Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001415939.1
Sequence Length
4747 nt
GC Content
0.4114
AGUGUCUUUCCACCUCCUCCUGCAGCAGCGGCAGCGGCAGCAGCAGUUAGCAGCGGCAACUUGAGGCUGCACCCCGGGCAAGUCCCCAGGGUGGUGCUCAGCCGAGAGGGGGGCUUGGCGCCCCGAAGGGGUGUGUGUAGGGUGGGGGCGACCACGUGGGACCAGCUGGUGGCCCUGGAAAACCUCCCACACACCCACACCCACACACCCCUUUUGUGUUGCAGGCUGCCCCUCCAAGAGCGGAGGCAGCGAGAGUACGCGUGUGCCUCGCGCCGGUCCACGCGGGGAGAGCACUGGGGACCGAGACCCGGCACCACCUCCCGGUCCGCCCUCCAGGGAAAACGGGAAAACUAGCAAGAGCUAGCAAGAACUAGCAAGAGCUUGAACAAACGCCUGGACUCAGAUUGGAAGACUGCUCAUUUGUCUACUGCCUCAUUCCUGGAAAUUGCACUGGAACUGUCUGAUUAAGAAAAACAGAAUAAUUCUGAAAGAAAGAAAACAAAGAAAAACAUACUCCAGAAUUCCUAAUAGAACAAUACAGAAACUGAGGUACACAGAGCCAUUUACCCCAGGUCAACUUCACCUGAACCUAAAAUGGUGAGCGAGAGUCACCAUGAGGCCCUGGCAGCCCCGCCUGUCACCACUGUCGCGACUGUUCUGCCAAGCAACGCCACAGAGCCAGCCAGUCCUGGAGAAGGAAAGGAAGAUGCAUUUUCUAAGCUGAAGGAGAAGUUUAUGAAUGAGUUGCAUAAAAUUCCAUUGCCACCGUGGGCCUUAAUUGCAAUAGCCAUAGUCGCAGUCCUUUUAGUCCUGACCUGCUGCUUUUGUAUCUGUAAGAAAUGUUUGUUCAAAAAGAAAAACAAGAAGAAGGGAAAGGAAAAAGGAGGGAAGAAUGCCAUUAACAUGAAAGAUGUAAAAGACUUAGGGAAGACGAUGAAAGAUCAGGCCCUCAAGGAUGAUGAUGCUGAAACUGGAUUGACAGAUGGAGAAGAAAAAGAAGAACCCAAAGAAGAGGAGAAACUGGGAAAACUUCAGUAUUCACUGGAUUAUGAUUUCCAAAAUAACCAGCUGCUGGUAGGGAUCAUUCAGGCUGCCGAACUGCCCGCCUUGGACAUGGGGGGCACAUCUGAUCCUUACGUGAAAGUGUUUCUGCUACCUGAUAAGAAGAAGAAAUUUGAGACAAAAGUCCACCGAAAAACCCUUAAUCCUGUCUUCAAUGAGCAAUUUACUUUCAAGGUACCAUACUCGGAAUUGGGUGGCAAAACCCUAGUGAUGGCUGUAUAUGAUUUUGAUCGUUUCUCUAAGCAUGACAUCAUUGGAGAAUUUAAAGUCCCUAUGAACACAGUGGAUUUUGGCCAUGUAACUGAGGAAUGGCGUGACCUGCAAAGUGCUGAGAAGGAAGAGCAAGAGAAAUUGGGUGAUAUCUGCUUCUCCCUUCGCUACGUACCUACUGCUGGUAAGCUGACUGUUGUCAUUCUGGAGGCAAAGAACCUGAAGAAGAUGGAUGUGGGUGGCUUAUCCGAUCCUUAUGUGAAGAUUCAUCUGAUGCAGAAUGGUAAGAGGCUGAAGAAGAAAAAGACAACAAUUAAAAAGAACACACUUAACCCCUACUACAAUGAGUCAUUCAGCUUUGAAGUACCUUUUGAACAAAUCCAGAAAGUGCAGGUGGUGGUAACUGUUUUGGACUAUGACAAGAUUGGCAAGAACGAUGCCAUCGGCAAAGUCUUUGUGGGCUACAACAGCACCGGCGCGGAGCUGCGACACUGGUCAGACAUGCUGGCCAACCCCAGGCGACCUAUUGCCCAGUGGCACACCCUGCAGGUAGAGGAGGAAGUUGAUGCCAUGCUGGCCGUCAAGAAGUAAAGGAAAGAAGAAGCCUUUCUGCAUUUGCCCAUAUAGUGCUCUUUAGCCAGUAUCUGUAAAUACCUCAGUAAUAUGGGUCCUUUCAUUUUUCCAGCCAUGCAUUCCUAACACAAUUCAGUGGUACUUGGAAUCCUGUUUUAAUUUGCACAAAUUUAAAUGUAGAGAGCCCCUAAGUCCUUCAUCAUACCACUGCCCUCCAAAUCUACUCUUCUUUUAAGCAAUAUGAUGUGUAGAUAGAGCAUGAAUGAAAUUAUUUAUUGUAUCACACUGUUGUAUAUACCAGUAUGCUAAAGAUUUAUUUCUAGUUUGUGUAUUUGUAUGUUGUAAGCGUUUCCUAAUCUGUGUAUAUCUAGAUGUUUUUAAUAAGAUGUUCUAUUUUAAACUAUGUAAAUUGACUGAGAUAUAGGAGAGCUGAUAAUAUAUUAUACGGUAAAUAUAGUAUCGUCUGCAUUCCAGCAAAAAUAUCAACUCGUAAGGCACUAGUACAGUUAAACUGACAUCUUAAAGGACAACUUAAACCUGAGCUUUCUAUUGAAUCAUUUGAGUACCAAGAUAAACUUACACCACAUACUUGGUGGGUGAAUCCAAUUUUGUAGAAUUCCUACACAGGCAAAAUAGCAUGAUCUGAGCAGCAGCAUCCAGGCUGACCUCAAGGAAGCAUAGCCACAAAACAGAAUAGCACCUGUCUGUACAUAUUUACAAAGCUAAAAUAAUGGCUUCACUCUUAUAUUUGAGGAAGCAACUGAACAGGAGUCAAUGAUUUCAUAUUACUGCAUAUAGAAUAACAACAAGGUGUUCCGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGCACAUUUGUUUGGGGAUGGGGGAGAAGAAGCUAAGGGGAGAAGUCAACAUUUAUGAAAUAUUGCCUGACUAUUUAAAAAGAAAAAAGUAGCUCUCCAUUAUCACCUUUAUACAAAAUGUACAUCCUGUGAAUUCUGUUCCAGAUUUCACACCUACAAUAAUUCCAAAAGGUUUGCACAUUAGAGUUUGUAACAAAAUAUUUUAUUAUAUAAAACCAGGUUAGAAGGAAUGCAGGAUAUUUUUAACACAACAAUCUGUGCUUAUUACACAAAAUUACUUUGUGGUAAACAGACAGUAUUGUAAUCCCAUCAAAAGAUGAAAGAAAAACAAAAACAAAAACCAACAACAAUUAGCCAUAGUUCUGAAUGCACUUCAAUUAAGCCAAAACAGACAGCUAGUGAUCUUUUUAUAUGCUCUUUUUACUUAAGUUUUAAUUUGUCCUUUAAAAAAAGGUGAAACAAACCAAGAACAAGUUCUAGAAAACUGAAGCAACCUCUUAUGUAUACUAGAUGCUUGAUUUAGGAGGAGUUUUUAAACGUUUUCAAUGUUAUUAUGUAGUAAAUGACACUAUUAUGAAGCUACUAGUCAUUCCAUAAGAGUCUUAAAGGACUGCUCUGUGUAACACUGUGACUGCCGUGUGUGCUUAGACCCGUAGUUUCCUCAGUGGAUAGCACUCAAUUUAUUCCGUAGUGAUAUUGUAACAAUACUGCCAUUCCCUUCUACUGCACUGCCCAAGGUGUGUGUAGCACAAACAGUUCUCAUUACAAAGGACCAAUUCAGAACUGAAAAGCUAUGCAUAGGACAAGGAAGAUACAUAGAAUGGGGUGGAACACAGCAUUUUGUCAAGCACUGUGCAAUAUUCCAUAUUUUUCCCCACUAUGGUAGACAACCAUUUCGUGGAAGGGCAGCCUAUUAUCCCACACUGCAUCUAGCCUUUUGUCCCAUUCACUUCUGUGAUCCAUUUUAAUUUCCAGGCCACAAGACAGUAGUGAUGCUCUGAAAUGAAAGUUUGUCUUCACAAAUAUCAAAACAAAAUGGAGGAAAACUAAGCAUUGGCCUCAUGUUCAGUCUUCAGGAUAUCACACCACGUCUUUUCAAAAACUAAAGAGAAUUCAAAAAGGGCUGAUGGUAGGCUUUGAACAUGGGGUUGGCUGUUUCCCAGUAAAACUGGAAUUCCUGUCGUUACUGUUUCCUUAUCAAAGAAGGGGCAAGCUCUUUUGCCUUUUAGGCCAGACAUAGCAAACGCUUUAUAAUUGGCAUAGACAUAAAGGAUAAAAGGAAAAUAACCGUCUGCCGAUGGUCCGUACUUCUUAAAAAACAUAGGUAAUAGAAAAUAUACACAAGUCAGAAUGUGAAAUUAAAUAAUGGUUUGAACAGAAAAUUCAAACAAGACUCUUUCCAAUUUAAAGGGCCAAACCCUACCAAAGAGAGGGAGUUGACUGGCUUUUAAAAAGUAUUUAAAUACCACAAAUGACAUUUAAUUUCACUGUAUUCAGCUUUAAGUUGUUCACAAUGAAACCACACUUUCAAACAAGCAGGUUCAAGCUGCUGAAUAGACAUUAUUUCUUGCAUUAAAAUACCACUAAUGCAUUCUCUUGCAACACUGCCAGACAUGGGAUUGUCACCAUAGAAUUAGUUGGUACUAUGCCAUCUUUCACUCUUUCACAAGUCAGUGAUGGAACCUGCUUUAUGACCAAGAUUCAUCCUCAAAUAAGCCACAUGUACCCUUCUGACAAAGCUGUGUAAAGUAUUAGAAUCUGAUGCUCUAGAAAGAUCCUAGUUGCCUUUGUGUAUAUUUACUGCCUGCUUGAGUGUUUCUAUGUGUGGGUUUUCCCUGUAUCUUGUAGAAAUGUUGGGGUGUUUUCCUCUGCCAUAUGGCUCGUGGCCUGCGAGCCAACUAUUUCAGCUGUAUUUUACCUUCAUUUUUGAUGAGGUGAUUUAAAUUUUGUUUCACUUUGUGUAGUGAAUUCCACAGUAGUUUUCUGAUUGUUGUUAAAAAUGACUUAACAUAUUACACAGAUAUUCAAUAAAAAUGUUUUAUUUCCUGUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1268.