Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001421934.1
Sequence Length
2103 nt
GC Content
0.4536
GUUUACUCCCUCCUGUCUAGUCGGCUUGGUCCCUUUAGGGCUCCGGAUAUCUUUGGUGACUUGUCCACUCCAGUGUGGCAUCAUGUGGCAGCUGCUCCUCCCAACUGCUCUGCUACUUCUAGUUUCAGCUGGCAUGCGGACUGAAGAUCUCCCAAAGGCUGUGGUGUUCCUGGAGCCUCAAUGGUACAGGGUGCUCGAGAAGGACAGUGUGACUCUGAAGUGCCAGGGAGCCUACUCCCCUGAGGACAAUUCCACACAGUGGUUUCACAAUGAGAACCUCAUCUCAAGCCAGGCCUCGAGCUACUUCAUUGACGCUGCCACAGUCGACGACAGUGGAGAGUACAGGUGCCAGACAAACCUCUCCACCCUCAGUGACCCGGUGCAGCUAGAAGUCCAUGUCGGCUGGCUGUUGCUCCAGGCCCCUCGGUGGGUGUUCAAGGAGGAAGACCCUAUUCACCUGAGGUGUCACAGCUGGAAGAACACUGCUCUGCAUAAGGUCACAUAUUUACAGAAUGGCAAAGACAGGAAGUAUUUUCAUCAUAAUUCUGACUUCCACAUUCCAAAAGCCACACUCAAAGAUAGCGGCUCCUACUUCUGCAGGGGGCUUGUUGGGAGUAAAAAUGUGUCUUCAGAGACUGUGAACAUCACCAUCACUCAAGGUUUGGCAGUGUCAACCAUCUCAUCAUUCUCUCCACCUGGGUACCAAGUCUCUUUCUGCUUGGUGAUGGUACUCCUUUUUGCAGUGGACACAGGACUAUAUUUCUCUGUGAAGACAAACAUUUGAAGCUCAACAAGAGACUGGAAGGACCAUAAACUUAAAUGGAGAAAGGACCCUCAAGACAAAUGACCCCCAUCCCAUGGGAGUAAUAAGAGCAGUGGCAGCAGCAUCUCUGAACAUUUCUCUGGAUUUGCAACCCCAUCAUCCUCAGGCCUCUCUACAAGCAGCAGGAAACAUAGAACUCAGAGCCAGAUCCUUUAUCCAACUCUCGAUUUUUCCUUGGUCUCCAGUGGAAGGGAAAAGCCCAUGAUCUUCAAGCAGGGAAGCCCCAGUGAGUAGCUGCAUUCCUAGAAAUUGAAGUUUCAGAGCUACACAAACACUUUUUCUGUCCCAACCAUUCCCUCACAGUAAAACAACAAUACAGGCUAGGGAUGGUAAUCCUUUAAACAUACAAAAAUUGCUCGUAUUAUAAAUUACCCAGUUUAGAGGGGAAAAAAGAAAAUAAUUAUUCCUAAACAAAUGGAUAAGUAGAAUUAAUGGUUGAGGCAGGACCCUACAGAGUGUGGGAACUGCUGGGGAUCUAGAGAAUUCAGUGGGACCAAUGAAAGCAUGGCUGAGAAAUAGCAGGGUAGUCCAGGAUAGUCUAAGGGAGGUGUUCCCAUCUGAGCCCAGAGAUAAGGGUGUCUUCCUAGAACAUUAGCCGUAGUGGAAUUAACAGGAAAUCAUGAGGGUGACGUAGAAUUGAGUCUUCCAGGGGACUCUAUCAGAACUGGACCAUUUCCAAGUAUAUAACGAUGAGCCCUCUAAUGCUAGGAGUAGCAAAUGGUCCUAGGAAGGGGACUGAGGAUUGGGGUGGGGGUGGGGUGGAAAAGAAAGUACAGAACAAACCCUGUGUCACUGUCCCAAGUUAAGCUAAGUGAACAGAACUAUCUCAGCAUCAGAAUGAGAAAGCCUGAGAAGAAAGAACCAACCACAAGCACACAGGAAGGAAAGCGCAGGAGGUGAAAAUGCUUUCUUGGCCAGGGUAGUAAGAAUUAGAGGUUAAUGCAGGGACUGUAAAACCACCUUUUCUGCUUCAAUGUCUAGUUCCUGUAUAGCUUUGUUCAUUGCAUUUAUUAAACAAAUGUUGUAUAACCAAUACUAAAUGUACUACUGAGCUUCACUGAGUUACGCUGUGAAACUUUCAAAUCCUUCUUCAUGUCAGUUCCAAUGAGGUGGGGAUGGAGAAGACAAUUGUUGCUUAUGAAAAAAAGCUUUAGCUGUCUCUGUUUUGUAAGCUUUCAGUGCAACAUUUCUUGGUUCCAAUAAAGCAUUUUACAAGAUCUUGCAUGCUACUCUUAGAUAGAAGAUGGCAAAACCAUGGUAAUAAAAUAUGAAUGAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-615.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -655.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 537.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..(((.((((((((.((.((.((((((.((((.((((((((((....)))))...(((.((((((((((((((((.....(((((((..((...........)).)))))))......(((((((((.....))).))))))..........(((((((((........(((.(((((((.....((((((((((.......(((((.....(((((.((((((((....)).))))).).))..))))))))..((((((....(((((...)))))...))))))...))))))).)))))))))).))))))))))))...((..((((((((.....((.....))....))))))))..)).((((((..((((((..((.(((.....((..((((((((.......(((.(((((((((((.(((......))).)))).....))).)))).)))))))))))..))..))).))))))))..)))))).........(((((...(((.(((((................))))).)))...))))).....))))))))........(.((.((((.((((..(((....(((((((((.....(((((((((((((.((((((((..(((.(((((((((((.(((..((.((((.............)))).))...))))))))(((((((........))))))))))))).............)))..)))))...........))).)))))))..))))))....)))))))))...)))))))..((((........))))....)))).)).)..........((((((((((((((((.((((..((((.((((.(((.((...)))))..)))).))))....))))...))))).