Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002140.5
Sequence Length
2939 nt
GC Content
0.4161
GAGAAAGGAGGAGGGCGCUCCAGGCGACAGCACUGCAGACGCCAUUAUCCUCUGUUUCUCUGCUGCACCGACCUCGACGUCUUGCCUGUGUCCCACUUGUUCGCGGCCUAUAGGCUACUGCAGCACUGGGGUGUCAGUUGUUGGUCCGACCCAGAACGCUUCAGUUCUGCUCUGCAAGGAUAUAUAAUAACUGAUUGGUGUGCCCGUUUAAUAAAAGAAUAUGGAAACUGAACAGCCAGAAGAAACCUUCCCUAACACUGAAACCAAUGGUGAAUUUGGUAAACGCCCUGCAGAAGAUAUGGAAGAGGAACAAGCAUUUAAAAGAUCUAGAAACACUGAUGAGAUGGUUGAAUUACGCAUUCUGCUUCAGAGCAAGAAUGCUGGGGCAGUGAUUGGAAAAGGAGGCAAGAAUAUUAAGGCUCUCCGUACAGACUACAAUGCCAGUGUUUCAGUCCCAGACAGCAGUGGCCCCGAGCGCAUAUUGAGUAUCAGUGCUGAUAUUGAAACAAUUGGAGAAAUUCUGAAGAAAAUCAUCCCUACCUUGGAAGAGGGCCUGCAGUUGCCAUCACCCACUGCAACCAGCCAGCUCCCGCUCGAAUCUGAUGCUGUGGAAUGCUUAAAUUACCAACACUAUAAAGGAAGUGACUUUGACUGCGAGUUGAGGCUGUUGAUUCAUCAGAGUCUAGCAGGAGGAAUUAUUGGGGUCAAAGGUGCUAAAAUCAAAGAACUUCGAGAGAACACUCAAACCACCAUCAAGCUUUUCCAGGAAUGCUGUCCUCAUUCCACUGACAGAGUUGUUCUUAUUGGAGGAAAACCCGAUAGGGUUGUAGAGUGCAUAAAGAUCAUCCUUGAUCUUAUAUCUGAGUCUCCCAUCAAAGGACGUGCACAGCCUUAUGAUCCCAAUUUUUACGAUGAAACCUAUGAUUAUGGUGGUUUUACAAUGAUGUUUGAUGACCGUCGCGGACGCCCAGUGGGAUUUCCCAUGCGGGGAAGAGGUGGUUUUGACAGAAUGCCUCCUGGUCGGGGUGGGCGUCCCAUGCCUCCAUCUAGAAGAGAUUAUGAUGAUAUGAGCCCUCGUCGAGGACCACCUCCCCCUCCUCCCGGACGAGGCGGCCGGGGUGGUAGCAGAGCUCGGAAUCUUCCUCUUCCUCCACCACCACCACCUAGAGGGGGAGACCUCAUGGCCUAUGACAGAAGAGGGAGACCUGGAGACCGUUACGACGGCAUGGUUGGUUUCAGUGCUGAUGAAACUUGGGACUCUGCAAUAGAUACAUGGAGCCCAUCAGAAUGGCAGAUGGCUUAUGAACCACAGGGUGGCUCCGGAUAUGAUUAUUCCUAUGCAGGGGGUCGUGGCUCAUAUGGUGAUCUUGGUGGACCUAUUAUUACUACACAAGUAACUAUUCCCAAAGAUUUGGCUGGAUCUAUUAUUGGCAAAGGUGGUCAGCGGAUUAAACAAAUCCGUCAUGAGUCGGGAGCUUCGAUCAAAAUUGAUGAGCCUUUAGAAGGAUCCGAAGAUCGGAUCAUUACCAUUACAGGAACACAGGACCAGAUACAGAAUGCACAGUAUUUGCUGCAGAACAGUGUGAAGCAGUAUGCAGAUGUUGAAGGAUUCUAAUGCAAGAUAUUUUUUCUUUUUUAUAGUGUGAAGCAGUAUUCUGGAAAGUUUUUCUAAGACUAGUGAAGAACUGAAGGAGUCCUGCAUCUUUUUUUUUUUAUCUGCUUCUGUUUAAAAAGCCAACAUUCCUCUGCUUCAUAGGUGUUCUGCAUUUGAGGUGUAGUGAAAUCUUUGCUGUUCACCAGAUGUAAUGUUUUAGUUCCUUACAAACAGGGUUGGGGGGGGGAAGGGCGUGCAAAAACUAACAUUGAAAUUUUGAAACAGCAGCAGAGUGAGUGGAUUUUAUUUUUCGUUAUUGUUGGUGGUUUAAAAAAUUCCCCCCAUGUAAUUAUUGUGAACACCUUGCUUUGUGGUCACUGUAACAUUUGGGGGGUGGGACAGGGAGGAAAAGUAACAAUAGUCCACAUGUCCCUGGCAUCUGUUCAGAGCAGUGUGCAGAAUGUAAUGCUCUUUUGUAAGAAACGUUUUAUGAUUUUUAAAAUAAAUUUAGUGAACCUAUUUUUGGUGGUCAUUUUUUUUUUAAGACAGUCAUUUUAAAAUGGUGGCUGAAUUUCCCAACCCACCCCCAAACUAAACACUAAGUUUAAUUUUCAGCUCCUCUGUUGGACAUAUAAGUGCAUCUCUUGUUGGACAUAGGCAAAAUAACUUGGCAAACUUAGUUCUGGUGAUUUCUUGAUGGUUUGGAAGUCUAUUGCUGGGAAGAAAUUCCAUCAUACAUAUUCAUGCUUAUAAUAAGCUGGGGAUUUUUUGUUUGUUUUUGCAAAUGCUUGCCCCUACUUUUCAACAAUUUUCUAUGUUAGUUGUGAAGAACUAAGGUGGGGAGCAGUACUACAAGUUGAGUAAUGGUAUGAGUAUAUACCAGAAUUCUGAUUGGCAGCAAGUUUUAUUAAUCAGAAUAACACUUGGUUAUGGAAGUGACUAAUGCUGAAAAAAUUGAUUAUUUUUAUUAGAUAAUUUCUCACCUAUAGACUUAAACUGUCAAUUUGCUCUAGUGUCUUAUUAGUUAAACUUUGUAAAAUAUAUAUAUACUUGUUUUUCCAUUGUAUGCAAAUUGAAAGAAAAAGAUGUACCAUUUCUCUGUUGUAUGUUGGAUUAUGUAGGAAAUGUUUGUGUACAAUUCAAAAAAAAAAAAGAUGAAAAAAGUUCCUGUGGAUGUUUUGUGUAGUAUCUUGGCAUUUGUAUUGAUAGUUAAAAUUCACUUCCAAAUAAAUAAAACACCCAUGAUGCUAGAUUUGAUGUGUGCCCGAUUUGAACAAGGGUUGAUUGACACCUGUAAAAUUUGUUGAAACGUUCCUCUUAAAAGGAAAUAUAGUAAUCUUAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-832.