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1358.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 1454.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((......))).........((((((.(((((.(((((.(((((((.(((((..((...))..))))).((((((((...(((((.(.(((((((((....(((.(((.((((((..((.(.(((((((((((((..((((((((((.((((..((....))..)))).)))))(((.....)))....))))).....))))))))))))).).))..)))))).))))))...)))))..(((.(((((.((((....))))))))))))...)))).))))))..)).))))))...(((.((.(((......(((((.....(((....)))....)))))...(((((....)))))((((..((....))..)))).......))).)).))).........)))))))...)))))..))))).((.((..(((((((((..(((((....(((...(((..((((((((((((((((.............................)))))))...........(((((((...((((((((..(((((.....((((((((((...((((.(((.........(((((((.......)))))))(((((((((((((......))))))...((((.(((..((((......)))).))).))))..((((......))))....((((.((((.(((((..(((((((((........)))))).))).....)))))....)))).)).)).....))))))).(((((.............)))))((((((..((((..(((.((..((((((.(((....(((.......)))....)))...)))))))).)))...)))))))))))))))))...)))....((((.....))))..((((..(((((((((((((.....))).((((.....(((.(((.....(((((.((((((.(((((.(..(((.....(((((...((........)).(((((((((.....)))))).)))..((((........)))).....(((((...))))).(((((.((..((((((((((..(((((.((........)).)))))..)).......(((.((((((((....((((....((((.((..(((...((((.(((....)))...)))).....)))..)).)))).......))))...))))))))..)))((((.(((((..(((.(((((......((((((((((((....(((((....))))).......)))....)))))))))......((((((((((........)).))))))))))))).))))))))..)))).(((....(((((((((((((.(((((((((((((((....(((.((........)).))).(((((...((((.......))))(((((.(((((((.....((((((((.((((((((....((((((((.(((((.(......).))))........).))))))))....)))..........((((((...........................((((((.........(((......))).....((((((((((((..(((((........))))).(((((((.((((.((.(((((((((.(((((....(((.((((.......))))))).......((((((.(((((.....)))..((((..((((((((.....((.(((((((((((((((.......(((((....)))))...(((..(((((..((((((..((....((((((((...((((((......(((((((((((((((.......))))))(((((.........)))))((((((((..((((..(((.((((..((((.((((((((..(((((((........(((((...............(((((((((((((....((.(((..(((((........)))))..))).))...))))))..........)))))))........((((((.(.((.............)).).))))))...))))))))))))..))))...))))...))))..)))).)))..))))))))))))))))))))).((((.(((((..(((((((((.(((.(((((((((((..((..((.((.((((((..