Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002087.4
Sequence Length
2130 nt
GC Content
0.6244
GCUGCUGCCCAAGGACCGCGGAGUCGGACGCAGGCAGACCAUGUGGACCCUGGUGAGCUGGGUGGCCUUAACAGCAGGGCUGGUGGCUGGAACGCGGUGCCCAGAUGGUCAGUUCUGCCCUGUGGCCUGCUGCCUGGACCCCGGAGGAGCCAGCUACAGCUGCUGCCGUCCCCUUCUGGACAAAUGGCCCACAACACUGAGCAGGCAUCUGGGUGGCCCCUGCCAGGUUGAUGCCCACUGCUCUGCCGGCCACUCCUGCAUCUUUACCGUCUCAGGGACUUCCAGUUGCUGCCCCUUCCCAGAGGCCGUGGCAUGCGGGGAUGGCCAUCACUGCUGCCCACGGGGCUUCCACUGCAGUGCAGACGGGCGAUCCUGCUUCCAAAGAUCAGGUAACAACUCCGUGGGUGCCAUCCAGUGCCCUGAUAGUCAGUUCGAAUGCCCGGACUUCUCCACGUGCUGUGUUAUGGUCGAUGGCUCCUGGGGGUGCUGCCCCAUGCCCCAGGCUUCCUGCUGUGAAGACAGGGUGCACUGCUGUCCGCACGGUGCCUUCUGCGACCUGGUUCACACCCGCUGCAUCACACCCACGGGCACCCACCCCCUGGCAAAGAAGCUCCCUGCCCAGAGGACUAACAGGGCAGUGGCCUUGUCCAGCUCGGUCAUGUGUCCGGACGCACGGUCCCGGUGCCCUGAUGGUUCUACCUGCUGUGAGCUGCCCAGUGGGAAGUAUGGCUGCUGCCCAAUGCCCAACGCCACCUGCUGCUCCGAUCACCUGCACUGCUGCCCCCAAGACACUGUGUGUGACCUGAUCCAGAGUAAGUGCCUCUCCAAGGAGAACGCUACCACGGACCUCCUCACUAAGCUGCCUGCGCACACAGUGGGGGAUGUGAAAUGUGACAUGGAGGUGAGCUGCCCAGAUGGCUAUACCUGCUGCCGUCUACAGUCGGGGGCCUGGGGCUGCUGCCCUUUUACCCAGGCUGUGUGCUGUGAGGACCACAUACACUGCUGUCCCGCGGGGUUUACGUGUGACACGCAGAAGGGUACCUGUGAACAGGGGCCCCACCAGGUGCCCUGGAUGGAGAAGGCCCCAGCUCACCUCAGCCUGCCAGACCCACAAGCCUUGAAGAGAGAUGUCCCCUGUGAUAAUGUCAGCAGCUGUCCCUCCUCCGAUACCUGCUGCCAACUCACGUCUGGGGAGUGGGGCUGCUGUCCAAUCCCAGAGGCUGUCUGCUGCUCGGACCACCAGCACUGCUGCCCCCAGGGCUACACGUGUGUAGCUGAGGGGCAGUGUCAGCGAGGAAGCGAGAUCGUGGCUGGACUGGAGAAGAUGCCUGCCCGCCGGGCUUCCUUAUCCCACCCCAGAGACAUCGGCUGUGACCAGCACACCAGCUGCCCGGUGGGGCAGACCUGCUGCCCGAGCCUGGGUGGGAGCUGGGCCUGCUGCCAGUUGCCCCAUGCUGUGUGCUGCGAGGAUCGCCAGCACUGCUGCCCGGCUGGCUACACCUGCAACGUGAAGGCUCGAUCCUGCGAGAAGGAAGUGGUCUCUGCCCAGCCUGCCACCUUCCUGGCCCGUAGCCCUCACGUGGGUGUGAAGGACGUGGAGUGUGGGGAAGGACACUUCUGCCAUGAUAACCAGACCUGCUGCCGAGACAACCGACAGGGCUGGGCCUGCUGUCCCUACCGCCAGGGCGUCUGUUGUGCUGAUCGGCGCCACUGCUGUCCUGCUGGCUUCCGCUGCGCAGCCAGGGGUACCAAGUGUUUGCGCAGGGAGGCCCCGCGCUGGGACGCCCCUUUGAGGGACCCAGCCUUGAGACAGCUGCUGUGAGGGACAGUACUGAAGACUCUGCAGCCCUCGGGACCCCACUCGGAGGGUGCCCUCUGCUCAGGCCUCCCUAGCACCUCCCCCUAACCAAAUUCUCCCUGGACCCCAUUCUGAGCUCCCCAUCACCAUGGGAGGUGGGGCCUCAAUCUAAGGCCUUCCCUGUCAGAAGGGGGUUGUGGCAAAAGCCACAUUACAAGCUGCCAUCCCCUCCCCGUUUCAGUGGACCCUGUGGCCAGGUGCUUUUCCCUAUCCACAGGGGUGUUUGUGUGUGUGCGCGUGUGCGUUUCAAUAAAGUUUGUACACUUUCUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-909.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -947.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 489.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((.....(((((((.((.((((((.((((.(((...((((((......(((((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((...(((((((((.(((((.((((......(((((((..(((.(((((...)))).).)))..)))))))..)))))))))....((.(((...((.(.(((.(((((..((((((((.(((((((((.(((((..(((((..((((.((((.((((.(((((.((((((((..((((.(((((.((((....(((...))).....)))).))))).)))).)))))))).))))).........((((...)))).......)))).))))..))))...((((..((....)).))))...)))))..))))).))))))))))))).........((((((......))))))........))))))))).))).).))...))).))))))))))).))).)))))))...))))))))).)))..(((((((..(((.....)))..)))))))..)).))))))))))).....))))))....(((((((((..(((.....)))......(((((.(.((....(((((((.(((((((.(((((.(((((.((.((....)).))..)))))...))..))).))))))).)))))))....)).).))))))))).)))))..(((((((....)))..))))..........)))))))))))))(((.((((.((((.......)).)).)))).)))(((((...))).)).((((..((((....)))).)))).)).)))...)))).....))).))..(((((((((..((((((.(((............