Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002198.3
Sequence Length
3554 nt
GC Content
0.5304
AGAGCUCGCCACUCCUUAGUCGAGGCAAGACGUGCGCCCGAGCCCCGCCGAACCGAGGCCACCCGGAGCCGUGCCCAGUCCACGCCGGCCGUGCCCGGCGGCCUUAAGAACCCGGCAACCUCUGCCUUCUUCCCUCUUCCACUCGGAGUCGCGCUCCGCGCGCCCUCACUGCAGCCCCUGCGUCGCCGGGACCCUCGCGCGCGACCGCCGAAUCGCUCCUGCAGCAGAGCCAACAUGCCCAUCACUCGGAUGCGCAUGAGACCCUGGCUAGAGAUGCAGAUUAAUUCCAACCAAAUCCCGGGGCUCAUCUGGAUUAAUAAAGAGGAGAUGAUCUUCCAGAUCCCAUGGAAGCAUGCUGCCAAGCAUGGCUGGGACAUCAACAAGGAUGCCUGUUUGUUCCGGAGCUGGGCCAUUCACACAGGCCGAUACAAAGCAGGGGAAAAGGAGCCAGAUCCCAAGACGUGGAAGGCCAACUUUCGCUGUGCCAUGAACUCCCUGCCAGAUAUCGAGGAGGUGAAAGACCAGAGCAGGAACAAGGGCAGCUCAGCUGUGCGAGUGUACCGGAUGCUUCCACCUCUCACCAAGAACCAGAGAAAAGAAAGAAAGUCGAAGUCCAGCCGAGAUGCUAAGAGCAAGGCCAAGAGGAAGUCAUGUGGGGAUUCCAGCCCUGAUACCUUCUCUGAUGGACUCAGCAGCUCCACUCUGCCUGAUGACCACAGCAGCUACACAGUUCCAGGCUACAUGCAGGACUUGGAGGUGGAGCAGGCCCUGACUCCAGCACUGUCGCCAUGUGCUGUCAGCAGCACUCUCCCCGACUGGCACAUCCCAGUGGAAGUUGUGCCGGACAGCACCAGUGAUCUGUACAACUUCCAGGUGUCACCCAUGCCCUCCACCUCUGAAGCUACAACAGAUGAGGAUGAGGAAGGGAAAUUACCUGAGGACAUCAUGAAGCUCUUGGAGCAGUCGGAGUGGCAGCCAACAAACGUGGAUGGGAAGGGGUACCUACUCAAUGAACCUGGAGUCCAGCCCACCUCUGUCUAUGGAGACUUUAGCUGUAAGGAGGAGCCAGAAAUUGACAGCCCAGGGGGGGAUAUUGGGCUGAGUCUACAGCGUGUCUUCACAGAUCUGAAGAACAUGGAUGCCACCUGGCUGGACAGCCUGCUGACCCCAGUCCGGUUGCCCUCCAUCCAGGCCAUUCCCUGUGCACCGUAGCAGGGCCCCUGGGCCCCUCUUAUUCCUCUAGGCAAGCAGGACCUGGCAUCAUGGUGGAUAUGGUGCAGAGAAGCUGGACUUCUGUGGGCCCCUCAACAGCCAAGUGUGACCCCACUGCCAAGUGGGGAUGGGGCCUCCCUCCUUGGGUCAUUGACCUCUCAGGGCCUGGCAGGCCAGUGUCUGGGUUUUUCUUGUGGUGUAAAGCUGGCCCUGCCUCCUGGGAAGAUGAGGUUCUGAGACCAGUGUAUCAGGUCAGGGACUUGGACAGGAGUCAGUGUCUGGCUUUUUCCUCUGAGCCCAGCUGCCUGGAGAGGGUCUCGCUGUCACUGGCUGGCUCCUAGGGGAACAGACCAGUGACCCCAGAAAAGCAUAACACCAAUCCCAGGGCUGGCUCUGCACUAAGAGAAAAUUGCACUAAAUGAAUCUCGUUCCCAAAGAACUACCCCCUUUUCAGCUGAGCCCUGGGGACUGUUCCAAAGCCAGUGAAAUGUGAAGGAAAGUGGGGUCCUUCGGGGCGAUGCUCCCUCAGCCUCAGAGGAGCUCUACCCUGCUCCCUGCUUUGGCUGAGGGGCUUGGGAAAAAAACUUGGCACUUUUUCGUGUGGAUCUUGCCACAUUUCUGAUCAGAGGUGUACACUAACAUUUCCCCCGAGCUCUUGGCCUUUGCAUUUAUUUAUACAGUGCCUUGCUCGGCGCCCACCACCCCCUCAAGCCCCAGCAGCCCUCAACAGGCCCAGGGAGGGAAGUGUGAGCGCCUUGGUAUGACUUAAAAUUGGAAAUGUCAUCUAACCAUUAAGUCAUGUGUGAACACAUAAGGACGUGUGUAAAUAUGUACAUUUGUCUUUUUAUAAAAAGUAAAUUGUUUAUAAGGGGUGUGGCCUUUUUAGAGAGAAAUUUAACUUGUAGAUGAUUUUACUUUUUAUGGAAACACUGAUGGACUUAUUAUUGGCAUCCCGCCUGAACUUGACUUUGGGGUGAACAGGGACAUGCAUCUAUUAUAAAAUCCUUUCGGCCAGGCGCGGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGAUGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGUGAAACUCCAUUUCUACUAAAAAUGCAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUUGCGGGUGCUUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAAGAGAAUCGCUUGAACCUGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAACAUGCCAUUGCACUCCAGCCCGGGCACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCUUUCAUUUGGCCGGGCAUGGUGGCUUAUGCCUGUAAUCCUGGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCUCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGGCCGGGCACGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCAGAGGCGGGCGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCAAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUAUAAAAAAUUAGCCGGGCCUAGUGGCGGGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCAUGAACCCCGGAGGCAGAGCUUGCAGUGAGCCGAGAUUGCACCACUGCACUACAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAUUAGCCGGGCCUGGUGGCGGGCGCCUGUAAUCCCAGCUACUGUGGAGGCUGAAGCACAAGAAUCACUUGAACCCGGGAGAUGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGACUGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAAGAGUGAGACUUUGUCUCAAAAAAAAAAAAAUCCUUUUGUUUAUGUUCACAUAGACAAUGGCAGAAGGAGGGGACAUUCCUGUCAUAGGAACAUGCUUAUAUAAACAUAGUCACCUGUCCUUGACUAUCACCAGGGCUGUCAGUUGAUUCUGGGCUCCUGGGGCCCAAGGAGUGUUAAGUUUUGAGGCAUGUGCCAUAGGUGAUGUGUCCUGCUAACACACAGAUGCUGCUCCAAAAAGUCAGUUGAUAUGACACAGUCACAGACAGAACAGUCAGCAGCCCAAGAAAGGUCCUCACGGCUGCUGUGCUGGGUAGCACUUGCCAUCCAGUUUCUAGAGUGAUGAAAUGCUCUGUCUGUACCGUUCAAUACAGUAGGCACUGGCACUAGCCACAUGUGCCAGCUAAGCACUUGAAAUGUGGCCAGUGCAAUAAGGAAUUGAACUUUUAAUUGCAUUUAAUAAACUGUAUGUAAAUAGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1345.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1404.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 789.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((.......(((((((...(((.(((((((....((((((....((((((..((((.((((.(((..((....)).))))).)))))).)))))).....((((((...((((((((((............(((((.(.(((((...)))))).((((((((((((.(((((((((((((....(((.(((....))))))...((((........))))...(((((.((((.....)))).)))))....))))))....)))))))......((((.((...(((((((..((.(((((........(((((....(((((...)))))...(((((((((.(((((..(((((((((((.(...........(((((..(((((((.(..((((..(.(((((.....((((((....(((((((....(((......))).....(((((..(((........)))...)))))...)))))))....))))).)...))))).).))))..).))))))))))))))))))))))))..).)))..).)))))))))))))).........)))))))........((((((.((((.(((.((.((((((((..(((((((((((((........(((.(((..(((((((((.........(((.(((.((((((((.......))).)))).).))))))((((((...(((((((.((.....)).((((..((((((((.((.((.....(((((((.((.(((((...((((((((.(((..(((.(((...(((((......)))))))))))..)))..))))))))..)))))..))......((((.((........((((((((((((((((((((.((...((((....(.(((((......)).))).)...)))).)).)))).))))))..)).)))).))))........)).))))((((.(((....))).))))......))))))))).)))))))))))))).)))).))).)))))).....(((((((((..(.(((((((....((((((..(((((((((.(((..(((((((((((((......))))).)))))...(((....)))........)))..)))..)))))))))..)))))).((((((.....((((((........))))))..)))))).(((((.......((((((((.((..((((((((((((((.....))))))))(.(((((.....))))).)((((((((((.((......)))))(((((((....)))))))..)))))))(((.....))).(((((...((((((((((((((((((((((..(((.(.......).)))......))))).))))))..((....))...))))))))))).)))))...)))))).(((.((((((.(((((((((...)))))))))...))))))))).)))))))))))))))....))))))).)..))))))))).((((.((......))..)))).....................))))))))).))).)))