((((........))))..)))).)).)).))..))..)))).)))))))))).))))))))).)))))..))))...(((.....)))...))))))....)))))))).(((((......((.((((...))))))(((((...((...(((((((..(((...(((....))))))))))))).)))))))...))))).))...))))))..)))))...)))....(((((.....)))))..)))....))))))).))))).))))))).)))..)))).)).))))))..))))).).))))))))..)).))))..))))))).))))).))))))).........(((((.(((........)))))))).........((((((...))))))....(((.(((((((.(...((((((.((....)).))).)))...).)))))))))).))))))(((((((..(((((..((((((((.(((((....(((((((.((....(((.......)))....)).))).....................))))))))).))))).)))....))))).)))))))..((((((.((((...)))).))))))..................(((((......((((((.(........).)))))).......)))))..((((((((............))))))))...(((((((((.((..(((((((((.....))))).))))..)))))).))))).....((((....))))...............................))))))...)))))...))).))))).....))...))))).))))))))))))))).....)))))))))).))...((((.(((((.((((.........(((.......))).(((.((((((((((...((..(((......)))..))...))))).))))).))))))).)))))...))))(((..(((((((((((((.(((((((((..(((((..((((((((..(((....(((((((((((....))))).)).))))..((((.((....)).)))).......)))..)))))))).......)))))...)).))))))).))))))))))))).))).......(((((((.(((((.((..((.((.....((((((((((.....(((((((...................)))))))....))))))))))......)).))...))))))).)))))))....)))))))))))....)))((((........)))).......((((.(((((.....)))))...))))...)))))))))).))))).....((.....)))))))......))).).)))))))))))))))))))))).))))...(((((((((((((..((......)).(((((.(((((.((...............))))))))))))((((((((((((((((((((((((((((..............(((((.........)))))..............))))....))))..))))))))))))))).))))).(((((...))))).......))))))))))))).(((....)))((((((((((....))))))))))...(((.((((((.((((((((.......((((((((((((((((..(..((((.....((((((....))))))...(((((............)))))..........((((((.(((((((.((((((((((((....(((((((.......)))))))..(((((((((........((((.....))))........)))))))))...(((..((((((.....))))))..)))........))))))))))))(((...(((((...)))))...))).(((((......)))))...((((((((((..(((((((((.(((..........(((((((.........)))))))...(((.(((....))).))).((((........)))).(((..((.(((((...))))).)))))..))))))...)).))))....)))))))))).((((.......)))).......................))))))).....)))))).((((((((...)))))))).........))))..)..)))))))))....))).)))).....)))))))))))))).)))))))))))))..))))..........))))))).....))))).....((((((((.....))))))))..)))))))))))))))((((((.((((...)))))))))).....)))))))))..)))....)))....)))))