Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001416103.1
Sequence Length
2786 nt
GC Content
0.6472
ACAGACCAGCAGUCCCAGCCCAGGGAAGCUCGGAAGAUGCCUAGGAGGGGUGAGUGUCCAGCCAGCUGAGAGACGGGAAUGGCCGCUGCCAGGCCCCAGGACCUAGAAGGGAAAGGAAAUACCUUCUUCUAGGGGAACAGCCUCAAGGCUCAUCCACAACAUGGACCUGCGCACAAUGACACAGUCGCUGGUGACUCUGGCGGAGGACAACAUAGCCUUCUUCUCGAGCCAGGGUCCUGGGGAAACGGCCCAGCGGCUGUCAGGCGUUUUUGCCGGUGUACGGGAGCAGGCGCUGGGGCUGGAGCCGGCCCUGGGCCGCCUGCUGGGUGUGGCGCACCUCUUUGACCUGGACCCAGAGACACCGGCCAACGGGUACCGCAGCCUAGUGCACACAGCCCGCUGCUGCCUGGCGCACCUCCUGCACAAAUCCCGCUAUGUGGCCUCCAACCGCCGCAGCAUCUUCUUCCGCACCAGCCACAACCUGGCCGAGCUGGAGGCCUACCUGGCUGCCCUCACCCAGCUCCGCGCUCUGGUCUACUACGCCCAGCGCCUGCUGGUUACCAAUCGGCCGGGGGUACUCUUCUUUGAGGGCGACGAGGGGCUCACCGCCGACUUCCUCCGGGAGUAUGUCACGCUGCAUAAGGGAUGCUUCUAUGGCCGCUGCCUGGGCUUCCAGUUCACGCCUGCCAUCCGGCCAUUCCUGCAGACCAUCUCCAUUGGGCUGGUGUCCUUCGGGGAGCACUACAAACGCAACGAGACAGGCCUCAGUGUGGCCGCCAGCUCUCUCUUCACCAGCGGCCGCUUUGCCAUCGACCCCGAGCUGCGUGGGGCUGAGUUUGAGCGGAUCACACAGAACCUGGACGUGCACUUCUGGAAAGCCUUCUGGAACAUCACCGAGAUGGAAGUGCUAUCGUCUCUGGCCAACAUGGCAUCGGCCACCGUGAGGGUAAGCCGCCUGCUCAGCCUGCCACCCGAAGCCUUUGAGAUGCCACUGACUGCCGACCCCACGCUCACGGUCACCAUCUCACCCCCACUGGCCCACACAGGCCCUGGGCCCGUCCUCGUCAGGCUCAUCUCCUAUGACCUGCGUGAAGGACAGGACAGUGAGGAGCUCAGCAGCCUGAUAAAGUCCAACGGCCAACGGAGCCUGGAGCUGUGGCCGCGCCCCCAGCAGGCACCCCGCUCGCGGUCCCUGAUAGUGCACUUCCACGGCGGUGGCUUUGUGGCCCAGACCUCCAGAUCCCACGAGCCCUACCUCAAGAGCUGGGCCCAGGAGCUGGGCGCCCCCAUCAUCUCCAUCGACUACUCCCUGGCCCCUGAGGCCCCCUUCCCCCGUGCGCUGGAGGAGUGCUUCUUCGCCUACUGCUGGGCCAUCAAGCACUGCGCCCUCCUUGGCUCAACAGGGGAACGAAUCUGCCUUGCGGGGGACAGUGCAGGCGGGAACCUCUGCUUCACCGUGGCUCUUCGGGCAGCAGCCUACGGGGUGCGGGUGCCAGAUGGCAUCAUGGCAGCCUACCCGGCCACAAUGCUGCAGCCUGCCGCCUCUCCCUCCCGCCUGCUGAGCCUCAUGGACCCCUUGCUGCCCCUCAGUGUGCUCUCCAAGUGUGUCAGCGCCUAUGCUGGUGCAAAGACGGAGGACCACUCCAACUCAGACCAGAAAGCCCUCGGCAUGAUGGGGCUGGUGCGGCGGGACACAGCCCUGCUCCUCCGAGACUUCCGCCUGGGUGCCUCCUCAUGGCUCAACUCCUUCCUGGAGUUAAGUGGGCGCAAGUCCCAGAAGAUGUCGGAGCCCAUAGCAGAGCCGAUGCGCCGCAGUGUGUCUGAAGCAGCACUGGCCCAGCCCCAGGGCCCACUGGGCACGGAUUCCCUCAAGAACCUGACCCUGAGGGACUUGAGCCUGAGGGGAAACUCCGAGACGUCGUCGGACACCCCCGAGAUGUCGCUGUCAGCUGAGACACUUAGCCCCUCCACACCCUCCGAUGUCAACUUCUUAUUACCACCUGAGGAUGCAGGGGAAGAGGCUGAGGCCAAAAAUGAGCUGAGCCCCAUGGACAGAGGCCUGGGCGUCCGUGCCGCCUUCCCCGAGGGUUUCCACCCCCGACGCUCCAGCCAGGGUGCCACACAGAUGCCCCUCUACUCCUCACCCAUAGUCAAGAACCCCUUCAUGUCGCCGCUGCUGGCACCCGACAGCAUGCUCAAGAGCCUGCCACCUGUGCACAUCGUGGCGUGCGCGCUGGACCCCAUGCUGGACGACUCGGUCAUGCUCGCGCGGCGACUGCGCAACCUGGGCCAGCCGGUGACGCUGCGCGUGGUGGAGGACCUGCCGCACGGCUUCCUGACCCUAGCGGCGCUGUGCCGCGAGACGCGCCAGGCCGCAGAGCUGUGCGUGGAGCGCAUCCGCCUCGUCCUCACUCCUCCCGCCGGAGCCGGGCCGAGCGGGGAGACGGGGGCUGCGGGGGUAGACGGGGGCUGCGGGGGGCGACACUAAAAGCCUGUUGUUCCCAUCUGCGCCGGCCUCCGUCAUGAAUGCCUUCCGGGCCGGGCGGAAGGGGACGCGGGCUGUGCCUUACUUAAGUCGGGGGUGGCAAGGGGGCGGGGCGGGGGCCCGAAAGCUGAGACCCUCGCCACGGGGAGGGGGACGCGCACACACACCGGUCACCGAGACGGCUGGACCUGCACGCCACCGCUGCCUUUUGCUGCUGCUGCUGCGGCGACCGCCGCAGGGACGGGGACUGGCCCUCCCUUGCAGGUCGGUUUGGUUUGUUGUAAAUAAAAGUAUUUAAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1222.