Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002163.4
Sequence Length
2668 nt
GC Content
0.4929
GCCUGGAGCGCGGCAGCAAGCGUGGGAACGCGGGCGGCGAGACGGCGGCAGGACGGCGGCAGGAUGUGUGACCGGAAUGGUGGUCGGCGGCUUCGACAGUGGCUGAUCGAGCAGAUUGACAGUAGCAUGUAUCCAGGACUGAUUUGGGAGAAUGAGGAGAAGAGCAUGUUCCGGAUCCCUUGGAAACACGCUGGCAAGCAAGAUUAUAAUCAGGAAGUGGAUGCCUCCAUUUUUAAGGCCUGGGCAGUUUUUAAAGGGAAGUUUAAAGAAGGGGACAAAGCUGAACCAGCCACUUGGAAGACGAGGUUACGCUGUGCUUUGAAUAAGAGCCCAGAUUUUGAGGAAGUGACGGACCGGUCCCAACUGGACAUUUCCGAGCCAUACAAAGUUUACCGAAUUGUUCCUGAGGAAGAGCAAAAAUGCAAACUAGGCGUGGCAACUGCUGGCUGCGUGAAUGAAGUUACAGAGAUGGAGUGCGGUCGCUCUGAAAUCGACGAGCUGAUCAAGGAGCCUUCUGUGGACGAUUACAUGGGGAUGAUCAAAAGGAGCCCUUCCCCGCCGGAGGCCUGUCGGAGUCAGCUCCUUCCAGACUGGUGGGCGCAGCAGCCCAGCACAGGCGUGCCGCUGGUGACGGGGUACACCACCUACGACGCGCACCAUUCAGCAUUCUCCCAGAUGGUGAUCAGCUUCUACUAUGGGGGCAAGCUGGUGGGCCAGGCCACCACCACCUGCCCCGAGGGCUGCCGCCUGUCCCUGAGCCAGCCUGGGCUGCCCGGCACCAAGCUGUAUGGGCCCGAGGGCCUGGAGCUGGUGCGCUUCCCGCCGGCCGACGCCAUCCCCAGCGAGCGACAGAGGCAGGUGACGCGGAAGCUGUUCGGGCACCUGGAGCGCGGGGUGCUGCUGCACAGCAGCCGGCAGGGCGUGUUCGUCAAGCGGCUGUGCCAGGGCCGCGUGUUCUGCAGCGGCAACGCCGUGGUGUGCAAAGGCAGGCCCAACAAGCUGGAGCGUGAUGAGGUGGUCCAGGUCUUCGACACCAGCCAGUUCUUCCGAGAGCUGCAGCAGUUCUAUAACAGCCAGGGCCGGCUUCCUGACGGCAGGGUGGUGCUGUGCUUUGGGGAAGAGUUUCCGGAUAUGGCCCCCUUGCGCUCCAAACUCAUUCUCGUGCAGAUUGAGCAGCUGUAUGUCCGGCAACUGGCAGAAGAGGCUGGGAAGAGCUGUGGAGCCGGCUCUGUGAUGCAGGCCCCCGAGGAGCCGCCGCCAGACCAGGUCUUCCGGAUGUUUCCAGAUAUUUGUGCCUCACACCAGAGAUCAUUUUUCAGAGAAAACCAACAGAUCACCGUCUAAGUGCGUCGCUUGGGCGCCCCACCCCGUCUGCGUCCUGCAUCCAUCUCCCUGUUACAGUGGCCCGCAUCAUGAUUAAAGAAUGUGGAUCCCUCUGUCUGGGGUGGGAUGCCUUACUUUGCACUUAAUUUAAUAAGGGCAUUCUCGGAGGAGUAGACGUUUAAUACGAAGUGGCGGCAUAGCCCUGCCGAGAUGUCGGUGAUGGCCUGGAUGCUGUAACCACAACCUGUGGCUAAAAAUUUUAUUUUCUAUCCUUUACCCGUCAUUAUCAUUAGUUGCUAUGAUUCUUUCUGCAUUUUCGGUUAACUAUCAUUUCCAAAGACUUGUCAUUCAGUAAUAUUAGCAGAUAGCUGCUUCGAUAAAGGAAUUUGGAGUUUAAAAAUCAACUUGUGAAAACAAGGUUGUUUUUGUCUUUAUCGUUUGUUAGAGUUAUAGAUUUAUGAUUUCAUAGGCUUGAUUCUAUGUGAAAUAUCUUUUUACUUUUAUGCAUUUUAAUAAGAUUUAAAAAUAUUUAGAUUAAAGCCCCCUUUAAUGAGUACAAGAAAAACUCUUGGCUUGUUAGAAGAAAGUAUAUUCUUUCUAGAAUUUGGUGCAGGAAUAUGUGUUCAUAUCCAGGCAAACGGGUGUGUUUUUAUCUUCAGACAAUGAAACCUUCUCCUCUGGGGCUUUGUUGCCAGGAAGAUUAGAACUAAAUUUAUUUUUUUCAUUUCUGUCAUGAAAUCAUUCCAGAUACCUCUUUUCUUCUUUCCAAAUGGUUUUCACAUGUGUUUGAAAUAUUUGUACUUCGAAUUGUCGGAUUUUCCAUGUCCUCCUUUCUCCUUUGUGCCCAGCCUGAGUCAGCACCAAUCCCGCAUUCAGAACCUCCCAGUGAAAGGGCAGCCUUCAUUUUGAGAAGGUGGAAGGUGUUAGGGUUUGGGAGACAGCUCAUCCAAUCUCCCAAGUCUCAUGGUGGAUUUGUGACUGUGAGAGUUUCCGGUUUAAAAUCUGAAAAGCCAGAUAUGCCUGUUUCCUUUUCCCAGCACCAUGCCUGUGGAGGGGACAGUCAGACCCAGAGGUCCUUUACGUGUGGAUGGAGUUCACAGGCGAAUAGAGGAGAGGACCAGGGGACGUGGCUUGUCCCUUUUGUCCAACAAAGCAUUAUAUUUUUAAGAAUGGCAGACCUGUUUGCUGAAGUGUUCAUAAGAUAACAAUAGGCUUGAAUCUCCAAUUCAAAUGAAUGUCAAAGCACAUAUCUUUAAUAUGCUGAAUGAAUAUUUAUUUUUGUAUCCAUUAAAACAGUAUAUUGAUCUCUUUUAUUCUUUAUUAAAAUAAAAUGCUCUUUUUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-912.