..))))))))).)).)).((((((.......))))))........(((((((.......)))))))......)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((,,,{{{|,,......,,{(,({{{,((({(,(((((,(((((((.(((((.,(,...|}..))))),((((((({...{{|||.{,{{(({((({.,,,{,(,(((,((((({,|({,{.(((((((((((((..((((((((((.((((..((....))..)))).))))|((,.....,,),...}}))),}.,,))))))))))))).),)),,)))))).)))))),..}})}},.(((.(((((.((((....))))))))))))..,)))).))))))..)).)))))}..,({(.((.(({......{((((.,...(((....)))....))))}...(((((....)))))((((..({....})..)))).......))).)).))).,..,{{,,|||||||...}}}}},.}||||.,,.,,{{({{{{{{{|.,{{({,.,,((({....},.....|||{,...{||||...........,,,.,,.....,...,|.}}|||||{,....,|,..{{{((((...((((((({{.(((,({{{,......(((((.......}))))........(((((((.{....})))))))(((((((((((((....,.}}))},...((((.(((..((({......}))).))).)))).,{{{{......}}))...,|||,.((({.(((((,,(((((((((........)))))).))}..,,.)))))....}))).}},)).....)))))))....,,...{{{{{{{...|||||((((((..((((..(((.,{.,((((((.(((....(({.......}))....)))...)))))}}}.|))}..))))}))))))((({{{{{((((.{{{((((....,{{{|..,{({..(((((((((((((.,,,,|||,((((.({,,(,{{,,.,||.||{{,,{((((,,.,|{(({(({,.......,{,,,..,{{......,.||.{{{((((({.....}))))).}}}.,((((........)))).....{{(((...)))||,((((({{...{(({{{{{{{..(((((.((........)).)))))..}}||||||||{{.((({{{{(,,,.((((..,,{{{,,{{,,{{{...{{((.(((....)))...,}},.....}}}..||.}|}}|||....||}}...}}|||}},,|||}((((.(((((..{((.(((((..,,.,({({(({((||{,,..{|(({|||.}}}}},|||||||}}....}}})}))))}}},.,|{{((({({{.,,....,)}.)))))))}))))).))})))))..))))....||||{,|.|{{{{,{{((((({({{(({.{{,,.,,{{{{{{.,.||||||||}.}||||(((...((((...,{{.}}}|||}((((....)))}{(((..(((.......}))..}}}}|||||||.,||||||,,}},))}}}}},|,.{|{|.,,.)))}.,|{{||||..,||||,.{|||{||||{{{(((((((...{{..(((((((({((({(...,,...,,{,,{,,{{{{{{{{{,((((((({{(((..(((((........))))).(((((((.((((.((.(((((((((.(((((.,..{{,{((((.......)))))}},,|,..,{({{((.(((((.....})).,((((..((((((({.....((.((((((((((({(((,.,,,..(((({....})))),,|}||,.{,|||}},,((((({(((((..{((((((({{,{{|||..,,,|{{{{{{{(((((,{{.{{....}})))}{{,{{,{{{{{{{{|,|{|{.,,,,,,|||||,}}},,.,,,,..}}}}.}))))))}}}}}}.,}}}}}}}}}||||}}}}}............(((((((({({((..,.((,{((..({(({........})))).,)))}))...))}))).........,))))))).)))))...}}}||}|,(({{{{{{(,.,,{,{{,({((,(({(,{|,{((((((....}))))))},))}}}})),|||||||,{,,.,||||||,,.{((....,.}}},||{{|{(({{..(((((((((.(((.(((((((((((..((..((.((.((((((..((({,(,...}}))))..)))).)).)).))..))..)))).)))))))))).))))))))).}}}||{{|.....,,|||},,,(((,,.,,.