Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414330.1
Sequence Length
2322 nt
GC Content
0.4552
AGAGUGGGGCACAGCGAGGCGCUAGGGGGAACGCUGGCCUCUGAAACUAGCUCUGGGACCGGGGUCUGCGGCCGGCCCCUAGCUGGCCCCGUCUCCCAUCCCCAGAAGGGUAUUCACUGGGGAUUCUGAGCUUUGGCUACUCCAGUUUCCCACGACACCUGCUGGAGGACUGGACUGCUACUACUACUCCUGGCUGUGGCAGUGAGAGAAUCCUGGCAGACAGAAGAAAAAACUUGCGACUUGGUAGGAGAAAAGGGUAAAGAGUCAGAGAAAGAGUUGGCUCUAGUGAAGAGGCUGAAACCACUGUUUAAUAAAAGCUUUGAGAGCACUGUGGGCCAGGGUUCAGACACAUACAUCUACAUCUUCAGGGUGUGCCGGGAAGCUGGCAACCACACUUCUGGGGCAGGCCUGGUGCAAAUCAACAAAAGUAAUGGGAAGGAGACAGUGGUAGGGAGACUCAACGAGACUCACAUCUUCAACGGAAGACAAUUUUAACCCUGUGUCUGAGGAGCGUGGCAAAGUCCAAGAUUGUUUCUACCUCUUUGAGAUGGAUAGCAGCCUGGCCUGUUCACCAGAGAUCUCCCACCUCAGUGUGGGUUCCAUCUUACUUGUCACGUUUGCAUCACUGGUUGCUGUUUAUGUUGUUGGGGGGUUCCUAUACCAGCGACUGGUAGUGGGAGCCAAAGGAAUGGAGCAGUUUCCCCACUUAGCCUUCUGGCAGGAUCUUGGCAACCUGGUAGCAGAUGGCUGUGACUUUGUCUGCCGUUCUAAACCUCGAAAUGUGCCUGCAGCAUAUCGUGGUGUGGGGGAUGACCAGCUGGGGGAGGAGUCAGAAGAAAGGGAUGACCAUUUAUUACCAAUGUAGAUUGCACUUUAUAUGUCCAGCCUCUUCCUCAGUCCCCCAAACCAAAGCUACACAGCCAGAUUUCUCAAGCAGUCUCAACUCCAGUCCCUCAUCUCACCCUUACUAUUGCUCUUGCUUUCCAGUUUGCUUUUGAUUUGCAUCUUCUCACUAGUAAAACUGCCUUCCCUUUGUUCCUUAUUUUCUGUUUUUUCUCUAGAGAGGUACAGUUGUAAGUCAGAGUUAAUAUAAUAGGGCCUGUGAAAACAGAGGCUUUUGCAUUGUCUCUUGACAUCAGAAGUUACAAUAGGCAUAUGGGCAAAAUGGUGUAGCAGGCUCACUGGCCGUUUGUUUUUUAAACACAUUUUCACAAGUUUUUGAGACACUGGAUUUCUUUAAUUAAAAAAAAAAUGCCAAGAAACAUUAUUUAUACAGGGUUGAUUGCUUUCAUGUUGUUAUUCUGUACCCUAUAGUAGCCUCCAUGAGAAUCUGGUAUUUCUUGCUGCUUGGAACUACUUUGCAGUGAUUACUUGGUUGCAGUCCAAGUACUCUCGUUUAGUCUGAGCCUGGAGAUGUUCUAGACUUGCUUCUCCCACCUCUGAGAUUAGGACAGGAAAAAUGUGAAAUUUCCCAAUUACAGGAUUAUACGGUACCAUCACAUCAUUUGUGGAAAUUGGGGUGACUGUAUAGCUGGGAUUGGGCUAAGGACUGUGGUCUUAUCUGUCCACAUACAGCCAAAAUGCCUAUCCAGAAAUCCAGUUCGUUGGAAAGGAAAAUUGGUACUCCUGUGCCACAGGGGUUCCAGAAAAGGGAAGUCACUUUACCUUGCGGUGGUGGGAUCCUGAUGUCUUUCAUCCAUUUGUAGUAAAAGCUGGUAAAGCUUUUCUUACUCCUGGUUCCCUACCAGUAUUUCUAAACAUGUCGCACUUUCUCCACAGGCAUGUGGUUUUGACCUUUUUUUCAAUCUUCUAGAAAGGGAACGGAAGCAGAAGUGGGACAUCGAGGGCUCUGCUGUCCUCUGCGCUGGGUGUGGAAUGCUGCUGCACCUGUCCCUUCUGCUGGCUCAGGGAAGUGUCUUCUUGCCCACAUUUCUGUGGGGAAAGGUUUUUAAUCCUCUGAUGCUUCCAUCUUCCUGUUUAGGCCAUGUGCCCAGAAACCUGGACUGAUCUUUCUUUAAUAGUGAACCCCUGGGCCACUGAAGAGUAACAUGGCUCCACUGGACACAAAAGAGGGAUGGAAUCAACAGGCAGGGGGCCUUUUAUAAGCCUUAGGAAAAGAAAAUGAAACUAUUUCAUCUUUGGACUUUUCAAUACUAUUGGAGUGAUUUUUUUCUUUCUAAACAGGGAAAAUAAUGUUACAAAAGCAUCUUUUUUGUUAUUUGUUUGCAUCCCUCCCCCACACCCUGGUGUUUUAAAAUGAAGAAAAAAAACCAUCACCUUUUGUACAAAAACUCUUAAUGAUUAAAAAACAAACAAAACAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-728.