Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002190.3
Sequence Length
1871 nt
GC Content
0.4131
GUCCAUCUCAUAGCAGGCACAAACUCAUCCAUCCCCAGUUGAUUGGAAGAAACAACGAUGACUCCUGGGAAGACCUCAUUGGUGUCACUGCUACUGCUGCUGAGCCUGGAGGCCAUAGUGAAGGCAGGAAUCACAAUCCCACGAAAUCCAGGAUGCCCAAAUUCUGAGGACAAGAACUUCCCCCGGACUGUGAUGGUCAACCUGAACAUCCAUAACCGGAAUACCAAUACCAAUCCCAAAAGGUCCUCAGAUUACUACAACCGAUCCACCUCACCUUGGAAUCUCCACCGCAAUGAGGACCCUGAGAGAUAUCCCUCUGUGAUCUGGGAGGCAAAGUGCCGCCACUUGGGCUGCAUCAACGCUGAUGGGAACGUGGACUACCACAUGAACUCUGUCCCCAUCCAGCAAGAGAUCCUGGUCCUGCGCAGGGAGCCUCCACACUGCCCCAACUCCUUCCGGCUGGAGAAGAUACUGGUGUCCGUGGGCUGCACCUGUGUCACCCCGAUUGUCCACCAUGUGGCCUAAGAGCUCUGGGGAGCCCACACUCCCCAAAGCAGUUAGACUAUGGAGAGCCGACCCAGCCCCUCAGGAACCCUCAUCCUUCAAAGACAGCCUCAUUUCGGACUAAACUCAUUAGAGUUCUUAAGGCAGUUUGUCCAAUUAAAGCUUCAGAGGUAACACUUGGCCAAGAUAUGAGAUCUGAAUUACCUUUCCCUCUUUCCAAGAAGGAAGGUUUGACUGAGUACCAAUUUGCUUCUUGUUUACUUUUUUAAGGGCUUUAAGUUAUUUAUGUAUUUAAUAUGCCCUGAGAUAACUUUGGGGUAUAAGAUUCCAUUUUAAUGAAUUACCUACUUUAUUUUGUUUGUCUUUUUAAAGAAGAUAAGAUUCUGGGCUUGGGAAUUUUAUUAUUUAAAAGGUAAAACCUGUAUUUAUUUGAGCUAUUUAAGGAUCUAUUUAUGUUUAAGUAUUUAGAAAAAGGUGAAAAAGCACUAUUAUCAGUUCUGCCUAGGUAAAUGUAAGAUAGAAUUAAAUGGCAGUGCAAAAUUUCUGAGUCUUUACAACAUACGGAUAUAGUAUUUCCUCCUCUUUGUUUUUAAAAGUUAUAACAUGGCUGAAAAGAAAGAUUAAACCUACUUUCAUAUGUAUUAAUUUAAAUUUUGCAAUUUGUUGAGGUUUUACAAGAGAUACAGCAAGUCUAACUCUCUGUUCCAUUAAACCCUUAUAAUAAAAUCCUUCUGUAAUAAUAAAGUUUCAAAAGAAAAUGUUUAUUUGUUCUCAUUAAAUGUAUUUUAGCAAACUCAGCUCUUCCCUAUUGGGAAGAGUUAUGCAAAUUCUCCUAUAAGCAAAACAAAGCAUGUCUUUGAGUAACAAUGACCUGGAAAUACCCAAAAUUCCAAGUUCUCGAUUUCACAUGCCUUCAAGACUGAACACCGACUAAGGUUUUCAUACUAUUAGCCAAUGCUGUAGACAGAAGCAUUUUGAUAGGAAUAGAGCAAAUAAGAUAAUGGCCCUGAGGAAUGGCAUGUCAUUAUUAAAGAUCAUAUGGGGAAAAUGAAACCCUCCCCAAAAUACAAGAAGUUCUGGGAGGAGACAUUGUCUUCAGACUACAAUGUCCAGUUUCUCCCCUAGACUCAGGCUUCCUUUGGAGAUUAAGGCCCCUCAGAGAUCAACAGACCAACAUUUUUCUCUUCCUCAAGCAACACUCCUAGGGCCUGGCUUCUGUCUGAUCAAGGCACCACACAACCCAGAAAGGAGCUGAUGGGGCAGAACGAACUUUAAGUAUGAGAAAAGUUCAGCCCAAGUAAAAUAAAAACUCAAUCACAUUCAAUUCCAGAGUAGUUUCAAGUUUCACAUCGUAACCAUUUUCGCCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-482.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -517.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 455.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...............(((......((.((((..(......)..)))).))....((((((((((.(((((.(((((.((((((((..(((((..(((((.((.(((....))))))))))..))))).....................((((((......)))))).(((........))).((((..((.((((.(((...))).))))))...)))).......))))))))......)))))((((((((((.............(((((...(((........)))...)))))......((((......)))))))))))))).((((...))))...(((((((((........(((((((((.((((((....)))).........)).))))).))))..(((.(((((........)))))...)))....((((((((..((((...((((((....(((((.(((((((...))..))))).)))))....((.((.((((.....(((.((((..(((.(((((((......))))))).)))..)))).))))))).)).))..))))))....)))).........((((((((..(((((......((((.((((((.((((.....)))).).)))))))))...(((((.(((((((((..((((..((((....((...((((...((((((.(((.((((...)))).)))((((..((((((.........(((((....(((((((((((.(((((.((((((.........))))))