Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414426.1
Sequence Length
1347 nt
GC Content
0.4306
GGUUUCGGAGGGCUGGAGAGCAGCUCAGCUCGCUAGCUGCGCGCUUCCCGGCACAGGCAGUGCCACUGCGCAGGUUGAUCAGCGAAACAGCAUCCAUUUUAAUCUGCGGGGAGCCCCUGCCUUACCAGGGCGUUCUCUCCGCCCGCCGGUGGAUGCUCCGCGCCUGCCCUCCGCAGCCUCGCUCAGCAGUCCUGCGUUGGGGUCUGCGCCCUAGGAUGCACUGAGAUGGUACAUCAGGAUAACUGCUCGUAUCAGGCACAGAAAAAUGAGAGAGAGUCUAUCAGACAGAAGUUGGCACUUGGAAGCUUCUUUGAUGAUGGCCCAGGAAUUUAUACCAGCUGUAGCAAAAGUGGGAAGCCAAGCCUUUCCUCCCGACUGCAGAGUGGGAUGAACUUGCAGAUAUGCUUUGUCAACGACAGUGGCAGUGAUAAGGACAGUGAUGCUGAUGACAGUAAGACUGAAACCAGCUUGGACACCCCCUUGUCUCCCAUGCUGCCACACAUGCCUCAUAUAAGUGAAUGCUUGAUGAAAAGAAGUUUAAAACCCACCGACCUGAGAGACAUGACUAUUGGGCAGCUACAAGUGAUAGUCAAUGAUCUCCAUUCCCAGAUAGAAAGCUUGAAUGAAGAGUUGGUCCAGCUGCUUCUCAUCCGAGAUGAGCUGCACACAGAGCAGGAUGCCAUGCUGGUGGACAUUGAAGACUUGACCAGACAUGCUGAAAGUCAGCAGAAGCACAUGGCAGAGAAAAUGCCUGCAAAGUGAAAAGAAGCCAUUCAACCAGAGAACAAGCUAGAAUUUAUUUUGCUUCUGUGGUUGUAAAAAUGCUGUUGCUAAAGGUGGCGCAGAAACAAAUAUCAGUGUUAGUCAUUGAUAAUGUCUGAAGCUUAAUGUCCAGUGAUUGGCCUUUGCUUCUUAAUUUAUUUUAAUUUUUUACUUGUGCCACUUAAUAUCAGGCAUUUUAAUAAAAUAUUGUUACAAAAAAUGUACAGUACUGACACCACCACAAAUCAUGGUUAAUAAAAGAGAGUAGUUUUAACUUUAUUUUUAUUUGUUUAGAGAUUUUAAGUUGGAACAGUAUUUUCCCAUUGACUACUUUUCAUUCUUCACUGUAGUUUUAAAGAAGAACUGUAAAUGACGGUGCUAUACAAGUCAAAAAAUACAUGCCUGCCUCGUAGUGAAGUUGUAGCUCUCCGUAAUAUGUAUAUUUUACUCAGUUUUCAACAUUUUGUGAAUGUUGACUACCUGAAGUUCCUUUUUAGAUGUGCUAUUAACAUUCUGUUGGAUUCAGAGGGUUCCUUGAAAGUUUUAUGUAUAAAUAUGUAAAAUAAAAAUUAAAACUUUGUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-398.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -424.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 331.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((((((((.((((.((.(((((....))))).)))))).)))))....(((((...)))))((((((......(((....((((((((((.......((((((((((((((......))))).)..)))))))).....)))))))))).))))))))))))))).))))...(((((..(((((.....(((((....))))))))))...))))).((((((..(((.....)))...))))))............(((((.(((((((((((...(((((((..(....)..)))))))....)))))).(.((((((((.......((((((.......((((((......))))))......)))))).(((((.((((((((((....)))..((((...))))(((((((((((((((.((((..(((((....)))))..))))...(((...)))......)))))))......)))))))).......((((.(((((....)))))))))....)))))))...)))))......(((((((((.(((((.(((((((((((.(((((((((((((.(((.(((((..((........)).))))).)))..((((.(((((.(.((((....)))).)))))).)).))(((((((..((((..(.(.((((((((((.(.(((...((((((((((((...)))))....(((...((((.......)))))))..((((.........))))((((((.((((((((.((.....)).)))).)))).))))))........((((.((((....)))))))).......((((((((.....))))))))))))))))))))))))))))).))..)))).)))))))..............(((((......(((((...........)))))......)))))(((((.(((.....)))))))).........((((.......))))........(((((((((((((((((.(((((((......)))))))...))))))))))..))))))).)))))))))...........))))))))).........((.(((((.....))))).))......................)))))).))))).)...)))..))))).((((..........))))...((..(((((((((...)))))))))..))(((((..(((....(((((((.......))).))))..)))))))).)))))))).)...((((((((((....))))))))))..........))))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((((((((((.((((.((.(((((....))))).)))))).)))))....(((((...)))))((((((......(((....((((((((((.......((((((((((((((......))))).),.)))))))).....)))))))))).))))))))))))))).))))...(((((,,((((({,,,,(((({....))))))}))),,,}})}},(((((({{((({,...|||{|.}|||||,,,,........{{{{,,{{{(((({(({,,,{((((((,,(,,.,|,.}|||||}....}))}))}}||{{,,{{{,..||,.((((((.....{.((((((......)))))).,....)))))).{|||{.{{{{{{{(((....)))..||||...,}),(((((((((((((((.{{((..{((((....|||}}..))))...,||,,.,}}.,....)))))))......))))))))......,{(({.{{{{|,...))))))))}....})))))}...}}}}}....,,(((((((((.(((((.(((((((((({{(((({((({{{{{.{((.{{{{{..||,,.....,}}.|||||,|||{,{(((.(((((.(.((((....)))).)))))).}}.,,(((((((..((((..(.(.(((((((({{{(.(((...((((((((((((...)))))....,(({..{(((,......}})))))...||}.........,,|{((((((.((({,,(({.({,......))))})))).))))))......,,(((,{((({....)))))))).......((((((((.....))))))))})))))))))))))))))))).))..)))).))))))).,,,{......,,}},,{{,,....(((((...........)))))......}}},((((({,(((.....))))))))).......,({{{.......))))........(((((((((((((((((.(((((((......)))))))...))))))))))..))))))).})))))))),,,,}}}},|.}}}}}}|||{{{{.....}}}||||{...{{{||||{,...,}..}}},......,,..,.}))))).))))).).,,))),,))))),||{,.,.||,....,)}){{{({..(((((((((...)))))))))..},|}}||},|||}...,,|||}}))}},,.}},,,}))}})||,}|||{|},||,,,,....((((((((((....)))))))))).......,,.})))),,})).
Back