Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001462.3
Sequence Length
2019 nt
GC Content
0.4299
CGAUCCAAUGGGAAGAAGAGAUCCAAUGGAUCCUCUAUCACGAAGAUAUUGAGAUAAGAACCAAUAUGGAUUUGCACCCACUGCAUUUGCAGCCUUGAGGUCAUAAGCAUCCUCAGGAAAAUGCACCAGGUGCUGCUGGCAAGAUGGAAACCAACUUCUCCACUCCUCUGAAUGAAUAUGAAGAAGUGUCCUAUGAGUCUGCUGGCUACACUGUUCUGCGGAUCCUCCCAUUGGUGGUGCUUGGGGUCACCUUUGUCCUCGGGGUCCUGGGCAAUGGGCUUGUGAUCUGGGUGGCUGGAUUCCGGAUGACACGCACAGUCACCACCAUCUGUUACCUGAACCUGGCCCUGGCUGACUUUUCUUUCACGGCCACAUUACCAUUCCUCAUUGUCUCCAUGGCCAUGGGAGAAAAAUGGCCUUUUGGCUGGUUCCUGUGUAAGUUAAUUCACAUCGUGGUGGACAUCAACCUCUUUGGAAGUGUCUUCUUGAUUGGUUUCAUUGCACUGGACCGCUGCAUUUGUGUCCUGCAUCCAGUCUGGGCCCAGAACCACCGCACUGUGAGUCUGGCCAUGAAGGUGAUCGUCGGACCUUGGAUUCUUGCUCUAGUCCUUACCUUGCCAGUUUUCCUCUUUUUGACUACAGUAACUAUUCCAAAUGGGGACACAUACUGUACUUUCAACUUUGCAUCCUGGGGUGGCACCCCUGAGGAGAGGCUGAAGGUGGCCAUUACCAUGCUGACAGCCAGAGGGAUUAUCCGGUUUGUCAUUGGCUUUAGCUUGCCGAUGUCCAUUGUUGCCAUCUGCUAUGGGCUCAUUGCAGCCAAGAUCCACAAAAAGGGCAUGAUUAAAUCCAGCCGUCCCUUACGGGUCCUCACUGCUGUGGUGGCUUCUUUCUUCAUCUGUUGGUUUCCCUUUCAACUGGUUGCCCUUCUGGGCACCGUCUGGCUCAAAGAGAUGUUGUUCUAUGGCAAGUACAAAAUCAUUGACAUCCUGGUUAACCCAACGAGCUCCCUGGCCUUCUUCAACAGCUGCCUCAACCCCAUGCUUUACGUCUUUGUGGGCCAAGACUUCCGAGAGAGACUGAUCCACUCCCUGCCCACCAGUCUGGAGAGGGCCCUGUCUGAGGACUCAGCCCCAACUAAUGACACGGCUGCCAAUUCUGCUUCACCUCCUGCAGAGACUGAGUUACAGGCAAUGUGAGGAUGGGGUCAGGGAUAUUUUGAGUUCUGUUCAUCCUACCCUAAUGCCAGUUCCAGCUUCAUCUACCCUUGAGUCAUAUUGAGGCAUUCAAGGAUGCACAGCUCAAGUAUUUAUUCAGGAAAAAUGCUUUUGUGUCCCUGAUUUGGGGCUAAGAAAUAGACAGUCAGGCUACUAAAAUAUUAGUGUUAUUUUUUGUUUUUUGACUUCUGCCUAUACCCUGGGGUAAGUGGAGUUGGGAAAUACAAGAAGAGAAAGACCAGUGGGGAUUUGUAAGACUUAGAUGAGAUAGCGCAUAAUAAGGGGAAGACUUUAAAGUAUAAAGUAAAAUGUUUGCUGUAGGUUUUUUAUAGCUAUUAAAAAAAAUCAGAUUAUGGAAGUUUUCUUCUAUUUUUAGUUUGCUAAGAGUUUUCUGUUUCUUUUUCUUACAUCAUGAGUGGACUUUGCAUUUUAUCAAAUGCAUUUUCUACAUGUAUUAAGAUGGUCAUAUUAUUCUUCUUCUUUUAUGUAAAUCAUUAUAAAUAAUGUUCAUUAAGUUCUGAAUGUUAAACUACUCUUGAAUUCCUGGAAUAAACCACACUUAGUCCUGAUGUACUUUAAAUAUUUAUAUCUCACAGGAGUUGGUUAGAAUUUCUGUGUUUAUGUUUAUAUACUGUUAUUUCACUUUUUCUACUAUCCUUGCUAAGUUUUCAUAGAAAAUAAGGAACAAAGAGAAACUUGUAAUGGUCUCUGAAAAGGAAUUGAGAAGUAAUUCCUCUGAUUCUGUUUUCUGGUGUUAUAUCUUUAUUAAAUAUUCAGAAAAAUUCACCAGUGAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-589.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -629.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 436.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((.((((((((((...)))).)))).))......((((((..........))))))(((((((((....((((....)))).(((((((..........)))))))...........((((..(((((((.(((........((((((.((....((.....))...)).)))))).........))))))))))..))))....)))))))))))))))))).((..(((((((.((....)).)))))))..))(((....((((((((.((.(((((((.(.((((..((((((.((.((.((((((...(((...(((.....))).)))...))))))..((((((((((.(((((......((........))......))))).))))))))))..((((....))))(((.((.((((((......(((.((((.((.((((((...((.....))..)))))).))))))))).....)))))).))))))))))))))).)))).))))))))))))))))))...)))...((((((((((.((((....(((((((.....((((..((((.......)))))))))))))))))))(((((.(((((((((..(((((((....((((.....))))....))))))).(((((((((((((((((((((((((((((((((((((..(.((((((.(((((........(((.....))).(((.(((.((((..(((((.(((.(((.(((((((((.((((((.((........)).)))))))).(((.((((((((.((((......(((.((........)))))(.(((....))).)..