Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001556.3
Sequence Length
3938 nt
GC Content
0.5246
GUGACGUCAGAGCAGGAAGUGUUUGAGGAAGUCGCGCCGCGCUGCCCGCGUUAAGAUUCCCGCAUUUUAAUGUUUUCAGGGGGGUGUCAUAGCCCCGGGUUUGGCCGCCCCAGCCCCGCCUUCCCCGCCCCGGGGAGCCCGCCCCCUGCCCCGCGUCCCUGCCGACAGAGUUAGCACGACAUCAGUAUGAGCUGGUCACCUUCCCUGACAACGCAGACAUGUGGGGCCUGGGAAAUGAAAGAGCGCCUUGGGACAGGGGGAUUUGGAAAUGUCAUCCGAUGGCACAAUCAGGAAACAGGUGAGCAGAUUGCCAUCAAGCAGUGCCGGCAGGAGCUCAGCCCCCGGAACCGAGAGCGGUGGUGCCUGGAGAUCCAGAUCAUGAGAAGGCUGACCCACCCCAAUGUGGUGGCUGCCCGAGAUGUCCCUGAGGGGAUGCAGAACUUGGCGCCCAAUGACCUGCCCCUGCUGGCCAUGGAGUACUGCCAAGGAGGAGAUCUCCGGAAGUACCUGAACCAGUUUGAGAACUGCUGUGGUCUGCGGGAAGGUGCCAUCCUCACCUUGCUGAGUGACAUUGCCUCUGCGCUUAGAUACCUUCAUGAAAACAGAAUCAUCCAUCGGGAUCUAAAGCCAGAAAACAUCGUCCUGCAGCAAGGAGAACAGAGGUUAAUACACAAAAUUAUUGACCUAGGAUAUGCCAAGGAGCUGGAUCAGGGCAGUCUUUGCACAUCAUUCGUGGGGACCCUGCAGUACCUGGCCCCAGAGCUACUGGAGCAGCAGAAGUACACAGUGACCGUCGACUACUGGAGCUUCGGCACCCUGGCCUUUGAGUGCAUCACGGGCUUCCGGCCCUUCCUCCCCAACUGGCAGCCCGUGCAGUGGCAUUCAAAAGUGCGGCAGAAGAGUGAGGUGGACAUUGUUGUUAGCGAAGACUUGAAUGGAACGGUGAAGUUUUCAAGCUCUUUACCCUACCCCAAUAAUCUUAACAGUGUCCUGGCUGAGCGACUGGAGAAGUGGCUGCAACUGAUGCUGAUGUGGCACCCCCGACAGAGGGGCACGGAUCCCACGUAUGGGCCCAAUGGCUGCUUCAAGGCCCUGGAUGACAUCUUAAACUUAAAGCUGGUUCAUAUCUUGAACAUGGUCACGGGCACCAUCCACACCUACCCUGUGACAGAGGAUGAGAGUCUGCAGAGCUUGAAGGCCAGAAUCCAACAGGACACGGGCAUCCCAGAGGAGGACCAGGAGCUGCUGCAGGAAGCGGGCCUGGCGUUGAUCCCCGAUAAGCCUGCCACUCAGUGUAUUUCAGACGGCAAGUUAAAUGAGGGCCACACAUUGGACAUGGAUCUUGUUUUUCUCUUUGACAACAGUAAAAUCACCUAUGAGACUCAGAUCUCCCCACGGCCCCAACCUGAAAGUGUCAGCUGUAUCCUUCAAGAGCCCAAGAGGAAUCUCGCCUUCUUCCAGCUGAGGAAGGUGUGGGGCCAGGUCUGGCACAGCAUCCAGACCCUGAAGGAAGAUUGCAACCGGCUGCAGCAGGGACAGCGAGCCGCCAUGAUGAAUCUCCUCCGAAACAACAGCUGCCUCUCCAAAAUGAAGAAUUCCAUGGCUUCCAUGUCUCAGCAGCUCAAGGCCAAGUUGGAUUUCUUCAAAACCAGCAUCCAGAUUGACCUGGAGAAGUACAGCGAGCAAACCGAGUUUGGGAUCACAUCAGAUAAACUGCUGCUGGCCUGGAGGGAAAUGGAGCAGGCUGUGGAGCUCUGUGGGCGGGAGAACGAAGUGAAACUCCUGGUAGAACGGAUGAUGGCUCUGCAGACCGACAUUGUGGACUUACAGAGGAGCCCCAUGGGCCGGAAGCAGGGGGGAACGCUGGACGACCUAGAGGAGCAAGCAAGGGAGCUGUACAGGAGACUAAGGGAAAAACCUCGAGACCAGCGAACUGAGGGUGACAGUCAGGAAAUGGUACGGCUGCUGCUUCAGGCAAUUCAGAGCUUCGAGAAGAAAGUGCGAGUGAUCUAUACGCAGCUCAGUAAAACUGUGGUUUGCAAGCAGAAGGCGCUGGAACUGUUGCCCAAGGUGGAAGAGGUGGUGAGCUUAAUGAAUGAGGAUGAGAAGACUGUUGUCCGGCUGCAGGAGAAGCGGCAGAAGGAGCUCUGGAAUCUCCUGAAGAUUGCUUGUAGCAAGGUCCGUGGUCCUGUCAGUGGAAGCCCGGAUAGCAUGAAUGCCUCUCGACUUAGCCAGCCUGGGCAGCUGAUGUCUCAGCCCUCCACGGCCUCCAACAGCUUACCUGAGCCAGCCAAGAAGAGUGAAGAACUGGUGGCUGAAGCACAUAACCUCUGCACCCUGCUAGAAAAUGCCAUACAGGACACUGUGAGGGAACAAGACCAGAGUUUCACGGCCCUAGACUGGAGCUGGUUACAGACGGAAGAAGAAGAGCACAGCUGCCUGGAGCAGGCCUCAUGAUGUGGGGGGACUCGACCCCCUGACAUGGGGCAGCCCAUAGCAGGCCUUGUGCAGUGGGGGGACUCGACCCCCUGACAUGGGGCUGCCUGGAGCAGGCCGCGUGACGUGGGGCUGCCUGGCCGCGGCUCUCACAUGGUGGUUCCUGCUGCACUGAUGGCCCAGGGGUCUCUGGUAUCCAGAUGGAGCUCUCGCUUCCUCAGCAGCUGUGACUUUCACCCAGGACCCAGGACGCAGCCCUCCGUGGGCACUGCCGGCGCCUUGUCUGCACACUGGAGGUCCUCCAUUACAGAGGCCCAGCGCACAUCGCUGGCCCCACAAACGUUCAGGGGUACAGCCAUGGCAGCUCCUUCCUCUGCCGUGAGAAAAGUGCUUGGAGUACGGUUUGCCACACACGUGACUGGACAGUGUCCAAUUCAAAUCUUUCAGGGCAGAGUCCGAGCAGCGCUUGGUGACAGCCUGUCCUCUCCUGCUCUCCAAAGGCCCUGCUCCCUGUCCUCUCUCACUUUACAGCUUGUGUUUCUUCUGGAUUCAGCUUCUCCUAAACAGACAGUUUAAUUAUAGUUGCGGCCUGGCCCCAUCCUCACUUCCUCUUUUUAUUUCACUGCUGCUAAAAUUGUGUUUUUACCUACUACUUUGGUGGUUGUCCUCUUUUCGGCAAAGUUGGAGCGAGUGCCAAGCUCUCCAUCUGUGGUCCUUUCUGCCAAGAGCGACUCAUAGUAACCAGGAUGGGAGAGCAGCUGCCUUAUUCUGAAUCCCAAAAAUUACUUGGGGGUGAUUGUCACAGAGGAGGGACAGAAAGGGUAUCUGCUGACCACCAGCCUGCCUACCCAUGCCCAUGUCUCCAUUCCUGCUCAAGCGUGUGUGCUGGGCCGGGGAGUCCCUGUCUCUCACAGCAUCUAGCAGUAUUAUUAAAUGGAUUCAUUUUAAAAAUAGCUCCUAUAUUUUGUAACAUGUCUCAAACACUCAUACUGGGUUCCACAAUCCACUGUUAGAAUACCUAUGGUUAGGGCUUCUGAACUAAAAUAAUGGAAAAUUUUAACAAUUUGUAUAGUGCCUGGAUCAUUACUAGUGCCAUAACCCUGCUUCUUCAACAUUUCACAGAACUUCUCUUUUAUAUAAAGGCAAGAGCACAAAAUGAGUUCAGAUGAUCACAAACAGGUGAGUUUUGUUGGAGAAGAAAGUUGGAGUAGGAGACUUUCACAAGUGGUUUCCAUGGAGAUAGAAUGAAGCAUUCUGUGGUCAAGUAAGUUUAGGGAGCUAUUCAUGUUUCACUUGCUUUGUGGAGAUUCACACUAUGCACUGGGAAAGUAUCUGAAAAGUCUUAUAAUAAAGAAACAGGCUUAACUUUGUGUAAGAACACUGUUUAUCAAUGUCAUUUGGCUAUAGAAACAUUUUCUCCUGCUGAUUGUGUGUGUGAAACAUGUAUUAACAUUCCAAUGAACUAGCAUUUAAUAAAGCACAAUUUUGGAAACCCUGGUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1370.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1441.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 1299.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((((((((...((((((((.(((((.(.(((...((((((((((......))))))))))...))).).))))).........(((((.((((((....((.((((((((((((...))))))).....(((..(((((((((..((((.(.(((.(..((...(((..((((....)))))))..))..)))).)...))))..)))))))))..)))............(((((((..(.(((((.........(((..((((((......))).))).)))..(((((...(((((..((.....))..)))))..))))).))))).)..))))).))))))).))((((....)))).....((((((.((((.......((.((((((((((((......((((((((....(((.(((..(((((((.((....((((...(((((.((((((((.(((((.((..((((.....)))))).)))))......(((((....))))))))))))).))))).)))).......((.((((((((((.(((..((..((((.((((((((.(((..((((........)))).....))))))).))))))))