Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414307.1
Sequence Length
2128 nt
GC Content
0.6142
ACUCCCACUUCCUGAGCUCCGCCAUGGGAGCCCUGGAGGCCCGGCCUGGCCGCUCCCGGCCCUGGGGUGCACAUCGGCCCUGAGUCCCGUCCCAGGCUCUGGGCUCGGGCAGCCGCCGCCACCGCUGCCCAGGACGUCGGGCCUCCUGCCUUCCUCCCAGGCCCCCACGUUGCUGGCCGCCUGGCCGAGUGGCCGCCAUGCUCCUGCCUUGGGCCACCUCUGCCCCCGGCCUGGCCUGGGGGCCUCUGGUGCUGGGCCUCUUCGGGCUCCUGGCAGCAUCGCAGCCCCAGGCGGUGCCUCCAUAUGCGUCGGAGAACCAGACCUGCAGGGACCAGGAAAAGGAAUACUAUGAGCCCCAGCACCGCAUCUGCUGCUCCCGCUGCCCGCCAGGCACCUAUGUCUCAGCUAAAUGUAGCCGCAUCCGGGACACAGUUUGUGCCACAUGUGCCGAGAAUUCCUACAACGAGCACUGGAACUACCUGACCAUCUGCCAGCUGUGCCGCCCCUGUGACCCAGUGAUGGGCCUCGAGGAGAUUGCCCCCUGCACAAGCAAACGGAAGACCCAGUGCCGCUGCCAGCCGGGAAUGUUCUGUGCUGCCUGGGCCCUCGAGUGUACACACUGCGAGCUACUUUCUGACUGCCCGCCUGGCACUGAAGCCGAGCUCAAAGAUGAAGUUGGGAAGGGUAACAACCACUGCGUCCCCUGCAAGGCCGGGCACUUCCAGAAUACCUCCUCCCCCAGCGCCCGCUGCCAGCCCCACACCAGGUGUGAGAACCAAGGUCUGGUGGAGGCAGCUCCAGGCACUGCCCAGUCCGACACAACCUGCAAAAAUCCAUUAGAGCCACUGCCCCCAGAGAUGUCAGGAACCAUGCUGAUGCUGGCCGUUCUGCUGCCACUGGCCUUCUUUCUGCUCCUUGCCACCGUCUUCUCCUGCAUCUGGAAGAGCCACCCUUCUCUCUGCAGGAAACUGGGUAGGAAAGGGUUGGAUGCAGGAGAGGGACCCAAUCCUGUAGCUGGAAGCUGGGAGCCUCCGAAGGCCCAUCCAUACUUCCCUGACUUGGUACAGCCACUGCUACCCAUUUCUGGAGAUGUUUCCCCAGUAUCCACUGGGCUCCCCGCAGCCCCAGUUUUGGAGGCAGGGGUGCCGCAACAGCAGAGUCCUCUGGACCUGACCAGGGAGCCGCAGUUGGAACCCGGGGAGCAGAGCCAGGUGGCCCACGGUACCAAUGGCAUUCAUGUCACCGGCGGGUCUAUGACUAUCACUGGCAACAUCUACAUCUACAAUGGACCAGUACUGGGGGGACCACCGGGUCCUGGAGACCUCCCAGCUACCCCCGAACCUCCAUACCCCAUUCCCGAAGAGGGGGACCCUGGCCCUCCCGGGCUCUCUACACCCCACCAGGAAGAUGGCAAGGCUUGGCACCUAGCGGAGACAGAGCACUGUGGUGCCACACCCUCUAACAGGGGCCCAAGGAACCAAUUUAUCACCCAUGACUGACUGAGUCUGAGAAAAGGCAGAAGAAGGGGGGCACAAGGGCACCUUCUCCCUUGAGGCUGCCCUGCCCACGUGGGAUUCACAGGGGCCUGAGUAGGGCCCGGGGAAGCAGAGCCCUAAGGGAUUAAGGCUCAGACACCUCUGAGAGCAGGUGGGCACUGGCUGGGUACGGUGCCCUCCACAGGACUCUCCCUACUGCCUGAGCAAACCUGAGGCCUCCCGGCAGACCCACCCACCCCCUGGGGCUGCUCAGCCUCAGGCACGGACAGGGCACAUGAUACCAACUGCUGCCCACUACGGCACGCCGCACCGGAGCACGGCACCGAGGGAGCCGCCACACGGUCACCUGCAAGGACGUCACGGGCCCCUCUAAAGGAUUCGUGGUGCUCAUCCCCAAGCUUCAGAGACCCUUUGGGGUUCCACACUUCACGUGGACUGAGGUAGACCCUGCAUGAAGAUGAAAUUAUAGGGAGGACGCUCCUUCCCUCCCCUCCUAGAGGAGAGGAAAGGGAGUCAUUAACAACUAGGGGGUUGGGUAGGAUUCCUAGGUAUGGGGAAGAGUUUUGGAAGGGGAGGAAAAUGGCAAGUGUAUUUAUAUUGUAACCACAUGCAAAUAAAAAGAAUGGGACCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-874.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -914.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 491.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.(((((.((((((.((((..(((((((.(((((((((((((((..((((((((((((((((.(((....(((((.(((((........))))).))))).(((((((.(......).)))))))..(((((.((((((..............))))))..)))))...((((....))))((((((((.....((....))....))))).))))))))))))...)))).))))))..)))).)))))))))))..))))))))))).(((((((........)))))))((((.........))))..((.(.((((((((((((((....((.....))......((((((....(((((...((((..(((....(((((((.........((((..(((.((((((((....(((.(((((...(((.((((.((((((.............)).))))(((..........))).........)))).)))..))))).)))((((.((.(((((((((.....((((.(.(((((((((..(((..(...((((...)))).)..)))....)))).))))).)...))))))))))).)).))))))))).))))))))))))......))))))).....))).))))....)))))..))))))...(((....))).))).)).)))))).)))).))....((((...(((((((((..((((((.(((((((((..(((((.(((.(((......)))..))).))).)).))))))....((((((((((((((.......((((((...(((((.((((.((..((((((((..((.((((((........))))))))..((.((((.(((((..(((..((((((..((((((.(((.