Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414303.1
Sequence Length
2290 nt
GC Content
0.6122
ACUCCCACUUCCUGAGCUCCGCCAUGGGAGCCCUGGAGGCCCGGCCUGGCCGCUCCCGGCCCUGGGGUGCACAUCGGCCCUGAGUCCCGUCCCAGGCUCUGGGCUCGGGCAGCCGCCGCCACCGCUGCCCAGGACGUCGGGCCUCCUGCCUUCCUCCCAGGCCCCCACGUUGCUGGCCGCCUGGCCGAGUGGCCGCCAUGCUCCUGCCUUGGGCCACCUCUGCCCCCGGCCUGGCCUGGGGGCCUCUGGUGCUGGGCCUCUUCGGGCUCCUGGCAGCAUCGCAGCCCCAGGCGGUGCCUCCAUAUGCGUCGGAGAACCAGACCUGCAGGGACCAGGAAAAGGAAUACUAUGAGCCCCAGCACCGCAUCUGCUGCUCCCGCUGCCCGCCAGGCACCUAUGUCUCAGCUAAAUGUAGCCGCAUCCGGGACACAGUUUGUGCCACAUGUGCCGAGAAUUCCUACAACGAGCACUGGAACUACCUGACCAUCUGCCAGCUGUGCCGCCCCUGUGACCCAGUGAUGGGCCUCGAGGAGAUUGCCCCCUGCACAAGCAAACGGAAGACCCAGUGCCGCUGCCAGCCGGGAAUGUUCUGUGCUGCCUGGGCCCUCGAGUGUACACACUGCGAGCUACUUUCUGACUGCCCGCCUGGCACUGAAGCCGAGCUCAAAGAUGAAGUUGGGAAGGGUAACAACCACUGCGUCCCCUGCAAGGCCGGGCACUUCCAGAAUACCUCCUCCCCCAGCGCCCGCUGCCAGCCCCACACCAGGUGUGAGAACCAAGGUCUGGUGGAGGCAGCUCCAGGCACUGCCCAGUCCGACACAACCUGCAAAAAUCCAUUAGAGCCACUGCCCCCAGAGAUGUCAGGAACCAUGCUGAUGCUGGCCGUUCUGCUGCCACUGGCCUUCUUUCUGCUCCUUGCCACCGUCUUCUCCUGCAUCUGGAAGAGCCACCCUUCUCUCUGCAGGAAACUGGCUGCUUAUUCUGAGGCUGGAGAUGAGAGUGACAGUGGCUUGUUCCUCUGGGCCCCCGGGUGGUCAAGUUGCUACACAUUGUGCUGGGAUGUGGAGGCUGAAAGGCUAGGUCUGAGGCCUGCCGGGGAGCCUACACCCAUUUCAUUCUCCAUUGCAGGAUCGCUGCUCAAGAGGCGUCCGCAGGGAGAGGGACCCAAUCCUGUAGCUGGAAGCUGGGAGCCUCCGAAGGCCCAUCCAUACUUCCCUGACUUGGUACAGCCACUGCUACCCAUUUCUGGAGAUGUUUCCCCAGUAUCCACUGGGCUCCCCGCAGCCCCAGUUUUGGAGGCAGGGGUGCCGCAACAGCAGAGUCCUCUGGACCUGACCAGGGAGCCGCAGUUGGAACCCGGGGAGCAGAGCCAGGUGGCCCACGGUACCAAUGGCAUUCAUGUCACCGGCGGGUCUAUGACUAUCACUGGCAACAUCUACAUCUACAAUGGACCAGUACUGGGGGGACCACCGGGUCCUGGAGACCUCCCAGCUACCCCCGAACCUCCAUACCCCAUUCCCGAAGAGGGGGACCCUGGCCCUCCCGGGCUCUCUACACCCCACCAGGAAGAUGGCAAGGCUUGGCACCUAGCGGAGACAGAGCACUGUGGUGCCACACCCUCUAACAGGGGCCCAAGGAACCAAUUUAUCACCCAUGACUGACUGAGUCUGAGAAAAGGCAGAAGAAGGGGGGCACAAGGGCACCUUCUCCCUUGAGGCUGCCCUGCCCACGUGGGAUUCACAGGGGCCUGAGUAGGGCCCGGGGAAGCAGAGCCCUAAGGGAUUAAGGCUCAGACACCUCUGAGAGCAGGUGGGCACUGGCUGGGUACGGUGCCCUCCACAGGACUCUCCCUACUGCCUGAGCAAACCUGAGGCCUCCCGGCAGACCCACCCACCCCCUGGGGCUGCUCAGCCUCAGGCACGGACAGGGCACAUGAUACCAACUGCUGCCCACUACGGCACGCCGCACCGGAGCACGGCACCGAGGGAGCCGCCACACGGUCACCUGCAAGGACGUCACGGGCCCCUCUAAAGGAUUCGUGGUGCUCAUCCCCAAGCUUCAGAGACCCUUUGGGGUUCCACACUUCACGUGGACUGAGGUAGACCCUGCAUGAAGAUGAAAUUAUAGGGAGGACGCUCCUUCCCUCCCCUCCUAGAGGAGAGGAAAGGGAGUCAUUAACAACUAGGGGGUUGGGUAGGAUUCCUAGGUAUGGGGAAGAGUUUUGGAAGGGGAGGAAAAUGGCAAGUGUAUUUAUAUUGUAACCACAUGCAAAUAAAAAGAAUGGGACCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-944.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -987.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 610.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.(((((.((((((.((((..(((((((.(((((((((((((((..((((((((((((((((.(((....(((((.(((((........))))).))))).(((((((.(......).)))))))..(((((.((((((..............))))))..)))))...((((....))))((((((((.....((....))....))))).))))))))))))...)))).))))))..)))).)))))))))))..))))))))))).(((((((........)))))))((((.........))))..((.(.((((((((((((((....((.....))......((((((....(((((...((((..(((....(((((((.........((((..(((.((((((((....(((.(((((...(((.((((.((((((.............)).))))(((..........))).........)))).)))..))))).)))((((.((.(((((((((.....((((.(.(((((((((..(((..(...((((...)))).)..)))....)))).))))).)...))))))))))).)).))))))))).))))))))))))......))))))).....))).))))....)))))..))))))...(((....))).))).)).)))))).)))).))....((((...(((((((((..((((((.(((((((((..(((((.(((.(((......)))..))).))).)).))))))....((((((((((((((.......((((((...(((((.((((.((..((((((((..((.((((((........))))))))(((.((...)).)))..(((((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((...(((((.......)))))...)))))))..((((((.(.......).))))))