Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001860.3
Sequence Length
1723 nt
GC Content
0.4689
GAACUGACUCGGAGCGAGGAGACCCGAGCGAGCAGACGCGGCCCUGGCGCCCGCCCUGCGCACUCACCAUGGCGAUGCAUUUCAUCUUCUCAGAUACAGCGGUGCUUCUGUUUGAUUUCUGGAGUGUCCACAGUCCUGCUGGCAUGGCCCUUUCGGUGUUGGUGCUCCUGCUUCUGGCUGUACUGUAUGAAGGCAUCAAGGUUGGCAAAGCCAAGCUGCUCAACCAGGUACUGGUGAACCUGCCAACCUCCAUCAGCCAGCAGACCAUCGCAGAGACAGACGGGGACUCUGCAGGCUCAGAUUCAUUCCCUGUUGGCAGAACCCACCACAGGUGGUAUUUGUGUCACUUUGGCCAGUCUCUAAUCCAUGUCAUCCAGGUGGUCAUCGGCUACUUCAUCAUGCUGGCCGUAAUGUCCUACAACACCUGGAUUUUCCUUGGUGUGGUCUUGGGCUCUGCUGUGGGCUACUACCUAGCUUACCCACUUCUCAGCACAGCUUAGCUGGUGAGGAACGUGCAGGCACUGAGGCUGGAGGGACAUGGAGCCCCCUCUUCCAGACACUAUACUUCCAACUGCCCUUUCUUCUGAUGGCUAUUCCUCCACCUUAUUCCCAGCCCCUGGAAACUUUGAGCUGAAGCCAGCACUUGCUCCCUGGAGUUCGGAAGCCAUUGCAGCAACCUUCCUUCUCAGCCAGCCUACGUAGGGCCCAGGCAUGGUCUUGUGUCUUAAGACAGCUGCUGUGACCAAAGGGAGAAUGGAGAUAACAGGGGUGGCAGGGUUACUGAGCCCAUGACAAUGCUUCUCUGUGACUCAAACCAGGAAUUUCCAAAGAUUUCAAGCCAGGGAGAAGGGUUCUUGGUGAUGCAGGGCAUGGAACCUGGACACCCUCAGCUCUCCUGCUUUGUGCCUUAUCUACAGGAGCAUCGCCCAUUGGACUUCCUGACCUCUUCUGUCUUUGAGGGACAGAGACCAAGCUAGAUCCUUUUUCUCACCUUUCUGCCUUUGGAACACAUGAAGAUCAUCUCGUCUAUGGAUCAUGUUGACAAACUAAGUUUUUUUUAUUUUUCCCAUUGAACUCCUAGUUGGCAAUUUUGCACAUUCAUACAAAAAAAUUUUUAAUGAAAUGAUUUCAUUGAUUCAUGAUGGAUGGCAGAAACUGCUGAGACCUAUUUCCCUUUCUUGGGGAGAGAAUAAGUGACAGCUGAUUAAAGGCAGAGACACAGGACUGCUUUCAGGCUCCUGGUUUAUUCUCUGAUAGACUGAGCUCCUUCCACCAGAAGGCACUGCCUGCAGGAAGAAGAUGAUCUGAUGGCCGUGGGUGUCUGGGAAGCUCUUCGUGGCCUCAAUGCCCUCCUUUAUCCUCAUCUUUCUUCUAUGCAGAACAAAAAGCUGCAUCUAAUAAUGUUCAAUACUUAAUAUUCUCUAUUUAUUACUUACUGCUUACUCGUAAUGAUCUAGUGGGGAAACAUGAUUCAUUCACUUAAAAUACUGAUUAAGCCAUGGGCAGGUACUGACUGAAGAUGCAAUCCAACCAAAGCCAUUACAUUUUUUGAGUUAGAUGGGACUCUCUGGAUAGUUGAACCUCUUCACUUUAUAAAAAAGGAAAGAGAGAAAAUCACUGCUGUAUACUAAAUACCUCACAGAUUAGAUGAAAAGAUGGUUGUAAGCUUUGGGAAUUAAAAACAAACAAAUACAUUUUAGUAAAUAUAUAUUUUUAAAUAGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-539.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -572.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 304.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.(((((..(.....)..))))).(.((((..(((((......).)))).)))).)..((.(((.(((..((((..(((((((.(((.(((((((((((.(((((((((((((((((((.((((.((((((((((..((((((....((((((((((.((.(((((....(((((..(((...(((((....(((((((((...)))).(((((....(((((..((((.((((((((.....(((.(((.(((((((((((.(((((((((.((((((((.((((......)))).....)))))))).(((((..(((((...)))))..)))))((((...))))..))))))..........((((((((((.((((((((((........).))))))..))).))......))))))))........)))))))))((((((.((((((((((((.....)))))))).........)))).)))))))))))))))))....)))))...(((((.((((((((..(((((.......)))))..................(((...((....)).)))..))))))))))))))))))))..)))))....((((((((..((..(((....)))..))..)))))))).......))))).)))))))))).))).)))))...))))))))).((((..((((((.....))))))