Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002122.5
Sequence Length
1574 nt
GC Content
0.4581
ACAAUUACUCUACAGCUCAGAACACCAACUGCUGAGGCUGCCUUGGGAAGAGGAUGAUCCUAAACAAAGCUCUGCUGCUGGGGGCCCUCGCUCUGACCACCGUGAUGAGCCCCUGUGGAGGUGAAGACAUUGUGGCUGACCACGUUGCCUCUUGUGGUGUAAACUUGUACCAGUUUUACGGUCCCUCUGGCCAGUACACCCAUGAAUUUGAUGGAGAUGAGCAGUUCUACGUGGACCUGGAGAGGAAGGAGACUGCCUGGCGGUGGCCUGAGUUCAGCAAAUUUGGAGGUUUUGACCCGCAGGGUGCACUGAGAAACAUGGCUGUGGCAAAACACAACUUGAACAUCAUGAUUAAACGCUACAACUCUACCGCUGCUACCAAUGAGGUUCCUGAGGUCACAGUGUUUUCCAAGUCUCCCGUGACACUGGGUCAGCCCAACACCCUCAUUUGUCUUGUGGACAACAUCUUUCCUCCUGUGGUCAACAUCACAUGGCUGAGCAAUGGGCAGUCAGUCACAGAAGGUGUUUCUGAGACCAGCUUCCUCUCCAAGAGUGAUCAUUCCUUCUUCAAGAUCAGUUACCUCACCUUCCUCCCUUCUGCUGAUGAGAUUUAUGACUGCAAGGUGGAGCACUGGGGCCUGGACCAGCCUCUUCUGAAACACUGGGAGCCUGAGAUUCCAGCCCCUAUGUCAGAGCUCACAGAGACUGUGGUCUGUGCCCUGGGGUUGUCUGUGGGCCUCAUGGGCAUUGUGGUGGGCACUGUCUUCAUCAUCCAAGGCCUGCGUUCAGUUGGUGCUUCCAGACACCAAGGGCCAUUGUGAAUCCCAUCCUGGAAGGGAAGGUGCAUCGCCAUCUACAGGAGCAGAAGAAUGGACUUGCUAAAUGACCUAGCACUAUUCUCUGGCCCGAUUUAUCAUAUCCCUUUUCUCCUCCAAAUAUUUCUCCUCUCACCUUUUCUCUGGGACUUAAGCUGCUAUAUCCCCUCAGAGCUCACAAAUGCCUUUACAUUCUUUCCCUGACCUCCUGAUUUUUUUUUUCUUUUCUCAAAUGUUACCUACAAAGACAUGCCUGGGGUAAGCCACCCGGCUACCUAAUUCCUCAGUAACCUCCAUCUAAAAUCUCCAAGGAAGCAAUAAAUUCCUUUUAUGAGAUCUAUGUCAAAUUUUUCCAUCUUUCAUCCAGGGCUGACUGAAACUAUGGCUAAUAAUUGGGGUACUCUUAUGUUUCAAUCCAAUUUAACCUCAUUUCCCAGAUCAUUUUUCAUGUCCAGUAACACAGAAGCCACCAAGUACAGUAUAGCCUGAUAAUAUGUUGAUUUCUUAGCUGACAUUAAUAUUUCUUGCUUCCUUGUGUUCCCACCCUUGGCACUGCCACCCACCCCUCAAUUCAGGCAACAAUGAAAUUAAUGGAUACCGUCUGCCCUUGGCCCAGAAUUGUUAUAGCAAAAAUUUUAGAACCAAAAAAUAAGUCUGUACUAAUUUCAAUGUGGCUUUUAAAAGUAUGACAGAGAAAUAAGUUAGGAUAAAGGAAAUUUGAAUCUCAAAAAUAUCAAAAGUAAAAAUGUAUUCUCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-430.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -462.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 395.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((..........((((((((((((..((.((.(((((((....((((...))))......(((......)))(((((((.((((..........)))).).)))))).....((((((((((..(((.((.((((((.((((((.((.((((((...(((..((((.............)))).))))))))))).)).......((((.((((..((((.....)))).(((((((((((..(((((((((((....)))...(((((((.....((..(((.((((((.(((((((((((.(.((.....((((.(((.(((((((.((((((((.((((........((............))........)))).))))...))))....))))))))))))))))).))).)))((((....))))..........((((((...))))))..........))))))))))).))).))..)))))))...)))))))).(((.(((((.....))))).)))...))))))))))).((.(((((.............))))).))..)))).))))(((((((.(((..((((...))))....)))))).))))((.((((((((((((.