Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001461.4
Sequence Length
2331 nt
GC Content
0.4256
GAGUCUCCUCCAGAUCGCAGCUGAAGGAUCUGUUGAGCGCUUCAGGAAAGGCGGACAGGCGACACUAACAGGUGAAGAUCUCGGGAGACCAUGACUAAGAAAAGAAUUGCUGUGAUUGGGGGAGGAGUGAGCGGGCUCUCUUCCAUCAAGUGCUGCGUAGAAGAAGGCUUGGAACCUGUCUGCUUUGAAAGGACUGAUGACAUCGGAGGGCUCUGGAGGUUCCAGGAAAAUCCUGAAGAAGGAAGGGCCAGUAUUUACAAAUCAGUGAUCAUCAAUACUUCUAAAGAGAUGAUGUGCUUCAGUGACUAUCCAAUCCCAGAUCAUUAUCCCAACUUCAUGCAUAAUGCCCAGGUCCUGGAGUAUUUCAGGAUGUAUGCCAAAGAAUUUGACCUUCUAAAGUAUAUUCGAUUUAAGACCACUGUGUGCAGUGUGAAGAAGCAGCCUGAUUUUGCCACUUCAGGCCAAUGGGAAGUGGUCACUGAAUCUGAAGGGAAAAAGGAGAUGAAUGUCUUUGAUGGAGUCAUGGUUUGCACUGGCCAUCACACCAAUGCUCAUCUACCUCUGGAAAGCUUCCCUGGAAUUGAGAAGUUCAAAGGGCAGUACUUCCACAGUCGAGACUAUAAGAACCCAGAGGGAUUCACUGGAAAGAGAGUCAUUAUAAUUGGCAUUGGGAAUUCUGGAGGGGAUCUGGCUGUAGAGAUUAGCCAAACAGCCAAGCAGGUUUUCCUCAGCACCAGGAGAGGGGCUUGGAUCCUGAAUCGUGUAGGGGACUACGGAUAUCCUGCUGAUGUGUUGUUCUCUUCUCGACUUACACAUUUUAUAUGGAAGAUCUGUGGCCAAUCAUUAGCAAACAAAUAUUUGGAAAAAAAGAUAAACCAAAGGUUUGACCAUGAAAUGUUUGGCCUGAAGCCUAAACACAGAGCUCUGAGUCAGCAUCCAACCUUAAAUGAUGACCUGCCAAAUCGUAUCAUUUCUGGCUUGGUGAAAGUGAAAGGAAAUGUGAAGGAAUUCACGGAGACAGCUGCCAUAUUUGAGGAUGGCUCCAGGGAGGAUGACAUUGAUGCUGUUAUCUUUGCCACAGGCUAUAGCUUUGACUUUCCAUUUCUGGAAGAUUCCGUCAAAGUGGUCAAAAACAAGAUAUCCCUGUAUAAAAAGGUCUUCCCUCCUAACCUGGAAAGGCCAACUCUUGCAAUCAUAGGCUUGAUUCAGCCCUUAGGAGCCAUUAUGCCCAUUUCAGAGCUCCAAGGACGCUGGGCCACUCAGGUAUUUAAAGGUCUAAAGACAUUGCCCUCACAGAGUGAAAUGAUGGCAGAAAUAUCUAAAGCUCAAGAGGAAAUUGACAAAAGGUAUGUGGAGAGCCAACGCCAUACCAUUCAGGGAGACUACAUAGAUACCAUGGAAGAGCUUGCUGAUUUGGUGGGGGUCAGGCCCAAUCUGCUGUCUCUGGCCUUCACUGACCCCAAGCUGGCAUUACACUUAUUACUGGGACCCUGCACUCCAAUCCACUAUCGUGUACAGGGCCCUGGAAAGUGGGAUGGGGCUCGAAAAGCUAUCCUCACCACAGAUGAUCGCAUCAGGAAGCCUCUGAUGACAAGAGUAGUUGAAAGGAGUAGUUCUAUGACUUCAACAAUGACAAUAGGCAAGUUUAUGCUAGCUCUUGCCUUCUUUGCUAUAAUUAUAGCUUACUUCUAGUUGUCCUAUUGUCACUGCCCUGUUUUUCAUUGGGAAGCUUAUCUACAGAUGCCUUCAGAAUCUGACGAGAUUGACUCUCAGUUUCAUAUUGCCCAGAAAUCUACUUUAAUGUCUCUUUCGAAAGCAUUAAUUCACUUUCCUUUUUCCUACAAUGAAACCUGUUUUCCAUUUGUAUUAACUCAUCUCCCUUCCACUCAUGAUCCGUCACUCUUCCUUGUGGUAAUCCCUAGACUGGGAGCUCAGGUACUCUUUUAGUCAUCUUUGUAUGUCUUUAGCAGAGUUCUUGACAUGUGGUAGGUGCUUAAUAAAUGUUUGUUGUUUAUCAAAUUUUAUGGUAGGGAGAGUAAGUCAGCAUCGGUAUAAAAUCGCUUACUCCACGUAACUCUUCUUCUGAUAGGGUUUGAUUUUCUAUUAGAAGCUCAAUUUUAGUUUUUUUUCAUAUUAUAACUAAAUAUGUUUCCUGAGAGAUAAGAGAAAUAAUGUUCCUACAAUAGUUGUAUGUAUCUAAGAUAAGACAUAUAGAUGCUUAAGACAUUUUGUUUCACUUGCUAUUCACUAGUGUACUUGAAACAUGGUCAUUUUUAGCCCUUUUCCUUAGGAACCAUGUCUUUAUUUUCUCAAUAAAGAAAUUACUUUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-671.