Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002135.5
Sequence Length
2635 nt
GC Content
0.6065
AGUCCCAGUGGCGGAGGCUACGAAACUUGGGGGAGUGCACAGAAGAACUUCGGGAGCGCACGCGGGACCAGGGACCAGGCUGAGACUCGGGGCGCCAGUCCGGGCAGGGGCAGCGGGAGCCGGCCGGGUAGGGUGCAGCCUGAGGCUUGUUCAGCAGAACAGGUGCAAGCCACAUUGUUGCCAAGACCUGCCUGAAGCCGGAUUCUCCCCACUGCCUCCUUCAACCCCGCCUCUUCCUCCUCCUGUGGGACUGCUCCCCCCUCCUGUGAGGCUAGAUAGAUGCCCUGUAUCCAAGCCCAAUAUGGGACACCAGCACCGAGUCCGGGACCCCGUGACCACCUGGCAAGCGACCCCCUGACCCCUGAGUUCAUCAAGCCCACCAUGGACCUGGCCAGCCCCGAGGCAGCCCCCGCUGCCCCCACUGCCCUGCCCAGCUUCAGCACCUUCAUGGACGGCUACACAGGAGAGUUUGACACCUUCCUCUACCAGCUGCCAGGAACAGUCCAGCCAUGCUCCUCAGCCUCCUCCUCGGCCUCCUCCACAUCCUCGUCCUCAGCCACCUCCCCUGCCUCUGCCUCCUUCAAGUUCGAGGACUUCCAGGUGUACGGCUGCUACCCCGGCCCCCUGAGCGGCCCAGUGGAUGAGGCCCUGUCCUCCAGUGGCUCUGACUACUAUGGCAGCCCCUGCUCGGCCCCGUCGCCCUCCACGCCCAGCUUCCAGCCGCCCCAGCUCUCUCCCUGGGAUGGCUCCUUCGGCCACUUCUCGCCCAGCCAGACUUACGAAGGCCUGCGGGCAUGGACAGAGCAGCUGCCCAAAGCCUCUGGGCCCCCACAGCCUCCAGCCUUCUUUUCCUUCAGUCCUCCCACCGGCCCCAGCCCCAGCCUGGCCCAGAGCCCCCUGAAGUUGUUCCCCUCACAGGCCACCCACCAGCUGGGGGAGGGAGAGAGCUAUUCCAUGCCUACGGCCUUCCCAGGUUUGGCACCCACUUCUCCACACCUUGAGGGCUCGGGGAUACUGGAUACACCCGUGACCUCAACCAAGGCCCGGAGCGGGGCCCCAGGUGGAAGUGAAGGCCGCUGUGCUGUGUGUGGGGACAACGCUUCAUGCCAGCAUUAUGGUGUCCGCACAUGUGAGGGCUGCAAGGGCUUCUUCAAGCGCACAGUGCAGAAAAACGCCAAGUACAUCUGCCUGGCUAACAAGGACUGCCCUGUGGACAAGAGGCGGCGAAACCGCUGCCAGUUCUGCCGCUUCCAGAAGUGCCUGGCGGUGGGCAUGGUGAAGGAAGUUGUCCGAACAGACAGCCUGAAGGGGCGGCGGGGCCGGCUACCUUCAAAACCCAAGCAGCCCCCAGAUGCCUCCCCUGCCAAUCUCCUCACUUCCCUGGUCCGUGCACACCUGGACUCAGGGCCCAGCACUGCCAAACUGGACUACUCCAAGUUCCAGGAGCUGGUGCUGCCCCACUUUGGGAAGGAAGAUGCUGGGGAUGUACAGCAGUUCUACGACCUGCUCUCCGGUUCUCUGGAGGUCAUCCGCAAGUGGGCGGAGAAGAUCCCUGGCUUUGCUGAGCUGUCACCGGCUGACCAGGACCUGUUGCUGGAGUCGGCCUUCCUGGAGCUCUUCAUCCUCCGCCUGGCGUACAGGUCUAAGCCAGGCGAGGGCAAGCUCAUCUUCUGCUCAGGCCUGGUGCUACACCGGCUGCAGUGUGCCCGUGGCUUCGGGGACUGGAUUGACAGUAUCCUGGCCUUCUCAAGGUCCCUGCACAGCUUGCUUGUCGAUGUCCCUGCCUUCGCCUGCCUCUCUGCCCUUGUCCUCAUCACCGACCGGCAUGGGCUGCAGGAGCCGCGGCGGGUGGAGGAGCUGCAGAACCGCAUCGCCAGCUGCCUGAAGGAGCACGUGGCAGCUGUGGCGGGCGAGCCCCAGCCAGCCAGCUGCCUGUCACGUCUGUUGGGCAAACUGCCCGAGCUGCGGACCCUGUGCACCCAGGGCCUGCAGCGCAUCUUCUACCUCAAGCUGGAGGACUUGGUGCCCCCUCCACCCAUCAUUGACAAGAUCUUCAUGGACACGCUGCCCUUCUGACCCCUGCCUGGGAACACGUGUGCACAUGCGCACUCUCAUAUGCCACCCCAUGUGCCUUUAGUCCACGGACCCCCAGAGCACCCCCAAGCCUGGGCUUGAGCUGCAGAAUGACUCCACCUUCUCACCUGCUCCAGGAGGUUUGCAGGGAGCUCAAGCCCUUGGGGAGGGGGAUGCCUUCAUGGGGGUGACCCCACGAUUUGUCUUAUCCCCCCCAGCCUGGCCCCGGCCUUUAUGUUUUUUGUAAGAUAAACCGUUUUUAACACAUAGCGCCGUGCUGUAAAUAAGCCCAGUGCUGCUGUAAAUACAGGAAGAAAGAGCUUGAGGUGGGAGCGGGGCUGGGAGGAAGGGAUGGGCCCCGCCUUCCUGGGCAGCCUUUCCAGCCUCCUGCUGGCUCUCUCUUCCUACCCUCCUUCCACAUGUACAUAAACUGUCACUCUAGGAAGAAGACAAAUGACAGAUUCUGACAUUUAUAUUUGUGUAUUUUCCUGGAUUUAUAGUAUGUGACUUUUCUGAUUAAUAUAUUUAAUAUAUUGAAUAAAAAAUAGACAUGUAGUUGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1083.