Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414265.1
Sequence Length
2057 nt
GC Content
0.4283
CUCUAUCGACGAGUCUGGUAGCUGAGCGUUGGGCUGUAGGUCGCUGUGCUGUGUGAUCCCCCAGAGCCAUGCCCGAGAUAGUGGAUACCUGUUCGUUGGCCUCUCCGGCUUCCGUCUGCCGGACCAAGCACCUGCACCUGCGCUGCAGCGUCGACUUUACUCGCCGGACGCUGACCGGGACUGCUGCUCUCACGGUCCAGUCUCAGGAGGACAAUCUGCGCAGCCUGGUUUUGGAUACAAAGGACCUUACAAUAGAAAAAGUAGUGAUCAAUGGACAAGAAGUCAAAUAUGCUCUUGGAGAAAGACAAAGUUACAAGGGAUCGCCAAUGGAAAUCUCUCUUCCUAUCGCUUUGAGCAAAAAUCAAGAAAUUGUUAUAGAAAUUUCUUUUGAGACCUCUCCAAAAUCUUCUGCUCUCCAGUGGCUCACUCCUGAACAGACUUCUGGGAAGGAACACCCAUAUCUCUUUAGUCAGUGCCAGGCCAUCCACUGCAGAGCAAUCCUUCCUUGUCAGGACACUCCUUCUGUGAAAUUAACCUAUACUGCAGAGGUGUCUGUCCCUAAAGAACUGGUGGCACUUAUGAGUGCUAUUCGUGAUGGAGAAACACCUGACCCAGAAGACCCAAGCAGGAAAAUAUACAAAUUCAUCCAAAAAGUUCCAAUACCCUGCUACCUGAUUGCUUUAGUUGUUGGAGCUUUAGAAAGCAGGCAAAUUGGCCCAAGAACUUUGGUGUGGUCUGAGAAAGAGCAGGUGGAAAAGUCUGCUUAUGAGUUUUCUGAGACUGAAUCUAUGCUUAAAAUAGCAGAAGAUCUGGGAGGACCGUAUGUAUGGGGACAGUAUGACCUAUUGGUCCUGCCACCAUCCUUCCCUUAUGGUGGCAUGGAGAAUCCUUGCCUUACUUUUGUAACUCCUACUCUACUGGCAGGCGACAAGUCACUCUCCAAUGUCAUUGCACAUGAAAUAUCUCAUAGCUGGACAGGGAAUCUAGUGACCAACAAAACUUGGGAUCACUUUUGGUUAAAUGAGGGACAUACUGUGUACUUGGAACGCCACAUUUGCGGACGAUUGUUUGGUGAAAAGUUCAGACAUUUUAAUGCUCUGGGAGGAUGGGGAGAACUACAGAAUUCGGUAAAGACAUUUGGGGAGACACAUCCUUUCACCAAACUUGUGGUUGAUCUGACAGAUAUAGACCCUGAUGUAGCUUAUUCUUCAGUUCCCUAUGAGAAGGGCUUUGCUUUACUUUUUUACCUUGAACAACUGCUUGGAGGACCAGAGAUUUUCCUAGGAUUCUUAAAAGCUUAUGUUGAGAAGUUUUCCUAUAAGAGCAUAACUACUGAUGACUGGAAGGAUUUCCUGUAUUCCUAUUUUAAAGAUAAGGUUGAUGUUCUCAAUCAAGUUGAUUGGAAUGCCUGGCUCUACUCUCCUGGACUGCCUCCCAUAAAGCCCAAUUAUGAUAUGACUCUGACAAAUGCUUGUAUUGCCUUAAGUCAAAGAUGGAUUACUGCCAAAGAAGAUGAUUUAAAUUCAUUCAAUGCCACAGACCUGAAGGAUCUCUCUUCUCAUCAAUUGAAUGAGUUUUUAGCACAGACGCUCCAGAGGAUGGCUGCGGCUCUGCAUUCAAUCCAAGUGGGAGGACGCAAUUCCUUUGGCGCUAAAGAUGGCAACUGAACAAGGAAGAAUGAAGUUUACCCGGCCCUUAUUCAAGGAUCUUGCUGCCUUUGACAAAUCCCAUGAUCAAGCUGUCCGAACCUACCAAGAGCACAAAGCAAGCAUGCAUCCCGUGACUGCAAUGCUGGUGGGGAAAGACUUAAAAGUGGAUUAAAGACCUGCGUAUUGAUGAUUUUAGAGAUUUCUCUUUUUUAAAUGGAAUUCGUAAAGAAAUAUAAAACUUCAGCUCACAAUUAAAACUGUCUUUUUAGUUUUGGCUUUUUAUUGUUUUGUUGGUGAUUUUACUGAAAUAAAGUUGAGCUACUUCUUCUUAUAGUGGCAUAUUCUUUGUAAAUUUUAACAAGGUUUAAUCUUUUGAUUUACAAAUUAAAAAAUUUUGAAUUAGCUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-563.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -603.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 696.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............(((((((((.((((.((((((((((((..(((.((((.((((..(((..((((.....(((.((((..((.(((........))).)).)))).))).....))))..)))....))))..))))..)))))))))).))))))))))).)))))))((((((((((((((((((.(.....((((..((....)))))).....).)))))..)))))))).(((((((((..((((.((((((.(((((((..(((((.(((.....))).....(((((..((.((.((...(((.....((((((..((...))..))))))))).)).)).))..)))))......((((((((........))))))))..((((..((((.((((((.((((((((.((((((......((((.((.((((...((((.((.....))...))))...)))).))..))))....)))))).)))))).....((.((.((((..(((.((((((((.........((...(((...((((((.(.(((....(..((.(((((((((....))))))))).))..)))).).))))))....))).))......))))))....................(((((((((((..((((((..((((..((((((.....)))))).))))..))))))...)))))......)))))))).)))..)))).)).))((((((.....(((((((((.((((((((((.(((.....(((.((((......))))..)))))).)))((((.((.((((((((........((((....)))).(((((((((.........)))))))))((((((.