...))..))))).)))))))).))....(((((((((........))))))))).))...)))))))...))).)))...((((((.(((((.(((.((((((((((..(((.(((.((.(((((....(((.(((.((((((.(((((.(.(((((.........)))))).))))).....(((((.......(((...)))(((((...))))).((((((....((((..((((((((..(((.((((....((((.(((..((.((.((..(((((((((((.......(((.(((...((...(((((((..........)))))))...)).)))...))))))))))))))..((..(((.(((.....))).)))))..)).)).))..))).))))((((......))))...((..((((....)))).))..((((..(((((((.(.(((.(.(((.(((((..(((....(..(((((.....)))))..)((((((((................)))))))).)))..))))))))).))).)))))))))))))))))))....).)))))))...)))).))))))))))).)))))).)))..)))))))).))....((((((((((......(((.((((....((((........))))....))))))).....)))))....)))))(((((.........)))))........(((....))).))))))...)))))))(((((((..((((.....))))............(((..((....))..)))((((((((((.....))))))))))))))))).(((((((........)))))))......)))))))))))..))))))..)))))))))).)))))))))).))....(((...((((((..(((((.((((((....(((((((.((((((((((...(((....))).....))))))...)))).))))))).........(((((......)))))..((..((((.((((......((((((.......))))))....))))))))..)))))))).((((.....((((((((((((((((...((((((............)))))).....))))).....))))))))).))..))))(((((...((((.(((((.....((((((((((((((((((.((..((((.(((((..(((.(((.((((((..((((..(((....((.(((......)))..))....(((..(((.((((((.((((..........((((((((((((((((((......(((((.((...(((............)))...)).))))).((.(((((.((((((...(((((..(((((.......).))))...((((..((((((.(((.((((.......((((.(((((.....(((((((((((((((((((.....((((......))))...)))))))....(((((...))))).(((((.(((((.......))..)))))))).(((....))).............))))).))))))).....)))))..))))...((...))....((((....))))((((((.....(((.....)))..)))))))))).))).)))))).)))))))))......(.((.(((((....))))).)).)...)))))).))))).))...((......))((((((((.....(....)......))).))))))))))))))..((((((((...(((((((......))))))).)))))))).((((......((((..(((((((((((((......)))))).....((((((((((((((..(((((((....((.(((...))).)))))))))))).)).))))))))).)))))))....))))...)))).(((((...))))).(((((....)))))...))))))))))))).))))))......)))..))).((((.....)))).))).)))).)))))).))).).))..))))).))))......(((((((((((.(((.(((((((((...........))))).)))).)))...((((....(((((((.(((((....((.(((((.(((.(((((.(((....))).).)))).))))))))..))....))))).)))))))...)))).)))).))).....)))))).)))))))))).)))...))))).)))))))))....)).)))....)))))..))))))....))).)))))))))).(((((.....))))).........)))))).))))).......))))))))