Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002168.4
Sequence Length
2658 nt
GC Content
0.5553
AGCCCGCGGCCAGGCAGCCGGGAGGAGCGGCGCGCGCUCGGACCUCUCCCGCCCUGCUCGUUCGCUCUCCAGCUUGGGAUGGCCGGCUACCUGCGGGUCGUGCGCUCGCUCUGCAGAGCCUCAGGCUCGCGGCCGGCCUGGGCGCCGGCGGCCCUGACAGCCCCCACCUCGCAAGAGCAGCCGCGGCGCCACUAUGCCGACAAAAGGAUCAAGGUGGCGAAGCCCGUGGUGGAGAUGGAUGGUGAUGAGAUGACCCGUAUUAUCUGGCAGUUCAUCAAGGAGAAGCUCAUCCUGCCCCACGUGGACAUCCAGCUAAAGUAUUUUGACCUCGGGCUCCCAAACCGUGACCAGACUGAUGACCAGGUCACCAUUGACUCUGCACUGGCCACCCAGAAGUACAGUGUGGCUGUCAAGUGUGCCACCAUCACCCCUGAUGAGGCCCGUGUGGAAGAGUUCAAGCUGAAGAAGAUGUGGAAAAGUCCCAAUGGAACUAUCCGGAACAUCCUGGGGGGGACUGUCUUCCGGGAGCCCAUCAUCUGCAAAAACAUCCCACGCCUAGUCCCUGGCUGGACCAAGCCCAUCACCAUUGGCAGGCACGCCCAUGGCGACCAGUACAAGGCCACAGACUUUGUGGCAGACCGGGCCGGCACUUUCAAAAUGGUCUUCACCCCAAAAGAUGGCAGUGGUGUCAAGGAGUGGGAAGUGUACAACUUCCCCGCAGGCGGCGUGGGCAUGGGCAUGUACAACACCGACGAGUCCAUCUCAGGUUUUGCGCACAGCUGCUUCCAGUAUGCCAUCCAGAAGAAAUGGCCGCUGUACAUGAGCACCAAGAACACCAUACUGAAAGCCUACGAUGGGCGUUUCAAGGACAUCUUCCAGGAGAUCUUUGACAAGCACUAUAAGACCGACUUCGACAAGAAUAAGAUCUGGUAUGAGCACCGGCUCAUUGAUGACAUGGUGGCUCAGGUCCUCAAGUCUUCGGGUGGCUUUGUGUGGGCCUGCAAGAACUAUGACGGAGAUGUGCAGUCAGACAUCCUGGCCCAGGGCUUUGGCUCCCUUGGCCUGAUGACGUCCGUCCUGGUCUGCCCUGAUGGGAAGACGAUUGAGGCUGAGGCCGCUCAUGGGACCGUCACCCGCCACUAUCGGGAGCACCAGAAGGGCCGGCCCACCAGCACCAACCCCAUCGCCAGCAUCUUUGCCUGGACACGUGGCCUGGAGCACCGGGGGAAGCUGGAUGGGAACCAAGACCUCAUCAGGUUUGCCCAGAUGCUGGAGAAGGUGUGCGUGGAGACGGUGGAGAGUGGAGCCAUGACCAAGGACCUGGCGGGCUGCAUUCACGGCCUCAGCAAUGUGAAGCUGAACGAGCACUUCCUGAACACCACGGACUUCCUCGACACCAUCAAGAGCAACCUGGACAGAGCCCUGGGCAGGCAGUAGGGGGAGGCGCCACCCAUGGCUGCAGUGGAGGGGCCAGGGCUGAGCCGGCGGGUCCUCCUGAGCGCGGCAGAGGGUGAGCCUCACAGCCCCUCUCUGGAGGCCUUUCUAGGGGAUGUUUUUUUAUAAGCCAGAUGUUUUUAAAAGCAUAUGUGUGUUUCCCCUCAUGGUGACGUGAGGCAGGAGCAGUGCGUUUUACCUCAGCCAGUCAGUAUGUUUUGCAUACUGUAAUUUAUAUUGCCCUUGGAACACAUGGUGCCAUAUUUAGCUACUAAAAAGCUCUUCACAAAAUUGUCUGCUGUGUUUGUCCCUGAGGGGAGGAGGUAGUGGGACCCUGAGGCAGAGGCCCUGCUAGAGCUGGCAGGUUCCCCUGGGGCAGACCAGAGCACCUCAGGAAGGGGCUGCCACGGCAGGGAAGGGACCAGGCAGCCCUGGGAGCCCGCAUUCCACAGGGGCCCACUGCGGAGUUCUCGGACACUCAGGGCACAGGCCUGUGGGUUCCCUGGAAUUUUCUAGCAUGAUCCAGUUUCUGUGUCCAGUUCUCCAUUCUGAGAGUCAAUCAGUUCCUGAUAGGUUGUCAUUGAUUUUUUUCUUCGUUGGUUUUAACCUUCUAAACAUCUCCAGGCCACUUUCUUAGCCUUUUUCUAGGUACUAAAAAGAGGUCCUACCCACACCUGCCUCACACUUCUCCUUUCCAAGGCUGCCUGAGUUUGGAGGGGCUUGGGUGUGUGUGAACAAGGGCCCUGCAUUGUCUAGGCCUGCAGUUCCCAGGCUUGGGUUCACUUUCACCAUGCAUUGGCAAAACUAGAAAAGUAAGCUUGUGACAAAUUGUUCUCGGCCGGGCACAGUGGCGCACGCCUAUAAUCCCUGUACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGUGGAUCACUUGAGGCCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUCAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGAUGCGCACCUGCAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAAAAUGGCUUGAACCUGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCGAGACUGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCAAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUUGCUCUAUGCAAGUUUUUUAGCCCCAUGUAAAAAGGAAAAAUAAAAGUUGCUCUAAAGCUACAUAUAAUCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1029.