Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002121.6
Sequence Length
3991 nt
GC Content
0.4573
CCUUCUUUUCCUGACUGCAGCUCUUUUCAUUUUGCCAUCCUUUUCCAGCUCCAUGAUGGUUCUGCAGGUUUCUGCGGCCCCCCGGACAGUGGCUCUGACGGCGUUACUGAUGGUGCUGCUCACAUCUGUGGUCCAGGGCAGGGCCACUCCAGAGAAUUACCUUUUCCAGGGACGGCAGGAAUGCUACGCGUUUAAUGGGACACAGCGCUUCCUGGAGAGAUACAUCUACAACCGGGAGGAGUUCGCGCGCUUCGACAGCGACGUGGGGGAGUUCCGGGCGGUGACGGAGCUGGGGCGGCCUGCUGCGGAGUACUGGAACAGCCAGAAGGACAUCCUGGAGGAGAAGCGGGCAGUGCCGGACAGGAUGUGCAGACACAACUACGAGCUGGGCGGGCCCAUGACCCUGCAGCGCCGAGUCCAGCCUAGGGUGAAUGUUUCCCCCUCCAAGAAGGGGCCCUUGCAGCACCACAACCUGCUUGUCUGCCACGUGACGGAUUUCUACCCAGGCAGCAUUCAAGUCCGAUGGUUCCUGAAUGGACAGGAGGAAACAGCUGGGGUCGUGUCCACCAACCUGAUCCGUAAUGGAGACUGGACCUUCCAGAUCCUGGUGAUGCUGGAAAUGACCCCCCAGCAGGGAGAUGUCUACACCUGCCAAGUGGAGCACACCAGCCUGGAUAGUCCUGUCACCGUGGAGUGGAAGGCACAGUCUGAUUCUGCCCGGAGUAAGACAUUGACGGGAGCUGGGGGCUUCGUGCUGGGGCUCAUCAUCUGUGGAGUGGGCAUCUUCAUGCACAGGAGGAGCAAGAAAGUUCAACGAGGAUCUGCAUAAACAGGGUUCCUGAGCUCACUGAAAAGACUAUUGUGCCUUAGGAAAAGCAUUUGCUGUGUUUCGUUAGCAUCUGGCUCCAGGACAGACCUUCAACUUCCAAAUUGGAUACUGCUGCCAAGAAGUUGCUCUGAAGUCAGUUUCUAUCAUUCUGCUCUUUGAUUCAAAGCACUGUUUCUCUCACUGGGCCUCCAACCAUGUUCCCUUCUUCUUAGCACCACAAAUAAUCAAAACCCAACAUGACUGUUUGUUUUCCUUUAAAAAUAUGCACCAAAUCAUCUCUCAUCACUUUUCUCUGAGGGUUUUAGUAGACAGUAGGAGUUAAUAAAGAAGUUCAUUUUGGUUUAAACAUAGGAAAGAAGAGAACCAUGAAAAUGGGGAUAUGUUAACUAUUGUAUAAUGGGGCCUGUUACACAUGACACUCUUCUGAAUUGACUGUAUUUCAGUGAGCUGCCCCCAAAUCAAGUUUAGUGCCCUCAUCCAUUUAUGUCUCAGACCACUAUUCUUAACUAUUCAAUGGUGAGCAGACUGCAAAUCUGCCUGAUAGGACCCAUAUUCCCACAGCACUAAUUCAACAUAUACCUUACUGAGAGCAUGUUUUAUCAUUACCAUUAAGAAGUUAAAUGAACAUCAGAAUUUAAAAUCAUAAAUAUAAUCUAAUACACUUUAACCAUUUUCUUUGUGUGCCAUCACAAAUACUCCUUAACCAAAUACGGCUUGGACUUUUGAAUGCAUCCAAUAGACGUCAUUUGUCGUCUAAGUCUGCAUUCAUCCACCAGCCUAGGCCUCCUGUCUUAAUUUUCAUACAGACAGAAAUGACUCCCCACUGGGGAAAGAGCAAAGCAAUACAUGUAGCACUCUUUUUCAAACACUGGUCUUUUUUUUUUUCUUAACAAUCCAACAUUGUUAUGUGUUUUGCGUCUCAUAUUGACACCUUUUGGUCAAGGUAGAGGACAUGUUUGUUGUAAGCUUUCUUUUUCGUGUAGAGGAUGGAUUCUUCACUCCUGAUACACACAAUCAGUGCACAGCAGCUCUCUUAUACAUCCAGUUGAUGCCUUCAGUCUCCCUGGCUUCUUACAAGCAUCUUCUGGGCCUUGUGUGUCCCUGGGCACCUGUCCCUGGUCAAUUCCCGAAAGCUACUGUGCUCCUCUUGCCCAUCUCCCCUUGCAAAUAAUAUCUUCCAUCGGGGGACCGGCUUCCUCCAAUUUCAGGAGAGGUGGGGCUGAAGGCACAGACUUGGGCGUCACUGGCACAGAUAUAAGUAAAUACAGCUGGAGUCUGCAGAGAGGCUGGACUGAGUCAGGGAGUCAGGAAAGAGAAGCCACACACAAGGACAACCAAUCAUGUUUCUCAUAAUCUUCUUAACCUAGGGAAUAGGACACAAUCAUUUUUUCUUUUUAAAACAUCUUUAUCCCUGAUCAGCCUCAUUUCCUCAAAAACUAUAAAGGAAAAUGCUGCUGACUUGUUUUUGCGUAGUAAUUUCAGCUGUCACAUAAUAAGCUAAGGAAGACAGUAUAUAGUAAAUAAGGACCCUUUAUCUGUCUUAUUUUCCCUUUUGGCUUCACAGGAAACUUGUGAGAAACCUAUGCAGCAUAAAAUUAAUAUGAUUUCAAUCCAGGGAUUCAACGAUGGAAGGAGGUCAUGAGAAUAGCAGAAAGUCUUCAAAUCGAGAUCAUUAUGAAAUCCUCAGACCCAGAGCACAUAAAUCCUACCCUCAGAGUCACUGAGCAGUUAACAUUACAAAUUACAAACCAUAUCCAGUCAGAGUCAUUCUCUUUCCUGCUUGUCUCCUGUACUCAUGUUACAGGUUAGGGCAGUACCCCGAGUGGAGUGAACAAUCUCUGGACUAACACUUGUCAGGAUCAGAAGCUGAGGUAUCUGCACCCACAUUACAGGAACAGGAUAUGUGCUCCUAGGGAACUGAGGGUGUCAGGAGAUGAGGAAUGUCCCUGGAGUCACAGAAAGAAGGUAUCAGAUGUGUCUCACUCUGACAUAUGCAGGUGUUUAUGAAACUCUGGGAUUUCUAAGGAAGGAUGCAGUGCAGAGACAGGUCCCAGAGGAGACAAGAGCUGAGAGACCAUCCAAACUGGGACCACCUUGUCACUAGACUUCAAAUUUUCAAUAUUGAUAGAGUGUUUUCUAAGAGUCAGGCCCUUUGCUGAGUGCUAUGUGCAGCAGGAUCAAAGGCAGCCAGGAGGUAGAGGAGUCUUGAGGUACAUCAGUCAUUGGAGUUGAAGAGCAGAGAUUCAAAGGAAAGUUGGAACUGGAGCUUUAAAGGAGAUGUGAAGUGGGUGACUCAACCUCUGACUCAGAAAAAUUGAUACCUGCAGAAGAAAAAACCCGGCGGGCUUAGGACUCCCAGCUGAGUGUUGUAUCCUCCAUCCCUUUCCACCUGGUCCCUUCAUUUUCUACCCCUCACAGUUCCCUAACGAGAAGGUGGUCCACCCAACAGACAACACUGCCUCAGAUGGUUAUCAAGGGGUACCCUAAGAAGAAAUCAUCUCACCCUCUCUUUGUCCCCAUUUGUCAAGUAGCAGUGAGGCCGAGCCAGGGGAUGGUGAAAGUGGAAGGAGGUGGGAGUUGGGCAUCGGGUGUGAAGAUGCUCUUGAAAGGGGUUUUAAUAACCACUUGCUACCAGGCCAGUGAACACUUACCAUAGUUGAUGCCUUUUGAGCAUGUUGCAUUGUAAACUGUCCCUGAAAUUACUGUGCACUUGGCUUAUGGGAUGAAACAUCCUCCUAGUUCUUUUGUCUCUCAGCUUCUCUGAAGUCUCAUUGAGCACCUUCUCUUCAAUUUCUUUUACACAGUAAGAAUAGGAUCAGCUGUGCUAAACUAACAAAUACCCAGAUAUCCAGGUUUGGCUCAUGUUACACGUCCAAAGUAAGUCAUGCAGGAAGCUCUGCUCAUCAUCGUACUCAGGAAGUCAGGCUGACAGUCUUUCUCCUGCACAUCUGCUCCCAGAACCUCCCCAGCAGAAUGAAGGGAACCUAAGAAUUUAUUCACUGGCUUUUAAUGAUCCCUCCUAGAAAGAACACACUUCUCGCAUUUCAUUUUCCAAUGUAAAUCAUAUGGCUGCAACUAACUUCAAAUAAGUGGGAAUACUUGAAGGUGGAAAACAUUUAAGAAGUACACACUAAAUAAAUAAUAAAAUACUUCUACAAGAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1181.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1261.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 976.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..(((((...(((((((....(((((..((((....(((((((((((.....(((.(((((((.((.((.((((((((((...((((.((((.((.((((.(((.(((((((((((.(.(((....((((((((((((((.((((((....((((((((((((((((.((((....))))..((((....((.....)))))))))))))))))............((((((....((((((((((.....)))).))))))....))))))..))))).....)))))).))))..))))......((((.....))))........))))))..))).).)))))))))))..))))))))))))).....))))...))))).))))))).)).))))))).)))((.((((((..........(((((((((.((((...(((((((.(((..((........(((((((((((........))))........))))))).......)).))).)))))))...))))..)).))))))))))))).))(((((..(((.(....(((...((((.(((.((((..(((((...((((((.((((((........))