Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414328.1
Sequence Length
2481 nt
GC Content
0.4563
AGAGUGGGGCACAGCGAGGCGCUAGGGGGAACGCUGGCCUCUGAAACUAGCUCUGGGACCGGGGUCUGCGGCCGGCCCCUAGCUGGCCCCGUCUCCCAUCCCCAGAAGGGUAUUCACUGGGGAUUCUGAGCUUUGGCUACUCCAGUUUCCCACGACACCUGCUGGAGGACUGGACUGCUACUACUACUCCUGGCUGUGGCAGUGAGAGAAUCCUGGCAGACAGAAGAAAAAACUUGCGACUUGGUAGGAGAAAAGGGUAAAGAGUCAGAGAAAGAGUUGGCUCUAGUGAAGAGGCUGAAACCACUGUUUAAUAAAAGCUUUGAGAGCACUGUGGGCCAGGGUUCAGACACAUACAUCUACAUCUUCAGGGUGUGCCGGGAAGCUGGCAACCACACUUCUGGGGCAGGCCUGGUGCAAAUCAACAAAAGUAAUGGGAAGGAGACAGUGGUAGGGAGACUCAACGAGACUCACAUCUUCAACGGAAGUAAUUGGAUCAUGCUGAUCUAUAAAGGGGGUGAUGAAUAUGACAACCACUGUGGCAAGGAGCAGCGUCGUGCAGUGGUGAUGAUCUCCUGCAAUCGACACACCCUAGCGGAGUCAAAACACUUAACCACCUGAAUGUGUUAUGCCAUCUCAUCAUCAGGACAAUUUUAACCCUGUGUCUGAGGAGCGUGGCAAAGUCCAAGAUUGUUUCUACCUCUUUGAGAUGGAUAGCAGCCUGGCCUGUUCACCAGAGAUCUCCCACCUCAGUGUGGGUUCCAUCUUACUUGUCACGUUUGCAUCACUGGUUGCUGUUUAUGUUGUUGGGGGGUUCCUAUACCAGCGACUGGUAGUGGGAGCCAAAGGAAUGGAGCAGUUUCCCCACUUAGCCUUCUGGCAGGAUCUUGGCAACCUGGUAGCAGAUGGCUGUGACUUUGUCUGCCGUUCUAAACCUCGAAAUGUGCCUGCAGCAUAUCGUGGUGUGGGGGAUGACCAGCUGGGGGAGGAGUCAGAAGAAAGGGAUGACCAUUUAUUACCAAUGUAGAUUGCACUUUAUAUGUCCAGCCUCUUCCUCAGUCCCCCAAACCAAAGCUACACAGCCAGAUUUCUCAAGCAGUCUCAACUCCAGUCCCUCAUCUCACCCUUACUAUUGCUCUUGCUUUCCAGUUUGCUUUUGAUUUGCAUCUUCUCACUAGUAAAACUGCCUUCCCUUUGUUCCUUAUUUUCUGUUUUUUCUCUAGAGAGGUACAGUUGUAAGUCAGAGUUAAUAUAAUAGGGCCUGUGAAAACAGAGGCUUUUGCAUUGUCUCUUGACAUCAGAAGUUACAAUAGGCAUAUGGGCAAAAUGGUGUAGCAGGCUCACUGGCCGUUUGUUUUUUAAACACAUUUUCACAAGUUUUUGAGACACUGGAUUUCUUUAAUUAAAAAAAAAAUGCCAAGAAACAUUAUUUAUACAGGGUUGAUUGCUUUCAUGUUGUUAUUCUGUACCCUAUAGUAGCCUCCAUGAGAAUCUGGUAUUUCUUGCUGCUUGGAACUACUUUGCAGUGAUUACUUGGUUGCAGUCCAAGUACUCUCGUUUAGUCUGAGCCUGGAGAUGUUCUAGACUUGCUUCUCCCACCUCUGAGAUUAGGACAGGAAAAAUGUGAAAUUUCCCAAUUACAGGAUUAUACGGUACCAUCACAUCAUUUGUGGAAAUUGGGGUGACUGUAUAGCUGGGAUUGGGCUAAGGACUGUGGUCUUAUCUGUCCACAUACAGCCAAAAUGCCUAUCCAGAAAUCCAGUUCGUUGGAAAGGAAAAUUGGUACUCCUGUGCCACAGGGGUUCCAGAAAAGGGAAGUCACUUUACCUUGCGGUGGUGGGAUCCUGAUGUCUUUCAUCCAUUUGUAGUAAAAGCUGGUAAAGCUUUUCUUACUCCUGGUUCCCUACCAGUAUUUCUAAACAUGUCGCACUUUCUCCACAGGCAUGUGGUUUUGACCUUUUUUUCAAUCUUCUAGAAAGGGAACGGAAGCAGAAGUGGGACAUCGAGGGCUCUGCUGUCCUCUGCGCUGGGUGUGGAAUGCUGCUGCACCUGUCCCUUCUGCUGGCUCAGGGAAGUGUCUUCUUGCCCACAUUUCUGUGGGGAAAGGUUUUUAAUCCUCUGAUGCUUCCAUCUUCCUGUUUAGGCCAUGUGCCCAGAAACCUGGACUGAUCUUUCUUUAAUAGUGAACCCCUGGGCCACUGAAGAGUAACAUGGCUCCACUGGACACAAAAGAGGGAUGGAAUCAACAGGCAGGGGGCCUUUUAUAAGCCUUAGGAAAAGAAAAUGAAACUAUUUCAUCUUUGGACUUUUCAAUACUAUUGGAGUGAUUUUUUUCUUUCUAAACAGGGAAAAUAAUGUUACAAAAGCAUCUUUUUUGUUAUUUGUUUGCAUCCCUCCCCCACACCCUGGUGUUUUAAAAUGAAGAAAAAAAACCAUCACCUUUUGUACAAAAACUCUUAAUGAUUAAAAAACAAACAAAACAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-776.