Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001416106.1
Sequence Length
2467 nt
GC Content
0.6490
ACAGACCAGCAGUCCCAGCCCAGGGAAGCUCGGAAGAUGCCUAGGAGGGCCUCAAGGCUCAUCCACAACAUGGACCUGCGCACAAUGACACAGUCGCUGGUGACUCUGGCGGAGGACAACAUAGCCUUCUUCUCGAGCCAGGGUCCUGGGGAAACGGCCCAGCGGCUGUCAGGCGUUUUUGCCGGUGUACGGGAGCAGGCGCUGGGGCUGGAGCCGGCCCUGGGCCGCCUGCUGGGUGUGGCGCACCUCUUUGACCUGGACCCAGAGACACCGGCCAACGGGUACCGCAGCCUAGUGCACACAGCCCGCUGCUGCCUGGCGCACCUCCUGCACAAAUCCCGCUAUGUGGCCUCCAACCGCCGCAGCAUCUUCUUCCGCACCAGCCACAACCUGGCCGAGCUGGAGGCCUACCUGGCUGCCCUCACCCAGCUCCGCGCUCUGGUCUACUACGCCCAGCGCCUGCUGGUUACCAAUCGGCCGGGGGUACUCUUCUUUGAGGGCGACGAGGGGCUCACCGCCGACUUCCUCCGGGAGUAUGUCACGCUGCAUAAGGGAUGCUUCUAUGGCCGCUGCCUGGGCUUCCAGUUCACGCCUGCCAUCCGGCCAUUCCUGCAGACCAUCUCCAUUGGGCUGGUGUCCUUCGGGGAGCACUACAAACGCAACGAGACAGGCCUCAGUGUGGCCGCCAGCUCUCUCUUCACCAGCGGCCGCUUUGCCAUCGACCCCGAGCUGCGUGGGGCUGAGUUUGAGCGGAUCACACAGAACCUGGACGUGCACUUCUGGAAAGCCUUCUGGAACAUCACCGAGAUGGAAGUGCUAUCGUCUCUGGCCAACAUGGCAUCGGCCACCGUGAGGGUAAGCCGCCUGCUCAGCCUGCCACCCGAAGCCUUUGAGAUGCCACUGACUGCCGACCCCACGCUCACGGUCACCAUCUCACCCCCACUGGCCCACACAGGCCCUGGGCCCGUCCUCGUCAGGCUCAUCUCCUAUGACCUGCGUGAAGGACAGGACAGUGAGGAGCUCAGCAGCCUGAUAAAGUCCAACGGCCAACGGAGCCUGGAGCUGUGGCCGCGCCCCCAGCAGGCACCCCGCUCGCGGUCCCUGAUAGUGCACUUCCACGGCGGUGGCUUUGUGGCCCAGACCUCCAGAUCCCACGAGCCCUACCUCAAGAGCUGGGCCCAGGAGCUGGGCGCCCCCAUCAUCUCCAUCGACUACUCCCUGGCCCCUGAGGCCCCCUUCCCCCGUGCGCUGGAGGAGUGCUUCUUCGCCUACUGCUGGGCCAUCAAGCACUGCGCCCUCCUUGGUGCAAAGACGGAGGACCACUCCAACUCAGACCAGAAAGCCCUCGGCAUGAUGGGGCUGGUGCGGCGGGACACAGCCCUGCUCCUCCGAGACUUCCGCCUGGGUGCCUCCUCAUGGCUCAACUCCUUCCUGGAGUUAAGUGGGCGCAAGUCCCAGAAGAUGUCGGAGCCCAUAGCAGAGCCGAUGCGCCGCAGUGUGUCUGAAGCAGCACUGGCCCAGCCCCAGGGCCCACUGGGCACGGAUUCCCUCAAGAACCUGACCCUGAGGGACUUGAGCCUGAGGGGAAACUCCGAGACGUCGUCGGACACCCCCGAGAUGUCGCUGUCAGCUGAGACACUUAGCCCCUCCACACCCUCCGAUGUCAACUUCUUAUUACCACCUGAGGAUGCAGGGGAAGAGGCUGAGGCCAAAAAUGAGCUGAGCCCCAUGGACAGAGGCCUGGGCGUCCGUGCCGCCUUCCCCGAGGGUUUCCACCCCCGACGCUCCAGCCAGGGUGCCACACAGAUGCCCCUCUACUCCUCACCCAUAGUCAAGAACCCCUUCAUGUCGCCGCUGCUGGCACCCGACAGCAUGCUCAAGAGCCUGCCACCUGUGCACAUCGUGGCGUGCGCGCUGGACCCCAUGCUGGACGACUCGGUCAUGCUCGCGCGGCGACUGCGCAACCUGGGCCAGCCGGUGACGCUGCGCGUGGUGGAGGACCUGCCGCACGGCUUCCUGACCCUAGCGGCGCUGUGCCGCGAGACGCGCCAGGCCGCAGAGCUGUGCGUGGAGCGCAUCCGCCUCGUCCUCACUCCUCCCGCCGGAGCCGGGCCGAGCGGGGAGACGGGGGCUGCGGGGGUAGACGGGGGCUGCGGGGGGCGACACUAAAAGCCUGUUGUUCCCAUCUGCGCCGGCCUCCGUCAUGAAUGCCUUCCGGGCCGGGCGGAAGGGGACGCGGGCUGUGCCUUACUUAAGUCGGGGGUGGCAAGGGGGCGGGGCGGGGGCCCGAAAGCUGAGACCCUCGCCACGGGGAGGGGGACGCGCACACACACCGGUCACCGAGACGGCUGGACCUGCACGCCACCGCUGCCUUUUGCUGCUGCUGCUGCGGCGACCGCCGCAGGGACGGGGACUGGCCCUCCCUUGCAGGUCGGUUUGGUUUGUUGUAAAUAAAAGUAUUUAAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1072.