(((((((((((....)).).)))))....))))))))))))).)))))..)))).))).)))))))))))..))))).((((.(((((....))))).)))).......))))))))))).....((((((((.......((((.(((((((((((....)))).((((((((((......))))...(((((.(((((....(.((.((((((((..((((..((.((((..((((((((((((...((...(((((........)))))....))))).....((((((((.((((((....((((.((((((....(((......)))..)).)))).)))).....((((.(((((((((...((..(((((..(((...((((((......((((((....((((((((....(((((((.(((..........))).))))))).........(((((((((..........((((((...........))))))..........(((((((.((.......(((.((((...((((((.................))))))))))..((((((((((....(((((.......(((((..(((.(((.(((.((...((......))..))...))))))))).)))))......(((..(((((..(((((......)))....))..)))))..))).(((((...)))))..(((((.......)))))..)))))....)))))))))).........))).......)))))))))...)))))))))..........))))))))......))))))....(((((......)))))...........................((((((......))))))..................((((((((....((((((((.....((((((.(....).))))))....))))))))))))..)))).)))))).((((((............)))))).......(((((...)))))..)))..)))))...((((((((((((.....((((..((((.((((..((((((((((..((((((((((......)))))....((.(((((..(((((((....((((.(((.(((.(((((((((......(((((((((((.((((((.((((..((((((((((((((((((........((.((......)).))........(((((..(((((....((((.....))))........)))))..)))))((((((((((..((...(.((((((((((((((..(((....((((.(((((((((....(((..((((((..((.((........)).))..))))))..)))...((((.......)))).(((((.(((.(((.......))).))).)))))(((...................))))))))..))))...))))))).))).)))))))..))))...)...))..))))))))))........((.((((((((((.((((((((..((((.....)))).........................((((...(((((((.(((((..((((((((............))).)))))..))))).......((((((((...((((...............(((((((((((((((.(((.((............)).))))))))).....)))...))))))(((((((...))))))))))).))))))))((((.......)))).........))))))).....)))).)))))))).)))))))..)))))..(((((......)))))...........((((((.(((.(((((((((..((((..(((((((..(.((.(((.......................(((.((((.((((((.....))))...((((((....(((((((....).))))))...))))))......)).))))))).......(((((.((.((....)).))..))))).))).)))..))))............)))...)))))))))))))...)))..)))))))))))))))).)))))))))))))))....))))))))))))))..))))))))))))))).))))......)))))))))))).))....)))))..))))))))))((.(((..((.((((((((((((.(((...................)))...))))))))....)))).))..))).)).....(((....)))(((((....)))))))))))))....))))..))))))))))))..)).)))))))))))))...)))))).)))).)))))))))))))..)))).))..)))(((.((((((((.(((.....(((.(((((.