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -824.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 706.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((....(((.(((((((((((...(((.((((.(((...(((....)))...))))))).))).....))))))))..))).))).))))((((((((...........))))))))....(((....)))...((((((((((...(((((..(((((((..(((((((((((..(((....)))..))))))))....((((((((((..((((.........(((((......)))))............((((((((........)))))))).((...((((((...................))))))....)).))))..))))))))))............)))..))))))))))))...)))))))))).........(((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((((.((((....((((((.....((((....))))....(((((((...)))))))....((..((.((....)).))..))...((((((((((((((.((((.((.(((((..(((.((((.((...............))))))))).........))))).......((((((.(((((((..((.((((...........))))))...((((((.((((...((((...))))....))))))))))))))))))))))))).))))))))))....(((((..(((((......)))))....))))).))))))))(((((.....(((((((.(((.....(((((((((((((((((((((((...))))).))))))))).......(((..((..((((((((...(((....)))(((((...((((((..(((.((((....)))).)))..)).)))))))))..(((.(((..(((((.....)))))))).))))))))))))).)))(((((((((((.((..((....((((.((.(.((((((.......)))))).))))))).....))..)).))))))))))).))))))..)))....))))))))))......)))))))))))......))))...........))))))))))).)))).)))))))..)))))))))))))))))).(((((((((((((..((.(((((((((..(((((((((((((((((.((((...((((((..((..((((((((((....((((....((((((((....)))).((((((((...((((....)))).)))))))).....((((.((((((..(((((((((..(.((((....))))...((((((..((((............))))..)))))).(((..((.(((........))).))..))).)..))))))))).((((((((.(((.((......)).))))))))))).))))))...))))....(((((........)))))(((((..((.....))..)))))((.(((((((.......))))))).)).............))))....))))))).)))))))..))...))))))))))..)))))))))))............((((((..(((..((((((((((((.(((((.....))))).......))).))))))))))))..)))))).)))))).(((((.(......).)))))....(((((....(((.(((((((......)))..)))).)))....)))))((((((((...))))))))......))))))))).)).))))).......))))))))....((((.....)))).....((((.(((((((.....))))))).))))..(((((.....)))))................((.(((((((((((((.(((((((((...(((((((...........)))))))))))...(((((((..(((((...((((((......))))))......((((((((.......))))))))))))))))))))(((...((((((...)))))))))))))).))))))))))))))).......((((((.((.(((((((((.(((((((((((((((..((((....))))........((((((...((((..((...))..))))))))))..)))))))....)))))).....)).))))))))).)).)))..))))))))).......)))))))))(((((...(((((...))))))))))......((((((...))))))(((((((((((((((.......((((.....((((.(((((((((.......)))).)))))..))))...))))..