Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001470.4
Sequence Length
4525 nt
GC Content
0.5580
CUCUCUUCCCCCCGCCCUGCCUUCCCUUGCACCCUCCUUCUUCCCUCCGCCCGGGAGCUCUCCCUGGUCCCCGGCGCCGCCUCCUUCCCUCCCGGCUCCCCGCUCCCCGCUCCCGUGGCUGCCGCCGCCCCGGGGAAGAAGAGACAGGGGUGGGGUUUGGGGGAAGCGAGAGAGGAGGGGAGAGACCCUGGCCAGGCUGGAGCCUGGAUUCGAGGGGAGGAGGGACGGGAGGAGGAGAAAGGUGGAGGAGAAGGGAGGGGGGAGCGGGGAGGAGCGGCCGGGCCUGGGGCCUUGAGGCCCGGGGAGAGCCGGGGAGCCGGGCCCGCGCGCCGAGAUGUUGCUGCUGCUGCUACUGGCGCCACUCUUCCUCCGCCCCCCGGGCGCGGGCGGGGCGCAGACCCCCAACGCCACCUCAGAAGGUUGCCAGAUCAUACACCCGCCCUGGGAAGGGGGCAUCAGGUACCGGGGCCUGACUCGGGACCAGGUGAAGGCUAUCAACUUCCUGCCAGUGGACUAUGAGAUUGAGUAUGUGUGCCGGGGGGAGCGCGAGGUGGUGGGGCCCAAGGUCCGCAAGUGCCUGGCCAACGGCUCCUGGACAGAUAUGGACACACCCAGCCGCUGUGUCCGAAUCUGCUCCAAGUCUUAUUUGACCCUGGAAAAUGGGAAGGUUUUCCUGACGGGUGGGGACCUCCCAGCUCUGGACGGAGCCCGGGUGGAUUUCCGGUGUGACCCCGACUUCCAUCUGGUGGGCAGCUCCCGGAGCAUCUGUAGUCAGGGCCAGUGGAGCACCCCCAAGCCCCACUGCCAGGUGAAUCGAACGCCACACUCAGAACGGCGCGCAGUGUACAUCGGGGCACUGUUUCCCAUGAGCGGGGGCUGGCCAGGGGGCCAGGCCUGCCAGCCCGCGGUGGAGAUGGCGCUGGAGGACGUGAAUAGCCGCAGGGACAUCCUGCCGGACUAUGAGCUCAAGCUCAUCCACCACGACAGCAAGUGUGAUCCAGGCCAAGCCACCAAGUACCUAUAUGAGCUGCUCUACAACGACCCUAUCAAGAUCAUCCUUAUGCCUGGCUGCAGCUCUGUCUCCACGCUGGUGGCUGAGGCUGCUAGGAUGUGGAACCUCAUUGUGCUUUCCUAUGGCUCCAGCUCACCAGCCCUGUCAAACCGGCAGCGUUUCCCCACUUUCUUCCGAACGCACCCAUCAGCCACACUCCACAACCCUACCCGCGUGAAACUCUUUGAAAAGUGGGGCUGGAAGAAGAUUGCUACCAUCCAGCAGACCACUGAGGUCUUCACUUCGACUCUGGACGACCUGGAGGAACGAGUGAAGGAGGCUGGAAUUGAGAUUACUUUCCGCCAGAGUUUCUUCUCAGAUCCAGCUGUGCCCGUCAAAAACCUGAAGCGCCAGGAUGCCCGAAUCAUCGUGGGACUUUUCUAUGAGACUGAAGCCCGGAAAGUUUUUUGUGAGGUGUACAAGGAGCGUCUCUUUGGGAAGAAGUACGUCUGGUUCCUCAUUGGGUGGUAUGCUGACAAUUGGUUCAAGAUCUACGACCCUUCUAUCAACUGCACAGUGGAUGAGAUGACUGAGGCGGUGGAGGGCCACAUCACAACUGAGAUUGUCAUGCUGAAUCCUGCCAAUACCCGCAGCAUUUCCAACAUGACAUCCCAGGAAUUUGUGGAGAAACUAACCAAGCGACUGAAAAGACACCCUGAGGAGACAGGAGGCUUCCAGGAGGCACCGCUGGCCUAUGAUGCCAUCUGGGCCUUGGCACUGGCCCUGAACAAGACAUCUGGAGGAGGCGGCCGUUCUGGUGUGCGCCUGGAGGACUUCAACUACAACAACCAGACCAUUACCGACCAAAUCUACCGGGCAAUGAACUCUUCGUCCUUUGAGGGUGUCUCUGGCCAUGUGGUGUUUGAUGCCAGCGGCUCUCGGAUGGCAUGGACGCUUAUCGAGCAGCUUCAGGGUGGCAGCUACAAGAAGAUUGGCUACUAUGACAGCACCAAGGAUGAUCUUUCCUGGUCCAAAACAGAUAAAUGGAUUGGAGGGUCCCCCCCAGCUGACCAGACCCUGGUCAUCAAGACAUUCCGCUUCCUGUCACAGAAACUCUUUAUCUCCGUCUCAGUUCUCUCCAGCCUGGGCAUUGUCCUAGCUGUUGUCUGUCUGUCCUUUAACAUCUACAACUCACAUGUCCGUUAUAUCCAGAACUCACAGCCCAACCUGAACAACCUGACUGCUGUGGGCUGCUCACUGGCUUUAGCUGCUGUCUUCCCCCUGGGGCUCGAUGGUUACCACAUUGGGAGGAACCAGUUUCCUUUCGUCUGCCAGGCCCGCCUCUGGCUCCUGGGCCUGGGCUUUAGUCUGGGCUACGGUUCCAUGUUCACCAAGAUUUGGUGGGUCCACACGGUCUUCACAAAGAAGGAAGAAAAGAAGGAGUGGAGGAAGACUCUGGAACCCUGGAAGCUGUAUGCCACAGUGGGCCUGCUGGUGGGCAUGGAUGUCCUCACUCUCGCCAUCUGGCAGAUCGUGGACCCUCUGCACCGGACCAUUGAGACAUUUGCCAAGGAGGAACCUAAGGAAGAUAUUGACGUCUCUAUUCUGCCCCAGCUGGAGCAUUGCAGCUCCAGGAAGAUGAAUACAUGGCUUGGCAUUUUCUAUGGUUACAAGGGGCUGCUGCUGCUGCUGGGAAUCUUCCUUGCUUAUGAGACCAAGAGUGUGUCCACUGAGAAGAUCAAUGAUCACCGGGCUGUGGGCAUGGCUAUCUACAAUGUGGCAGUCCUGUGCCUCAUCACUGCUCCUGUCACCAUGAUUCUGUCCAGCCAGCAGGAUGCAGCCUUUGCCUUUGCCUCUCUUGCCAUAGUUUUCUCCUCCUAUAUCACUCUUGUUGUGCUCUUUGUGCCCAAGAUGCGCAGGCUGAUCACCCGAGGGGAAUGGCAGUCGGAGGCGCAGGACACCAUGAAGACAGGGUCAUCGACCAACAACAACGAGGAGGAGAAGUCCCGGCUGUUGGAGAAGGAGAACCGUGAACUGGAAAAGAUCAUUGCUGAGAAAGAGGAGCGUGUCUCUGAACUGCGCCAUCAACUCCAGUCUCGGCAGCAGCUCCGCUCCCGGCGCCACCCACCGACACCCCCAGAACCCUCUGGGGGCCUGCCCAGGGGACCCCCUGAGCCCCCCGACCGGCUUAGCUGUGAUGGGAGUCGAGUGCAUUUGCUUUAUAAGUGAGGGUAGGGUGAGGGAGGACAGGCCAGUAGGGGGAGGGAAAGGGAGAGGGGAAGGGCAGGGGACUCAGGAAGCAGGGGGUCCCCAUCCCCAGCUGGGAAGAACAUGCUAUCCAAUCUCAUCUCUUGUAAAUACAUGUCCCCCUGUGAGUUCUGGGCUGAUUUGGGUCUCUCAUACCUCUGGGAAACAGACCUUUUUCUCUCUUACUGCUUCAUGUAAUUUUGUAUCACCUCUUCACAAUUUAGUUCGUACCUGGCUUGAAGCUGCUCACUGCUCACACGCUGCCUCCUCAGCAGCCUCACUGCAUCUUUCUCUUCCCAUGCAACACCCUCUUCUAGUUACCACGGCAACCCCUGCAGCUCCUCUGCCUUUGUGCUCUGUUCCUGUCCAGCAGGGGUCUCCCAACAAGUGCUCUUUCCACCCCAAAGGGGCCUCUCCUUUUCUCCACUGUCAUAAUCUCUUUCCAUCUUACUUGCCCUUCUAUACUUUCUCACAUGUGGCUCCCCCUGAAUUUUGCUUCCUUUGGGAGCUCAUUCUUUUCGCCAAGGCUCACAUGCUCCUUGCCUCUGCUCUGUGCACUCACGCUCAGCACACAUGCAUCCUCCCCUCUCCUGCGUGUGCCCACUGAACAUGCUCAUGUGUACACACGCUUUUCCCGUAUGCUUUCUUCAUGUUCAGUCACAUGUGCUCUCGGGUGCCCUGCAUUCACAGCUACGUGUGCCCCUCUCAUGGUCAUGGGUCUGCCCUUGAGCGUGUUUGGGUAGGCAUGUGCAAUUUGUCUAGCAUGCUGAGUCAUGUCUUUCCUAUUUGCACACGUCCAUGUUUAUCCAUGUACUUUCCCUGUGUACCCUCCAUGUACCUUGUGUACUUUCUUCCCUUAAAUCAUGGUAUUCUUCUGACAGAGCCAUAUGUACCCUACCCUGCACAUUGUUAUGCACUUUUCCCCAAUUCAUGUUUGGUGGGGCCAUCCACACCCUCUCCUUGUCACAGAAUCUCCAUUUCUGCUCAGAUUCCCCCCAUCUCCAUUGCAUUCAUGUACUACCCUCAGUCUACACUCACAAUCAUCUUCUCCCAAGACUGCUCCCUUUUGUUUUGUGUUUUUUUGAGGGGAAUUAAGGAAAAAUAAGUGGGGGCAGGUUUGGAGAGCUGCUUCCAGUGGAUAGUUGAUGAGAAUCCUGACCAAAGGAAGGCACCCUUGACUGUUGGGAUAGACAGAUGGACCUAUGGGGUGGGAGGUGGUGUCCCUUUCACACUGUGGUGUCUCUUGGGGAAGGAUCUCCCCGAAUCUCAAUAAACCAGUGAACAGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1727.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1808.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 854.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((((((((((.((((.(((((((((.(((((((((((((((.((((((.((((.(.......).)))).))))...((((((((((((((((((((((.((((.(((((((.(((..(((.(((((((...............))))))))))))).))).)))).).)))..)))))).....))))((((((....))))))....)))))))))))))).)))))))))))...)))))))).))))).)))).))...))))))))).).((((((((.(.....).)))))))).((((..(((((((.(((......((((((.((((..(((((((((.(((((((((((.((((((((.(((((...))))).(((((((.....((........((.((((....)))).))....)).....))))))).)))))))))))(((.(((.(((((......))))).))).)))((((........))))..)))))))).....(((((((((((((.((((.((((((.......((((((..((((...(((((((.((.((((((((..((((((((((((((((.((((((((.(.....).)))))))).))))).)))).(((......))).(((((...(((((.(((((((((....)).))))))))))))..)))))..))))))((((((((..((.((......)).))