((((((((((((..((..(((.((.((......)))))))..))))))))..((((((........))))))....))))))))))..)))))))))))))).)))))).)))))))))))))))..)))))))..)).))))))))))).))).(((....((((((..((((((......(((((((.(((((((((..............((((.((((((..(((..((.(((((...((((.........))))....))))).))..))).)))))).))))...............)))))))))))))))).....(((...............)))))))))..))))))....)))...(((....(((((((((..(((((((........(((((.........)))))((((((((((.(((....))))))))..............................(((((((((((((((.....)))))(((((..((((((................(((..((((((((((..(((.(((((...(((((((..((......)).....)))))))........................((.(((........))))))))))...))).)))).))))))))).....(((((....)))))))))))....))))).))))))))))............((((...))))..............))))).(((.((((((((((((...))))..(((...))).((((.(((((........................))))).))))...)))))))).))).((((....)))).....))))))).)))))))))...)))...(((((...))))).........)))))...)))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{.(((((.......,..((((((((((((..((.((.(((((((,...((({...})))......,{{,,,.{.||,(((((({,((((..........)))).).))))))}}}}.((((((((((..(({{((.((((((.(((((,.{(,((((((,{{{,{..||||,,.,,,({{{,..,|}}}},||}||||||{||...,.|,||{{.{{{|,.{{{{.....)))),(((((((((((..(((((((((((....)))...(((((((.....((,.(((.((((((((((((({({({.({((..,.,{({((((({....,,,..{,{(({{.{{{{........{{,...........}}.,..,...}}}|,))}}.,|,|}},,||)}|||,,}},.}}},}..}}),)))||{{...,)))}....,,,,,.{(((({...)))))}.........,))))))))))).))).))..)))))))...)))))))).(((.(((((,...,))))).)))...))))))))))).((.(((((...........,,))))).)}..}}||.||||{{{{{,{,{{{..|{||,..,}}}.,,.)))))).))}|{{.,(((({{(((({(((.((({({{{...,,..|||}|.}||.}..}})))))))..)))|||{({{((((((,{{{.|{{|,,,,},,,,),)))),)))}}))))))),.))))).)))))).))))))))))))))).,)))))))..)).))))))))))).))).,|,....((((((..((((({......(((((({{(((((((((..............((((.((((((..(((..((.(((((,..({((.,......,))))..}.))))).))..))).)))))).))))...............)))))))))))))))}.....(({.,{..........}})))))))))..))))))....,,|{{,({(....(((((((((..(((((((..,.....,((({.........}}}}|(((((((((,{(((....)))))))}.........,....................(((((((((((,{{{.....},,}|((((,..{{{{{,.........,,.....{{,,,((((((((((..(((.(((((...,{{(((({,,,......}}.....,}}}}},..,,,},,.......|,.......|{.{({........},,},)))))...))).)))).))))))),....{{((((({.{{.....,)),))}})}))}}.})))))))))).|..........{(((...)))}..............))))),(((.((((((({{(((,{.,.||{{{{{...})}.,||{,((({,...},,...,||||....,.,.,,,,,.,}})))},.)))))))).))).{(({....})))..)).))))))).)))))))))...)))}},{((((...}}}},.........)))))...})}..........
Back