Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414503.1
Sequence Length
2759 nt
GC Content
0.4357
CCCCCCUACCUCUAGGAGUUUAGGGCCGGGCCAUCCCAACGGGCUGCCCCUCCCAAAACUCACUGUUUGGACAGGUGUUGGGCGUCGCUAGGCGCCGACGAAGAACUUCUUUCCAGUCCAUGGCCGACUUCCGCGCAGCAGCUUCUGCAUUUGCUGUUUCCUACCUGCUCCACCCCUACCAGCUCAGGCGUCAGCACCGCCAGGCCCCGUAAAGGUUCAUGAACUGGAAUGUAAGAGGCACCAGAGGAUUCCUGCUCUGUCCCCUGGUUUGCGGCUUGCGACGUUGGACAUCCCCGGAUUGUUGUUUAAUAGAGAAAACUCACCUGCCUUCUUGCUUUUAAGUAGCCCCAAAAGCAGAACCUUGAUUUGUCUGUAAGGAAGAAACACAAACCUUUUAAAAAGUUCCACUUCGACUCUGCACCGCCGACCCCCAAUCUCUUUAAUUUUGCCAUAGAAGAGGGGUUUUUUCAACAUCUCUCUCACUAUCUGGUGCUGAUCUCACUGCAUAAUGACUUUCUAUUUGUUUGGUAUUCGAAGCUUUCCGAAGCUUUGGAAGAGCCCAUACCUUGGGCUAGGCCCAGGGCACUCUUAUGUCUCGCUGUUUCUGGCAGACCGCUGUGGCAUCAGGAACCAGCAGAGGUUGUUUUCUCUUAAAACAAUGUCUCCACAGAAUACCAAAGCAACGAAUCUGAUUGCCAAGGCCAGAUAUCUCAGGAAAGAUGAGGGCAGUAAUAAGCAAGUUUAUUCUGUUCCUCAUUUUUUUUUAGCUGGAGCAGCUAAGGAGAGAUCACAGAUGAAUUCUCAAACUGAAGAUCAUGCCUUGGCACCUGUGAGGAACACUAUUCAACUCCCAACACAACCUUUGAAUUCAGAGGAGUGGGAUAAACUUAAGGAAGAUUUAAAAGAAAACACCGGAAAGACCAGUUUCGAAAGUUGGAUCAUUUCACAGAUGGCUGGCUGUCAUAGCUCUAUAGAUGUGGCUAAAUCUCUGCUGGCAUGGGUAGCAGCCAAAAAUAAUGGUAUUGUAAGUUACGAUUUACUGGUCAAGUAUUUGUAUCUCUGUGUCUUUCAUAUGCAGACAUCUGAAGUUAUUGAUGUCUUUGAAAUUAUGAAAGCCAGAUAUAAGACUUUAGAACCUAGAGGUUACAGUCUUCUCAUCCGGGGAUUGAUCCAUUCAGACAGAUGGAGAGAAGCAUUGUUGCUGUUAGAGGACAUCAAAAAAGUUAUAACUCCUUCAAAAAAGAACUAUAAUGACUGUAUCCAGGGAGCUCUCCUUCAUCAAGAUGUAAACACAGCUUGGAAUUUAUAUCAGGAAUUGCUAGGUCAUGAUAUUGUUCCUAUGUUGGAAACUUUAAAAGCUUUCUUUGAUUUUGGAAAAGACAUAAAGGAUGAUAACUAUUCAAAUAAACUACUAGAUAUUCUUUCAUAUCUAAGAAAUAAUCAGCUGUAUCCAGGGGAGUCAUUUGCACACAGUAUAAAAACAUGGUUUGAGAGUGUUCCUGGAAAACAAUGGAAAGGACAAUUCACCACAGUCCGAAAAAGUGGCCAGUGUUCGGGCUGUGGAAAAACCAUAGAGUCUAUUCAGCUGAGUCCAGAAGAAUAUGAAUGUCUUAAGGGAAAAAUCAUGAGGGAUGUGAUAGAUGGAGGUGACCAGUACAGAAAGACAACACCUCAGGAACUUAAGAGAUUUGAGAACUUCAUAAAAUCUCGUCCUCCUUUUGAUGUUGUCAUUGAUGGUCUCAAUGUUGCCAAAAUGUUUCCUAAAGUUCGUGAAUCUCAACUUCUCUUGAAUGUCGUCUCUCAACUAGCCAAACGGAAUCUGCGACUGCUGGUCCUAGGCCGGAAGCACAUGCUAAGACGGAGUUCCCAGUGGAGUCGGGAUGAGAUGGAAGAGGUGCAAAAGCAAGCCAGCUGUUUUUUUGCUGAUGACAUCUCGGAGGAUGAUCCAUUCCUUCUGUAUGCCACACUGCACUCCGGGAAUCACUGCAGGUUUAUCACAAGAGACCUGAUGCGGGACCACAAGGCCUGUCUGCCUGAUGCCAAGACCCAACGCCUGUUUUUUAAGUGGCAGCAGGGACAUCAGCUGGCAAUUGUAAAUAGGUUUCCAGGAUCAAAACUAACCUUUCAGCGUAUUCUCAGCUAUGACACAGUGGUGCAAACAACUGGAGACUCGUGGCACAUACCAUAUGAUGAAGACUUGGUAGAAAGAUGUUCCUGUGAAGUACCAACCAAAUGGCUUUGCCUCCACCAAAAGACAUAGAGAUUCUUACCUCUAUGCUAAGUUUGUGUUUGGGUACCCUCUAGGUUGGCAUCAGAGGCUCUUGAGCUGGUGUUUGUUUAGGGCAUUGCCUCUGUCCUGAAGAUAAAAGGAUUCUAUUAACAGCAUUGACAUUGAUUUUUUAAUGAAAUGAGAUAUAUCUUUUCAUAACCAGCUGCGUUUUUUUCCCCUAACAUUUGUUUUUGGAGGCUUAUCAAGAGUUGGAGAACUUAGUGUAGAGCAAAACCUGCAUUUCUCCUACUGGGCCAGCUAUUCCACUUAGCUUGGGUGACUAAUAGUGCUUUUGGUAUCCAUUUUUUGCUACUUCUGACCUUGCCUUCCAGGCCUACCAAUAGCAGAAUCAAUCCAUCUGUCCCUGAGAUACUCAUGUUGUUUCAAAUGCCUCCUCCCAUUUCUGGCAUAGUCUCAUUCUCUGUAUGUUAUGCCCUAUCCACAUGGAAUCAUUUAUCGUCCUCUGUAAUAAACUGGCCAAGAUACUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-789.