((((.....((((((((((.(((((.(((((.(((((.....((((((((.((.((((.....((((((((....((((((...((((..((((((((..............(((((.((((((((.(((..(((((((((((((((.....................))))))))(((.........)))..(((((((((((((((....(((((((.......(((........)))......)))))))...)))))))...))..)))))).(((...)))))))))))))))))).))).))))))))))))))))).))))))...((.((((((..((((((.(((........((((.(((....))).))))...(((......))).))).)))))))))))).))((((.((((.............)))).)))).....(((...((((((...))))))...)))))))))))...)))).)).)))).))))...))))))))))...)))))))))))))))((((((..((......)).))))))................))))...))))).)))..((((((((((.........))))..)))).))))).)))))))).)))..)..)))))))).)).)..)).)))))))))))))).....)))))))))))....))))))))(((((((.............)))))))..))))....))))).........(..((((.....))))..)((((((((....)))).)))).....)))))))....((((.....))))))))).....))))).............(((((((.....................)))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{(((((,,....((((((((((((((((((((....,,,{((((,(((((((..(((.(((((((.{(.((.((((((((((...((((.((((.(,{((((.(((.(((((((((((.(.(((.,..((((((((((((((.((((((....{{{(({((((((((((.((((....}))}..{{{{|,..,{.....,}))}}))))))))))}.....,|,....((({{{,,..((((((((({.....}))).))))})...,))))}}..)))}}.....)))))).))))},))}},...,.((((.....))))........))))))..))).).)))))))))))..))))))))))))).....))))...))))).))))))).)).))))))).)))((.((((((..........(((((((,({((((...(((((((.{((,{({,.......,||||((,((({{..,,{,,||....,.,,.,,)))))},.....,,.})).)))))))...))))..)).))))))))))))).)){,.,,.....,,....{((,...}))}(((.((((..(((((...((((((.((((((......,}}|(({((((({{{....}}.}.)))))....})))))))))))).)))))..)))).)))..)))))))))))))){{..((((.(((((....))))).))))..}}..(((((((((((((...((((.(((((((..,.{(((((.,(((({....,}))).)))))),,||||..,...||||...{{(((,(((,,....|.{{.((((((((.,{,{{..,,.((((..((((((((((((..{{(...,|||(,,,,....})))),((({({.{{{{..,,..,,,({(((((,...{(((,.,,,,,{.}}}||}}}}}}.)))).))})))|{|||{{{.{{((((,(((((((((...((((.{{..(((.((..((((((.....{((((((.((((((((((................{{{,({({.((((((.(((((({((((.......,,{{{,..,,,....((((({...........})))))}}}..}}}......)))))..)))))).,}),,))).)))))}}.....))))}}})))).)))},}}|,,,,((({(({{((,...{,((({,,,...(((((.,(((.{{{.{||||{{(.,(,,,,..}}..},..,))))})))}.)))))......{((..(((((..((,,..,.....}}....})..)))))..)}|,(((,{,.{|||||{,(((((.......))))).{|||||{{,.}||,|||,},,,{..................,,,.,}|,|||,||}}|||||||}}}}}}}}.,|,|||||,,{{,.....,,.,,,,,......,,,)),,,,}.....,,,..,}..}}}}}}},{(((((......)))))