Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002155.5
Sequence Length
2355 nt
GC Content
0.5864
AGAUCCGAGCCGGGCUGGCUGCAGAGAAACCGCAGGGAGAGCCUCACUGCUGAGCGCCCCUCGACGGCGGAGCGGCAGCAGCCUCCGUGGCCUCCAGCAUCCGACAAGAAGCUUCAGCCAUGCAGGCCCCACGGGAGCUCGCGGUGGGCAUCGACCUGGGCACCACCUACUCGUGCGUGGGCGUGUUUCAGCAGGGCCGCGUGGAGAUCCUGGCCAACGACCAGGGCAACCGCACCACGCCCAGCUACGUGGCCUUCACCGACACCGAGCGGCUGGUCGGGGACGCGGCCAAGAGCCAGGCGGCCCUGAACCCCCACAACACCGUGUUCGAUGCCAAGCGGCUGAUCGGGCGCAAGUUCGCGGACACCACGGUGCAGUCGGACAUGAAGCACUGGCCCUUCCGGGUGGUGAGCGAGGGCGGCAAGCCCAAGGUGCGCGUAUGCUACCGCGGGGAGGACAAGACGUUCUACCCCGAGGAGAUCUCGUCCAUGGUGCUGAGCAAGAUGAAGGAGACGGCCGAGGCGUACCUGGGCCAGCCCGUGAAGCACGCAGUGAUCACCGUGCCCGCCUAUUUCAAUGACUCGCAGCGCCAGGCCACCAAGGACGCGGGGGCCAUCGCGGGGCUCAACGUGUUGCGGAUCAUCAAUGAGCCCACGGCAGCUGCCAUCGCCUAUGGGCUGGACCGGCGGGGCGCGGGAGAGCGCAACGUGCUCAUUUUUGACCUGGGUGGGGGCACCUUCGAUGUGUCGGUUCUCUCCAUUGACGCUGGUGUCUUUGAGGUGAAAGCCACUGCUGGAGAUACCCACCUGGGAGGAGAGGACUUCGACAACCGGCUCGUGAACCACUUCAUGGAAGAAUUCCGGCGGAAGCAUGGGAAGGACCUGAGCGGGAACAAGCGUGCCCUGCGCAGGCUGCGCACAGCCUGUGAGCGCGCCAAGCGCACCCUGUCCUCCAGCACCCAGGCCACCCUGGAGAUAGACUCCCUGUUCGAGGGCGUGGACUUCUACACGUCCAUCACUCGUGCCCGCUUUGAGGAACUGUGCUCAGACCUCUUCCGCAGCACCCUGGAGCCGGUGGAGAAGGCCCUGCGGGAUGCCAAGCUGGACAAGGCCCAGAUUCAUGACGUCGUCCUGGUGGGGGGCUCCACACGCAUCCCCAAGGUGCAGAAGUUGCUGCAGGACUUCUUCAACGGCAAGGAGCUGAACAAGAGCAUCAACCCUGAUGAGGCUGUGGCCUAUGGGGCUGCUGUGCAGGCGGCCGUGUUGAUGGGGGACAAAUGUGAGAAAGUGCAGGAUCUCCUGCUGCUGGAUGUGGCUCCCCUGUCUCUGGGGCUGGAGACAGCAGGUGGGGUGAUGACCACGCUGAUCCAGAGGAACGCCACUAUCCCCACCAAGCAGACCCAGACUUUCACCACCUACUCGGACAACCAGCCUGGGGUCUUCAUCCAGGUGUAUGAGGGUGAGAGGGCCAUGACCAAGGACAACAACCUGCUGGGGCGUUUUGAACUCAGUGGCAUCCCUCCUGCCCCACGUGGAGUCCCCCAGAUAGAGGUGACUUUUGACAUUGAUGCUAAUGGCAUCCUGAGCGUGACAGCCACUGACAGGAGCACAGGUAAGGCUAACAAGAUCACCAUCACCAAUGACAAGGGCCGGCUGAGCAAGGAGGAGGUGGAGAGGAUGGUUCAUGAAGCCGAGCAGUACAAGGCUGAGGAUGAGGCCCAGAGGGACAGAGUGGCUGCCAAAAACUCGCUGGAGGCCCAUGUCUUCCAUGUGAAAGGUUCUUUGCAAGAGGAAAGCCUUAGGGACAAGAUUCCCGAAGAGGACAGGCGCAAAAUGCAAGACAAGUGUCGGGAAGUCCUUGCCUGGCUGGAGCACAACCAGCUGGCAGAGAAGGAGGAGUAUGAGCAUCAGAAGAGGGAGCUGGAGCAAAUCUGUCGCCCCAUCUUCUCCAGGCUCUAUGGGGGGCCUGGUGUCCCUGGGGGCAGCAGUUGUGGCACUCAAGCCCGCCAGGGGGACCCCAGCACCGGCCCCAUCAUUGAGGAGGUUGAUUGAAUGGCCCUUCGUGAUAAGUCAGCUGUGACUGUCAGGGCUAUGCUAUGGGCCUUCUAGACUGUCUUCUAUGAUCCUGCCCUUCAGAGAUGAACUUUCCCUCCAAAGCUAGAACUUUCUUCCCAGGAUAACUGAAGUCUUUUGACUUUUUGCGGGGAGGGCGGUUCAUCCUCUUCUGCUUCAAAUAAAAAGUCAUUAAUUUAUUAAAACUUGUGUGGCACUUUAACAUUGCUUUCACCUAUAUUUUGUGUACUUUGUUACUUGCAUGUAUGAAUUUUGUUAUGUAAAAUAUAGUUAUAGACCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-958.