Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001953.5
Sequence Length
1586 nt
GC Content
0.6942
AGUGGACCGCUGUGCGCGAACCCUGAACCCUACGGUCCCGACCCGCGGGCGAGGCCGGGUACCUGGGCUGGGAUCCGGAGCAAGCGGGCGAGGGCAGCGCCCUAAGCAGGCCCGGAGCGAUGGCAGCCUUGAUGACCCCGGGAACCGGGGCCCCACCCGCGCCUGGUGACUUCUCCGGGGAAGGGAGCCAGGGACUUCCCGACCCUUCGCCAGAGCCCAAGCAGCUCCCGGAGCUGAUCCGCAUGAAGCGAGACGGAGGCCGCCUGAGCGAAGCGGACAUCAGGGGCUUCGUGGCCGCUGUGGUGAAUGGGAGCGCGCAGGGCGCACAGAUCGGGGCCAUGCUGAUGGCCAUCCGACUUCGGGGCAUGGAUCUGGAGGAGACCUCGGUGCUGACCCAGGCCCUGGCUCAGUCGGGACAGCAGCUGGAGUGGCCAGAGGCCUGGCGCCAGCAGCUUGUGGACAAGCAUUCCACAGGGGGUGUGGGUGACAAGGUCAGCCUGGUCCUCGCACCUGCCCUGGCGGCAUGUGGCUGCAAGGUGCCAAUGAUCAGCGGACGUGGUCUGGGGCACACAGGAGGCACCUUGGAUAAGCUGGAGUCUAUUCCUGGAUUCAAUGUCAUCCAGAGCCCAGAGCAGAUGCAAGUGCUGCUGGACCAGGCGGGCUGCUGUAUCGUGGGUCAGAGUGAGCAGCUGGUUCCUGCGGACGGAAUCCUAUAUGCAGCCAGAGAUGUGACAGCCACCGUGGACAGCCUGCCACUCAUCACAGCCUCCAUUCUCAGUAAGAAACUCGUGGAGGGGCUGUCCGCUCUGGUGGUGGACGUUAAGUUCGGAGGGGCCGCCGUCUUCCCCAACCAGGAGCAGGCCCGGGAGCUGGCAAAGACGCUGGUUGGCGUGGGAGCCAGCCUAGGGCUUCGGGUCGCGGCAGCGCUGACCGCCAUGGACAAGCCCCUGGGUCGCUGCGUGGGCCACGCCCUGGAGGUGGAGGAGGCGCUGCUCUGCAUGGACGGCGCAGGCCCGCCAGACUUAAGGGACCUGGUCACCACGCUCGGGGGCGCCCUGCUCUGGCUCAGCGGACACGCGGGGACUCAGGCCCAGGGCGCUGCCCGGGUGGCCGCGGCGCUGGACGACGGCUCGGCCCUUGGCCGCUUCGAGCGGAUGCUGGCGGCGCAGGGCGUGGAUCCCGGUCUGGCCCGAGCCCUGUGCUCGGGAAGUCCCGCAGAACGCCGGCAGCUGCUGCCUCGCGCCCGGGAGCAGGAGGAGCUGCUGGCGCCCGCAGAUGGCACCGUGGAGCUGGUCCGGGCGCUGCCGCUGGCGCUGGUGCUGCACGAGCUCGGGGCCGGGCGCAGCCGCGCUGGGGAGCCGCUCCGCCUGGGGGUGGGCGCAGAGCUGCUGGUCGACGUGGGUCAGAGGCUGCGCCGUGGGACCCCCUGGCUCCGCGUGCACCGGGACGGCCCCGCGCUCAGCGGCCCGCAGAGCCGCGCCCUGCAGGAGGCGCUCGUACUCUCCGACCGCGCGCCAUUCGCCGCCCCCUCGCCCUUCGCAGAGCUCGUUCUGCCGCCGCAGCAAUAAAGCUCCUUUGCCGCGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-825.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -847.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 314.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((((.(((((....((((.(((.(((.((((..(((.((((.((((((((((...((((.((((.(((((.((..(((((((.......)))))...))..)))))))((....))...........((((((...)))))).)))))))).)))))))..))).)))))))..))))((..((((((((((((((((((((((.((((((..((((((...)))))).(((((.....))).))..((((((.(((((((......).).))))))))))).)))..))).))))))).)))...(((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((.(((((((.......)))))))...((....))((((.(((((((((((((.((.((.((.(....))).)).))))))).))))))).).))))..((((((((.......))))))))((((((((.((((.(((((.(((((((((..((((((((.((((((((.....)))))...(((((...(((((.......)))))...)))))......(((...((((((......(((((((....)))))))......)))))).)))))).))))......))))....)))))))))