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -714.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 535.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((((((..(((((.((.(((.((..((..(((..(((((......)))))..)))..))..))..))).))..))))).))))))))........((((((((..((((.(((((((((((((((((.((((((((((..(((((.((.((.....((((.((((.........)))).))))...)).))))))).....)))))))((((((...))))))...(((.(((....(((((((..(((...(((((((.(((.((((((..............))))))..)))(((((((((((....(((((..............((((((((....(((((((((((((((....))))))))((((((...((((.......))))...))))))..............))).).))))))))))).....((((((..........))))))...))))).))))))))))).......((((((((((((((((((((.(((((.((((.((((((..(((.(((........))).)))..)))....(((((.(((((((((......((((((......((((((((.((((.....((..........)).....))))(((((.((....)).))))).........((((.(((((...(((((((((((((((((.(((((....((((((((.((((((...(((((((.......)))))))..))))))..((((.......))))((.((((((((.(((....(((((((.(((........)))..)))))))......)))..))))))))))..((((...(((((.....(((((.............))))).)))))...))))..))))))))(((...........)))..))))))))))).))))..((((..((..(.(((.((((..............))))..))).)..))..))))....(((((....)))))..........(((((........)))))..((((((((((((((.......))))))))..(((...)))....((((((((((((((....)))))).....)))))))).(((........))).))))))........((((((...(((......))))))))).(((((((..((((.((((((...(((((((((.((((((...............).)))))))))..)))))(((..(((((((((((..(((((...........((((...((((.....((((.......))))....))))..))))............(((((((((....)))....))))))........)))))...)))))))).)))...((((((.....(((((((((((((((..((......))..)))))))))))))))...))))))))).............(((((.(((((.((................)).))))).)))))...((((((.((((((.....))))..)))).)))).((((....))))...)))))).))))..))))))).((((((.(..(((....)))..))))))).........(((((((............))))))).....(((((....)))))...)))))))...))))).))))))))))))..))))))..))))))))).....(((((.........)))))..((((((((...)))))))).......)))))...........))).)))).))))).))))....))).))))))))))))).....((((.....)))).)))))))...))).....)))))))..))).)))))))))))))))).........((((......))))..(((((.(((((...((.(((......))).)).....))))).))))).((((((((((((.........((..((((((((((....(((......)))....))))).))))).)).........))))))..)))))).......((((((((((((.......))))))))))))))))))).)))))))))))).............(((((.((((((((.((.(((.(....((((..((.......(((.((.(((((((............))))))).)).)))....(((((((..(((...........)))