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -964.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 747.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((....))..((((....))))((((((.((((.((.((((((..(((....((((....((((((((((.((((((((.(((.....))).))))))).).))...(.(((((.(((...(((((.....(((((((((((....(((...((((.((((((.((.((((....(((((((((((......(((....))).(((((((((....))))))))).((((.((((((.....(((((((((.........((((((((..((((...))))...(((((.((((((......(((.(((((.....))))).))).......((((((((((((...((((.....))))...))))..........((((.(((((.((((((........))))))(((((((....((((((((((((((.(((.((((.(..(((((.....(((((((((((((((.(((((......((.(.(((........)))).)).(((........)))(((((...((.....)).....)))))..(((.((((((((((((((.(((((..(((...)))(((((......)))))((((....)))).(((((((.(((((..((((((((.((.(((((....((((((...(((...(((((((..((((((......(.((((((.(.((((((.........))))))).)))))).))))))).)))).)))...)))...(((((((.((((((((((((.(((.(..(((((....)))))).)))))))))((((((((((.(((..(((..((......))))).....))).))))....))))))....))))))))))).))((((.(((((((((((.((((..((((..((((...((((...))))...))))...))))..)))).))))))))).)).))))(((.(((....))).)))......))))))))))).)))))))))...)..))))).)))))))((((((((((.(((((((...)))))))....(((((...(((..((((((.(.((((.(((...))).)))).).))))))((((.(((((((((........((((((.((.(((((....))).)).)))))).))..))))))))).)))))))......))))))))))))))).))))).)))))))....))))))).))).))))).)))))(((.(((((((.(((.(((((((((((....(((((((((((......((((..(((((...)))))......))))..((((((((((...))))))))))........(((((((.((((((((((....(((((..((((.((.((((((..(......)..))))))...)).)))).)))))..)))))).......(((.((((......)))).))).......)))))))))))...........)))).)))))))..)))..)))))))).).)).)))))))...)))...(((((...)))))......)))))))))).....))))).))).))...))).)))))))))))..)))...)))))))))))).)))).)))))))).....)))))).))))).......(((((....)))))((((((.....(((((((((.((((..(((((.(((((((((((((((....((((((...........((((((((.((.((((((....)))))))))))))))).((((((.....))))))((((((........)))))).............((((.(((((((((((((((((((.(((((.....)))))))))))))))((((((......)))))).........(((.(((.((((....)))))))..)))...))).).))))).))))..))))))...))))))..((...))(((......)))(((((((..(((..............((((((.......))))))..............)))..)))))))........))))))))).))...)))....)))).)))))))))))))))........))))).)))))).))))))))))))))))..)))))).......((((.((((((........(((((.((....)))))))))))))...))))...))))))))).)).))).))))))).)))..)))))))))))......))))).))).))))).)....))))))))....)))).....))).......)))))).)).)))))).)).))..(((((((((.....((.(((.((..((((...))))..)).))).))...)))))))))((((((((((((((((.((((((((.....))))))))..))))......((.((((((((....((((((.(((.......(((...((..((....))..))....))).....))))).))))....)))))).)).))........(((((((((((((((.