..)))))))).(((.(((((((((......(((....)))(((.(((((.((........)).)))))))).((((.......))))...((((....((...(((((((........)))))))..))..))))))))))))).))))..))))))))))((((.(((.....)).).))))((((..(...(((.(((((((((((.....)))).))).))))((((....))))...)))..)..))))..))).))))..))))..)))))).((((.((.....)).)))).......((((((...((((((((((((.....(((((((.((((((.((((..(((((((((((.(((((.(((((.(((.((.....)).)))..)))))))))).)))).))))))).(((((.....)))))......((((((((.....((((((..............................)))).....)).....))))))))((((((.(...........).))))))(((((.....)))))((((((...((((((.....))))))....)))))).))))((((((.((((((..(((((.....)))))....)))))).))))))...((.(((((((.(((....(.((((((((((((......(((.(((((........(((......((((((...((((((((((.....)))))))))).....(((((...(..(((.(((((((((((((..(((((............((((((.....(((....((((((.....(((((.((((.(......).))))..)))))))))))(((((......(((.(((.((((((.(((((.((((........)))).)))..)).))))))))).))).....))))))))....)))))).............))))))))))).....((((((((((((..((((((((..(((..(((((..((.(((((........))))).))....).))))...))).))))(((.....))))))).)))))))).))))..........)))))))...))))..)))))....))))))......)))...))))).)))))))))).))))))....))).)))))))...))((((((((...(((......)))...)))).)))).)))))).)))))))(((.....)))(((........)))...))))))))))))..((((((((...........))))))))))))))))))))...(((((((...)))))))((((((((...((((((((.((.(((....(((((...((((((((..((((((.(((((.((((.((.((((...((((((.((((((((.((((................(((((((((((.(((...((((((((((....(((.((...(((((.(((((((((((((..((((((.(((.......((((((.(((.(((((((((((....((.(((((((((.....)))))))))..))(((((((((((...)))....))))))))((((......))))..(((((((((((((((((.......((((((((((....(((((.(......)))))).........((((....((..(((((....)))))..)).....)))).))))))))))))))))))))))).((((.(..(((.(((....))))))..).)))).......)))))))))))))).....).))).)).))))...(((((((((...((....))........((((((.(.((((..((((((((.((((((((..............)))))))).((....)).)))))))))))).).)))))).))))))))))))...))).))).))))).))))))..)).)).))).)).)))..))))))))))..))).)))....)))).))))((((((((((((....((((((((((.....((........))....)))))).)))).....((....)).....(((((((.....(((((((....((((((.....(((((((((.......)))).))))))).)))).....))))))))))))))...))))))))))))....)))))))))((((...)))).)))))))))...)))).)))))).)))))..)))))).)))).........)))))))))......))).)).)).))))))))))).)))...)))))))..))).))))))))))))))))..)).)).))))))......)))...((((((((....))))))))(((.((((((((((((.(((((((........)))))))..((((((((.(..((((((((..((..(....((((((((((((((((((((((..(((.((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((.(((.((((((....)))))).)))((((((((((((.(((.(((.........)))...)))))))).....(((((((..(((((.((...((((((((((......)))))....)))))...)).........((((((.((......((((.....((.........))...))))...)).)))))).)))))..))))))).(((((.......)))))