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1074.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 713.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((((......)))))).(((((((((((.((((.......((((.((((((.(((..(((....)))..(((.(.((((((..((.((.(((((((.(((.((((....))))....))).))))))).))..))..)))))).))))...(((((((..(((.((....)).((((((((((((((.((((.......))..)).)))))))....)))))))...(((((((..((.(.((((((......)))))).))))))))))...(((..((((...((((((((.(.((((..((((((..(((((((((.(((((((.(((((.(((((......))(((((....((.(((..(((((.((((((((..(........)..))))))))..)))))..)))))..)))))((((((..(((((((((((((..(((((...((...(((.((((.((....((.((...(((....))))).)).((((((((((.....)))))))))).)))))).)))))...))).)))))))).......(((((((.((....(((.(((......((((((.((((...)))).(((.(((((((((((((((((.(.((...(((((((((.((((((((..(((((.(((.........(((((((.((.((..(((.((((((((((.....)))))))((((((..((.((((.((((((.(((.(......)))).)))))))))).))))))))....))).))).)).))))))))).........(((..(((.......))).))).))).)))))..))))))......((((((...(((((((..(((....)))..)))))))...)).))))...(((((((((.....))...)).)).)))((((((....))))))........)).)))))).))))).)))))))....))))))))))))))))))))........))).)).)..)).)))))))....((((.((((((((((((((((...(((..(((.((.((((((..((((((.(((....))).)))).......((((((((((........((((((.((.(((.((.((((.....)).))))))).)).((((..((((..(((...((.(((((((((..(((((....)).)))((((....))))((((((((.((((((.........)))))).))))).)))))))))))).)).))))))))))).))))))...(((((.((((.((.(((......))))))))).))))).))))))))))........(((.....)))..........))..)))))).)).)))...)))....))))........))))))))))))))))(((.((((((((((..(((((...(((((.((((((((.((..(((...)))...)).))))))...)))))))...))))).)))))....)))))..)))).))))))..))))))((((((((....((((.....))))..)))))))).......((((((((((.((.((((.((.((((.((((((((...........))....((((((((...))))))))......((((.((((.((.....)).)).)).))))..((((.......)))).........)))).)).)))).)))))))))))))))))).)))..))))).))))))))))))....))))..))))))...)))).).))))))))....))))..))))))..)))))))..)))))))))..))))(((((....))))))))).))).((((((((((((.......((((..((.((((((.((((.(...).))))((((((..(((((....)))))...))))))......))))))))..)))).....((((((((((.....(((...))).....))))))))))......(..(((....)))..).........((((((((..(((..((((.(((((((((..((......))..)))).......((((((((.................(((.(((((((..(..(((((((((((((((((((((..((((((((((..((....)).)))))......)))))..))))))..(((((((((.(((((............(((.((.((((....(((((.(((....))).)))))..)))).)).)))..((((........))))((..((((((((.(..(((((((.(((((((.(((...)))...)))))))..)).)))))..)))))))))..))................)))))))))))))).))))))))).))))))..).))))))).)))))))))))))))).)))).)))..))((((((((.(((.(((((........)))))))).)))).)))).))))))