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -841.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 853.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((((((((((.(((..((((..(((....)))..))))..))).))))))((.((((((...((((((.((((((((.((.(((..........((((((((((((.((((((........))((((((((....))...))))))..............(((..(((..(((..((((.......)))).)))...)))..))).)))).))))))....)))))).(((((.((((.........)))).)))))..))).)).)))))))).)))))).)))))).)).........(((....)))..((((......(((.......))).......))))...(((.(((((((((...(((............((((((((...((((...........((((((..((((((.....(((((.((......)).))))))))))).......................))))))..((((((((....(((.(..(((...((((((((((((((((((((....)))))))((...((((((.....))))))...))..(((((......))))).((((((((((((((....)))).....)))))).))))(((.((((((((.....)))))))).))).....))))))).)))))).)))..).)))((((((((..(((...(((((((((((((((((((.(((((......)))))))).))))))))))))((((((((...))))))))(((((.(((....))).)))))...))))..)))..))))))))...((((.(((............)))...)))).((((((....))))))))))))))........))))..)))))))).............(((((((.(((.((.(((.((((((.......((((((.((.((((.(((....((((........)))).....)))))))..)))))))).....)))))...).))).)).)))...)))))))((((.((((((..((((.(.((((((((...(((((((..........))))))).......)))))))))))))))))))))))...((((....)))).((((((((......)))))))).)))...))))))))).)))...((((....)))).)))))))..........((((((......(((......))).....))))))(((((.(((((....)))))...((((.(((....))).)))).........((((..(((((.(((..((((((.((((((.((((.(((............(((((........))))).((((((.(((((((..(((((.............(((((((......))))))).(((((((.((...((((((((((.............((((.........((((.((((...(((((((((((..(((.((..((((((.((((((((((((((((.............))))))))))))...............(((((..(((....)))..)))))))))))))))..........(((.((((...((((.(((((((((.((((((((((((.((((.(((..((((((......((((((((.((((((..........((((........))))....((((((.....))))))..................)))))).))))))))......)))))).))).)))).........((....))..))))....))))))))))..(((((((((((..((((((..(((((((((((((.(((.((.((((((.((((((((((((..((((((...........))))))..)).))))))(((......))).)))).))).))).))..))).))))..)))))).....(((((((........)))))))..(((((.((....))))))).(.((((.(((((......(((....))).......))))).)))).)....(((((((........((((((((((((((.(((((((((..(((((.(((((.....(((((((..((((.((....)).)))).....))))))).......))))).)))))..)))))((((((((((.(((.(((....((((((....((...(((((..((((((((.(((((((........)))))))))...)))).))..))))).))....))))))..))).)))......(((((((...(.(((((((((.......))))))))).)..(((((((..((((.....((((..((((((....)))))).)))).)))).)))))))....))))))))))))))))).........)))).))))))))))))))....(((.((((((....((((((........)))))))))))).)))..)))))))..))).))))))((((....))))..))))))))))).))))))).))))..))))))))))))..))))))).........))))...)))).))))))))))))).)))))...)))))))))....(((.............)))))))).)))))))