...)))))(((((((.....(((((....((((.........)))))))))...)))))))((((..(((((((((...(((((((((((.......))))))))))).)))))))))..))))(((....(((((((((((..((......))..)).)))))))))..)))))))))))))).)))))......))))))..)))))))))).....))))...))....))))))))....))))))))).)))))..(((((.(((...((((........(((((.(((((...((((((...))))))))))).))))).......))))))).)))))..................((((((((..(((((....))))).))))))))......(((((((((............((.((((((.(((((((........(((((....((((.(((((((..((....)).))))))).))))...))))).((((((((((....)))))))))).(((..............))).......((((((..(((((.......(((.(((((..........))))).))))))))....)))))).........((((.(((......))).))))..((((.(((....)))))))))))))).)))))).))))))))))).......(((((((((((........))...)))))))))..........((((((...........))))))..........(((.(((((.(((((.((((......(((......))))))).))))))))))))).)))))..))))))))....((((((...(((((..................)))))...................))))))(((((((.((((...................)))).)))))))..))))))))...(((((((..........)))))))))))))))).........................)))))))))..............))))))..........))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,.,,,,,,,,,(((......{{.((((,,,......},,}))).}}....,{({(({({{{(((({...{{{|{{{||{|||.{{{{{..|||||.||,|{{,,,,|||||}||||..|||||,,..,....{{{...,....,{{({|{,.....,,|((((((({.......,,,.((((..((,((((.{({...})}.)))))),..))))......................})))}}||}}...........{{{{{{,,{{,...}||,.}},,},,,..,,))))).....,(({(......)))}|||||.||({.((({...}))).}}{((((((((........(((((((((.((((((....)))).........)).)))))},)))..{{{.{({{{|.....,.}}))),..}}}....((((((({..((((...((((((....(((((.(((((((...})..))))).)))))....((.((.((({....,(((.((((..(((.(((((((......))))))).)))..)))).))))))).)).))..))))))....)))).........((((((((..(((((......((((.((((((.{{((....,)})}.}.)))))))))..,{{{{{{{{,{({({{,,|{,,,||||.,({{.{{,,{{{{,,,,,((((((((.((((...}))).))))))}..,,.{||{,.....||||||,..||||,||||||,,..|||||||||{{,.,...{{{{{{|..(((((((((((.....))))))))))).{({{,.,,....||}}}}}.......,||,,..((((..(((((((((...(((((((((((.,...,.))))))))))).)))))))))..)))).,.,,.{((((((.(((((((((...((((((((((((((..{{..(((((,,.((((,.....))}}.}}.,,..)))))..}}..)))))))}))))))).)))))))))..((((((((({.{((({...{{..(((((.(((...(({{........(((((.(((((...((((((...))))))))))).))))).......))}}})).)))))..,,))))))))))))))((((((((..(((((....))))).))))))))......((((((((({{{,...........,{((((.(((((((........{{((({...,|||,{{{{|||,,{{....,,.}}}}}}}.,}}}.},},,,,.((((((((((....)))))))))).{((..,,......,,..))}.......((((((..(((((.......(((.(((({..........))))).))))))))....)))))).........((((.(((......))).))))..(((,,(((....)))))))))))))).))))))}).)))))))))))))))}{((((((((((........))...)))))))))..........((((((...........)))))),}}}))).|}|{|{(((((.(((((.((((......(((......))))))).)))))))))))}}|}))))..))))))))....{{(({{...(((((..................))))).......,.....,},,.,))))))|((((((,((({.....{{,...........)))}.)))))))}.))))))))...{((((({..........)))))))))))))))).........,}}}},}}}},.,,..,,,,,)))),}},,,..}}}},.,)))},..........}}}.
Back