}..................(((((((,....((((((((.....((((((.{....}.)))))).,..)))))))),,,,..)))),}}}}}..((((((.........,..)))))).......(((((...))))){{{{(....(({.....})).,,,|||}}.......,,{(((((({{{.{{{{,{({((,{(((,,.,{||,,,,},}}||,,,|.{{.(((((..(((((((.,..((((.(((.(({{(((((((((......(((((((((((.((((((.((((..((((((((((((((((((........{{|((......}}.}}........,((((..(((((.,..((((.....))))........)))))..))))|((((((((((..{{.,,(.((((((((((((({..(((....{({,.(((((({,.{{..{((({((((,({,{(.{(,.......,,.,,..||||||...,,.|}||||..,,.,})),)))))}))||,}},))}}}}},|||.|||.{|.{{|,,.|||,,...{{{.......))).,,))}})})},)}})))))).))).)))))))..))))...,...}),,))))))))))........,{.((((((((((.((((((((..((((.....))))...........,,,...........((((,{.(((((((.(((((..((((((((............)))))))))..)))))..,,,..,(((((((...((({,{{{,..........{((((((((((((((.({(.,(............}}.)))))))))}....,,}|,.,})))}(((((((...))))))))}}}.))))))))},,.,,|||,.,,}},,,......)))))))..,}.)))).)))))))).))))))}..)))}}..(((((......)))))......,....((((((.(((.(((((((({.,((((..{(((((...,.||}|}..{{........................{{{({,{(((({{{{{||||{,.((((((....(((((((....),})))))...))))))......))},))))))}.....}}}}}||{........))},||,,{{||.||}}}})}.}}}}..,|,.......,))...)))))))))))))...)))..)))))))))))))))).)))))))))))))))....)))))))))))))),.))))))))))))))).))))..,...)))))))))))).,|{{{{|||||{{|,,|}},}},,,},,}}},,}||,,||||||||,|||},..,,,,..,,,}},,}.}}}...|||||||}....,))).}},)}}}||.............)))}}})))))))}},)})})},))))))..})..))).},.,.))))....))))))))))}))..,))))))}))))..))))))))))))..)))).,,.,}|}(((.((((((((.{((...,,(,{,((({{,({{({{{..((((((((((.(((((.(((((.(((((.....((((((((.((.((((.....(((((((({...,(((,..}}|,{{,,(((((((({{........,...(((((.((((((({{(((..(((((((......{{{({,(({...{{,.....,,}}},,))|)|{,.........},,..(((((({{(((((((....(((((((.......(((.,....}.)))......)))))))...)))))))...}}..)))))).(((...)))))))))))))))))).))).))))))))))))}||||{||||,|{{{,{{({(((({..,,|||}|||,.......((((.(((....))).))))....,,...}}}),)))))}))),,|||||,,.,{((((.((((.........,,..)))).))))),...}}}}}.((((((...))))))}},)})))))))))...)))).)).)))),,)))...))))))))))...)))))))))))))))((((((..({......}).))))))................||||...,},,)})))}}|||,{||,,||,.,,,...|||...},)),,,))}.)))))))).)))..,..)))))))).)),|,,|}.}))))))})))),))))....))))))))...)))))..)))))))))))))}.,,...({,,,,.,,}..,||.....{{{{{........{({{{(......,)))).,.,,.}}||}..,,}|}),}}}},....})))))).,,..(((({...,{(({....))))))))),,}}..........(((((((.....................)))))))..,}}}}.
Back