((((....))))........))))))))))....))))).............)))))...........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{((((((,.,,{{{{(({((((((((,..(((,(((({(,(...(({....}))...})))))).))).,},,)))))))),||||||},|||||((((((((..{{,,..,,.}||||||}.{(((((,...||}...{|||{{||||{,|,..,}},}))).)))})))((((((((..(({....}))..))))))))..,,|,.,{{{({({..({({.{,,,{,{(,{(({{{,{{|||||,{{,.,{{{{,,((((((((........)))))))|{(((,,(({{((,,,,{{.{{{,{,......,||||,..}})),,}))}}))))))))))}},..............}}}}||((((.((((,(({{{.{{|...,},,,))))),|||}|,}}}}(((((((((((,..{((((((((((((((((((((((((((((.((((....((((((..,.,(({{....)),),...(((((({...}))))))....((..((.({....}}.))..))...((((((((((((((.((((.((,(((((..(((.((((.((...............)))))))))...,,,,..}}}}}.......((((((.((((((({.,,.((((,,,........}})))},,}||((((.((((.,.((((...)))).,,.))))))))})))))))))))))))).))))))))))....(((((..(((((......)))))....))))).))))))))(((((.....(((((((.(((...,.{{{((((((((((((((((((((...)))))},)))))))).......{((..,,..{(((((((...(((....))){(((,..,(((({{..(((.((((....)))).}))..)}.)))))})))..(((.(((.,(((((.....)))))))).)))))))))))}}.})}(((((((((((,({..((.,,.,(({.{(.{.{{{{{{...,.,{||||}}.},,,))),.,,,))..}),)))))))))))})))))}..}}}.,..))))))))))......)))))))))))......)}))...........))))))))))).)))).)))))))..)))))))))))))))))).{{{{{{{{{{{{{,.((.(((((((((,.(((((({((((((((((.((((...((((((..((..(((((((((({....,,,.,,{((({((,({...,)),}|||||{{{...((((....)))),}}}}}}}|,{,,.{(((.,,((((,.{{{(({{{{.,|.{|||,,..})))|||{({{({.,{{{{....,.......}}}}.,))))},.((({{((.(({........}},,))}.))}.}..}}}}}}}},.((((((({,(((.((......)).))))))))))),))))),,},}}||{,,.{{{{,.,,,,,.,}}}||{{{((,,((..,,.},..||}|}{{.(((((((.......))))))).)).,||.||}}}})))).,))))},,}))).)))))))..))...))))))))))..))))))))))}............((((((,.(((..{(((((((((((.(((((.....))))}.......))),})))))))}))).,)))))).)))))),(((((.(......).)))))....{{{{{....(((.((((({{......})}.,)))).)))....}|||}((((((((...)))))))).,,,..))))))))).}}.}}}}|,,,,,|||||}||||.,,,(({{....,)))),....((((.(((((((.....))))))).))))..|||||}}}},)))))..........,,.}}}}}}(((((((((((((.((((({.{{,,.((((((({..........))))))))..}},,(((((((..(((((,..((((((......))))))......((((((((.......)))))))))))))))))))),{{..,(((({{...}))))))})))))).)))))))))))))))}}},..,}.||||.||,{((((((((,{(((((((((((((({,((((....))))........,(((({..,((((..((...))..)))))))))),.)))))))....))))))}....,},})))))))}.}}.}))},}}))}}}}|.......))))},|{{(((((({{{((({.,,|||||}.,||,,,,,,}))},.....,|||||}|{}},}}}))})))),,..((((({{{{{(,{{.(((((((,,...,}}}))),.}))))}},,,))))).))})}),,,,||||||{{,.....,.,,,...,,..,}},}},,,|||||......}}}},....,......................
Back