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1128.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 614.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..(((((...(((((((........((((((((.((((..(((......(((((((..(((((((..(((((..((((........((((.(((......)))((((((((.((((((((((((((((((..(((((.((.((((((..((.(......).)))))))).))..))))).....))))))))..)))))...)))))..))))).)))....)))))))).)))))..)))))))....))))))).(((((..(((((.((((.((((((((.(((((....(((((..((((....((((((((..((((((((...(((.(((..(((((.(.(.....(((..(((((((((((..........((((((((.((..........((((((....))))))(((((((((..((...((((((((.((((((((..(((..((((.((((((...(....)...)))).)).(((((((.....((((.((((((......(((..........((((((.(((((......((((((((.(((((......((((.((.........))..))))......)))))...(((((......)))))..))))).)))...))))).))))))))).......))))))..))))....)))))))...((((.(((..(((.(.((.((((((.((((...((((.(((...(((.(((.((((((.(.(((((...((((............(((((((((..(((((((.(.((((((((((((((..(((......))))))))(((.......)))...(((..(((((((((((.(((........)))((((((.......(((((..(((......(((....)))..)))...))))).......))))))))))))))))))))..))))))))).))))))))..))))))))).................((((((.(.((((..((.....))..)))).).))))))....)))).))))).)...)))))).))))))...))).)))).)))).)))))))).).)))......))))))).....)))))))..)))).)))))))...(((((.((((.....((.(((.(((((...((.....))...)))))))))).....))))..)))))((((.((.(((((((((....)))))))...)))))))).....)))))))..)))))))))...(((((.(((.((((((......)))))).((.(((((.((((((((..(((..............))).))))).....))).)))))..))...))))))))..)).))))))))......)))))))))))..)))).))))))...)))..))).....))))).)))..)))))))).))))..)))))......))))).))(((((.(((((((.((...)).)))))((((((....)))))))))))))((((((.((.(((.....))))).)).))))(((((((((..((.(((.(..((((((((((((((.(.(((.......(((........))).)))))))))).))))))))..).))).))..))).)))))).(((((..((((((((((((......((((((((((..(((...)))..(((((((...((((((((((..((((((((...))))).......)))..))).))))))))))))))((((((((((((.((((((((.((((.((......))..)))).))))....))))....)))))))))))).)))))))..)))...))))))..))))))))))).(((((((((((((((((((.....))).))))..))))))))....))))...(((((((...)))))))(((((((.(((((......))))).))))))))))))))))))))))....))))).))).))))...)))).))))....(((........))).(((...(((((((..........((((((((.....((((((....))))))...((((((......))))))......(((....))).))))).))).((((((....(((((((((((..((((.(......).))))..(((((.((....))...))))).)))))))))))))))))..(((((((...((.(((((....))))).)).......)))))))((((((((.((.((.(((((...(((((((.(((((........))))).....((((((.(.(((.......))).).))))))((((....))))....)))))))..))))).)).)).))))))))(((((((..(((...)))))))))))))))))...)))))))))).)))))..))............(((..(.((((((.((((.(((((...(((((((((((.(((((((..((((......)))).))))))).).))))))))))