Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002186.3
Sequence Length
2038 nt
GC Content
0.5967
GCUGUGCACCCAGAGAUAGUUGGGUGACAAAUCACCUCCAGGUUGGGGAUGCCUCAGACUUGUGAUGGGACUGGGCAGAUGCAUCUGGGAAGGCUGGACCUUGGAGAGUGAGGCCCUGAGGCGAGACAUGGGCACCUGGCUCCUGGCCUGCAUCUGCAUCUGCACCUGUGUCUGCUUGGGAGUCUCUGUCACAGGGGAAGGACAAGGGCCAAGGUCUAGAACCUUCACCUGCCUCACCAACAACAUUCUCAGGAUCGAUUGCCACUGGUCUGCCCCAGAGCUGGGACAGGGCUCCAGCCCCUGGCUCCUCUUCACCAGCAACCAGGCUCCUGGCGGCACACAUAAGUGCAUCUUGCGGGGCAGUGAGUGCACCGUCGUGCUGCCACCUGAGGCAGUGCUCGUGCCAUCUGACAAUUUCACCAUCACUUUCCACCACUGCAUGUCUGGGAGGGAGCAGGUCAGCCUGGUGGACCCGGAGUACCUGCCCCGGAGACACGUUAAGCUGGACCCGCCCUCUGACUUGCAGAGCAACAUCAGUUCUGGCCACUGCAUCCUGACCUGGAGCAUCAGUCCUGCCUUGGAGCCAAUGACCACACUUCUCAGCUAUGAGCUGGCCUUCAAGAAGCAGGAAGAGGCCUGGGAGCAGGCCCAGCACAGGGAUCACAUUGUCGGGGUGACCUGGCUUAUACUUGAAGCCUUUGAGCUGGACCCUGGCUUUAUCCAUGAGGCCAGGCUGCGUGUCCAGAUGGCCACACUGGAGGAUGAUGUGGUAGAGGAGGAGCGUUAUACAGGCCAGUGGAGUGAGUGGAGCCAGCCUGUGUGCUUCCAGGCUCCCCAGAGACAAGGCCCUCUGAUCCCACCCUGGGGGUGGCCAGGCAACACCCUUGUUGCUGUGUCCAUCUUUCUCCUGCUGACUGGCCCGACCUACCUCCUGUUCAAGCUGUCGCCCAGGGUGAAGAGAAUCUUCUACCAGAACGUGCCCUCUCCAGCGAUGUUCUUCCAGCCCCUCUACAGUGUACACAAUGGGAACUUCCAGACUUGGAUGGGGGCCCACGGGGCCGGUGUGCUGUUGAGCCAGGACUGUGCUGGCACCCCACAGGGAGCCUUGGAGCCCUGCGUCCAGGAGGCCACUGCACUGCUCACUUGUGGCCCAGCGCGUCCUUGGAAAUCUGUGGCCCUGGAGGAGGAACAGGAGGGCCCUGGGACCAGGCUCCCGGGGAACCUGAGCUCAGAGGAUGUGCUGCCAGCAGGGUGUACGGAGUGGAGGGUACAGACGCUUGCCUAUCUGCCACAGGAGGACUGGGCCCCCACGUCCCUGACUAGGCCGGCUCCCCCAGACUCAGAGGGCAGCAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAACUACUGUGCCUUGGGCUGCUAUGGGGGAUGGCACCUCUCAGCCCUCCCAGGAAACACACAGAGCUCUGGGCCCAUCCCAGCCCUGGCCUGUGGCCUUUCUUGUGACCAUCAGGGCCUGGAGACCCAGCAAGGAGUUGCCUGGGUGCUGGCUGGUCACUGCCAGAGGCCUGGGCUGCAUGAGGACCUCCAGGGCAUGUUGCUCCCUUCUGUCCUCAGCAAGGCUCGGUCCUGGACAUUCUAGGUCCCUGACUCGCCAGAUGCAUCAUGUCCAUUUUGGGAAAAUGGACUGAAGUUUCUGGAGCCCUUGUCUGAGACUGAACCUCCUGAGAAGGGGCCCCUAGCAGCGGUCAGAGGUCCUGUCUGGAUGGAGGCUGGAGGCUCCCCCCUCAACCCCUCUGCUCAGUGCCUGUGGGGAGCAGCCUCUACCCUCAGCAUCCUGGCCACAAGUUCUUCCUUCCAUUGUCCCUUUUCUUUAUCCCUGACCUCUCUGAGAAGUGGGGUGUGGUCUCUCAGCUGUUCUGCCCUCAUACCCUUAAAGGGCCAGCCUGGGCCCAGUGGACACAGGUAAGGCACCAUGACCACCUGGUGUGACCUCUCUGUGCCUUACUGAGGCACCUUUCUAGAGAUUAAAAGGGGCUUGAUGGCUGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-872.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -906.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 482.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((((((......))))))))))..((((..((((((.((((.(((((...(((((((..(((...(((((((.(((.((((((.(((((.(((((((((((.(((((.((.((((.(((((((((.....((((...))))((((........))))))))))))))))).)).))))).....(((((((((((.(((((.(((((...(((((.....((((..................)))).(((....(((((((((((.((((....)))).((((((....).)))))((((((((((((((.....((((....(((((((((((....(((((.(((((......)))))))))).)).))))))))))))).((((.......))))...(((.....))).(((((.((((((...(((((.(((..((((((....(((((((...(((...((((.((....)).))))...))).....))).))))..))))))))).)))))((.(((....)))))(((((.(((.(((......))))))....((((((((((((((((............((((....)))).))).)))))))..))))))...((((((....))))))...((.(((..(((....((((((....)))))).......)))..))).))..((((((((((((((((....))))))))))......)))))).)))))....)))))).))))))))).))))))))))......)))))))))))..)))((((.(((((((((((((.((((..(((((...........(((((((((.......(((((((.((((.