...............))))))).(((........((...))........)))...)))).)).))))))))))))(((((.(((((((((...)))))((....)))))))))))........((((...)))))))))))))))))).................))).))))))).)))..))....)))))))(((((((((((.....((((...((((((...))))))..)))).....((..((((.............))))..)).(((.((......)).)))..((((((((.............))))))))...((((((((((.....((((((.............))))))......))))))))))((((((((((...((((((...))))))..))).))))))).......((((.(((.(((....))).))).))))...(((((.((((((((((.......((((((......)))).)).......))))))).((.((((......)))).))......))).))))).....(((((.((....................)).)))))..........))))))))))))))))))))).))))..)).))))))))..)))))..))))((.(((.((((......(((((.((((((.....(((((.......)))))..........((((((.((((((.......(((.((((((.(((((....((((((((.(((((((((.((..((((((((.((((((((.(.((..(((.....)))..)).).)))))))).))))))))..)))))))((((....)))))))).)))).))))...(((......)))((((...)))))))))..))).))))))))))))...)))))).)))))).))))))))).))).))...)).))))))))))..)))..)))))))..))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(.(((((((((((.((((.((((({(((.(((((((((((((((,((((((.((((.(.......).)))).))))...((((((((((((((((((((((.((({{(((((((.({,..(((.(((((((.,...........}.)))))))))),}).))),}))).).)))..)))))).....))))((((((....))))))....)))))))))))))).)))))))))))...)))),))).))))).)))).))...))))))))).).((((((((.(,...,).)))))))).((((..(((((((.{((,...,.((((((.((((..(((((((((,(((((((((((.((((((((.(((((...))))).(((((((,.,..{,........{{.((((....)))).)}..,.,,.....))))))).))))))))))),,,.(({.(((((......))))).})).||,((((........)))),,)))))))).....(((((((((({((.((((.((((((.,.((.{(((({({{((((...||}}}.|,,,,||||{|||..,(((((((((((((((.((((((((.,.....).)))))))).))))).)))).(((......))).(((((...((((,,(((((((((....)).))))))))))))..)))))..))))))((((((((..((.((......)).))..)))))))){((({(((((({(({..({{((({{{{,,|(((.,{{((.{,...,,,..))})}))))))}||||..,,,..||||...,,,,....||}}.(((((((.,....,.)))))))..||..,}}}||}||||||{||||{.,,,,,,,))))))))))),}(((((...((((,(((((,...,,..{((((((((((,...,))))},)).))))((((....)))),,.||,|{{,.......))))).)))})))),.,)))))..,,........}})})))}),,,...((((((...((((((((((((.{({.(((((((.((((((,((((..(((((((((((.(((((.(((((.(((.((.....}).)))..)))))))))).)))).))))))),(((((.....))))).,....(((((((({....{,{{((........,.....................)})),....,,...)}})))))))((((((.{.{{....}}..,.)))))){((((.....))))|(((((({{.((((((.....))))))...})))))),))))||((((.((((((..(((((.....)))))....)))))).))))))|{,{{.,(((({,.{((,,{,(,((((((((((((...,{.((((((((...}}))))))},..,..((((((...((((((((({.....})))))))))..,,,|{{{(...,..{{,.(((((((((((((..(((((.....,......((((((.....(((....((((((.....(((((.((((.{......}.))))..)))))))))))(((((......(((.((,{((((((.{((((.((((........)))).)))}.,}.))))))))).))).....)))))))}..,,))))))..,.,.,......)))))))))))....,((({((((((((.,((((((,({{((,..,,,(({.