(((((((((((((((...(((((.......)))))...)))))))..((((...((((.(((((((((((((((..((...))..)))))))...((.(((((((((.(((((..(((((........((((..((..(((...(((....)))..)))..)).))))..(((((((((((....((((((((((((...((((((....))).)))..((((....((((.((.(..(((.((((......)))))))..))).))))..)))))))))))...(((((..(((((.((((....(((.....)))...))))..)))))...........)))))..........((((...))))))))))))))))))))....))))).)))))..))))))))).))........)))).))))..))))......((((......(((((....))))).......)))).))))))))))))...))).(((((((..((((.(......).)))))))))))...........))))))..)))))))))..........((.((((.....))))))......))))).)))).))(((((...(((((.((((......)))).))))))))))..(((.....)))..((((((.....))))))))))..)))).)).)))).)))))....((((((....)))))).)))))).......))))))))..)))))).(((...)))..(((((((((((((.((....((((((((.....(((((.((((.........)))).)))))..))))))))...(((..((((((((((..((....((((((......)))).))....(((.....)))....(((((.(((.....(((..(........)..)))....))))))))....))..)))).)))))).)))....(((((((((...)))))))))(((((.......))))))).))))))......(((....)))......)))))))(((.(.((((.((((.((((...)))).)))).))))).)))...........))).)))))).))))......)))))..)))))))))).))))))))))......(((..((...(((((.(((((......))))))))))....))..).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((.(((....{({{{(((,.{(((((((.(((((((((((((((,,({{{{|||||{{((((.(((....(((((.(((((,...,,,,|}}}),))))}.(((((((.(......}.))))))),||||{|,|||||,,,||},.,}},,{{|||{||{{|,||,.,|(((({...|||,((((((((.,.,.((....))...})))))},)),)))}}))),,.)))},)))))),.}})).)))))))))))..)))))))|||}.(((((((........))))))){{||,...,.,,,))))..((.(.((((((((((((((....,{.....}}......((((((....(((((...((((..(((....(((((((......{{.{(((..,({.((((((((....(((.(((((...(((.((((.((((((,,.....,.....}}.}}}},||..............,.,,}},.)))).)))..))))).))){(((.((.(((((((((.....((((...(({,,{(({..((({{.,{{(,({{{.,,,}...})})}}..),))})))))})}..))))))))))).)).))))))))).))))),)}))))}.,...))))))).....))).))))....)))))..))))))...({{....})).))).)))))))))},))),)){((((((((.......((((((((,,,,....((((((..(((((.(((.(((......)))..))).))).)).))))))....((((((((((((((.{...{.((((((...(((((.((((.((..((((((((..,,.,(((((........)))))}}|(((.((...)).))),....(((((((((((((((((((({..{((((((((((((...(((((.......)))))...))))))}...,((({{(({..(({((((.(((((((..((...))..)))))))...((.(((((((((.(((({..(((((........,(((,.((..((({{{((,..}}),)},)})..)).))})..(((((((((((,...((((((((((((...((((((....))).)))..((((..,.((((.((.(.,(((.((((......))))))).,))).))))}.)))))))))))...(((((,,(((((.((((..,.,(({,...}})}}.))))..))))).........,.)))))....,.....{,,....)))}))))))))))))))))....))))).)))))..))))))))).)).}),,.}}))).}))))..,,,,......{((({.....(((((....))))).......))))..,.))))))))))))))..(((((((.,({({.,......).)))})))))))..((((.....})))},,...}}...............({.((((.....)))))).,....)))))))))))),((((,..{(((((.((((......)))).)))))))))).,(((,...,)))..((((((.....))))))))))..)))).)).)))).)))))....((((((....)))))).)))))).,...,.)))))))}.,)))))).{{(,.,{(((((((((((.((((({,{....{(({,,(({....|||,,.(((({{{{{{{{{{{||{||,,,.})))}}}|}...(({..((((((((((..((...,{{((((.....,)))}.||{|..{{{..,,.}))}...(((((.(((.....(({,{(.,......)},)))...,))))))))....))..)))),}))))).}}},,..(((((((.{{{{{,,,,))))|((((.......))))}))))))).,.{{{{{{{(....}}}......)))))||{{,.{{((((.((((.((((...)))).)))).,)))),))}........,,,)))))})))))})).,},})))))))))))},)))))))))).))))))))...))).)))))}.{((((.(((((......)))))))))}..))))))))....
Back