(.(((((((.....))))))).)........................((((((.((((.....)))).)))))).))))).))).....))))........))))))))...)))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((.(((.((((((.(((({{,((((((((({((({,(({.....,{|||{{,|||,||,,}|||}||||||,|||||{||{{}|{.....}),))})))}}||{|||}},,}.|||||.,.))))).))))..)))))).))).)))(((.......)))........((.(((((((({(({{(((((((.((((.......))..)).)))))))..,,}}|||||{((((((,,{{{(((((({.((.,{.{..,,,,),||||,|||}}},..(((..((((...((((((((.(.((((.,((((((..(((((((((.(((((((.(((((.(((((((((.............))))))..(((((.((((((((,,(........}..))))))))..)))}},,|.|||,,{{{{|{,,|||},|,||||,|{|{{{,|{|{{{..,(({{,{({.((((,((,..,{({(....|||.,,.}))|{,,|.((((((((((.....)))))))))).,))}}|,|||||{{{{{{{{{||,|||,,.,,..(((((((.((....{((.(((...,,.((((((.((((...)))).(((.(((((((((((((((({,(.((..((((((((((.(({(((((..(((((.(((...{{{.....|}},,,(({((({(,{,.(((((((((.....)))))))}|}((((((((((.((((((((.(((.(......)))).)))))}.........))).))).))))))}.{{((.,((({{,........})))}.|||}....,,)}),))}.))).)))))..)))))|{{,...,|||||.,.(((((((..(((....})),.)))))))...)).}}},.,|{{{{.,{({.....}}....}.})}})}((((((....))))))........)).)))))).))))),)))))))....))))))))))))))))))))........))).)).,..)).))))))),|..((({{((((((((((((((((,..{(({,{(({({.((({((,,{{((((.(((....))).}))).,....,((((((((((,.....,,((((((.{(,(((.((.{{{(,..,.}}.},}}))}.}}.((((,.((((..{({,,.((.(((((((((..((({(....}}.))){{((....)))|((,(((((.((((((........,)})))).))))).)))))))))))).)).))))))))))).))))))...(((((.((((.((.(((......))))))))).))))).)))))))))).....,,,({(,....}})..,|||,,.....,),)))).},.))).,.}))}}..),)),....}},)))))))))))))))){((.((((((((((..(((((...(((((.{{((((((.((..(((...)))...)).))))))...}})))))...))))).)))))....)))))..||||{}}},,}}}})))))}))}}}}|.....,|{,|.||||||....}}||||.,|,|||{(((((((((,({.{{||,||,|{((,{((((({{,,.........}}....((((((((...))))))))......{{{{.((((.{(.....)).)).)).))))..{({{.......))))....,,...}}}).}}.}))).}||}||||}}}}))))}},)))..))))).))))))))))))....))))..)))))).,.)}))}).))))))))....))))..))),{|{.{|||||||||,|||||||,,|||{||{((|||||||((({({((({({(((.,,|})}.....))))).))))))||,.,{,..(((((((((....((((((..(((((....)))))...))))))...))))))))),}|{{||,...,,)))}|,,.(({({..,)}))},))}}}}}},}}|}}}}}}}}})}}.}|||....})),.)},..)}}}}}|{((({,|{((,,,{((((,{{,.,|||..||}.}}}}})}})},|,{{,..(((((((({...............,|(((.(((((((..(..(((((((((((((((((((((..(((((((({(,,({....,,.}))))......)))))..))))))..(((((((((.(((((...,,,.....,||..((.{({(.{..{{{({,{{{....})).}}}}},||}}}.)),,.,..,|||,{{,.,{{|||}{,..((((((((.(..((((({{.(((((((.(({...}))...)))))))..},.)))))..)))))))))..))},,}.}}},.......)))))))))))))).))))))))).))))))..).))))))).)))))))))))).....||||.,.,..,.((((((((.((,,(((((........)))))))).)))).))))}))))))}}(((((((.....)))))))..........................{(((({.((((.....)))).)))))).,,,||.,,,.....)),.........})))))))...))...............
Back