((((((((.(((((.......(((..((.(((((....((.(((.....(((((((((((..(((((((((((((.((((((.(((.((((.(((.....)))..((((((((.((((((....)))((((.((((((......((.(((((....))))))))))))).....))))..(((((((.(((((((((((((((.((((......(((((.(((.((((((....))))))................))).))))).....))))...))...)))))...................(((.........)))...........)))))))).))))))).((((((...))))))...))))))))))).......)))).))))))))).))))).))...)))))....)..))))))...)))))..))).))....))))).))..))).((((........))))...(((((....(((((....)))))........))))).....((((((..(((......(((((((....))))))).......((((((.....))).)))........))).))))))...(.((((((.((.....)).)))))).)))))).)))))))).))))))))))))))))))).))).................((((.(((((................))))))))).....(((((.........))))).)))))..))))...).))))))))).))...)))))).)))))))((((((..((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((.(((...(((((((..((......))..)))))))...))).)))))))).((((((((((((((..............)))))).))))))))..............)))))).(((.(((((...........))))).)))((...(((.(((((((.(((.......))).))))))).)))...))....((((((...((((..........((((..(........)..))))))))..))))))...)))))..)))).)))))))))).))...)))))).(((((.((((......)))))))))....((((.........))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((..(((.((((((((.((.((.((((((.((((.(((((,,((,....|||||{.,(((,((((((((({(((,((....{((((((({.(({{{.....{,{||.|||||||....,{({(((((((.....))).))))}}..........|||{|||||....,.}}}||,(((((({....{({{(((((((.....,.(((((.....({{((.((((((((....)))))))).).))..,))))))).|{(((({....,((((,..,}},),},)}))),...))))))).}))))))))).)))))))))|||,.,{|,.((((((({....,||.....)}....))))))))..|}.((((((..((((((..,{.{({...,|((,,((((((((.,...,.(((.(((((((((((.(((......))).)))}....,})).)))).))}})))))))..},.|||||||))))))..)))))).........(((((...{((.(((((,,,.............})))).))).,.)))))....,|||}|,}|....,...|.||,|(((.{((({.{{(,...(((((((((.....(((((((((((((.((((((((..{{,.((((((((((,,(({.,((.{{,|,..,.........,,,...}}||}}}))))}(((((((........)))))))))))))..,,,.....,..))),.))))).........,,))).))))))),.,)))))....)))))))))...)))}}}),.((((........)))).,..}})},)},}..........(({((((({{{{||||.{{{{..{|||.{|||.{{{,{{...}})))..)))}.)))),..,))))..,}}}}..((((((((.(((((,......{{{..({.{{{{{....(({((({...,(({{{{{(({{..|{{|{|,,{((((.((((((.(((.((((.(((.....)))..(((((((,{((((((....})},{({.((((((......{{.(((((....)))))}))))))).,...}}}|..(((((((.(((((((((((((,,.((,.......{{{{{.({{.{(((((....)))))}..............,,}}}.}}}}}.....|})}..,))}}.)))))}..............{{,,(((.........))),,}.,......,))))))).))))))).((((({...))))))..}))))))))))).......)))).))))))))).))))}..,,}|}))),...,}..))))))...))))}.,}}}.,}|||,))))),)).,))).|{{{........)))),,,|||||.|,.{{{{{,,,,}}))),...,...))}}}..,..((((((..(((.,....(((((({....}))))))..},...((((((.....)))},)).....,}}}},.))))))...,.((((((.((.....)).)))))).,})))).))))))))}))))))))))))))))))).,}}....{{{{{........||||,{((((............,...))))}})}}.....(((((.........))))).)))))..))))...),})))))))).))...)))))).)))})))((((((..((((((((((((.(((((((((({((({.((((((((.(((.,.(((((((..((......))..))))))).,.))).)))))))).((((((((((((((.,.,,.....,...)))))).))))))))............,||}}|||,(((.(((((..,{,...,},))))).}}},{...(((.(((((((.(((.......))).))))))).))),,,||,,..(({{((,,.({{,...||||,,,||{,,,,,...,,.,}.))))))))),,)}}))),,,)))))..)))).)))))))))).))...)))))).(((((.((((......)))))))))....{((,.,.......}}},..........
Back