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1115.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 673.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((...((((((((....))))).))).......(((..(((((........(((((((((((.(((((((((.(((((.............)))))..)))))))))(((......))).)))))))))))((((((.....((((((((..((((((((((((((((((((....)))))))))..))))))))((((((...))))))............)))....))))))))((.(((((...(((......))).....))))).)).)))))))))))..))).((.........))..((((((........)))))))))))).....((((((((((...(((.(((((((((((.((((.....))))........)))))).)).)))..))).........(((((....)))))...(((.((((((((((((..(((..(((((((((.((((..(((.((((((((((((((...)))))).((((.((.(((....((..(((....(((((((..((..((((...........))))))....)))))))....)))..)).(((((...((((....))))...)))))...........))).)).))))((..((.((((((((((((((((...(((((((((((((......))).(((....))))))).))))))..))).))).)))).)))))).)).))((((.((((((((((((((....)))))))........(((((((........)))))))..((((...))))(((((..((((((((((...(..(((((((..(((.((((((((..(((..(((((((....((((((..((........)).)))))).)))))))..((((..((((......)))).))))...(((((((.((((.((((.....))))))))))...))))).((((.((.(((.((...))..))).))...))))...)))...)))(((.....)))))))).).))....))))))).).)).))))))))..)))))))))))).))))))))))))))))))).))))...(((((((....(((((((.((......)).)))(((((((((.((((((...........................)))))).)))).)))))........))))..)))))))(((((((..(.(((((....))))).)..)))))))(((((......)))))......((((.....))))...)))))..)))..))))))))).))))))))))))))))(((((.......)))))...)))))).))))..))))))).(((((((.((((..((((((.....))))))...(((((.(..(((((..(((.((((..(((..(((((.(.((((.(((((..(((.....)))..)).))).)))).).((((.((......)))))).((((((((((((.(..(..(.(((...))).)..)..).))))))))...)))).((((((.((((......)))))))))))))))..)))..))))))).((((((...(((((.(((((.......((((....((.((((......))))))))))((((.((..((....))..)).))))....((.((.((.((...((((((.(.((((((..((((((((((((.(((((((((((..((((..(((((......(((......)))......)))))........(((....)))..(((((((..((((((.((.(...(((.(((....))).)))....((((((..((((.(((((.(((...(((((((...))).......)))).))).))))).)))).))))))..).))))))))))))))))))).))))((((((.(..((.((((((((((........((.(((((.(((.((.(((...)))))))))))))))))))))))).).))..).))))))..((((((..((.(((((((((.......))).)))))).)).))))))..))))))).(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).....)).)))))))))))..))).))))).))))..))))))..).)))))))).)).))))........))))))))))....)))))))))))..).)))))......(((...))))))).))))))))))))..)).......((((((........))))))....(((.((....)))))........(((((....)))))