Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002143.3
Sequence Length
1412 nt
GC Content
0.5942
GCAGUCGGUGUCUCCGCGUCGCUGGGUGGGACUUGGCUCGGCGGCCAUGGGCAAGCAGAACAGCAAGCUGCGGCCCGAGAUGUUGCAGGACCUGCGAGAGAACACAGAGUUCUCAGAGCUGGAGCUGCAGGAGUGGUACAAGGGCUUCCUCAAGGACUGCCCCACAGGAAUCCUCAAUGUGGAUGAGUUCAAGAAGAUCUACGCCAACUUCUUUCCCUAUGGUGACGCCUCCAAGUUUGCCGAGCACGUCUUCCGCACCUUUGACACCAACAGCGAUGGCACCAUAGACUUUCGGGAGUUCAUCAUUGCGCUGAGCGUGACCUCGCGCGGCCGCCUGGAGCAGAAGCUCAUGUGGGCCUUCAGCAUGUAUGACCUGGACGGCAACGGCUACAUCAGCCGGGAGGAGAUGCUGGAGAUCGUGCAGGCCAUUUACAAGAUGGUUUCGUCCGUGAUGAAGAUGCCGGAGGACGAGUCGACCCCGGAAAAGAGGACUGAGAAAAUCUUCCGCCAAAUGGACACAAACAACGACGGCAAGCUGUCCUUGGAGGAGUUCAUCCGCGGGGCCAAAAGCGACCCGUCCAUCGUGCGUCUGCUGCAGUGCGACCCCAGCAGCGCCUCCCAGUUCUGAGAGGAGCCAGGUUCCCCUUCCUCCCUCCCUUCACCGGCCCCCUCCCGGCUCUUAGCUUCCACUCCCUUGUGUGUAUUCUGGCUGGGGGCCAGAUUGGGGAAGCCCUUCUCCCCGGGUCUGCCCUGUGGGGGGCUUCCGGAAAAGGGAACCCUGCGGUACCCCCAGGCCAAAGCAAGUAAGCGGUUAGCACCCCCCAAUCCCAGAGGCAACAAUAGAGACACAGGCUGGGUUGGUCUGCCCCUCAGUCAGGCCCCCUUACCCACCCACCAGCCCCAAGGCCCGACCCCUCCCCCAAAGGGGCAGUCCCCUUCUUGCAGGUCUCAGCUUGCGGGGUGGGGGGAGUCAUGCCCAGGGGAGGAGACUUUUUAUCUGGAGGGGAGAGAAGGAUUCUAGGGGUGUGGAGUUGGAGAAAGAGGCUUCCUUGAGCCACCCUUCCCACCCCAGCCCUUGCUGGUCCCUAGGCCAAGCCACCAAGUGAAACCUUCCAGGAUACUAGCCCGCCAGCUGUGGGCCCCAGAAAGCCAGCCUGCCUUUUAGCACUUGGAUACACACAGACCCACGGAGCUCUCUGUGUUUGGCCUCUCACACACACACAGGCCCAUAGACAGAUGGGCAGAUGCACCCAGAGCCCCAUGCACAGUGUCCUGCGUGGGAAAGAGACACGGUCCCCCUGGCUGAGCCCCUGUCCUCCCCUCUGUCCCCCCAACCGCCCCCCCUGCAUGCAGCCAAAUGGAGCAUCUCUGUUCUUUUUAAUAAUUUCAGAAUAAAGUCUCAUUUCAGUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-543.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -568.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 251.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(.(((.....))))(.(((((((((((((((((((....))))..((((..((((.........)))).))))((((((((.((....((((..((((((.....)))))).((((((((.(((((((((.((...(((((((((((((((((((...(((((.((....))..)))))...)))))((((((...........)))))).......(((((.(((((((...((.(((((...((((......((.(((.(.......)))).))......)))).))))).)).(((((((...((((((((((....)))))((((..(..((((....))))..)..)))).)))))))).))))..)))).)))...((((.....))))((((((...((((((.(.(((((((((((((((...))))))).(((((...)))))(((((((((.(((((.((((.(((((.......(((..((.....)).))).....((((((.(...(((.(((((....))))).)))...).))))))...))))).......)))).))))).))).)))))).))))...)))).)))))))...))))))......(((.((((..(((....)))..)))))))...)))))(((((((..((((......((...(((......))).))...))))..)))))))...))))))))))))))...)).(((.(((((((.(((((((((((.(((...(((...((((.((....)))))).....((......))(((....))))))...)))..)))))...............((.(((((.(((((((......).)))))).....))))).))....(((....))).........))))))..))))))).))).))))))))).)).))))))((((((((((((((.........(((((((((..........((((((((.....((((...((.((((((.((((.(((.....((((...))))...)))...)))))))))))).))))(((((((....)))).)))(((...)))...)))))))).......((((((.....))))))..(((...((((((((((......)))...((((.........((((((.((..(.((((((.(((.((((........((...((((((......))))))...)).....))))..))).)))))).)..)).))))))...........))))....))))).))..))))))))))))...))))))))........))))))..)))).....)).))))))))((((((.............)))))))))))))).)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{.(((.....)))){.(((((((((((((((((((....)))),.((((..((((.........)))).))))((((((((.((,,..((((,.((((((.....)))))).{(((((((.(((((((((.((...(((((((((((((((((((...(((((.({....))..)))))...))))){(((((...........))))))...,,,,((((,.(({{(((.{.,({({(({...{{{|,,.|},,,.{{|.,.......}})},))},}},,))}}.|||||{,|.{{{((((.,.((((((((((....)))))((((..(..((((....))))..)..)))).))))),}).))))},)))).))}...((((.....))))((((((.,.((((((.(.(((((((((((((({...})))))).(((((...)))))(((((((((.(((((.((((.(((((,....,.(({.,{(,....})}}|{.{|..,{((((.{...(({.(((((....))))).)))..,),))))))},,))))}.......)))).))))).))).)))))).))))...)))),})))))).,.))))))......(((.((((..(((....)))..)))))))...})}}}(((((((..((((.....,{{...(((......))).),...))))..)))))))...))))))))))))))...)},(((.(((((((.(((((((((((.(({...(((...((((.((....)))))).....((......))(({....}))}))}..}}),.)))))...............((.(((((.(((((({,.....).)))))).....))))).))....(((....))).........))))))..))))))).))).})))))))).)).)))))|((((((((((((((.....,...(((((((((.......,,{((((((((....,((((..,{{,((((((.(({(.,((.,...(.(({{,,,,,,}}))...,)))))))))))),)))}(((((((....)))),,))(((...}})...)))))))}},,,...((((((.....))))))..{{{...((((((({((......))).|{(,.......,,,.((((((.((..(.((((((.(((.((((........,,...((((((......))))))...}}.....))))..))).)))))).)..)).))))))...,.{{{...}))...,.))))).))..})}))))))))),,})))))))).......,)))))),,)))),,...)).))))))))((((((.............))))))})))))))}}})))))}.
Back