....)))))).))))).((((((((((((((............((((((.((((((.((((.....))))..))).))).))))))(((((((..((((((((((((......)))).))).)))))...........))))))).(((((............(((((.......)))))((((.((((...(((((((((((.....(((((...((((.....)))).))))).(((..(((((.((...(((.(((.....)).).))).)))))))..))).)))))).))))).))))))))..)))))..(((((((((..((((((...((((((.......))))))...((((((.(((.((((.((...((((((....)))))).(((((((((..((((..((((..(....)..))))....))))...)))))))))...(((((((((..((((((.((((...(((..((((....(((((((((((..((((.(((((((((((............)))))........)))))).).)))((((......))))....)))))))))))...))))..)))(((((((.........)))))))...((.((((((((...))))))))..))((((((((....(((((.......))))))))))))).)))).)))))))))))))))..((((((((.((((...((((..((.(((...(((((((((((........))))..).)))))).....))).))..)))).))))...))))))))........)).)))).))).))))))...........))))))....))))))))))))))))))))))).....))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,((((((((((((((...((((((((.{{((({({(((,..((((((((((......))))))))))...}}},|{|||,,....}}}}}((({(,((,..,.)}}}|}}{{,.(((((((,{{{(,(({(((({(,,(((((((((((({{((((.(.({(.({{.{{,.{{{,,((((....))))))}...,.,,({({({..,(({...,}||{{|{{{|||..........,|{{(((((..|.{((({...,{{,..,{{,.{||{|{||||..,||.|,.....,.{({((...{||||,}|..,.,})),,)))}}..}}}}|,))))).,..))))).))|||((({,({((.,..||||.,{,.((({{(((.({,(((,.{(((((((,{(((((((({.,.(((((({{.,|||||.({{..{(((({(,{{,,.{{(((,{{(((((.((((((((.(((((.((..((((,...,)))))).)))))......(((({....})))))))))))).))))}.}|||{,{{{,,((.((((((((((.(((..((..((((.((((((((.(({..((((........)))).....))}))))}}}))))))...))..))))).)))))))).)}....(((((((((........))))))))).}),..,||||||{.,|||.,,|,|||}}|||{{{,|||},.....)))})}}}}||||}||,||||||.({((.{,,.||||{||.,{|(,(((.,.{{{{,...,,..,,},))),.}))))}}|,}}||||||(((((((((,{((((((((.((((..............)))).))))))))..,},})))))))}.|{||,||{..,,.{{.,{,.(((((((((((..,,.,((((,(((,..{(,{,{{{{{{|,,,,,,,,.,))))}}}.,.,}.,,....}}}))))))))))).,||||{((.(((.....})).))}|||,|}.,}|}},.}})})))}((((....,.)))),,.{{..{{{{....)))),))..{(((,.{((((({{(.(((.(.(((.(((((..(((....{..(((((.....)))))..}((((((((................)))))))).)))..))))))))).))).))))))))))))|,||||,.,||}||||||||.,,|..{,|||||{({(((.,(((((.,||,.}|}||{}}}||,,,.,,|{{{||,|.,{|.{(((.{{{{,,,.,,,,,.,,.}}}).))}...}},})))}}}}})))))...})),))..||}}}}}}}..}}}.....,....,,}}}}...((({......)))))))).))))))}.,)))....}}))}|,{{,.((((({,.{.((((..{{|...,}}{(((((((((.....)))))))))},}))))|.(((((((........))))))).