...))))).))))..........(((((((((...)))))))))...........)))))).)..))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(..(((((,..(((((((..,,....((((((((.((((.,((,....,,(((((((,.(((((((..{((((..((((.{.{.,{{((({.,||.}}},{||,((((((((.((((((((((((((((((..(((((.((.(((((((.{..,......,,,))))))).))..))))).....))))))))..)))))...))))),.))))).)))....}))})))).}))))..)))))))....})))))).(((((..(((((.((((.((((((,,.,,,(({...(((((..((((....((((((((.((((((,,..}}}.}}},...(((({,(.(.....(((..(((((((((((....{.....(((((((({((,,((....({(((((({{{{||||||((..,{(((.((((((.(.(((((({{(((.((((((((..{(((((,,(({,.,...,|,,,||||.,,.(((((((.....((((.((((((,.....(((..........((((((.(((((......((((((((.(((((......((((.{,{{......,),..))))......)))))...(((((......)))))..))))).)))...))))).))))))))).......))))))..))))....))))))),{{({{.,(((({.{(,({,({((((((.((((...((((.(((,,,(((.(({.{{((((.{{(((.....|||},......|||..(((((((((..(((((((.(.((((((((((((((..(((......))))))))(((.......)))...(((..(((((((((({.,,{........))|{{{{{(,,,,{..((({{..(,(,,...,{,.,...,.,..})),..)))}}....,,,))))))))))))))))))))..))))))))).))))))))..)))))))))........{{{{...{{((((((.|.((((..,,.....,,..)))).}.))))}....,)),,.)))).})))})}}))),)))))),..))).)))).))}}.||||}}||,...,{{...{{((({.,,...}}))}}.,}),,,,)))}))))))},|)}|{|{,||..,}}{(,(((.(((({...{{,,,,.||...}})))})))).....,})))),,))))))....,,,(((((((....)))))))..,},,))))..))))))))))},))).).)))))).)))|.,||..((((((......)))))).,...|))))||||||||.{(((..{{{........})),}))),.....})))}),,))})))................))))))))......)))))))))))..)))).))))))..{(((({{......})))))})},,,)))))))).))))..)))))..}},.},,||(((,(((({.,,(((({(({.{,|{|||||{{{(((,,,.|||}||,{{|{({((,,,,,(({((({,...}}}||{|}||,||{({((({,,..||||{{||||({({{{{{{{|||{.{,|||,,.....{((,,......,||,}}|||||||,.}}}}}},,..}}}||||||||||||||}|,.,,,{{||{{{(((({((((...}}}||||||||||,,{{{,,.}}}..{((((((...((((((((((..((((((({...})))),......}))..))),,)))))))))))))||||||||||{{}||||||||.{(((.,,......)).,))}),))}),.}}))))}}).))))))),),))}))))),}..,,)}}}),))))}.}|}},,,))||.(((((((((({(((((,(({....,,,.))),}}))))})))}}}})))),,.(((((({...}))))))(((((((.(((((......))))).))))))))))))))))))))))....))))).,,,.))))...)))).)))),,..{{{........}},.(((...(((((((..........((((((((.....((((((....))))))...((((((......))))))......(((....))).))))).))).((((((....(((((((((((,.((({.(......,.}))},.(((((.((....))...))))).))))))))))))))))).|(((((((,..((.(((((....))))).))...},..}))))))|(((((((.((,((.(((((.,.(((((((.(,,{,......,,}}||,.|,..((((((.(.(((.......))).).)))))){|||....))})..,.)))))))..))))),)).)).)))))))}(((((((..,{{...}),)))))))))))))).,.)))))))))),)))))..)}............(((..(.((((((.((((.(((((.,.(((((((((((.(((((((..(({{......)))}.))))))).).))))))))))...))))).))))..,{{{.,{.(((((((((...))))))))).},.,}}....)))))).)..))).
Back