Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001467.6
Sequence Length
2312 nt
GC Content
0.5420
GUCCUAUUCGGGCUCCCGCCUCUGUUCAGGACACUGGGUCCCCUUGGAGCCUCCCCAGGCUUAAUGAUUGUCCAGAAGGCGGCUAUAAAGGGAGCCUGGGAGGCUGGGUGGAGGAGGGAGCAGAAAAAACCCAACUCAGCAGAUCUGGGAACUGUGAGAGCGGCAAGCAGGAACUGUGGUCAGAGGCUGUGCGUCUUGGCUGGUAGGGCCUGCUCUUUUCUACCAUGGCAGCCCAGGGCUAUGGCUAUUAUCGCACUGUGAUCUUCUCAGCCAUGUUUGGGGGCUACAGCCUGUAUUACUUCAAUCGCAAGACCUUCUCCUUUGUCAUGCCAUCAUUGGUGGAAGAGAUCCCUUUGGACAAGGAUGAUUUGGGGUUCAUCACCAGCAGCCAGUCGGCAGCUUAUGCUAUCAGCAAGUUUGUCAGUGGGGUGCUGUCUGACCAGAUGAGUGCUCGCUGGCUCUUCUCUUCUGGGCUGCUCCUGGUUGGCCUGGUCAACAUAUUCUUUGCCUGGAGCUCCACAGUACCUGUCUUUGCUGCCCUCUGGUUCCUUAAUGGCCUGGCCCAGGGGCUGGGCUGGCCCCCAUGUGGGAAGGUCCUGCGGAAGUGGUUUGAGCCAUCUCAGUUUGGCACUUGGUGGGCCAUCCUGUCAACCAGCAUGAACCUGGCUGGAGGGCUGGGCCCUAUCCUGGCAACCAUCCUUGCCCAGAGCUACAGCUGGCGCAGCACGCUGGCCCUAUCUGGGGCACUGUGUGUGGUUGUCUCCUUCCUCUGUCUCCUGCUCAUCCACAAUGAACCUGCUGAUGUUGGACUCCGCAACCUGGACCCCAUGCCCUCUGAGGGCAAGAAGGGCUCCUUGAAGGAGGAGAGCACCCUGCAGGAGCUGCUGCUGUCCCCUUACCUGUGGGUGCUCUCCACUGGUUACCUUGUGGUGUUUGGAGUAAAGACCUGCUGUACUGACUGGGGCCAGUUCUUCCUUAUCCAGGAGAAAGGACAGUCAGCCCUUGUAGGUAGCUCCUACAUGAGUGCCCUGGAAGUUGGGGGCCUUGUAGGCAGCAUCGCAGCUGGCUACCUGUCAGACCGGGCCAUGGCAAAGGCGGGACUGUCCAACUACGGGAACCCUCGCCAUGGCCUGUUGCUGUUCAUGAUGGCUGGCAUGACAGUGUCCAUGUACCUCUUCCGGGUAACAGUGACCAGUGACUCCCCCAAGCUCUGGAUCCUGGUAUUGGGAGCUGUAUUUGGUUUCUCCUCGUAUGGCCCCAUUGCCCUGUUUGGAGUCAUAGCCAACGAGAGUGCCCCUCCCAACUUGUGUGGCACCUCCCACGCCAUUGUGGGACUCAUGGCCAAUGUGGGCGGCUUUCUGGCUGGGCUGCCCUUCAGCACCAUUGCCAAGCACUACAGUUGGAGCACAGCCUUCUGGGUGGCUGAAGUGAUUUGUGCGGCCAGCACGGCUGCCUUCUUCCUCCUACGAAACAUCCGCACCAAGAUGGGCCGAGUGUCCAAGAAGGCUGAGUGAAGAGAGUCCAGGUUCCGGAGCACCAUCCCACGGUGGCCUUCCCCCUGCACGCUCUGCGGGGAGAAAAGGAGGGGCCUGCCUGGCUAGCCCUGAACCUUUCACUUUCCAUUUCUGCGCCUUUUCUGUCACCCGGGUGGCGCUGGAAGUUAUCAGUGGCUAGUGAGGUCCCAGCUCCCUGAUCCUAUGCUCUAUUUAAAAGAUAACCUUUGGCCUUAGACUCCGUUAGCUCCUAUUUCCUGCCUUCAGACAAACAGGAAACUUCUGCAGUCAGGAAGGCUCCUGUACCCUUCUUCUUUUCCUAGGCCCUGUCCUGCCCGCAUCCUACCCCAUCCCCACCUGAAGUGAGGCUAUCCCUGCAGCUGCAGGGCACUAAUGACCCUUGACUUCUGCUGGGUCCUAAGUCCUCUCAGCAGUGGGUGACUGCUGUUGCCAAUACCUCAGACUCCAGGGAAAGAGAGGAGGCCAUCAUUCUCACUGUACCACUAGGCGCAGUUGGAUAUAGGUGGGAAGAAAAGGUGACUUGUUAUAGAAGAUUAAAACUAGAUUUGAUACUGAACACUGUCAGUGAUUCAUUUUUUCAAAGUGAGACAGCUUCCUUGGGAAAUAUUGUCAAUACCUGCUCUUUCCACCCCAAAAUGGAAAGACUUCAUUUCCCUGGAAUGGGGAAGCUGAAGUGUAGAUGGACUCCUUUAAAACUCAUGCCUCCUCUGCCUUCACCUGAACAUUGAAUAGUUCAAUGAUUAUUUUAGAGAUAAAGCUAUUGGGUUGUGGACAGAUUAAAUAACUUGAUGGAGGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-901.