Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002166.5
Sequence Length
1299 nt
GC Content
0.4249
AUUCUGAGCCGAGCCCGGUGCCAAGCGCAGCUAGCUCAGCAGGCGGCAGCGGCGGCCUGAGCUUCAGGGCAGCCAGCUCCCUCCCGGUCUCGCCUUCCCUCGCGGUCAGCAUGAAAGCCUUCAGUCCCGUGAGGUCCGUUAGGAAAAACAGCCUGUCGGACCACAGCCUGGGCAUCUCCCGGAGCAAAACCCCUGUGGACGACCCGAUGAGCCUGCUAUACAACAUGAACGACUGCUACUCCAAGCUCAAGGAGCUGGUGCCCAGCAUCCCCCAGAACAAGAAGGUGAGCAAGAUGGAAAUCCUGCAGCACGUCAUCGACUACAUCUUGGACCUGCAGAUCGCCCUGGACUCGCAUCCCACUAUUGUCAGCCUGCAUCACCAGAGACCCGGGCAGAACCAGGCGUCCAGGACGCCGCUGACCACCCUCAACACGGAUAUCAGCAUCCUGUCCUUGCAGGCUUCUGAAUUCCCUUCUGAGUUAAUGUCAAAUGACAGCAAAGCACUGUGUGGCUGAAUAAGCGGUGUUCAUGAUUUCUUUUAUUCUUUGCACAACAACAACAACAACAAAUUCACGGAAUCUUUUAAGUGCUGAACUUAUUUUUCAACCAUUUCACAAGGAGGACAAGUUGAAUGGACCUUUUUAAAAAGAAAAAAAAAAUGGAAGGAAAACUAAGAAUGAUCAUCUUCCCAGGGUGUUCUCUUACUUGGACUGUGAUAUUCGUUAUUUAUGAAAAAGACUUUUAAAUGCCCUUUCUGCAGUUGGAAGGUUUUCUUUAUAUACUAUUCCCACCAUGGGGAGCGAAAACGUUAAAAUCACAAGGAAUUGCCCAAUCUAAGCAGACUUUGCCUUUUUUCAAAGGUGGAGCGUGAAUACCAGAAGGAUCCAGUAUUCAGUCACUUAAAUGAAGUCUUUUGGUCAGAAAUUACCUUUUUGACACAAGCCUACUGAAUGCUGUGUAUAUAUUUAUAUAUAAAUAUAUCUAUUUGAGUGAAACCUUGUGAACUCUUUAAUUAGAGUUUUCUUGUAUAGUGGCAGAGAUGUCUAUUUCUGCAUUCAAAAGUGUAAUGAUGUACUUAUUCAUGCUAAACUUUUUAUAAAAGUUUAGUUGUAAACUUAACCCUUUUAUACAAAAUAAAUCAAGUGUGUUUAUUGAAUGGUGAUUGCCUGCUUUAUUUCAGAGGACCAGUGCUUUGAUUUUUAUUAUGCUAUGUUAUAACUGAACCCAAAUAAAUACAAGUUCAAAUUUAUGUAGACUGUAUAAGAUUAUAAUAAAACAUGUCUGAAGUCAAUACCUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-352.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -378.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 323.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((..(((...((((...)))).))).))))))(((((((((((((((.((((.(((...(((((.((((((((.....((((........((((((((...((.((((....)))))).))))))))((((.((((........)))).))))((((((((((((.....))))).))........)))))..))))...(((((.((..........................)).))))).)))))))))))))))).................((((((((....((..(((.(((((...(((...((.....))...)))))))))))..))..((.((.(((.........))).))))))).)))))...(((((((......)).)).))))))).)))))))).))...((((....(((..((((...(((((....)))))...))))..)))....))))....((((....)))).((((((((((.((..(((((.((((((((.((((.((((.......((.((((((............(((.(((((((((.......(((((.....)))))........((((((.((..(.....)..)).)))))).((((((..................))))))....(((((((.((.((((((...)))))).))..)).))))).)))))).))).)))...((((((.(((((((((...(((.......)))....))))))))).))))))(((((((((((...)))))((((....))))....((((((((..((((.(((......((..((((((((((....))))))))))..))....((....))...(((((((((((.((((.....))))..((((((((((((.....)))))))).))))...)))))))))))...(((((((((....)))))))))....))).))))..))))))))(((((......)))))........))))))((((((((....))))))))........)))))).)).............(((((((((((...))))))))))).((((((...((...(((((.....)))))....))..)))))).)))).)))).)))).))))...)))))...))))))))))))..((((((((((((((((......(((((..............))))).....))))))............))))))))))...)))))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((..(((...((((...)))).))).))))))((((.((((((((((.((((.({{...(((({,((((((((.....((((,,,,....((((((((...((.((((....)))))).))))))))((((.((((........)))).)))){(((((((((((.....))))).))........)))))..))}),}.{((((.{{..................}|......}}.))))}.)))))))))))))))).,,,...,,.....{..{((({(((.{{{,,..}}},|||,{...{|{,.,{{,....}),,}))}})))}),},|||||((,{,.{{{.........})}..|{{{|,.||.,,...||,,|}|},.,,.})}))}))))))).)))))))).))...((((....(((..((((.,.(((((....)))))...))))..)))....))))....((((....)))).{{((((((((.((..(((((,((((((({.((((.((((.......,{.{(((((...................,{,,{{{{.....(((((,....}}}}}..,|||..((((((.{{,,({{{,.|..}}.}}}}}}.|{{({{,...............,,}}||}},,,..,,,(({{{{{(((,,{,{.||||||......}})))))}.,))))}}))},}}...((((((.(((((((((,,.(((.......))).,},))))))))).)))))).....,(((({...}))))|(((....))),....{(((((((..((((.{{,......((..((((((((((....))))))))))..))..,,({....}}.,.(((((((((((.(({{.....}||,..{(((((((((((.....)))))))).)))}...))))))))))).|,(((((((({....)))))))))..,.))).))))..)))))))}(((((......))))),.,,}}}}.,|}}}((((((((....)))))))),,......)})}}|.||,,........}},(((((((((({...})))))))))).{(({{{........{{{{|.....}}}}}.....,,.)))))).)))).)))).}))).)))).,.)))))...))))))))))}|{{(((,,,((((.,.((((((({,({,{{........,,,,..|||}}.....,}},,},}}}}}},}},}))))))).,.}}}),,,),}}}},...))))..
Back