((,(((((........))))).}}....|.,,,},,.,)}.)))))}}}...}))))),).)))))))).))))..........)))))))...}}}}..))))}....)))))).,,{{,...,}})),,,.},,))))))).)))))}.,..}}|.|}}}}}|||,}}(({{{{{{,,|{||,,....))}..,)))).)))),))))}|,})}}}|},,,.....,}}|||.,...,.,,)))..))))))))))))..({((((((...........))))))))))))))))))))...(((((((...)))))))((((((((...((((((((.((.(((..,.(((((.,,(((((({(.{(((((({(((((,((((.((.((((...((((((,(((((((,.{{,,...........,((((({{..,,.(((.(((...((((((((((....(((.((...(((((.(,(((((({((((..((((((.({{.,,....((((,(,(((.{((((((((({.......{((((((((.....))))))))}..,|(((((((((((...)))....))))))}}{{....||||||||,.{(({(((((((((((({......{((((((((((....(((((.,......)))})}.........((((....((..(((((....)))))..)).....)))).))))))))))))))))))))))).((((.{..(((.(((....))))))..}.))))}}...,,.}}))))))))))).....,.))},)).)))}...(((((((((...,,.,..,,........((((((.(.((((..((((((((.((((((((...........,..)))))))).{(....)}.)))))))))))).).)))))).))))))))))),...))).))).))))}.))))))..}}.)).))).)).)))..))))))))))..))).)))..,,.}))))}..((((((((((((....((((((((((.....{(,,...,,,}}....)))))).)))).....{{....}}.....{((((({....,(((((((....((((.,{...,(((((((((,(....})))).))))))).)))).....))))))))))))))...))))))))))))....}}}))))))((((...)))).}))))))),,}.)))).)))})),))}}),,))))},.))))}}.}.))..,))))))))...},.))).)).)).))))))))))).)))...)))))))..))),,)))))))))))))))..)).)).))))))}.,,,.}}}...((((((((....))))))))(((.(((((((((({({(((((((........))))))),{(((({((({(..((((((((..((...,,,,((((((((((((((((((((((..(((.(((((((((((((((((((((((({,((((((((((((((((((.{((.((((((....)))))).))|((((((((((((.{{{.{{,.........,}}...}})))))).....(((((((..(((((.((...((((((((((......))))}...,)))))...)).........((((((.((......((({................,}...))))...)).)))))).)))))..))))))).(((((.......)))))......,,.......))))))),,||........,.....|,.......)},...)))).)).))))))))))}}(((({.(((((((((...)))))||....},,))))))))....,,,.((((...)))))))))))))))))).................))).))))))).)))..))....)))))))(((((((((((.....((({...((((((...))))))..}))).....({,,((((.,....|.....,)}}}.{||,.,({({....,|}|.|}}}}((((((((.............))))))))...((((((((((.....((((((.............))))))......))))))))))((((((((((.,.((((((...)))))),.))).))))))).{({...((((.(((.(((....))).))).))))...|||{{{(({(((((((...,...{(((((....,.)))).}}.......))))))}.||.{(((......))}|,||.......}}}))}.......({{{,.,{.|,,................}},))}},.,....},..))))))))))))))))))))).))).,,)).))))))))..|||||..|||....}||}||||....,,,||||.,|||||.},,,||((({{{.,..,,,))...))}}}|{((((((,((((({....,,.(((.((((((.(((((....((((((((.((((((((((((..((((((((.((((((({...{({{(((,,...,}},,))})})))))))).))))))))..))))))){(((....)))})))).)))).))))..{(((......)))|(((...))),)))))..))).))))))))))))...)))))),)))})).|||||}}}..,})))},,.)).)))))))))).,}))..)))))))..))))...................
Back