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1270.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 759.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((..(((((((..((..((.(((..(((((((((((((((((((((((((((((((.((.(..((((.((((((((((((...(((((((.(((((((((...(((.....))))))))))))(((..((((....))))..))).........(((.(((.((.........))))).))).((((((((.(((((.............)))))..)))))))))))))))....)))..)))))))))..((((....))))(((((..(((((((((.((((((((((....))))))..(((((....((((((.(((..((......))..))).))))))......)))))..((((((..(((((...(.((.....))).)))))))))))(.(((.....))).)...((((((..((((((........))))))...........((((((((((...(((.(((((((((((.((((.....))))........)))))).)).)))..))).........(((((....)))))...(((.((((((((((((..(((.(((.((((((((((((((((.((((((((((((((...)))))).((((.((.(((....((..(((....(((((((..((..((((...........))))))....)))))))....)))..)).(((((...((((....))))...)))))...........))).)).))))((..((.((((((((((((((((...(((((((((((((......))).(((....))))))).))))))..))).))).)))).)))))).)).))((((.((((((((((((((....)))))))........(((((((........)))))))..((((...))))(((((..((((((((((...(..(((((((..(((.((((((((..(((..(((((((....((((((..((........)).)))))).)))))))..((((..((((......)))).))))...(((((((.((((.((((.....))))))))))...))))).((((.((.(((.((...))..))).))...))))...)))...)))(((.....)))))))).).))....))))))).).)).))))))))..)))))))))))).))))))))))))((((.(((((((((.(((((((....(((((((.((......)).)))(((((((((.((((((...........................)))))).)))).)))))........))))..)))))))((.((......))))....))))))))).))))...(((...(((..((((((.((((((.........((...))((((((.((.((.((((((.....((((..((..((((((....((((....))))...(((((.((.((((((((...))).))))).)))))))))))))..))..)))))))))))))).)))))))).)))).))))))....))).....))).))))))).)).))))))).)))...(((.(((((......)))))...)))((((.....))))..........)))..))))))))).))))))))))))))))))))))..)))))))))))))(((((((.((((...((((..(((((((.(((((((((((.....)))))...((((((.(..(((......)))....).)))))).((.(.((((.(((((..(((.....)))..)).))).)))).).))(((((......))))).......(((((((.(........).)))))))..)))))))))))))..)))))).)).))).)))))))))))))...).))))))...)))).)))))))).)))))))....((((...((((....((((....((.((((......))))))))))((((.((..((....))..)).)))).....))))))))..))))))))((((((.(((((((((((((((((((((((((((.....((..(((((.((.(.(((...((((((((((((((((((...(((..(((....)))..((((((((.((.((((.(((((((((((.((.((.(((((((((.((....))..)))))).).)).)).))...)))))))......))))...)))).)))))))))).(((..(((.((.....)))))..)))...(((.((((((.(..((.((((((((((........((.(((((.(((.((.(((...)))))))))))))))))))))))).).))..).)))))).)))((((.(((..(((((....).))))..))).)))).)))..))).)).))))))))).)))).))).).)).))..(((....(((((((.((((((.(((((.(((((((..................)))))))))))).)))))))))))))))))))..))...))))))))))((......)).((((....)))).......))))))))))....))))))).)).))))........)))))..))..)..))))))..))))........((........)).(((((....)))))