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -995.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 439.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((((.(((((((((.........((((..(((((.((((((.(((((((.(((.......))).)))....((((.((((((....(((.((......)).)))...)))))).))))((....)).))))))))))))).))..)))).((((.........))))(((((.(.(((....(((((((((.(((...((.(((((..(((((((.....((((.(((((........))))).......((....)).))))))))))).......))))).)).))).))))))))))))))))))......((((((((((((....)))..)))))))))....(((.((...)).))))))))))))((((((((...((.((((((((((((((((((..((((.....)))).((((((((.(..(((.((.((((((((((.....))))).))))).))...((((.(.(((..(((...)))..))).).)))).)))..).)))))))).((((((((((((..((..(((((.....(((((...((.((((...((((.(((((((((..((((.((......((((......))))))))))....))))))))).)))).)))).)).)))))..)))))....)).)))))))))).)).(((..((((......))))..))))))))))....))))))).)))).)).)))).))))(((((((((((((.((.(.(..((((((((((.((((.....))))..))))))))))..).).)).)))))))))..))))..)))))))).))..........((((...))))((.(((((((((.((((..((...(((((.((....)).)))..(((((((((....))))))))).((((.....))))..(((((.(((((((.(((((((((((((((((.....))))..((.((((...((((((........))))))..)))).))....((((((........)))))).(((((...((((..(((...((((.((((((((..((((((((((((...(.((((....((((....(((.(((...))).)))....)))))))))..)))))))......(((.....))).))))).)))))))).)))).))).))))...)))))(((((....))))))))..)))))))(((.(((((((.....))))))).))).(((((((((...((((.....((((((((....))))).)))..))))...)))))))))...))))))))))...)))))(((((.(((..(((((.((...((((((...((((((.....((..((((...(((((.((((((((..((((..((....)).(((((((.......)))))))))).)..))))))))((......)).(((.......))).)))))..)))))).....))))))...))).)))...))))))).))))))))((((((((((((((((....((((.((..((((((((((((..((.(((((...((((.....((((((...(((((....(((((((.((..((((((...((((((((((.....(((((((((((...((..(.(((((..((((...........))))....))))).)))...((((((((...(((.(((....(((.((((..((.((((((((((......((((((((((....)))))..))))).(((((....(((((((.........(((.....)))..........))))))))))))((((.((((((.......)))))))))).....)))))).)))).)).))))..))).....))))))...)))))).)))))))))))))(((((((....)))))))(((.(((((((((((...(((......)))...)))).))))))).))).))))..))))))..))))))..)))).)))))...)))))))).)))....))))))))).))..)))))...)))))))((((..((((((......)))).))....))))...(((((((((((..((((((...((.(((....)))...(((.....)))(((((....)))))...))..)))))).))))))).))))...)).))))...))))))))))..)))))).......))..))..))))