Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001549.6
Sequence Length
2390 nt
GC Content
0.4435
GCAGACAGGAAGACUUCUGAAGAACAAAUCAGCCUGGUCACCAGCUUUUCGGAACAGCAGAGACACAGAGGGCAGUCAUGAGUGAGGUCACCAAGAAUUCCCUGGAGAAAAUCCUUCCACAGCUGAAAUGCCAUUUCACCUGGAACUUAUUCAAGGAAGACAGUGUCUCAAGGGAUCUAGAAGAUAGAGUGUGUAACCAGAUUGAAUUUUUAAACACUGAGUUCAAAGCUACAAUGUACAACUUGUUGGCCUACAUAAAACACCUAGAUGGUAACAACGAGGCAGCCCUGGAAUGCUUACGGCAAGCUGAAGAGUUAAUCCAGCAAGAACAUGCUGACCAAGCAGAAAUCAGAAGUCUAGUCACUUGGGGAAACUACGCCUGGGUCUACUAUCACUUGGGCAGACUCUCAGAUGCUCAGAUUUAUGUAGAUAAGGUGAAACAAACCUGCAAGAAAUUUUCAAAUCCAUACAGUAUUGAGUAUUCUGAACUUGACUGUGAGGAAGGGUGGACACAACUGAAGUGUGGAAGAAAUGAAAGGGCGAAGGUGUGUUUUGAGAAGGCUCUGGAAGAAAAGCCCAACAACCCAGAAUUCUCCUCUGGACUGGCAAUUGCGAUGUACCAUCUGGAUAAUCACCCAGAGAAACAGUUCUCUACUGAUGUUUUGAAGCAGGCCAUUGAGCUGAGUCCUGAUAACCAAUACGUCAAGGUUCUCUUGGGCCUGAAACUGCAGAAGAUGAAUAAAGAAGCUGAAGGAGAGCAGUUUGUUGAAGAAGCCUUGGAAAAGUCUCCUUGCCAAACAGAUGUCCUCCGCAGUGCAGCCAAAUUUUACAGAAGAAAAGGUGACCUAGACAAAGCUAUUGAACUGUUUCAACGGGUGUUGGAAUCCACACCAAACAAUGGCUACCUCUAUCACCAGAUUGGGUGCUGCUACAAGGCAAAAGUAAGACAAAUGCAGAAUACAGGAGAAUCUGAAGCUAGUGGAAAUAAAGAGAUGAUUGAAGCACUAAAGCAAUAUGCUAUGGACUAUUCGAAUAAAGCUCUUGAGAAGGGACUGAAUCCUCUGAAUGCAUACUCCGAUCUCGCUGAGUUCCUGGAGACGGAAUGUUAUCAGACACCAUUCAAUAAGGAAGUCCCUGAUGCUGAAAAGCAACAAUCCCAUCAGCGCUACUGCAACCUUCAGAAAUAUAAUGGGAAGUCUGAAGACACUGCUGUGCAACAUGGUUUAGAGGGUUUGUCCAUAAGCAAAAAAUCAACUGACAAGGAAGAGAUCAAAGACCAACCACAGAAUGUAUCUGAAAAUCUGCUUCCACAAAAUGCACCAAAUUAUUGGUAUCUUCAAGGAUUAAUUCAUAAGCAGAAUGGAGAUCUGCUGCAAGCAGCCAAAUGUUAUGAGAAGGAACUGGGCCGCCUGCUAAGGGAUGCCCCUUCAGGCAUAGGCAGUAUUUUCCUGUCAGCAUCUGAGCUUGAGGAUGGUAGUGAGGAAAUGGGCCAGGGCGCAGUCAGCUCCAGUCCCAGAGAGCUCCUCUCUAACUCAGAGCAACUGAACUGAGACAGAGGAGGAAAACAGAGCAUCAGAAGCCUGCAGUGGUGGUUGUGACGGGUAGGACGAUAGGAAGACAGGGGGCCCCAACCUGGGAUUGCUGAGCAGGGAAGCUUUGCAUGUUGCUCUAAGGUACAUUUUUAAAGAGUUGUUUUUUGGCCGGGCGCAGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGCGGAUCACGAGGUCUGGAGUUUGAGACCAUCCUGGCUAACACAGUGAAAUCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGGCUGGCACCUGUAGUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCGUGAACCUGGAAGGAAGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUGCGCCCCUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCAAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGUUGUUUUCUCAUGUUCAUUAUAGUUCAUUACAGUUACAUAGUCCGAAGGUCUUACAACUAAUCACUGGUAGCAAUAAAUGCUUCAGGCCCACAUGAUGCUGAUUAGUUCUCAGUUUUCAUUCAGUUCACAAUAUAACCACCAUUCCUGCCCUCCCUGCCAAGGGUCAUAAAUGGUGACUGCCUAACAACAAAAUUUGCAGUCUCAUCUCAUUUUCAUCCAGACUUCUGGAACUCAAAGAUUAACUUUUGACUAACCCUGGAAUAUCUCUUAUCUCACUUAUAGCUUCAGGCAUGUAUUUAUAUGUAUUCUUGAUAGCAAUACCAUAAUCAAUGUGUAUUCCUGAUAGUAAUGCUACAAUAAAUCCAAACAUUUCAACUCUGUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-678.