}},........,|||,,|,.,|,,...((.((((...)))))),,|||,,,||,..(((((((..(((...({{....))})))))))))).|||||}|...,.,,{{{{{,,|,|,}}}|)}}}|..,||.....(((((.....)))))..}}|....})))))).))))).))))))).)))..)))).}).))})))..))))),),)}))))))..}}.)))).,))))))).}}}}}.))))))}.........(((((.(((........))))))))...,.....{{{{|{..,))))))||,.,{{.((((((,{(((,,(.....||,})}).})))))}}})}))))))})})})})))}|}(((((((..(((((..((((((((.(((({....(((,(((.((....(((.......)))....)).)))..{{.{{{...........}}))))))))).))))).)))....))))).)))))))..{(((((.((((...)))).)))))}{{{.........,....,))|.|,,.{{{{{{,{{{({{......,,,{||||,...}},}},...{{{{,{{,||||||||||||.,,.........(((((((((.{{..({{((((((.....)))))),})}..}})))).))))).....((((....))))..............................,|{{,...,,}}}}||..}}},,}}}...,.}}}}...}))))).,)))))).))))))))..)).))))))).))}..(((({,,((({(((({{....,,}||{...,,..)}}.|||,|{{({(((((.,.((..(((......)))..)).,.))))).))))),},||}}||||||,....,}}{{{..(((((((((((((.((((((({{,,{{{,,|,((((((((..{{{....|||||{(((({....})))},||,||,|{,((((.((....)).)))).}}}.,,)))..))))))))...}}}}}}}},,,,))}))))))).))))))))))))).}}).....,,}..}}|||||||,|.|||||......)))|{(((((((.....(((((((.,...............,.)))))))....)))))))}},|||||.((,{{{,.,,{{{.,((((((({{,,{,,({{{..{{{...))},,)))}..},)))))}..,,,,)}||||.{((((.....)))))...)))),}})))))))).},),}))}..)})}))),,,}))}}),)}},.,||{|.}}})))}))))})}},,,,)))}))}}...{((((((({{(((,.,{......}}.{((((.({{{{|||...............}))))||}}})},((({{{(((((((((((((((((......{{{{{..((..,((((((.........,,})),.......,,)),,))}))},)))),.}))))))))))))}),)))}}.(((((...))))).....,,))))))))))))},{{{.....,,{{{|(((({|....})))))}}}},,,(((.((((((.((((((((.......((((((,(((((((((..{..((((.....((((((....))))))...,,,{{,{..........}}}},..,.....,,((((({.(((((((.((((((((((((....(((((((.......)))))))..(((((((((........((((.....))))........)))))))))...(((..((((((.....))))))..)))........))))))))))))(((...(((((...)))))...))).(((({......}))))...((((((((((..(((((((({.{{,.......,..(((((((.........)))))))...(((.(((....))).))).((((.,...,..))}}.{{{..{{.((((|...))))).}},,,..},,,,,...}).))))....)))))))))).,{{{.......}}},.......................))))))).....)))))).((((((((...)))))))),,....,,.))))..}..))))))))).,,.,,,.)))).....)))))))))))))).))))))))))))),,)))).,....}}}})))))))))))))))))}..}}|||||,||}}}}})}),))),..,}}}))))))))))}((((({{((((...)))))))))).........,},||{{{|,,,,.,))}))}}}}.,.})))))))))}}}}}||{(((({.......}))))},.,,,.,,}}}}},,,{{{{,,{,,,}}},,})},}))))}.
Back