(((....)))))))..)))..........(((((........)))))((((.((((....))))))))..))))))))..(((......)))..)))))))..))).))).)))))..)))).))))))...........))))).)))))).)..)).)))))(((((((.((((((((((((.(.((.........)).).)))))).........((((..(((......)))..))))...((((((..(((((((((..............))))......(((((..........)))))....))))).))))))..)))))))))))))(((((((((..((((..((((.((((((.....((((((.........((((........)))).........))))))..)))))).))))))))(((((((.........)))))))...)))))))))....)))).(((((((((((.(((..(((.(((((....))))))))))).))))))))))).....))))...))))))))))..))))))))))))....))))))))).))))).(((((((((..(((.((...((.(((((((((((((((.(((((((((((((((.....)))))).........(((((((.....))))))).............(((((((((((((....))))))....)))))))..(((((........)))))..(((((...(((..(((((...(((((((....)))))))...))))))))...))))).............))))))))))))))).............(((((((((........)))))))))...(((((..((.....(((......))).......))..)).)))......((((..((((..((((((((((......))))))))))...))))..))))...)))))))))))...))))).)))))))))..((((((...)))))).........(((((..((......)))))))....((((((((.....)))))))).........(((((((((((((((....)))..)))).))))))))))))).)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((((.{{((((((((...))))}}))).}}......((((((.,.......,))))))(((((((((....((((....)))).(((((((..........))))))).....|,,...{(((..(((((({,(((.,......((((((.((....((.....))...)).)))))).........))))))))))..))))}...)))))))))))))))))),((,,(((((((.({,,..|}.}}}}))),,)){{(,,..((((((({.((.(((((({,(.((((..((((((.((.((.{((((({{,((({,.,,,....}),,.)))...)))}))..{(((((((((.(((((......((........))......))))).)))))))))}..((((....))))(({{({.((((((...{{.{((.((({.((.((((((...((.....))..)))))).))})))))),)...)))))).))))))))))))))).)))).))))))))))})))))))...))},,.((((((((({{((((....(((((((.....((((..{(((.......))}})))))))))))))))|{(((.(((((((((..(((((((....((((.....))))....))))))).((((((((((((((((((((((((({(((((((((((..(.((((((.(((((........{{{..{{{|,|.(((.(((.((((..(((((.(((.(((.(((((((({.((((((.((........)).))))))}|.(((.(((({{(({{{,,....,,(({,{(,....,...}}})|,{{{....))},|.,(((....))))})),,,............(((((........))))).(({{((((....))))))))}})))))))),|(({......)))..)))))))..})).))).)))))..)))).)))))).....},,...))))).)))))).)..)).))))){((((((.((((((((,,,,.{(((,{....,{{||.,.,}||||{{...,.,.,,,,,.,,..}}},,)))}},}))},,((((((..((((((({{.........,....}},,.....,(((((..........)))))}.})))))).))))))}}))))))))))))|(((((((((..((((,.{(((.((((((.....((((((.......({{(((........))))}........))))))..)))))).))))))))(((((((.,.....,.)))))))...))))))))),...)))).{((((((((((.(((.{{({.(({({..,,,)))),}}))).))))))))))).,,..))))...))))))))))..))))))))))))....))))))))).})}}|,(((((((((..(({{((...((.(((((((((((((((.(((((((((((((((.....)))))}.........(((((((,...,)))))))......,,..,,.{{((..(((((((....))))))},{||||,,,,}}|||||...}}},.}},}},,{{{((,,,(({{.(((((...(((((((....)))))))...)))))}))...})))},|,.........,)))))))))))))))....,,.,,....(((((((((........))))))))}...,,,{,.,||.....,((|.,,,.,,}...}}}.}},.||||||..,...{{{{.,||||..((((((((((......))))))))))...}}}}..}}}}...)))))))))))...))))).))))))))}..{(((((...)}}}}),,|,,....|||||.,{|.,,...)))))}},...{(((((((,,...))}))))),.,,,,,..{((((((((((({{{....,}}..)))),}))))))}}))))}}))))..........
Back