Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001544.5
Sequence Length
1290 nt
GC Content
0.5984
AUCUCUAGAGCCGGCCCUGGCUCUCUGGCGCGGGGCCCCUUAGUCCGGGCUUUUUGCCAUGGGGUCUCUGUUCCCUCUGUCGCUGCUGUUUUUUUUGGCGGCCGCCUACCCGGGAGUUGGGAGCGCGCUGGGACGCCGGACUAAGCGGGCGCAAAGCCCCAAGGGUAGCCCUCUCGCGCCCUCCGGGACCUCAGUGCCCUUCUGGGUGCGCAUGAGCCCGGAGUUCGUGGCUGUGCAGCCGGGGAAGUCAGUGCAGCUCAAUUGCAGCAACAGCUGUCCCCAGCCGCAGAAUUCCAGCCUCCGCACCCCGCUGCGGCAAGGCAAGACGCUCAGAGGGCCGGGUUGGGUGUCUUACCAGCUGCUCGACGUGAGGGCCUGGAGCUCCCUCGCGCACUGCCUCGUGACCUGCGCAGGAAAAACACGCUGGGCCACCUCCAGGAUCACCGCCUACAAACCGCCCCACAGCGUGAUUUUGGAGCCUCCGGUCUUAAAGGGCAGGAAAUACACUUUGCGCUGCCACGUGACGCAGGUGUUCCCGGUGGGCUACUUGGUGGUGACCCUGAGGCAUGGAAGCCGGGUCAUCUAUUCCGAAAGCCUGGAGCGCUUCACCGGCCUGGAUCUGGCCAACGUGACCUUGACCUACGAGUUUGCUGCUGGACCCCGCGACUUCUGGCAGCCCGUGAUCUGCCACGCGCGCCUCAAUCUCGACGGCCUGGUGGUCCGCAACAGCUCGGCACCCAUUACACUGAUGCUCGCUUGGAGCCCCGCGCCCACAGCUUUGGCCUCCGGUUCCAUCGCUGCCCUUGUAGGGAUCCUCCUCACUGUGGGCGCUGCGUACCUAUGCAAGUGCCUAGCUAUGAAGUCCCAGGCGUAAAGGGGGAUGUUCUAUGCCGGCUGAGCGAGAAAAAGAGGAAUAUGAAACAAUCUGGGGAAAUGGCCAUACAUGGUGGCUGACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGACAACAUAGUGAGACCCCGUCUAUGCAAAAAAUACACAAAUUAGCCUGGUGUGGUGGCCCGCACCUGUGGUCCCAGCUACCCGGGAGGCUGAGUUGGGAGGAUCCUUUGAGCCCUGAAAGUCGAGGUUGCAGUGAGCCUUGAUCGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGGGACAGAGCACGACCCUGUCUCCAAAAAUAAAAUAAAAAUAAAAAUAAAUAUUGGCGGGGGAACCCUCUGGAAUCAAUAAAGGCUUCCUUAACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-523.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -543.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 285.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((..((((((((((....))).)))))))......((.((((((........(((((((....((((....(((((((((.......))))))).((((.((((((((((((((.(((((.(((.(((((.((((.((((((.....))))...((((.((......))))))((((((..(((((((((((...))).)))).))))))))))(((((.((((((((.((.((((((((...(((.((......)).)))...))).))))).)).)))(((((((.(((((((((......)))))..)))).....((((((.((((((((.((((((((.......((((((.(((((((((((.((((((((((.(((((.............))))).))((((.((((((((((.......(((.......))).......))))...)))))).)))))))).))))))))))..((.(((((........))))).))..))))))).))))(((((((....(((((..((((.((((((((...(((......)))))))))))....)))).)))))))))))).((((.((((.......))))...))))...........(((((.(.(((.((((((((((.(...((((((........)))))).))))(((((......)).)))..)).)))))))).))))))))))))))..........((((.....)))))))).))))...((((((((((((.(((((.((((((((...((((((((((((((.(((.((((.(((.((((.(((.((....)).))).)))).))))))).).))..)))))))).))))))...)))..)))))........)))))..........((((((.........((((.((((.....)))))))).)))))).......))))))))))))...........))))))...))))))).....))))))))))..(((((((......)).)))))..................)).)))).))))).)))))....))).)))))))).)))))))))).))...)))))))))))..)))))).))..(((((((((......)))))))))(((((..(((..(((((...)))))..))).))))).(((((((.................................))))))).....))))))).......((((...)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((..((((((((((....})).)))))))......{{.(((({|...,,|{.(((((({...,((((.,..,,(((((((.......))))))).((((.((((((((((((((.((({,((((.(((,((,(((((((((((,...((((...)))).((((((({(((..(((((((..(((((((((({...))).)))).)))))))))))..}}}|{{(,(({.((.((((((((...(((.((......)).)))...))).))))).)),))),,...|,.(((((((((......)))))..))))..,..,,..)))))))(((({((((((({.......((((((.(((((((((((.((((((((((.(((((..,......}...)))))})){(((.((((((((((.......(((.......))).......))))...)))))).)))))))),,)))))))))..((.(((((........))))).))..))))))).))))(((((((....(((((..((((.((((((((...(((......)))))))))))....)))).)))))))))))).((((.((((.......))))...))))..........,((({{{(.(((.((((((((((.,...((((((........)))))),))))(((((......)).)))..)).)))))))).))))))))))))))..}).))).,))))}))))).,,}}.)))))),..||{{((((((((.|{{{{.((((((((...{((((|((((((((,(,.,((((((((((((....}})),,)))))))|||.}}..}}}}))}||||..}))))))).}})))}|..)))..})))},.......}}},,.........,((((({....{{{{,({{{.{|||,,...})))}}}}.|||||}....,)})))))))))))).((.,..{{{{{|{.,,{{{{{.{||,..),},,,))}))....}},))})}..),)),|.|||},.....................(((((((....))))))),))).)))))))).)))))))))).}}|..}||||}}}})}.})))))).}}..{((((((((......))))))))|(((((..(((..(((({...}))))..))).))))),(((((((.................................))))))).....))))))).......{{((...)))).....
Back