})}}))}.,,,|}}},,.||}}||.|}}}}}}}.))}.||,|{,.{{.{{,.{{,,,,..||..},.||||{||(((((({...(((((((.((((((((((...(((....))).....))))))...)))).))))))).......,.(((((......)))))...|,.{{((,{(({......{((({{..,....})})))...,))})))))},,)))))))....}}.}}}||,,||||,|||||,|}}}||||,|,,.,..,.....}}}}}}.,...,}|||,,..{|||||}}||.||,.},,,.|||.,}..|||,||}|||,,.,{{{{{{|..{{{||((((({.((((({...,(,{((((((,..((,,{{{(((({{(,{({{{{,..(((,.....|||.,||{,((,.,..||{{{{,...|{((({.{...{{{{{,(((((,(((((((((((.,{,.,,{{({(.....}},.{{{{{,{,,.,}}...}|||||||,({.,,|||,,|||||}}.,((((,{((((({{{....||||||{..((((..{(((((,(((,(((,.......((((.(((((.....(((((((((((((((((((..,..((({......)))),..)))))))....{((((...))))).(((((.(((((.......)),.}))))))).(({....})).............))))).))))))).,...)))))..))))...{|,..},...,||||,,}.|,||((((((.....(((.....)))..)))))),,)).}},.)))))).))))|||},......,.((.(((((....))))).)).}...,|||}}.}||}|,,{(({{{....,,)),))))||,.,.,.,,,.....,,,{|{({{{(((((.(((.((..((((((((...,((((({......)))))},.)))))))).))))}..||{{{((((((((((.((((,.......))))))).))))))))))),||,{(|{((((((,....{{((({{{{|,,.,,.)))))))))}),.,)))),,)))))),)},.,.,||||,|||}}}|||||{...))))}.{|{{|,,,.)))))}}},))))))))).,)))).,,|{{,.{{{{||..||,{.,,,}},|)))|,},}))})))}}}.,}))))...}|||,||,||||,,...,,||||,},{{{{{.{{{.(((((((((,,....,,...))))).)))).}})}},))},,..,|||||||,||{||....||}|||||}}|}}|||||}||,...},))})}||||..|||||,...,,....,,,,,})))),,)}}}((((((.(({{({.{{|{|,,.|,,,,},}))).)),)},.,))).))))))}))))}}}}}))).}}.,,}}))))})))))))}}))),)))))))))))}|((((.....))))}......,})))}})).})))),,,}}..))))))))....)))))).))))).((((((((((((({....,.,,,,..,{||||}{(({{(,(,(({{{{{,,,)}})))},))},)}}},((((((((((((((((({{((,{....)))).))).)}),}......})))}))))))).(((((......,{{..,(((((.......)))))|(((,,,,|}}}(((((((((((.....(((((...((((.....)))).))))).(((..(((((.({...(((.,((,,...}),),),).)))))))..))).)))))).))))).,)))})),..)))))..(((((((((..((((({...{{(((({,,.,,.}}}}}},,.((((((.(((.{(((.({.,.((((((....}))))}.,{((((((..((((...,|||}.,}}}}),.}|||.,,..,}}...}}}}}},||...{{{{{{({(,,((({{{.{{{|,,,,|{,.{{{{....(((((((((((..{(((.(((((((((((,,......,,,.}))))........)))))).,.}},{(((......)))),...)))))))))))...))})},}}}(((((((.......,.))))))).,{(,.((((((((...))))))))..}}{{{({{{{....{{{||,,...,,))))))))}}))}.)))).))}})}))}}}}|||..(({{((((.{(((...{(((,,({.{({.,{{{{{{{,|{{..|,..,,}))})..}.)}}}}}..,..}}}.}}..)))}.}})),,.}})))))),,}},,,.}),)))),))).))))))...........})))))....))))))))))))))))))))))).....)))}....
Back