Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414264.1
Sequence Length
2035 nt
GC Content
0.4280
CUCUAUCGACGAGUCUGGUAGCUGAGCGUUGGGCUGUAGGUCGCUGUGCUGUGUGAUCCCCCAGAGCCAUGCCCGAGAUAGUGGAUACCUGUUCGUUGGCCUCUCCGGCUUCCGUCUGCCGGACCAAGCACCUGCACCUGCGCUGCAGCGUCGACUUUACUCGCCGGACGCUGACCGGGACUGCUGCUCUCACGGUCCAGUCUCAGGAGGACAAUCUGCGCAGCCUGGUUUUGGAUACAAAGGACCUUACAAUAGAAAAAGUAGUGAUCAAUGGACAAGAAGUCAAAUAUGCUCUUGGAGAAAGACAAAGUUACAAGGGAUCGCCAAUGGAAAUCUCUCUUCCUAUCGCUUUGAGCAAAAAUCAAGAAAUUGUUAUAGAAAUUUCUUUUGAGACCUCUCCAAAAUCUUCUGCUCUCCAGUGGCUCACUCCUGAACAGACUUCUGGGAAGGAACACCCAUAUCUCUUUAGUCAGUGCCAGGCCAUCCACUGCAGAGCAAUCCUUCCUUGUCAGGACACUCCUUCUGUGAAAUUAACCUAUACUGCAGAGGUUCCAAUACCCUGCUACCUGAUUGCUUUAGUUGUUGGAGCUUUAGAAAGCAGGCAAAUUGGCCCAAGAACUUUGGUGUGGUCUGAGAAAGAGCAGGUGGAAAAGUCUGCUUAUGAGUUUUCUGAGACUGAAUCUAUGCUUAAAAUAGCAGAAGAUCUGGGAGGACCGUAUGUAUGGGGACAGUAUGACCUAUUGGUCCUGCCACCAUCCUUCCCUUAUGGUGGCAUGGAGAAUCCUUGCCUUACUUUUGUAACUCCUACUCUACUGGCAGGCGACAAGUCACUCUCCAAUGUCAUUGCACAUGAAAUAUCUCAUAGCUGGACAGGGAAUCUAGUGACCAACAAAACUUGGGAUCACUUUUGGUUAAAUGAGGGACAUACUGUGUACUUGGAACGCCACAUUUGCGGACGAUUGUUUGGUGAAAAGUUCAGACAUUUUAAUGCUCUGGGAGGAUGGGGAGAACUACAGAAUUCGGUAAAGACAUUUGGGGAGACACAUCCUUUCACCAAACUUGUGGUUGAUCUGACAGAUAUAGACCCUGAUGUAGCUUAUUCUUCAGUUCCCUAUGAGAAGGGCUUUGCUUUACUUUUUUACCUUGAACAACUGCUUGGAGGACCAGAGAUUUUCCUAGGAUUCUUAAAAGCUUAUGUUGAGAAGUUUUCCUAUAAGAGCAUAACUACUGAUGACUGGAAGGAUUUCCUGUAUUCCUAUUUUAAAGAUAAGGUUGAUGUUCUCAAUCAAGUUGAUUGGAAUGCCUGGCUCUACUCUCCUGGACUGCCUCCCAUAAAGCCCAAUUAUGAUAUGACUCUGACAAAUGCUUGUAUUGCCUUAAGUCAAAGAUGGAUUACUGCCAAAGAAGAUGAUUUAAAUUCAUUCAAUGCCACAGACCUGAAGGAUCUCUCUUCUCAUCAAUUGAAUGAGUUUUUAGCACAGACGCUCCAGAGGGCACCUCUUCCAUUGGGGCACAUAAAGCGAAUGCAAGAGGUGUACAACUUCAAUGCCAUUAACAAUUCUGAAAUACGAUUCAGAUGGCUGCGGCUCUGCAUUCAAUCCAAGUGGGAGGACGCAAUUCCUUUGGCGCUAAAGAUGGCAACUGAACAAGGAAGAAUGAAGUUUACCCGGCCCUUAUUCAAGGAUCUUGCUGCCUUUGACAAAUCCCAUGAUCAAGCUGUCCGAACCUACCAAGAGCACAAAGCAAGCAUGCAUCCCGUGACUGCAAUGCUGGUGGGGAAAGACUUAAAAGUGGAUUAAAGACCUGCGUAUUGAUGAUUUUAGAGAUUUCUCUUUUUUAAAUGGAAUUCGUAAAGAAAUAUAAAACUUCAGCUCACAAUUAAAACUGUCUUUUUAGUUUUGGCUUUUUAUUGUUUUGUUGGUGAUUUUACUGAAAUAAAGUUGAGCUACUUCUUCUUAUAGUGGCAUAUUCUUUGUAAAUUUUAACAAGGUUUAAUCUUUUGAUUUACAAAUUAAAAAAUUUUGAAUUAGCUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-565.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -603.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 462.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............(((((((((.((((.((((((((((((..(((.((((.((((..(((..((((.....(((.((((..((.(((........))).)).)))).))).....))))..)))....))))..))))..)))))))))).))))))))))).)))))))((((((((((((((((((.(.....((((..((....)))))).....).)))))..)))))))).(((((((((..((((.((((((.(((((((..(((((.(((.....))).....(((((..((.((.((...(((.....((((((..((...))..))))))))).)).)).))..)))))......((((((((........))))))))..((((..((((.((((((.((((((((.((((((......((((.((.((((...((((.((.....))...))))...)))).))..))))....)))))).)))))).....((.((.((((..(((..(((((((................)))))))..(((((..((((((..((((..((((((.....)))))).))))..))))))...))))).((((.....)))).)))..)))).)).))((((((.....(((((((((.((((((((((.(((.....(((.((((......))))..)))))).)))((((.((.((((((((........((((....)))).(((((((((.........)))))))))((((((.((((((((........(((.....)))......)))))).))........)))))).(((((..(((((.((..........(((((.((((((..