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -895.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 905.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((.((((((.(((((....)).))).)).))))....)))))).))))))((((((((((((......)))((((((((((((.((.((((.((((((....))))...))))))..((((((.((.((((..(((((((.((((((......)))))).......((((..............(((((((((((((((.............((((...(((((((((((((....)))).....(((((((((((((.(((....(.((((.((..((.(((......((((((((((.((.((((((.......((.((((..((((((.(.(((((.......(((((((((.(((((((.((...(((((.((((((...((....((.(((((........((((((((....((((........(((((((((((((......(((((.(((..((((.......))).)..))).)))))..)))))))).)))))......))))............((......))..))))))))....))))).)).))))))))..)))))...))...)).....))))).))...)))))))........((...........)).(((..((((((((.((((((....((((((((((....))))).)))))....)))..))).))))))))..)))................(((......))).)))))))))).))..)))).))))))))))))))).)))))..((((....))))((((((((.(.....)))))))))..((((...))))..(((((((....)))))))...((((((.(((.(((((((.(.(((....((((((((((((.....(((((...))))).....)))))))).)))).....))).).)))))))((((((.(((.(((((.(((((....)))))..((((..((((((((((((((((...(((....))).((.(((((...))))).))..((((.............)))).........)).))))).)))))))))))))(((....))).).)))).))).))))))....))))))))).(((((((((((((((.((..(........)..)))))).((....)).........))))))))))).))).))..)))))).)...))).)))))))))))))((((.......((((.((((.............))))))))))))..))))((((.((((((((.((((.....(((((((.(((.((....)).))).)..)))))))))).))))).))).))))((((((((......(((((.....))))).......(((((((((.((((.((((..((((((((....(((((.(((((((.....)))))))........(((..(.(((((....))))).)..))).......(((((((...)))))))....((......)).......))))).........))).))))).....(((((((((.((((((((((...(((((((..(((((((........((((.......)))).(((((...)))))((((.(((((....((((((((..........))))))))...))))).)))))))))))......))))))).........................))))))))))..)))))))))....)))).)))).)))))))))..)))))))).......)))))...))))....)))).))))(((((((((((((((((((((.......((((((...(((((((.(((..((..((.((((((((((((((((((.((.(((((................(((((((.....((((.((((.(((........))).)))).))))....)))))))...))))).)).)))))))))....)))))))...)).)).))..))))))))))))))))......))).))))))))).((((((....))))))...((((((((.(((...((((((((.......)))..)))))))).))))))))((((((((.......))))))))..........))).))))))......)))))))..............))))..)))))))..)))).))))))))..)).))))))))))))...((((.((....)).))))..)))).....(((((((((((..(((((((.(.((((((((((((((............((.(((((...)))))))))))))))).((((((....))))))(((.((((((((((((((.(((((.........))))))))......))))))))).)))))....(((...((((..(((((((....)))))))..))))...))).((((((((.(((((......))))).)))(((((((....))))))).)))))........((((((((.....))))))))))))).).))))))))))))))))))(((((....(((((.....(((((..((((((........(((((.(((.((((((.(((.......))).))))))..)))))))).((((((.(((..(((........))).))))))))).(((.(((((..((((................((((..(((...)))..))))((.(((((((.(((.((((((.(((..(((........)))..))))))))).......))).))))))).))))))