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -723.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 665.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((.((((((((((........((.((.(((((...((((((((((....((.(((.((...(((((.(((.((.(((((((((.((((...(((((.((((.....(((((.(((.((((((...)))))).)))(((....)))..)))))......)))).)))))....((((((..(((.((....)).)))..))))))..(((.((((((...)))).)).)))....)))).)))))).))).....(((.....))).....)).))).)))))....)))))...))...)))))))))).....((((......))))))))).)).))..)))))))))).....(((((((......(((((..((((((......(((((((..........)))))))......)))))).))))).......))).))))...........(((.((((((...((((.......)))).)))))).)))((((...(((((.(((.(.((((((.((..((....(((.((((.(..((((...((((((((((........))((((((.(.....(((((((.((((((.((....)).).)).)))(((((........)))))....(((((((.((.(.((.(((((.((((((((...(((..(((.((((((.........))).)))))).))).))))))...)).))))).)).).)).)).))))).)))))))..).)))))).)).))))))..))))..).)))))))...))....)).)))))).).)))....................(((((..((((...((((((((.............(((((.((...)))))))...))))))))...))))))))).(((((((((.((((((((((..............((((((((((((......(((((((((((((......(((((....(((((...(((.((((...)))).)))....)))))......)))))....(((((((...((((.((((((.....((((.((((............)))))))).((((....)))).))))))...)))))))))))..((((....)))).......(((.(.((((((((((..((((.((.......(((((...(((.((...(((((((((....((((((((..(((((.............)))))..))))...(((((((((...(((...((........)).)))....)))).)))))..........(((..((((((.((((((((((.......((((((.((...(((....(((((...))))))))..))))))))..(((((....((((((((..(((((....))))))))))...)))......))))).((((...)))).)))))))))).)))))).....)))))))..)))))).))))).)))))))).....(((((((....(((((..(....)..)))))..)))))))............)).))))..)))))))))).).)))..((((((((.((((......(((((.(((.....((((((((((.(.((((((..(((.(((.((..(((..((((.(((.(((....))).))).))))))))).))).)))..))).)))).))))))))))((((((((....)))))))))))(..(((.((((((((((...((((((((((((((((((.....((.......................)).....))))))))).)))))((((((.((.....)).)))))).(((((.(((..(.(((((((..((((.(((((((((((..(.((.(((.(((((........)))))))).)).)..)))))..((((((((((((.(((((.....(((........................)))..)))))))).))))................((((....((.((...)).))...)))).....((((.((((.....))))))))))))).((((.(((((.......)))))..))))...))))))..........))))))))))))..))).)))))........((((.((((((...............))))))))))))))......)))))))))))))..)((((((......))))))....)))))...))))))))))))))))