...))))(((.(((((((.((((.((.((.((.(((((((((.(((((((.(((..(((....)))...))).)))))))....((((((..(((((((((.....(((((((((.((((((...((((.(.((((........)))).)))))...)))))).)).))))).))...))))...((.((...)))).))))).)))))).....(((((((((...))))))))).....)))..)))))).)).)).)).)))).)))))))..)))((((...))))...((..((((((((((((....((((((((((.................)))))..)))))((((.((((((.(((((((.((..((.....(((((((((...)))))))))))..)))))))))))))))..))))........(((((((.....)))))))(((((((((.(((((.....(((((((..........)))))))..(((((..((((((((....)))))))))))))(((((.....)))))......(((((((((((((((((...(((((..(.((((((..(((..((.....))..)))..)))))).)..))))).))))).))))))).))))).......))))))).)).....)))))............((((((((((((((.............)))))))....)))))))))))))))))))..))....))))))))....)))))))))))).))))............(((.((((((((..........))))).))).))).)))).))))))).))))))))(((((..((((.....))))..)))))))))...))))))))))).((((............)))).))).))))))).)))).))).))))).(((((((........(((......)))........))))))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{((.(((((..(.....)..))))).{.((((..(((((......)})))).)))).}..{{.(((.(((..((((..(((((((.(((.(((((((((((.(((((((((((((((((((.((((.((((((((((..((((((....((((((((((.((.(((((....(((((..(((...(((((....(((((((((...)))}.(((((,,,,(((((..((((.(({(((((,..,.(((.(({{(((((((((((,{{(((((((.((((((((.((((......)))).....)))))))},((({(..(((((...)))))..}))})|||{...,})}..))))))....,,.,..((((((((((.((((((((((........).))))))..))).)}.....,))))))))......,})})))))))((((((.((((((((((((.....)))}}}}},,,.....,)))).)))))))))))))))))..,,)))))...(((((.((((((((..(((((.......})))}..................(((.,,{{....)).)))..)))))))))))))}))))))..)))))....,||||(((..{{..{((....|||..|}..}}}}}))}}},....))))),)))))))))).))).)))))...))))))))),((((,,((((((.,,..}}})))...}}}|(((.(((((((.((((.(((((.{{.((((,((((.(((((((.(((..(((....)))...))).)))))))....((((((..(((((.{.....{(({,((((((.(((((({{.(((,,({(,,,}}},...,)),)}),)))))...)))})))))))||{{{{{,......}||.||,,.,,,}.))))).))))))...,{{{(((((({...})))))))),....)))}..))))},,)))).},.)))).)))))))..)))}.,||||}},}.,.{{..((((((((((({....,,,...|}}.........,((((((((({,{,...,|{{((((.((((((.(((((((.((..,,.....(((((((({...}))))))))}}..)))))))))))))))..))))}}.......,(((({.....))))|(((((((,(((.(((((.....{((((((..........))))))}..(((((..((((((((....)))))))))))))(((((.....)))))......(((((((((((((((((...(((((..{.((((((..(((..((.....))..)))..)))))).,..))))).))))))})))))).))))).......)))))))}.,......||.....,,,...}))))))}..(((((((.............)))))))..}))))))))))))))))))))..}}....})))))))....)))))))))))).)))).,,,,,,,,,.,{({.,{{{{{{{......,,,,}))}}.))).)}),)))).))))))).))))))))(((((..((((.....))))..)))))))))...))))))))))).|{,,.....,....,.,,}).))).))))))).)))).))).)))}}.{(((({{........{({......))}........})))))}..}}}.
Back