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -775.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 721.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((....(((.(((((((((((...(((.((((.(((...(((....)))...))))))).))).....))))))))..))).))).))))((((((((...........))))))))....(((....)))...((((((((((...(((((..(((((((..(((((((((((..(((....)))..))))))))....((((((((((..((((.........(((((......)))))............((((((((........)))))))).((...((((((...................))))))....)).))))..))))))))))............)))..))))))))))))...)))))))))).........(((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((((((((.((............(((((....)))))............)).))))((((.((.(((...(((...(((((((((...((((..(((.(((((((((((((..((.(((.((...(((((..(((((......)))))....)))))...))..)))...))......))))))))))))).)))..))))((((((((((((((...))))).))))))))).(((....((((....))))...))).(((....))).((((((.(((....(((((((.((((((...(((...))).))))))........(((..(((((.....))))))))((((.((((((.......(((((((((((.((..((....((((.((.(.((((((.......)))))).))))))).....))..)).))))))))))))))))).))))..))))).)))))))))))...)))))))))..)))))))).)))).......))))))))))).)))).)))))))..)))))))))))))))))).(((((((((((((..((.(((((((((..(((((((((((((((((.((((...((((((..((..((((((((((....((((....((((((((....)))).((((((((...((((....)))).)))))))).....((((.((((((..(((((((((..(.((((....))))...((((((..((((............))))..)))))).(((..((.(((........))).))..))).)..))))))))).((((((((.(((.((......)).))))))))))).))))))...))))....(((((........)))))(((((..((.....))..)))))((.(((((((.......))))))).)).............))))....))))))).)))))))..))...))))))))))..)))))))))))............((((((..(((..((((((((((((.(((((.....))))).......))).))))))))))))..)))))).)))))).(((((.(......).)))))....(((((....(((.(((((((......)))..)))).)))....)))))((((((((...))))))))......))))))))).)).))))).......))))))))....((((.....)))).....((((.(((((((.....))))))).))))..(((((.....)))))................((.(((((((((((((.(((((((((...(((((((...........)))))))))))...(((((((..(((((...((((((......))))))......((((((((.......))))))))))))))))))))(((...((((((...)))))))))))))).))))))))))))))).......((((((.((.(((((((((.(((((((((((((((..((((....))))........((((((...((((..((...))..))))))))))..)))))))....)))))).....)).))))))))).)).)))..))))))))).......)))))))))(((((...(((((...))))))))))......((((((...))))))(((((((((((((((.......((((.....((((.(((((((((.......)))).)))))..))))...))))..