((((((((((.(((((.(.......(((((((.(((((((.(((((..(((((.....((.(((((((.((.(((((((...((((........)))).........((((((((((.....))).....))))))))))))))))))))))).)))))..))..))))).)))))))(((.((((((((..((((((((.((((((((.((((((.(((.(.(((((((((......))))))).)).))))..(((((((....))).))))))).......))).)))))))))))(((((...)))))))))).)).))))))))))))))))).))))))))))...))))).((........))))))).))))))))))))((.(((((((((.((((((((.(((....))).))).).))))..))))))))).))))))))))))))))((((.....))))...(((((..((((((...(((....)))))))))..))))))))).))))))))))))....)))))))))))))))))))))))....(((((((((((.(((((((((.(((((.(((((......)))))((.(((.......))).))(((((((.((((((((((((((..(((((.((((.(((.....))))))).)))))..)))).))).))))...))))))))))))))).))))).))))))))))))).)).)))))))))).((.(((((.(((((.((....)).))))))))))))(((....)))))))).)))))).))(((((((.(.((.((((.(((((.(((((.......)))..(((.((.....)))))......))))))))))).)).))))))))...(((.((((..........)))).)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((.((((((.(((((...,({(,,{((.{{({((((,.(((.{(({,{{{{{{((({...{(((,(({{.(((((.((..(((((({,{{{,..|))))...))..))))}}}{(....||,,{{,,...,.((((((...)))))),}}}}}}}).}))}|}}..}}}}}))))))..)))}||}.((((((((((((((((((((((.((((({..((((((...)))))).{{(((.....))).}},.((((((.((((({(......}.}.))))))))))).)))..))).))))))).)))...(((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((.{{(((((,......}))}}}}|...|,,},,(((((.(((((((((((((.((.((.((.{....})).)).))))))).))))))).).))))).((((((((.......))))))))(((((((((((((.(((((.(((((((((.,((((((((.(((({(((..,{,}||}|...(((((...(((((.......)))))...)))))...}.,|{|}}.((((((...,..(((((({....}))))))....,.)))))).)))))).))))..,,..)))).}..)))))))))((((((((((.(((((.,.,,....(((((((.(((((((.(((((..({(((.....((.(((((((.((.(((((((...((((.{,...,})))).........((((((({,{..,,.,}}.,,..))))))))))))))))))))))).))))}.,))..))))).)))))))(((.((((((((..(((((.((.((((({{({((((((....(((((....}))))....))))||||{||||||.,({(((((,,,.}}}.)})),|,..,|..,}}}})})))))}))),),)))}))..))))))).)).))))))))))))))))}.)))))))))),..))))).((........))))))).))))))))))))((.(((((((((.{(((((((.(((....))).))).).))))..))))))))).))))))))))))))))((((.....))))...(((((..((((((...(((....)))))))))..))))))))).))))))))))))....))))))))))))))))))))),,....{((((((((((.(((((((((.((((({(((((......)))))((.(((.......))).)){((((((.((((({((((((((,,(((((.((((.(((.....))))))).))))),,))))}.)),))})}..})))))))))))))).))))).))))))))))))),}}.}))))))))),||,|||(|{({(({.{{,,,,)),,))))))))}))|||.,,,)))))))).)))))),))(((((({,(.((.((((.(((((,(({((.......}))..(((,({.....)))))......))))))})))).)).)))))))),,,{((,(({{....,,....}))).)))...
Back