...))))))........))))))))))).))..)))))))))..)))))...))))....)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........,.,(((((((((.(((..((((..{((,...)))..))))..))).)))))).|}|{{{((.{{((((((.((((((({.{(,{((,{{{,,,,..{{{{{(((((((.(((((({,......||((((((((....))...|||||}.........,,...,,,..({{.,({{,,(({(...,,,.}}}}.))}...}},..))},)))).))))))}.,.|||}||.{{(((,({({.....,,,,)))).))})),.))}.)).)))}}}}},|}}}}|,||||||,||,,,,,..,.(((,,..}|}..,,,,.{({,,((((({..,.......})))))))}},{{{.{{{{{{{{{,,,{({,,,........,|{{,......,||{{,,||{{{.,{{({,,,.,,({{{{{...{{((({{.,.....,.||||}||||||||,......,.|}}}}}},..||,,.|||||,.,|((({((,{{,,{{{{.,,(((,{{(((((((({{(((((((((({{{{,,|||||{{..,(({{{{..,,,|||||}..,}))))))},,......}|||,((((((((((({{(.,,.}}}},,..,)))))),}))){((.((((((((.....}))))))).})}.,.,,|}}}}}}},,,}},.}},,.},..(((((((((..((,.{{(((((((((((((((((((.(((((,....,))))))))}})))))))))))((((((((...))))))))(((((.(((....))).)))))...)))).})))..)))))))))..{||{,||{............|||{,.|,,..((((((....)))))),)))))),....,,,,)},})}))}},.}},,..,,.)))},.,..|})},)))}},,,{({((((,({{.{.{{(((,,((((((,,,{,(({{{.((({,,......))}}{{{{{|,|..,).))))))|||.......}}}|,.,{{{|,,},}})},}}},{{{{{(((.{((((({,{{{(.(.((((((((..{(((((((..........))))))}.,}....))))))))))))))))))})))}..},}}}}})))}).}})))),,},)))),)}))),})})))},|))))))))))))),).{{||,,,.)))},}||||||{{{{{{{{{{((((.,...,,,{{({.....{{{{.{{.{((((((({((({((((....))))}...,,,({((({,,.,||.,,}}|..}}}}}}}}.)))..}}}..)))))).}}},.)))),..}},,))}...,},,..}}}}}|,}}}}}}...||..,.{{{({{.(((((((..{{{,..............(((((((......))))))).|,.....{({{{{(,.((((((({,..{{{{{,{{.,{,{{......,,,|||,.||,}}}|||||||}}}....,,{{{{.,{{,,..||,.((((((((((((...........,.)))))))))))).............}}|||||,}|||}...,,|{{}||||{||.|{|||{,,(({{....{{{.{{{{,|||||{|{(((((({(.((((((({{{({.{(((,(((..((((((......((((((({.(({{{{....,}||,,|,,,..,.,...)}))},}}|{{||,|||,,,}}}}},,}},,.,,,},,,....}))))).)))))))}......}))))).})).)))).,,......({....}}..,}}},...})))))))}}..(((((((((((..((((((..(({((((((((((.(((.((.((((((,({{({{(((({(,,(((({{.....,,,,,,)}))))..)}.))))))(((,,,...}}}.,))),))}.})).))..))).))))..)))))}.....(((((((........)))))))..(((((.((....))))))).{.((((.(((((......(((....))}.......))))).)))).}....(((((((..,,,...((((((((((((((.((({,{{{{..(((((.(((((.....(((((((,.((((.((....)).)))).....))))))).......))))).)))))..,}||}{(((((((((.(((.(((.,..((((((....((...(((((..((((((((.(((((((........)))))))))...)))).))..))))).))....)))))),.))).))).....,(((((((...{.(((((((((.......))))))))).}..{{{{|{,..,.,......{{{{..((((((....)))))).}|||{||...,}},)))}}}.))))))))))))))))}.,.......}))).))))))))))))))....(((.((((({...,((((((........)))))))))))).)))..))))))),.))).)))))){(((,...}}}|..}}}})}))))).))))}}|,||||{{,,,.||,..,,{{{|,,,)))}.....,.}))))}},,}},,})}))))))))))})))),}}})))),))))..{{({{.............|||||||}.}}}}}}}...}))))),},})...{{{....)))......,,,,)))))})),......}}),)}}}},.......
Back