((((((((((((......))))..))))...((((....((((..((((...)))).))))....)))).(((((((((((((((((((((((.....((((((((....))).)))))(((((((.......((.((((..((......))..))))))......))))))))))))))))....))))).)))).))))).))))))))).).))))).............(((.(((((((((((..((((((..(((((.(((((..((..((((.(((((.(((((((.....((((((((((....(((((..(((((((((((..(((.................((..((.((((....)))).))..)).(((((...))))))))..))).)))))))).)))))....))))).)))))......))).))))....)))))(((((.......)))))......((.((((....((.......)).....)))).)).(((((((((........)).)))))))...(((((((((.....(((...((......))...))).....)))))))))(((((((((......(((((((.(((.......))).))))))).........(((((((.(((.((((..........((((........((((((......)))))))))))))).)))))))))).......((.((((((......)))))).)))))))))))))))..))..))))))))))))))))......))))))).))))))).)).)).)))...)))))...))))))..)).)).))))...(((((((...(((....(((..((((.....))))..)))..))))))))))...))))))).)))))))))....)))))).....)).)))))).))))..))))..(((((..(((((((..(((.(((((((((((....(((.((.((((((((......)))))))).)))))))))).)))))).)))..))))))).)))))....)))))))))))).))).))).))))....)))))))))........((((((((.....((((.....)))).....))))))))..)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,..((,,(((({.(({.(((((((((,(((.(((((((.((((.(((.((.{......)).)))}..((({({{((((.(....))))))))..)))...((((((........))))))...))))))))))))}))))).)))).,,}})),.,}))).}))}.((((((((((,((((,((.,.....((((..{{....)})))).....)})))))}})))}|||}.(((((((((..{{((.{{((((.(((((((..(((((.(((....,||}.....,{{(({{{.....,,,....,,..,,||{(((((((({{{(((((((({.....{{{{{{{.,{|}}.....,,|(((((((........))))))}|((.(((((.(.(((((.(({(,((((((.((((((......((((.((.((((...((((.((.....))...))))...)))).))..))))....)))))).))))))..,,,,{,{....}))}.....((((((({..,,......,,..,)))))))..(((((..((((((..((((..((((((,...,)))))).))))..))))))...))))).,,|})}..))))).).))))).)})}.,.((((((.....(((((((((.((((((((((.(({,....(((.((((......))))..)))))).))}{{{({((.,,,||||((,{{{,..((((....)))).(((((((((.........)))))))))((((((.{(((((((,,,,....|||.....}}}......)))))).)}........)))))).(((((..(({,({((......}}}}(((((.((((((..({{(((((((({......})))..))))}..{(((....(,(({.{(({...})}}.)))|,...)))}.((((((((((((((((((((((({...,((((((((....))).)))))|((((((.,.....({.((((..((......))..)))),),...}.))))))))))))))))....))))).)))).))))).}))}))))).).)))))........,|,||(|{.((({(((((((..((((((.,(((((.(((((..((..((((.(((((.(((((((.....((((((((((....(((((..(((((((({{(..(((....,{{..........((..((.((((....}))).))..)).{,,,,....,}},)))..))}.)))))))).)))))....))))).)))))......)))}})))....))))){{{{{.......}}}}}...,,,{{.{{((.,..{{.,.,...}}.,}..)))).}}.{{({{{{{(.,,,....}}.}|}}}}|((((((((((((.....,((...(({({....,})}))),....))))))))))))|,,{{|......((,(((({((({..,,{{|||{|||||||.......}}(((((({{(((.((((..........((((........((((((......)))))))))))))).))))))))))...}}.,||}|||||..}}...,))))))),))},,...,))))..))..))))))))))))))))......))))))).})))})),.,,,}.))}...)))))..,})}}}}..}}.)),))))...((((((,..,(((....(((..((((.....))))..)))..))))))))))...})))))).)))))))))....)))))).....))}),,,,,}))))))))),,,{{,,..,,{,...,},},,}|||,,{{((((....(((.{(.{(((((((......}))))))).))))))))}}},}))}})))))))))}}},,}........)))))))))))).)))}.,}.))))....)))))))))........{((((({{....,(((({{{..,,))}}}}})})}))))..}))))....
Back