......(((((((({.,{((((,..((((((((((.{(,((({.{{{{,,,,....{(((((((((((.,..(((...((.((((((....(((((((((((((....{{..(((({,(((.(((.((((((((((((....((((.......))))....)))).,,))))..))).))).))))))))..|{(((((((((((({(,,{((.(((,(((((((((((((((..(((.,(((........))).,))).)))))).)}.,....})))))}.,|||.,.....))}})}....|{{{.({,....,,}..)))}}}||||||,|,(||.,,..,,,..,||||..})))}})))))),,)))))))))..))))..............))))))))..))).}.))))))))))))),.},}}.}))))),.})))}..})))),))))})))))))))....,,}))))))}|.,........,,|{(((({,..))}}}.,{({(({{((((({((((......{{(...((((((.....)))))).}}}.......}}))|||{{{{,.,((((.,((,.,,,,{..{.{{{{{{{{{|||,....}},........},,,}}))))}})),,))})),.,},.}}..}))})}))}}},......,))))))),.}))))}|||((({{...,,,))))),}})})}})),)})}..,})))))))).))}}}}}}.},((((((..(((((((...(((((.....)))))...)).)))))..))))))...||{|,.,,,,)))})))))))))))).)))))))).,,.))))}),}})))..))))))).)))))))}...(((((......)))))|{{.......(((.((((((((((..{((.....))))))))))))).)))......}}}...{((((..(((({{{{{{{{}||...,|||||..,,,.|{||||...,..},},,,,)),)))}},..|}},}}}..}}}},.,.,}}}..)))))))))))))))))),.}))).))})))}|||}}}...}}},}}},,..........,.......
Back