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -942.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 713.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.....))))((((.(((((((((((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((.......(((........)))........))))))))))))))(((((((((((((((.((.......((((((..((((((((((((((((.(((.((((((((((((.((((((((((((((((.(((..........))).)))))..((((((((((((.((((((((.((((.(((((((..(((((...)))))..)...))))))))))..)))))...)))...............(((.(((..........))).)))......))))))))))))(((....)))....(((((........)))))((((((((((((..(((((((((((((...)))).....(((((((((.((((((((....)))).)))))))))))))..........))))))))).)))))))..)))))...............))))....))))))).)))))..))))))).)))))))))))....((((.(((((((...)))))))))))(((....))).)))).)))).((.(((((....))))).)).((((((((..((((((..(((.(((.....))).)))..))..((((((((((..(((((......(((((((.....(((((((........)))).)))((((((.((((((....))))).).)))))))))))))........(((((...(((.((.(((..((((((((((.(((((((.((((((...(((((((((..((((((...))))))....))).)))....))).(((((((((((.((((((((....))).........))))))))))))))))......((((....))))..))))))....((((((....(((((((...((..((((.(((.....))))))).)).))))))).....))))))....((((((.(.((.(((........))).))).)))))))))))))))))(((((.....)))))..(((((((((((..(((.(...((((......))))...)))).))))))))))).....))))))..))).))))).))))).(((..(((((((.....)))).)))..)))..((((((((.(((.....))).....((((.((((.(((((((..((.....))..))))))))))).))))......))))))))(((((..((((((((((.(((((....((((((......)))))).....)))))..(((.....))).)))).)))))))))))))))))))))))))))))).)))))))).....))))))(((.((.((....)).)))))............((((((.....)))))))).))))))))).)....)))))...)))))..))))).)))))))....(((((((((((((.(((((((......(((((.(((((....)))))..(((.(((((((.....))))))).))).(((((((((..((((.(((((((((((..((((((............(((((...((((.....)))).)))))))))))...)))).))))))).))))....)))))....))))....((((....((((.....)))).....))))........)))))......((((((((((....((((((..(((((.......)))))..))))))..................(((........)))......((.((((((......((((.(((.(((...((((((....)))))).(((...(((((............)))))...))).....(((((((.....)))))))..)))..))).))))..((((((((((..(((....((((...(((.(((((.((....)).))))).)))....((((((((((..(((((((.((((.(((...((((((......)))))).)))))))..)))......(((((((...)))))))(((((.((((...))))...)))))...))))..)))))))))).....)))).....)))..)))))))))))))))).)))))))).)))).)))))))))))...))))).)))).(((((...