((((....))))........))))))))))....))))).............)))))...........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{((((((,.,,{{{{(({((((((((,..(((,(((({(,(...(({....}))...})))))).))).,},,)))))))),||||||},|||||((((((((..{{,,..,,.}||||||}.{(((((,...||}...{|||{{||||{,|,..,}},}))).)))})))((((((((..(({....}))..))))))))..,,|,.,{{{({({..({({.{,,,{,{(,{(({{{,{{|||||,{{,.,{{{{,,((((((((........)))))))|{(((,,(({{((,,,,{{.{{{,{,......,||||,..}})),,}))}}))))))))))}},..............}}}}||((((.((((,(({{{.{{|...,},,,))))),|||}|,}}}}(((((((((((,..{((((((((((((((((((((((((((((,((({{,..{{{{.,....{((((,,,,|}|||,,....,{{{{..{((..{(,,({(({((({,,(((..,(((({({,{,,,,{((..{(||,(((({{{{|{{{{{{..||,.,,}}}|{|{,..(((((......)))))....)))))}}}))))))))}}.)}.}}).))))),))))},}.)))}}))))((((((((((((((...)))))},))))))))...((,.{((({....||||,{,|,..(((....))),((({{,{(((,...{((({(({({{{{|,,,{{|,..))},))))})}}..{{{.(((.,(((((.....)))))))),|||,|||||||......,{((((((({({(,..((,,,.,((,.{(,{,{{{{{,...,,{{||||)},},.,}}),.,},))..,)}))))))))}}))))))).,,,,..)}}}}.}))))}|||},,,..,},)))))...))))),))),,,......,))))))))))).)))).)))))))..)))))))))))))))))).{{{{{{{{{{{{{,.((.(((((((((,.(((((({((((((((((.((((...((((((..((..(((((((((({....,,,.,,{((({((,({...,)),}|||||{{{...((((....)))),}}}}}}}|,{,,.{(((.,,((((,.{{{(({{{{.,|.{|||,,..})))|||{({{({.,{{{{....,.......}}}}.,))))},.((({{((.(({........}},,))}.))}.}..}}}}}}}},.((((((({,(((.((......)).))))))))))),))))),,},}}||{,,.{{{{,.,,,,,.,}}}||{{{((,,((..,,.},..||}|}{{.(((((((.......))))))).)).,||.||}}}})))).,))))},,}))).)))))))..))...))))))))))..))))))))))}............((((((,.(((..{(((((((((((.(((((.....))))}.......))),})))))))}))).,)))))).)))))),(((((.(......).)))))....{{{{{....(((.((((({{......})}.,)))).)))....}|||}((((((((...)))))))).,,,..))))))))).}}.}}}}|,,,,,|||||}||||.,,,(({{....,)))),....((((.(((((((.....))))))).))))..|||||}}}},)))))..........,,.}}}}}}(((((((((((((.((((({.{{,,.((((((({..........))))))))..}},,(((((((..(((((,..((((((......))))))......((((((((.......)))))))))))))))))))),{{..,(((({{...}))))))})))))).)))))))))))))))}}},..,}.||||.||,{((((((((,{(((((((((((((({,((((....))))........,(((({..,((((..((...))..)))))))))),.)))))))....))))))}....,},})))))))}.}}.}))},}}))}}}}|.......))))},|{{(((((({{{((({.,,|||||}.,||,,,,,,}))},.....,|||||}|{}},}}}))})))),,..((((({{{{{(,{{.(((((((,,...,}}}))),.}))))}},,,))))).))})}),,,,||||||{{,.....,.,,,...,,..,}},}},,,|||||......}}}},....,......................
Back