(((((((((((((((((((((..........)))))))((((((.(((....(((((....)))))....))).))))))(((.((((.....))))))).((((((((.((((.......)))).)))).))))..))))...........((((((((((((((...))))).)))....)))))))))))))))).(((((.(((((((((....(((.....)))...((((((((((...((.((((((.((((........)))).)))))).))..)))))...))))))))))..((((((((..((.(((.((((((((..((((.((....))))))..((((((((...(((((((....)))))))..))))))))..((((.((((((((.(((.((..((((..(((.((.((.(((((.....))))).))....)))))..))))..)))))(((..(((.(((((((.(((.((((((((((....(((..((.((((.(((((...(((..(((.(((..((.((((((((...((.((...(((((((((...))).)))))).))))..))))))))(((((((...((((((.((((((..((.......((((((((((....((...))..)))).))))))))..)).)))).))))))))))))).(((.(.(((..((((((((((....))))).)))))....)))).))))).))).)).)..)))...)))))))))..)).)))....))))).))))).))).))))))).)))..)))..)))).))))))))((((((.((((((((.((((....))...)).)))))))))))))).....((((((...(((......))).))))))....)))))))).))).)).))))))))...........(((.((((((((......))).))))))))..))))..)))))........))).))))))...(((.........)))(((((.((((((....(((((....)))))(((.(((((((.......))))))).))).)))))).)))))((((((....)))))).(((((((.(((......(((.(......).))).(((((((..(((........)))..))))))))))))))))))))))))))(((((((.............)))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(,((,({{{{,{{({{{,((((.,(((,((((((((({{{{.((({{((({{(,.(((({(((((.....((((((((({(((((..((.((((((.((((((((((.((((...{,.{((((((..(((.(((((...)))).).)))..))))))),.))))))))}....(((((....((((((((({..((((..((((((.(((((((((.(((((..(((((.,((((.((((.((((.(((((.((((((((..{(((.(((((.((((....(((...))).....)))).))))).)))).)))))))).)))))......,..((((...)))).......)))).))))..)))),..((((..({....)).))))...)))))..))))).)))))))))))))})).}))).((((((......)))))).((((((((((((.(((((((((((((.(({,((((({{(..(((((((.((((((((.,((((((....)).)))){,({,,..,{{{.{|||,(((((((((((((...{{,,{((((((({(,{{.(((((..((((((((.,(((((((((({.....{((((.{.((....(((((((.(((((((.(((((.((({{.{{.(({.,....).}}))}}).,.))..))).))))))).)))))))....)).).))))))})))).))).{(((((((.,..||,....)).....|}}}..}))}.(((((.((((...(((.....(((((,....{(((((((((....{...({(.{(,((((....,...{((((..{{,.....}),..))))))}}}...})).,.})))))))))))))))..)))....))))..)))))))).),)))))(((((((..........)))))))((((((.(((....(((((....)))))....))).)))))))}).})))}((((..((.....))..)))),))))}}.....)))))))}))))))))))))))}|||,}},((((((((((((((...))))).)))....)))))).,{||,|.(({{{.{{,........},.)}.,})}.}.)}}...,...,,((((...((.((((((.((((........)))).)))))).))..)))))))))))).))))))){((((.....(((.((.(((.....))).)).)))....)))))..((((((((...(((((((....)))))))..))))))))|{{{{{,(,((,,,....}},),|})||,|.{{{.,{{{.((({(.....))))).))})}.}}})})))))))).)))))))))))))))))}}.(((((((((((((.((((((.....)))))).,}}).))))||.||||||.,,,...,||||||{,}}|,.((.|,(((((((((...)))}}))))).))})}.)))))))}(((((((...((((((.((((((..{{.,,,.,.((((((((((....,,...)}..))))}})))))}}..)).)))).))))))))))))).,},,,))))))}))))(((((....)))))))))).....))))){{{{{,{.{,......,}}.))))}}))))))))).)),))..)))))||((((((.(((.....))).)))))).},,,,}}}}}}}}),,,.||}}|||,||}}}}||}}}.))}.})))))))|{(((((((((..({(,.(((.{{((({({{({({{.|||||,.,,{{{|||(,{(({|{,,,..))))))}}}....,))},}})|,}),)))..,}}.})))))))))))))..)))...))))))))).))............{{,.........}))(((((.((((((....(((((....)))))(((.(((((((.......))))))).))).)))))).)))))((((((....)))))).......))))..))).))}},|}..,,.,,)).((((((((..(((........)))..))))))))}},))))}}}}}},))))(((((((.............)))))))........
Back