((((........)))).))))....)))))))))))))))))))))))(((((....)))))..)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{{(((((,{.{(.((..((((....))))..)),})(((({(,.((((...,(((..,.((((....((((((((,{.((((((((.(((.....))).)))))))},.}}..,(.(((((.{((...(((((.....(((((((((((.,..(((...((((.((((((.((.((((.,..,,{{{((((((...,..(({....})).(((((((((....))))))))).((({,((((((.....(((((((,........{(((((((((..((((...}))}.{,{((((.((((((......(((.(((((.....))))).)))..,,,..((((((((((((...((((.....))))...))))..........((((.(((((,{(((((........)))))},((((((....{{,(((((((((((.(((.,{,({({,(({,(..,.((,(((((((,(((((.(((((,..,{{{{,({(((........))},,||.||{,.,,,}}.},,(((((.,.{{.....}}...,.)))))}.(((.((((((((((((((.(((((..((,...}))(((((......)))))((((....)))).(((((((.(((((..((((((((.({.(((((.,,.{(((((...{{,{{{{,{(,(({.(((((({,.|,.{.((((({.(.((((((,,...,|,.)))})},,)))))).}|||{{{,((({((({.{{{.((,.({{((((.,({{{{((((({,(((.(..(((((....)))))).)))))))))((,,{{{||{{(({..,||}...,,,,}},.)),.}}}.)))}))))..},))))))},.,)))})),))))|}|((((.(((((((((((.((({{{((((..((({,{,{{{{...)))))}.))))..,)))),.)))).))))))))),,).))))|{{.{{{...,))).))),.....)))))}))))).}))))))))...)..))))).)))))))((((((((((.(((((((...)))))))....(((((,..((((({,{({,{{{{((((((,{(.((((((,((((((({...,||}|||||||||}}}}}}}}||((({.{,.(((({....}}}.)).}))))}.}}..,,})))})).},)))))......})))))))))))))).))))).)))))))....))))))).))).))))).)))))(((,(((((((.{{{,(({{{{|||{|....{(((({{{{,{....||{{{{.,{{{{{.,,|||,.......||||..{{{{(((((({,.,}}},|||||.{{{{{{{(({,(((.,,,{|||,,{....{{,,,..((((.((.((((((..(......)..))))))...)).)))).,))))}}))})))||.....|||,||||......,,}}|}}},,|||,}))))))}))||{.......,..)))),)))))}}.,))},,)))))))),),)),))))))).,.)))...(((({...)))))......,.,,,,,,})))})})),}),.}})))},.))).)))))))))))..,}}...)))))))))))).)))).))))))))..}}})))))).})))},......(((((....))))).,{|||..,,{(((((((((.((((,,{((((,((({{{{||||{{||,,},||{{{{....,,,,,,,((((((((.((.((((((....)))))))))))))))).((((((.....)))))),{{{{(........}}}}||,,||||....,}}||||.{{{(({({{((((((((((.(((((.....)))))))))))))))((((((......)))))).......,,{((.((,{((((....)))))))..)))..,))).}.|||||.}}}|,,}}}}||,||}}}}}}.......}}|{{.,,..,))),{(((((..(((..............{{{,{{.,{,,..|||}}}.,}}..}}}},...)))..))))))}.,},..,,))))))))}.,,|,|}}}....}})}.)})))))))},)}|||...,}}.))))).))))))}))))))))))))))))..)))))).,,..,,((((.{({,..,.{{{..{((({{{((....)))))))},})}),,,))))..,))))})))).)).)))}})))))).)))..)))))))))))......))))).))).))))).),...))))))))....)))),....))).,...}}))|))}||{{||{{{({{{,,..}}|}}),)}}}}}}||,,,|.,,{(,..,}}}},,,..|,|,|||||,,.)))),)))))((((((((((((((((.((((((((.....))))))))..)))).....,((.{{,({{((,,,.(((((({(((....|}}|||...,{}}||.,,,)}..,,.,,,}))||{{{|,,,,.}))),...||||||....}},}},....(((((((((((((((.((((........)))).))))....))))))))))))))))))))))).,..,...,},},,..,,,,,.,,,,...
Back