..))))).))).....))))))..))))))))))..))))).............(((((......)))))...)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((({((((((.((((((.(((((....)).))).)).))))....)))))).})))))(((((((..(((......)))..(((((((..((.(......).))..}))))))...})))))}..((((((((((((((((((((....((((((......))))))........))))...))))))))),,((((((..{,(({{.,,,......,))}},,}}.,.,},}})}((((....)))).....,,,,,,.(((((........)))))..})))))|(((.,(((({(..((((((((({(((((((....(((((((,.{{((,((,((((((((,,.,....((((((((((....))),})))))).(((((((((.(((.(((((.(((((((({....,(((((({({{.,{.((((((..((((((((.{{{(((,(((,..(((..(((((((....{{{{,{(.(((((({....))))))).))....,,((((..,{|||{..{,...,|.||((,,,,,,|}.,|((||(({,.((((..(((((..(((((.(((((((({.((((.(((.({.(((((((..{(,((,,{{{{.,|||.,|,.({{{.....,..}}}}.|||||{,|,,,}}}}.}})).,)).}}.))))))).)).))).)}}},{{..((((((((((|(((,{{{............((((((((((((({{{.............|,,||,,.,{{{{{|,,.....)}))))..,},.,)))}})))))}.))))))...(((((....))))).....((((((.(((((((....)))))))........({({,........))}}))))))}))))).))))))))))..}}....{{{{{{(..,.,...,,},))))}}}{,,...,,}}}}|||,{(((({{{{.{{({{.(((((....)))))..((((..((((((((((((((.({..((({{,,||,.((,(((((...))))).)).,|{{{|,,...,,.||,.}}}}....},}}.,)}))))))))))))))))))),{{,((({{.{,.,,}},)))))||}||{{{.|.,||{,{..(((((((((((((((.((..(........)..)))))).,,{{{{|,..,}}},..))))))))))).,),)))..))))}),)))))}))))))))).))))).))))).))))}))}.)))).,........{{{{{(({{{(((.,.....,.))))))))})}..,,.))))))}}}}}}{{({{.,..},})),}})))..)))))))..)))...,|||{,{{((((({(({...,...{{{||,,.,,))}}),,)},,||{|}}}}}}))))))}.},..})))))))...)))))).(((((((.....))))))).....}||||},,}}|||{{{{....)))}))}}}}}...,..(((((((...)))))))...{(((({{.((((({{{{{{({((((({(.{..,,,.,.}}}}}}}.(((((((((.((((((((((...{,,(((({{({((((,,{{.....,|||.,,,,,,}}}|.,,,,,,,.,,{{,((((.(((((....((((((((..........))))))))...))))).)))).)),,,,.,|,,,}}}}}||,,..,,.,,,,})}.}))))}}...))))))))))..)))))))))....,({{{|{{{{{,...})}}}}},,||}}{{{{{{{.,({{,,,{,.|,|,,,,.,,,{({{(((({{(((((((((((((((.......((((((...(((((({{(((..((((.(,({((((((((((((((((.({.(((((................(((((((.{{..((((.((({.(((........))).}))).)))).},.)))))))...))))).}).)))))))))....))))))).},}),)),|}..))))))))))))))))......))),})))))))|{((((((....))))))},.((((((((.{((...((((({((.......}},},)))))})}.))))))))((((((((.......)))))))).....,,,..))),))))}}},}|||||.,,,{|||},.,.{{{{{{..,,.,}}|)}|{,....,{},}},},..,)}}}}))}.,})}}},...,}}}}}}}.,}},,))))))))).}))))))))))}.{{{{{,{{{,,,,.{,{{{|},..))))}.........,{(,.(((((...))))),})}}}}))))))))).))))).))).)))}})))))...{(((({{(((({..{....,,|))))}}}}}),||||{||||((({||,{{{{.{,...,||||,.(((((({....}))))))..{((((((((((.{,...,,.,|.}))))))))))..,,.{(((((((....)))))))}}}{{{{,{{{{,..,,,||||}}.}})),,,,))}))))})}.))),|||...||,|||{{{{||,||{(({,,.}}}}||{...,{,.(({{,,{,,..,,,,,.{,|,||||{,}|{{},..}}})))})).})...,,},},,)}||||||}|.},,}},,.}}}}}}).,.,,,,))))))))}}(((((..((({................{{{{..(({...))),.)))){(.(((((((.(((.{(((((.(((..(((........)))..)))))}})),,.....))).))))))).))))))..))))).|{,{((.{(({{((({{....}})}))},,.,,..}})}}.}}},)}))))))).............}},,))),.))).
Back