(((.(((((((....((((.((.(((.....((((.((((((((((((.....((((((((((...((.(.((((((((((((((...))))).)))(((((((((........)).)))))))........(((.(((((..((((........(.((((....)))).)..(((((...))))).))))))))).)))(((((((.(((((((....(((((((((((..((.((.(((.(.....).)))...)).))..)))).))))))).))))))))))).)))....))).)))...).))...))))))))))....)))).))))((((..((....)).)))))))))))).)))..)))))))))))))..(((((((.((((.(((.(.((((...........)))).)..))).)))))))).)))........))))))))))))))..)))))))))....))))).((.((....)).))((((((..(((..(((.....)))...))).)))))).((((((..(((........))))))))))))).))))))).)))...)))))))..((((((.(((((.((((.......(((((((((((.((((((.(((((.....)).)))..)))))).)))).))))))).)))).))))).))))))....((((((((...(((.(((((((((((((((((.((((((((((((((.((((((...)))))).)).........((((.((.(((.(((((((((...)))))))))))).)).))))))).))))).)))))))...........)))))))......)))))))))).))))))))(((.(((((((((.(((((((((.((((.((..(.((......)).)..)).)))).).)))))))).))))..))))).))).....))))).....)).))).))))).))))).))))))..)))))).......))))).))))))))))).)))))))))).....))).....(((((......)))))......))))))).)))))))....)))))))).))))..((((((((((((...)))))))......))))).....((.((((....)))).))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.(((((((......))))))))))..((((..((((({{((((.(((((...(((((((..(((...(((((((.(((.(((((,{((((({((,,((((((,.((((({((.((((.(((((((((.....((((...))))(((,...||...})),)))))))))))))})).)))))..}}.,,{(((((((({,,((({((((({..{{,||}}...|||,.(((((......,,.((...,},..},,}}(((((((((((.((((....)))).((((((....)})))))((((((((((((((.,...((({...,((((((((({{....(((((.(((((......)))))))))).}}.)))))))))}}}}.({{{,..,..,}))}.,,{{,.....,,,.(((((.{{(({,...(((((.(((..((((((.,..(((((((...(((...((((.((....)).))))...))).....)))}})))..))))))))).))))).,..,,..,,||}|{(((({.(((.(((......)))))}....((((((((((((((((............((((....)))).))),}))))))..)))))).|.((((((....))))))|.,{,,(((,.(((.,..((((((....))))))..,....}))..})}.)).,|||{{{((((((((({....))))))))))......)))))).)))))}...)))))).))))))))).))))))))))......))))))))))).))))}.(({(((((({{,.,.}}}.,},))))}}....((((,,((.(((((((((((((((...))))))((((((,,{,...{((((((((({,....,,..((((((((,...,((((......((((((((((...((.{,,,((((((((((((...})))).},,(((((((((........)).))))))).,{.{{{{({{.{{{{{,,,,,{..,{{{..{,{(({....}))}.}))|{|||,.}))))}})}|,|||},.,))|{(((((.(((((((....(((((((((((..((.((.(((.(.....).)))...)).))..)))).))))))).)))))))))))}})),..,)},,}))}}))},),,.)))))))))).((((((((......))))))))...(((((,({.{.((|.,.(({((((((((((.....,,.((((.((((.(((.,.((({{{,....,...}))),)}.))).)))))))).}))))).)).))}})))}))}}}}),))))).)))))))))))).}|{,||.}},)),)}|||||}..,,,..........))))))}}))(((((((.((((((.(((........))).)))).{{,..{{.{{{..(((((((((((((..((((((.(((((.((((.......(((((((((((.((((((.(((((.....)).))).}),)))).)))).))))))).)))).))))).)))))).})).))...}))))))).)))}|,}|||{((,((,{((((((((((((((.((((((...}))))).))........,((((.((.(((.(((((((({...}))))))))))).)).)))))))}}}))).))))))).}}..{,{{{.,,,)))))}}),)))))))))))))))).)))))))(((((((((.((((((((,{((((.((..,.{{......}).)..)).)))).).)))))))).))))..)))))})))}.,..)))))}}}}}))},,)})),,,.,,,,|.||||},,,|||}}},,,..,.))))).,)))))))))).)))))))))).....))).....(((((......)))))......))))))).)))))))....)))))))).))))..((((((((((((...)))))))......))))).....,{.((((....)))).),
Back