((((((((((((((.(((......))))))).))).)).)))))))))))))..((((((....))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((,,((((((,.|{{.,((((({..,,,((({.(((((((((((((((....(((((((.((.,(((..((((....))))..))).....(((((((({..,(((.....)))))))))))){{{....((((.{((((({{(((.....)))|((.(((,((.........)}))},))}{(((((((({(((({..........,}}))))}..))))))))|((((((....(({{{{(..(((((((((({....,((((((((.{{({(((((((((((((((((....))))))}}}|,})))))))((((((,,.}|}}}},..,,..,,}.,))),}..}}}})))),,.{((((...(((,,...,}||.....)))}},|{({||..((((((,..,,{{{.....,{{,({,,(({(((........}}}}}}(((((((((.(((((((((((...{((.((({(((((((.((((.....)))}........))))))},).))}..))).........(((((....)))))...((,,((((((((((((..(((.,(({((((((({((((((({.((((((((((((((...}))))).{(((.((.(((....((..(((....(((((((,.({.{((((....,}.,,}.))},)},,..}))))))....)))..)).{((((...((((....))))...))))),..........))).)).)))|((..((.((((((((((((((((...(((((((((((((......))).(((....))))))).))))))..)))}))).)))).)))))).)).}}|(((.((((((((((((({....}))))))........(((((((........})))))).,((({...})))(((((..(((((((({(...{..(((((((..(({.(((((....{{{...(((((((....((((((..((......,.)).)))))).)))))))..,,{,..||{{....,,||||{||||{{,({,{{{({(((({((,,{{{{{|||,|||||....,,),)})).|,,|.}||}|,...}.)))))}))...}||}...||||..}}).)))})}.)))))))).).))....))))))).},}}.))))))))..)))))})))))).)))}))))))))((((.(((((((((.(((((((....(((((((.((......)).)))(((((((((.((((((.{.................},.....})))))).)))).)))))........)))).,)))))))((,((......))}},...))))))))).))))...,,,...{((..((((((.(((({(.......,,((...)}||((((.((.((.((((((.....((((..((..((((({...,((({.,,,}||}...||{||,((.((((((((...})).))))).))}})))))))))..))..)))))))))))))).))))}))).)))).))))))....))},,,},)),,))))}}},||,}|}}|||,,,,.,,(((.(((((......)))))...}))((((.....))))...,,}}}..)))..))))))))).))))))))))))))))).(((((...((((,{((,,,{{|||,,.,..{{{{(((.,,,.,},}}.)))..((((((.....)))))).,}})))}....))))))))))))))})))),,,,,,))}),},.}.))))))))))}}})))))..})))).)))))),..))))))}||||..,)))).,}}..(((((((.(........}.)))))))..)))))))))))||....)))..((((((.((((......)))))))))),)).))))))).)))))))},))))))).,,.{,{{...{|{(,.{{((({....((.((((......)))))))))}||{|,||}|{,....)),})).}}))||.,|},|}|,||,.|||||,||(((,(({(({{((({,,{||{{,((((((((((({(,({.....|)},||,.{.{,{..,((((((((((((((((((...(((..{,....,}}|..(((((((,.(({(((,,({(,{{(((,({(,.,,,||,|||{,{.{({{{,..,,||}|||,|.||,|,.||,,,|}}}})),.....,,))}}.})),}))))}))))}}|||||.,|.||}}}}})))))}})}.,,.|((.((((((.{.,((.((((((((((,.......,{.(((((.(((.(,{(((...)))))))))))))})))))))))).).))..}.)))))).))|((((.(((..(((((,...}.,)))..))).)))),)))..))).)).))))))))).))))))}}.}}|{{||,,{,.....((((((,,((((((.(((((.(((((({..{...............)))))))))))).))))))))))))))))))),......))))))))))),..}}})))}},||}}}.))))}...,},},},|||||,|...})}))))}||.||,|{{......||||{{.,,..,.,))))))..}))).}}}}.,,||}||.....}},(({{{....)))))|(((((((((((((.(((......)))))))}})).)).))))}))))))))..{(((({....}))))}....
Back