......))).))).)))))..((((((.((((((((.((((((((...((((((....((.((.((((.((((((((((....)))..((((..(((((((((((..(((.((((......((.((((((.((((.(((.((((........))))))))))))))))).))........)))))))(((((.((((.((((....))))...))))..))))).....(((((((.......((((((......(((...((((((((..((.((((((((((((((.(((.((((.((((...)))).)))))))........(((.((((...)))))))....))))))).))).))))))..))))))))...))))))))).....)))))))(((((....))))))))))))))))..))))...(((((...(((...........)))..))))).((((((((.(((..(((((((((((.....................))))).........(((.....)))))))))))).))))))))...))))))).)))).)).))...))))))))).(((((((..((((.(......).)))))))))))))))).......))))))))))))))............((.((((.....))))))....)))).)).))))))))))).))((((((.((((......)))).)))))).(((....)))........((((((.....))))))))))..)))).)).)))).)))))....((((((....)))))).)))))).......))))))))..)))))).(((...)))..(((((((((((((.((....((((((((.....(((((.((((.........)))).)))))..))))))))...(((..((((((((((..((....((((((......)))).))....(((.....)))....(((((.(((.....(((..(........)..)))....))))))))....))..)))).)))))).)))....(((((((((...)))))))))(((((.......))))))).))))))......(((....)))......)))))))(((.(.((((.((((.((((...)))).)))).))))).)))...........))).)))))).))))......)))))..)))))))))).))))))))))......(((..((...(((((.(((((......))))))))))....))..).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((.(((....{({{{(((,.{(((((((.(((((((((((((((,,({{{{|||||{{((((.(((....(((((.(((((,...,,,,|}}}),))))}.(((((((.(......}.))))))),||||{|,|||||,,,|||,.,}},,{{|||{||{{|,||,.,|(((({...|||,((((((((.,.,.((....))...})))))},)),)))}}))),,.)))},)))))),,}})).)))))))))))..)))))))|||}.(((((((........))))))){{||,...,.,,,))))..((.{.((((((((((((((....,{.....}}......((((((....(((((...((((..(((....(((((((......{{.{(((..,({.((((((((....(((.(((((...(((.((((.((((((,,.....,.....}}.}}}},||..............,.,,}},.)))).)))..))))).))){(((.((.(((((((((.....((((...(({,,{(({..((({{.,{{(,({{{.,,,}...})})}}..),))})))))})}..))))))))))).)).))))))))).))))),)}))))}.,...))))))).....))).))))....)))))..))))))...({{....})).))).)))))))))},))),)){((((((((.......((((((((,,,,....((((((..(((((.(((.(((......)))..))).))).)).))))))....((((((((((((((.{...{.((((((...(((((.((((.((..((((((((...,.,(((((........)))))},|(((.((...)).)))}....(((((((((((((,,,,(((((.((({(((((((((...(((((.,.....)))))...))))))}..{{{(({.{,,...,.}.}))))),,..,}))).))).)))))..((((((.((((((((.((((({{{,,,((((((..,.((.((.((((.((((((((((....{({{{((((..((({{{{{(((,,((,,((((......,{.,(((((.((((.(((.((((........))))))))))))))))}|}}.....,..)))))))(({((,(((({({((,,..}|||,,.}}},..}}|||..{{.,((((({,({..,,||||{|,,..,|{||...{((((((({,((.{{{((((((((((({{{.(((((,{{{.,,,.))).}||||,}..,.,,.{({(.((((.,,||}}}}}.},,))))))),)})}}))}))},)))))))}..,||||}}|||,,.,||}}}}},{({{,..,,})))))))}})))))}..}}},...{||||,..,,{...........,))},))))),||||||||,|,...|||||{|||||..,}})))),,.,}}},}..,)))},..{{{{.,{{,,...,.)))))},}))))})},,,,}))).))))))).)))).)).)).}.)))))}})),|((((((,.({({.,......}.)))}))))))}))))).......))))))))))))))............((.((((.....)))))).,..,,))))))))))))|((((,..{(((((.((((......)))).))))))))))..{((|....)))..((((((.....))))))))))..)))).)).)))).)))))....((((((....)))))).)))))).,...,.)))))))}.,)))))).{{(,.,{(((((((((((.((((({,{....{(({,,(({....|||,,.(((({{{{{{{{{{{||{||,,,.})))}}}|}...(({..((((((((((..((...,{{((({.....,)))}.||{|..{{{..,,.}))}...(((((.(((.....(({,{(.,......)},)))...,))))))))....))..)))),}))))).}}},,..(((((((.{{{{{,,,,))))|((((.......))))}))))))).,.{{{{{{{(....}}}......)))))||{{,.{{((((.((((.((((...)))).)))).,)))),))}........,,,)))))})))))})).,},})))))))))))},)))))))))).))))))))...))).)))))}.{((((.(((((......)))))))))}..))))))))....
Back