...)))))))))..)))))))...)))))))))).))))).)))).)))))..)))))..))))..((((...))))......................)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,((((((,((((((((((........((.((.(((((...((((((((((....((.{{(.{,...(((((.(((.{{.(((((((((.((((...(((((.((((.....(((((.(((.((((((...)))))).)))(({....}))..)))))......)))).))))){{{{.,,,,|}}|((.((....}}.,||{{||||,,..,,,.,||||}},,.}}}.},.,})....)))).)))))).))).....(((.....))).....}}.))).)))))....))))}.,.)}...)))))))))}.....((((......))))))))).)).)}..)))))))))).,,..(((((((......(((((..((((((......(((((((..,,....,.)))))))......)))))).))))).......))).}))}.......,...(((.((((((..{((((.......)))),)))))).))),{{{,,.({{{,.(((.{.((((((.((..{,....((({{{((.(..((((...((((((((((........)){{{(({.,,,,..{((((((.((((((.((....)).).)).))}(((((........)))))....(((((((.((.(.((.(((((.{{((((((...(((..(((.((((((.........))),,))))),)}}.))))))...}}.))))).)).).)}.))}}}))).})))))},.,,}})))).}},})))))..}))),.).)))))))...,,.,,.)).)))))).).))).....,{{{......,,,..(((((..((((...((((((((...,{{....,},(((({,((...)))))))...))))))))...))))))))).(((((((((.((((((((({,....,,......,((((((((((((.,....((((((((((((((.....(((((,{,,(((((...(((.((({...}))).)))....))))).,....|||}}.,..{((((((,.,(((({(((((({({..((((.((((.,.,.......,)))))))).|||{.||||||..}}}},,...}}}}}}})))){.((((....)))).}..,{{({{,{,{(({{({({{..{{{{,{,.......|||||.,}}}}}|},},,{{{{||||....{{||||||}}||||{{{|,....}},.....,,..,,},...(((((((((...{((...,,..,.....}}.))),...)))).))))).......,.,(((..,{{{||,|(((({{{{|,,,...,(((({((((...(((....(((({...})))))))..)))))))),.{(({({{,.((((((((..(((((....))))))))))...}}).,}..,}))}}.||{||,,|}},.}}}}}))))).)})}}),,,.,}}}))}},||},}}},}|||||}}}}))}|{{{{{,{{||||||..||{{|,,|...,|,,|||||..}|}}|||||......|{{,||{},,|{,||||||||||{|||||{.|||{,(((,{{{{{,,,,,(((((.((({,...{(((((((((.(,((({((..(((,(((.{{{{((((,{(((.(((.{{{....}}}.})).)))})}|.||||}|}}|,|))}.}))).))}}})))}}{(((((((....))))))))}}}|,.|{|,({((((({({...{{|||||{((((((((({....,{{.......,,.....,........,,.....))))))))).))))|((((((.((.....)).)))))),{{{||.(((,,({(((((({...{((,(((((((({{,.,,.,{.((|{{{{{{..,,,...})))))))})),).})))))}}|{{((||||(({,||(({,,,..{{|........................))}.,)))))))}.)))},......|,.....,.,{{,....{|,||...}),)).,,))))..,,,|||{.((((.....)))),)))))}},.,|||,|||{{....,,,))}}),.))}),}})))))}........,{|||||}}|||||{.}}}.}}})),,.,,..,||||,((((((..,............))))))})}))))}......|||||}}}})))),..((((((......))))))....))))),..}})))))))))))))}..})))))))))}.)))))))...)))))))))).))))).)))).)))))..})})},,|})},.,||,,,,))})}......,.........,....}))))}.
Back