..)).))))))).)).....((((((.(((.((((..(((((((............))))))))))).)))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.{(((((((((.((((((((,......{(,((((..(((((.((((((.(((({((,({(....,.,)}),)}).,,.((((.((((((....(((.((......)).)))...)))))).)))){{...,)}.))))))))))))).))..)))}|(({(,.,,,....|||,(((((.(.(((....(((((((((.(((...((,(((({..,|.||}|||,..((({.((,((.{{{{{{.|,|{|.......,|...})).),)))))),))})}..)}))}}}.}}.))).))))))))))))))))))..,,,.((((((((((((....)))..)))))))))..,,{{{|||.,,||.||||)}})}})},{{{|{{|,,,||,((({,{{||||,|,|,{||.{{||{({..((((,{(((((((.(..(((.((.((((((((((.....))))).))))).)).,.((((.(.(((..(((...)))..))).).)))),)))..).))))))))))))..)))}(((,,(((((..(((.((.(((((((((((...,,,,,,{{.,,((((((({.((((.((..,...,{||.}}},.,,,.}|||||{{..|||,}},,,.,)))...})|||||,.|||.}}},}....|||..}}))))}},..))))))))))))..)}.)))..))))))))),..,.)}})))),)))),)}.))))})))|(((((((((((((.((.{.{..((((((((({.((((.....))))...)))))))))..}.}.)).)))))))))..)))),.)))))))).||......,,..((({...})))((.(((((((((.{(((,.((...(((((.((....)).})),,|((((((((....))))))))}.((((.....)))).,(((((.(((((((.(((((((((((((((((.....))))..{{.{((({{{((((((......,.))))})..}}}}.))..,.{(((((........)))))}.(((((...((((..(((...((((.((((((((..((((((((((((...,.((({...,((((....(((.(((...))).)))....))))))))}..)))))))......((({...,}}).))))).)))))))).)))).))).))))...)))))(((((....))))))))..)))))),{{(.(((((((.....))))))).)}}.(((((((((...{(((.....((((((((....))))).)))..})}).,.)))))))))..})))))))))),}})}})){((((.(((..(((((.((...((((((...((((((..,,,(,..,{((,{.{{{{{.((((((((..,,,({{(,,,..,,.(((((((.......))))))))),,)}})))))))){{,,....}}.,||.......,))})))))}.}},,,,.....)))))).,.)))},))...))))))).)))))))}(((((({(((((((((....((((.((..((((((((((((..((.(((((...((((.....((({((...(((((....(((((((.((..((((((...((((((((((.....(((((((((((...,,..({(((((..((((...........))))....))))).))}...({((((((...(((.(((....(((.((((..((.((((((((((......((((((((((....)))))..))))).(((((....(((((((....,.,..(((.....}))..,.,.....)))))))))))){(((.((((((.......)))))))))).....)))))).)))).)).))))..))).....))))))...)))))).)))))))))))))(((((((....)))))))(((.(((((((((((...(((......)))...)))).))))))).))).)))}.}))))))..))))))..)))),}))))...)))))})),)))....))))))))).))..)))))}..}))))))((((..((((((......)))).))....))))...(((((((((((..((((((...((.{({....,,,...(((.....)))(((((....)))))...))..)))))).)))))))}})))...)).))))...)))))))))}..))))))....,..,,,,))..))))..)),})))))).)).....((((((.(((.((((..(((((((.{,,.....,,,))))))))))).)))))))))......
Back