Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001422100.1
Sequence Length
1384 nt
GC Content
0.5737
CUGCACCUUCCUCCCGUCUUGCCUUCUCCCUCGAGUUGGGACCCGGGAAGAACCAUGAAGUGGCUGCUGCUGCUGGGUCUGGUGGCGCUCUCUGAGUGCAUCAUGUACAAGGUCCCCCUCAUCAGAAAGAAGUCCUUGAGGCGCACCCUGUCCGAGCGUGGCCUGCUGAAGGACUUCCUGAAGAAGCACAACCUCAACCCAGCCAGAAAGUACUUCCCCCAGUGGGAGGCUCCCACCCUGGUAGAUGAACAGCCCCUGGAGAACUACCUGGAUAUGGAGUACUUCGGCACUAUCGGCAUCGGAACUCCUGCCCAGGAUUUCACCGUCGUCUUUGACACCGGCUCCUCCAACCUGUGGGUGCCCUCAGUCUACUGCUCCAGUCUUGCCUGCACCAACCACAACCGCUUCAACCCUGAGGAUUCUUCCACCUACCAGUCCACCAGCGAGACAGUCUCCAUCACCUACGGCACCGGCAGCAUGACAGGCAUCCUCGGAUACGACACUGUCCAGGUUGGAGGCAUCUCUGACACCAAUCAGAUCUUCGGCCUGAGCGAGACGGAACCUGGCUCCUUCCUGUAUUAUGCUCCCUUCGAUGGCAUCCUGGGGCUGGCCUACCCCAGCAUUUCCUCCUCCGGGGCCACACCCGUCUUUGACAACAUCUGGAACCAGGGCCUGGUUUCUCAGGACCUCUUCUCUGUCUACCUCAGCGCCGAUGACCAGAGUGGCAGCGUGGUGAUCUUUGGUGGCAUUGACUCUUCUUACUACACUGGAAGUCUGAACUGGGUGCCUGUUACCGUCGAGGGUUACUGGCAGAUCACCGUGGACAGCAUCACCAUGAACGGAGAGGCCAUCGCCUGCGCUGAGGGCUGCCAGGCCAUUGUUGACACCGGCACCUCUCUGCUGACCGGCCCAACCAGCCCCAUUGCCAACAUCCAGAGCGACAUCGGAGCCAGCGAGAACUCAGAUGGCGACAUGGUGGUCAGCUGCUCAGCCAUCAGCAGCCUGCCCGACAUCGUCUUCACCAUCAAUGGAGUCCAGUACCCCGUGCCACCCAGUGCCUACAUCCUGCAGAGCGAGGGGAGCUGCAUCAGUGGCUUCCAGGGCAUGAACCUCCCCACCGAAUCUGGAGAGCUUUGGAUCCUGGGUGAUGUCUUCAUCCGCCAGUACUUUACCGUCUUCGACAGGGCAAACAACCAGGUCGGCCUGGCCCCCGUGGCUUAAGCCUAAGUCUCUUCAGCCACCUCCCAGGAAGAUCUGGCCUCUGUCCUGUGCCCACUUUAGAUGUAUCUAAUUCUCCUGACUGUUCUUCCCAGGGGAGUGUGGAGGUCUUGGCCCUGUUCCCUGUCCUACCAAUAACGUAGAAUAAAAACAUAACCCACUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-481.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -505.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 390.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((.(((((...(.((..(((....)))..)).)..))))).)))....((((((.((.(((..(((((((..(((.(.(((.(((..(((((...))))).(((....)))..((((...((((((((((((((.(((.((.....)).))))))).)..))))))))))))))))))).).)))...))))))))))..))))))))...(((((((..(((((...((.(((((.....(((...))).....))))).))....))))).....((((((...((((.(((.(((........(((((((((((((.((.((.(..((((..(((((((((((.(((((((....(((...((((((.((((((((((...............(((((....)))))..............))).......))))))).(((............)))...)).)))).))).))))))).)(((((......)))))))))))))))....(((((......)))))...))))..).)).)))))))...((((((((....(((....(((((.......(((((...(((((((((......((((............((((......)))).............))))(((...((((((((......((((.........)))).((((((((((((((.((....((....(((((((((((..(((((((...(((((((..(((........)))..)))..))))...)))))))(((.(.(((............))).).))))).)))))))))..))....)).)))))...)))))))))...))))))))...)))....((((((.(.....).)).)))).....))))))))).))))).......))))))))..))))))))..........(((((.((((((..((.((((((((........))))).))).))..))).)))....)))))..)))))))))))...)))))))....)))))).....(((((...)).)))((((((((....))))))))((((((....((((((.(((((((..(((((((..((((....(((((((.....)))))))))))..)))).)))..))))((((((((.....(((((((..(((((.....((((((.(((.........))).))))))...)))))..)))))))....)))))))).......(((((....))))).(((((((...........)))))))))).))))))....)))))).....(((.((((.......)))).))).........)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,.,(((,(((((,.,(.((..{((,,..}}}..))})..}))}),)},,,..{{{{{||{(.(({,,(((((((.{(((,({((({...}}|||||,,,.,,,,.((({...}|{{.((((...(((((((((,((((.(((.((.....)).))))))).,..))))))))))))).)),),...)))}..)))))))}))..}})}))))...{{((((({.{{||||}|((,(({{(,.,,,(((...}}|,,,{,}}}}}.||,..,|||||{||..(((,,,...(((({(((...,}}.{{{,{((((({{,,,((({,,..|}}}.,,(({{((((((,,({({(((((((,{.,({{.,{((({{{.{{(((((((({,............,{,{{,....|}}(({....,,,......,}),.....,))||||,..|},,..........|||||.||.}|||{|||.||}}|||{{(,,,.}}}..,|||||||||||||||....(((((......)))))}}}}))))))).}.}})))))...((((((((....(((....(((((.....,.(((((...(((((((((.....,{(((,,..........((((......)))).....},......|||},..}||((((((((....{{(({,.....,.}}),,,.((((((((((((((.((....((,...(((((((((((.{(((((({...(((((((..(((......}.)))..))}..)))}{,,,||}|||,...|.))).}),})),,.})))),}})},.,.,))})))))..}),...)),)))))...)))))))))...))))))))..,||||...{{|||{.,....,)})).}})).....))))))))).))))).,.....))))))))..)))))))).|.....,}.(((((.((((((.{((.((((((((........)))))},)).)),.))).)))....)))))..,))))})).)}...,)))))}..,.}))))).......})))).)))}))))})||||,,{{||||}},.{|||||,...,{{{{|,|||{{{{..|||||||,,{{||,,,,|||||||,,,,.}}}})}))))),,)))).)))..))))((((((((.....(((((((..(((((.....((((((.(((.........))).))))))...)))))..)))))))....)))))))).......{((((....))))}.|||||{{.,,,,,,.,,,)))))))))).)))))),...}))}}}.....,{{.((((.......)))).}},.........,)))))),..
Back