((((((((........(((.....)))......)))))).))........)))))).(((((..(((((.((..........(((((.((((((..((((((((((((......))))..))))...((((....((((..((((...)))).))))....)))).(((((((((((((((((((((((.....((((((((....))).)))))(((((((.......((.((((..((......))..))))))......))))))))))))))))....))))).)))).))))).))))))))).).))))).............(((.(((((((((((..((((((..(((((.(((((..((..((((.(((((.(((((((.....((((((((((....(((((..(((((((((((..(((.................((..((.((((....)))).))..)).(((((...))))))))..))).)))))))).)))))....))))).)))))......))).))))....)))))(((((.......)))))......((.((((....((.......)).....)))).)).(((((((((........)).)))))))((((((((((((.....(((...((......))...))).....))))))))))))............((.((((((((....((((.((((.((((.......))))))))..))))..)))))))).)).......))))..))..))))))))))))))))......))))))).))))))).)).)).)))...)))))...))))))..)).)).))))...(((((((...(((....(((..((((.....))))..)))..))))))))))...))))))).)))))))))....)))))).....)).)))))).))))..))))..(((((..(((((((..(((.(((((((((((....(((.((.((((((((......)))))))).)))))))))).)))))).)))..))))))).)))))....)))))))))))).))).))).))))....)))))))))........((((((((.....((((.....)))).....))))))))..)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,.,((,{(((({,(({.(((((((((,(((.(((((((.((((,(((.((.{......)).))),..((({({{((((.(....))))))))..)))...((((((........))))))...))))))))))))}))))).)))).|||}}},.,,)}).}))},{{{(((((((.((((,((.......((((..{(....}})))).....)})))))}})))}||||.(((({((((,,{{{(.,,((({.{((((((..((({{.(((.....|}}.....,{((((({,,{,,,{{,,,,{{,.,,|(((((({(({,,((((((((((..,,,{,{{{{{..,|}}.....,,{(((((((........)))))))|{{,((({{.{,({{{{.{{,{.((((((.((((((......((((.((.((((...((((.((.....))...))))...)))).))..))))....)))))).))))))...((((...(((((({{({,{{{((((({..,,......,,..,)))))))|}},||||{{{..,..((.(((((((((....))))))))).))..}}})}..,},})))))...))))..{{,.,,,{|,...........,,..}||....,{,,(((((..((((((..((((..((((((,...})))))).))))..))))))...})))).,|,|}},,})))),},|||||.|||{,{.((((((.....,{||||||{.{{{{{|||||.||||,..,(((.((((......))))..)))))},|}|{{{({({....||||({,{{,...((((....)))),|((((((({.........})))))))}((((((.{{{(((((,,,,....|||,....,,,......))}))),}}...,,...)))))}.{((({,.{{{,{{({.....,||||(({{(|(({(((,.{,,(((((((({......))))..))))}..,(((,..,{,(({{{{{{.,|||}}.}}}||...}))|.{{{{{{{{{{{{{{((((((((({...,((((((((....))).)))))|((((((.,.....({.((((..((......))..))))}},...,.))))))))))))))))..,,))))).)))).})))).}}),))))},).)))))..,,,,,,,|,||{||,|||||{(((((..{{{{{{,|{{{{{.{{{{{..,,..|||||(((((,(((((((.,...((((((((((....(((({..{(((((({,{{,.{{{...,|||,,,..,,.,,{{..{{.((({,,..}))).))..)),,,,,,....}}}})))..}},.}))))))},}))))..,.))))).)))))......))),,)))....))))){{{{|,},,,..}}}}}...|||{{.{{((.,..{{,,,,...)}.,,..)))).}}.||||{,,,{.,,,..,.||.|||||,{(({(((((((((,,...,({.,.(((((,..,,|||}}||,,..||}}}}}|}|}}}..{{|.,,...{{.(((({({{..,.{({{.{{{{.{|{|,..,...,))))))),,})})..)))))))).}),...,.})))}..}}..)))))}})}}}}}})}......}}})))}.}}})})),.,,}},}},,.,})}},..|}}}||}.,,}.}}|}}|}...((((((,..,(((....(((..((((.....))))..)))..))))))))))...})))))}.}})))))))....}))))).,.,,))))}.,,,}))))}})))}|{{{,,..,,|,,,,|},},,,|||,.{{{{{{....{((,{{.{{((((((,,,...}))))))),)))))}}}}}},})}}})))))))}}},,,,,....,,,,}}}}}}))}}}}.}}},.,,.)))),...}}}|||||}...,....{{{((({,.,,,|{{{||||..,,))}}}}}},}}}))),.})))),,,.
Back