..))))))).)).)))).....).))).)))))))))).)))))(((((((.....))))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.(((((({,.(((((.((.(((.((..((..(((..(((((......)))))..)))..))..))..))).))..))))).))))))),.,{,.,,.((((((((..((((.(((((((((((((((((.((((((((((..(((({{((.((.....((((.((((.......,.)))).))))...)).))))))).....)))))))((((((...}))))|...{{{.(({.,..(((((((..(((...(((((((.,{{{{{((((,...,,,....,,,)))))),.})|(((((((((((....(((((,,,....,,,....((((((((....(((((((((((((((....))))))))((((((...((((.......))))...)))))),,.......,,...))).).))))))))))).....((((((..........))))))...))))).)))))))))))}......((((((((((((((((((((.(((((.((((.((((((..(((.(((........))).)))..}}}....(((((.(((((((((..,,,.(((({{{,.,..((((((((.(((({,.{((({{{,......|{.,((.,.}}|,|||.||,,..||{|||}|{.,,,..,{((((.,((((,,{(({{{{({{{{{(((((({......,,}}},.|||||||{{({{{{{{((((,.,,.,,|}|,}}},.}))))),}})}|..{{.,({{(,,,.}}||||||.|||}}}}||||||{}|||},,,,}}})))}.,,,}},,.....,)))}}||||||(({{{{.{(({..,,..(,|||.{((((.............)))}}.)))))....,,...||{|||||,....}}}.}}}},.,,{(((.((((((..(((((......,{((((({,,.,,.......})))))))}(((((((((.{..(((({{{((....(((((....)))))(((((((((.(((((........)))))(((((((((((,(((,...{{{{,|,|||||{,(,....((({...((((((((((((((....)))))).....)))))))))))}.....,}})))}.,,,,))}}.....,|}},},}}}||...,}})))..((((.(((((((({(((({((((({,.{(((((((((.((((({...............,.)))))))))..)))))),|..{{{((((((((..(((((...,.,,.,..((((...((((.....((((.......))))....))))..))))...,}}......(((((((((....}},.},,))))))..|,,,..)))))...)))))))).))}..})))))).)))}}.,))))))))..))))......)))))))))..))))))))..}.))))))))).....(((((.,,.{.(((.(((((,((..............},)}.)))))))).)}.)))))))))).))))))...))))..,,,,.))))))))..,,,(((((((.....})))))).|....,,.(((({{{(..(((....)))..)))))))...{{{{{{(((((({,....,,.,||.,,,)),,.....(((((....)))))...},,,,)},,},))))})))))))))))).,})))))..))))))))).....(((((.......,.)))))..((((((({...)))))))).......)))))...........))).)))).))))).)))}...,))).))))))))))))).,,..{{,,.....,,,,.)))))))...))).....))))))).}))).))})))))))))))))....,{,..((((......))))},|{(((,(((((.,,((.(({,,,,,,}}}.},..,},))))}.}})))},||,||,|||||}},.{(({,.{{{((,,,,,,,,}}}}}|}}}}{,{|,|..{{{{{{{,.,,,..,|,,.....,,})))))))),,).)..,....((((((((((((.......))))))))))))))))))).)))))))))))).,,,,........{((((.((((((((.((.{((.{....,,{{{.,..|||...{{{,|{.(((((((.........,,.))))))).,,.|||....(((((((..(((.,,.....},,)))..))))))).|||},,,....,),))).)))))))))).))))|(((((((.....)))))))}........,,..
Back