(((..(((((........))))).)))......)))))....((((....)))).))))))))..............)).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.....))))((((.(((({(({{{(((((((.(((((.(((((((((({{{{((((((.....,,(((,....,|,))}.,,.....))))))))))))))(((((((((((((((({{.......(((((((,(((((({{((((((({.(((.((((((((((((.(((((((..,,(((((.(((.......,..))).)))))..(((((((((((((((((,((({(({{.((((((,..(((((...)))))..,...))))))))))}})|||,...)))|,........,,...{{{,({,......,,,,))}.)))))....)))))))))))),{{{,,.||,{{{{(({{(...,..,.}}}}}((((((((((((..(((((((({{(({...}))}{{...((((((((({((((((((....)))).)))))))))))))....,,....))))))))).)))))))..))))),,......}}}}})})}))}}..))))))).))))},.))))))).)))})))))))....((((.(((((((...)))))))))))(((....||}.}||}}}}}}.|{,{|||{,,.,{|||,,,}.{{{{|{|{..{(({(({{({{.{{(,,..{|||{,,|..,)..|||||{{|||.,|||||...,,.(((((((,...,{((((((,......,|}||.|}}{(((((.((((({....))))).}.)))))))))))))..,...,.|{{,{.,,|{{,((.{{{,.{||{{{||||,||,||||},(((({,{{{{,(((((({.((((((...)))))).,..))).}||,...}}},(((((((((((.((((((((....))).........)))))))))))))))).|||||{,{{,|||||||{{||||||....{{{{||,{..(((((((...((..((({{(((.....})))))).)).)))))))..}.,|||||}.,,,||||||.{,({(((((..,,,,||||||||||||}|||}||},,}},}(((((.....)))))..(((((((((((..,((.({..((((......))))...)))).)))))))))))..{{{||||||{.}}}.,}}))}))))),(((..(((((((.....))))},)),.)))..((((((((.(((.....})).....((((.((((.(((((((..((.....))..))))))))))).))))..,...)))))))),|||{,,|||{{{||||,,{|||}|,},||{|||,,.{(((((|.....))))))...{|||,,..,|.|||||||||,,,}}},))))))))),,))})}))).}))))))),,,,}}}}}})|||.{{|{{,,,,|||}}))}|,||.....{{{((,,,,.}}}}))))))))))))))))),.,....,}}}},..)))))..))))).)))))))..||{((({{(({{{({.((({{|{{{|,.,(((((.(((((....))))){{(((.(((((((.....))))))).)),.|||{(((({,,((((.(((((((((((..,,,{,(,.,,{{{.....(((((...((((.....)))).))))))))))),..)))).))))))).)))),,}.)))))},..,}}}..},|||,....{{{{.....))))}}}}}},}}}}}},...)))},,..,.,||||||||,|,,..((((((..(((((,......)))))..))))))..,,,...,{{,,|||,.||},{{{|||,|,{{({{.,,,,,..,,{{((({,((({.(,({((({..((({(({{..||||||,{,,...|,|||,,}.}..}}}}.))),,...)),}}}}.|{{||||}}}.})}))}}),,)},..,,}.,)))..,|((((||{||{(((({{{({{{,..(((.(((((.((....)).))))).)))....((((((((((..(((((,(,{,{,.,{,.,,{(({{{......}))}}}{{(({.,...,))))},..(((((({...}))))))(((((.((((...))))...)))))..,))))..))))))))))(({...}))..,.{(((({{((((({,...,))))))).)))))},},||}||,,,,},,,....,,,,.))))))))),},}}}.}}||,.(((((({...})))))).,,,,,,,,,,},}},,}},..})))}},}))))))}..........,}}.)).)))).
Back