((((((((((((((.(((......))))))).))).)).)))))))))))))..((((((....))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((,(({((.(((((((((((((((((((({((...((((((((....))))).)))......,||{..(((((.,,.,{.,(((((((((((.((((((((({(((({.......,..,)})))}}..)))))))))(((,.....}}}.))))))))))){{{{{|,....((((((((.,((((((((((((((((((((....)))))))}),.))))))))((((((...)))))},,.......}..))).}..)))))))).,,(((((,..(((({...{,||.....))},)}))}}))))))}))}..}})}|{.........||..((((((........))))))}}}}}||,..{((((((((((...{((.((({(((((((,((((.....)))}........))))))},).))}..))).........(((((....)))))...((,,((((((((((((..(((..(((((((((.((((,,(((.((((((((((((((...}))))).{(((.((.(((....((..(((....(((((((..({.{((((....,,..,,.))},)}....}))))))....)))..)).(((((...((((....))))...)))))...........))).)).)))|((..((.((((((((((((((((...(((((((((((((......))).(((....))))))).))))))..)))}))).)))).)))))).)).})|(((.((((((((((((({....)))))))........(((((((........))))))).,((({...})))(((((..(((((((({(...{..(((((((..(((.(((((....{{{...(((((((....((((((..((......,.)).)))))).)))))))..,,,,..({{{....,,||||{||||{{,(({{{,({(((({((,,{{{{{|||,|||||....,,),)})).|,,|.}}}}},...}.)))))}))...}||}...))}}..})).)))))}.)))))))).).))....))))))).},}).))))))))..)))))})))))).)))}))))))))))))))).))))...(((((((....(((((((.((......)).)))(((((((((.((((((.{......,..........},.....})))))).)))).)))))........))))..)))))))(((((((..{.(((((....))))).}..)))))))(((((......)))))......((((.....))))..,)))))..)))..))))))))).))))))))))))))))){(((,....,|}}}}}|,.}})))).)))),.|}}}}|},{{{{{{{,,(((,.((((((.....))))))..|{((((.,..|||||,,,,}}}||,||,||||,,.||.|.||||.|||{{,,(((,..,,)))..}),))},))))||.|||||||}}}}}.}})}}|.{{({{(((((((,(..{||..,},,,}))},}}))}}}}}||||||,...})}|.((((((.((((......)))))))))).|{{{{.((((((...)))))|{{{{,..,,.(({(,{.{{,.....,,......,|,,|,|}}}.}},)))))..|.((((.{(,,({....)).,)).)))),}..,},}}},|||.{((((.(((((.((((({{(((,..,}|,,.(((((((((((((,({.....|}|,||,.{.{{{..,((((((((((((((((((...(((..{,....,}}}..(((((((,.(({(((,{(,(,,,(((,({(,..,,||.|||,,,.{({{{,..,,||}|||{|.||{|,.||,,,|}}}})),.....,,))}}.})),}))))}))))}}|||||.,|.||}}}}}))))))})}.,}.|{(.((((((.{.,((.((((((((((,.......,{.(((((.(((.({{(((...)))))))))))))})))))))))).).)).,}.)))))).))|((((.(((..(((((,...}.,)))..))).)))),)))..))).)).))))))))).))))})}}.}}|{(({,,(,.....{((((({{((((((.(((((.(((((({..{....,...,......)))))))))))).))))))))))))))))))),......))))))))))).,,)))))))).))))).))))}...}}}|.,.|||||}|},.})})))))||,||,||,......{(((((.......,))})))..,}||.}||,.,,||}||.....}},|{{||....)))))|(((((((((((((.(((......)))))))}})).)).))))}))))))))..{(((({....}))))}....
Back