...((((..(((......)))...))))((((.....)))).(((((((((((.((((.((..(((((....)))))..))))))..........)))))).)))))..((((((((((.((.(((((((((.(((.(((((........))))))))....)))))))))))))).((((((..........))))))((((((......)))))).........(((((((......))))))))))))))))))))))).))))...((((((((((((.(((((...(((((.(((.((.((((.....(((....(((.......)))...)))))))..))))).))))).....(((((((((..(((((.......)))))...)))))))))(((....))).))))))).)))))))))).((.((((.((.((((((((((((((((((((((((((((....((..((((....))).)..))....))))))))))).))))))))))))))))).)).)))).))......)))))))).)).))).))))))))))(((((..(((((.((.(((............((((((((((((..(((.((((.....)))))))..((((((....)))))))))))))).))))((((..((((....)))).))))..((((((((((((.......(((((.......))))).........))))))).)))))))).)).))))).))))).....(((((....))))).((((.......))))..))))))))))))))))))))))))))))))..(((((((((...((((.(((((((((((...............................((((((((((.(((((((....))).....(((((((.(((.((((.(((......)))...)).)).)))))))))).......))))))))))))))...(((((....)))))..................((((((((.(((..((((.....)))).((..((((((....)))))).))(((((((((.(..((((..((((((((...........))))))))......))))..))))))))))....................))).))))))))....))))))))......(((((........))))).))).)))))))))))))......))))))))))..(((((((.((.......))..))))))).....(((((.....))).))(((((...)))))....................))))))..))))))))))))).))).....((((..(((((..((((((.(((.(((..((((((..(((((((...(((((..(((((((.((.........)))))))))))))).))))))).....))))))..)))))).))).............(((((((((..((((......))))..)))))))))((((.((((((((((....((.((((((((....((((.(((.(((...((((((....((.((((((((..(((......)))))).)))))))..)))))))))))).))))..)))))))).))))))).))))).)))))))....)))))..)))).........((((.......))))((.((.(((((((((.((..((((((((..((.......))...)))))))).(((((((.((....)).)))))))(((.........))).)).))))))))))).)).......(((.(((((((((....))))...))))).)))..)).)))))...))))).(((((((((((........)))...))))))))......(((((......)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,{({{(,({{{,..,{|{||||{{..,(((.(((((((....((((({....((((((..((((.((((.(((..{,....,}.))))).)))))).)))))).....((((((...((((((((((............(((((.{.(((((...))))),.((((((((((((.(((((((((((((....(((.(((....)))))}...((((.{{...},))))...(((((.((((.....)))).)))))....))))))....)))))))......(((,,((...(((((((..{{.(((((.,,.....(((((....(((({...)))))...(((((((((.(((((..(((((((((((.{,{{......}}|((((..(((((((.(..((((..,.(((((.....{(((((....(((((((....(((......))).....{((((({(,,...}}}}})),,,.,,,,,...}))))))....))))).}...))))).}.))))..).)))))))))))}})))))))))))..).))}..).)))))))))))))}.......,.)))))}}........{((((({((((.(((.((.((((((((..(((((((((((((,,,,.,,,(((.(((,,((((((({(,,,{({{,,(((.(((.((((((((.......})),}))).}.))}}}(((((((...(((((((.((.....)).((((..((((((((.((.{{....{(((((((..(((((((...((((((....)))))).....{({(((((......}}}}|(((((((((({,(((..((....))..))))))))))))))|((((,,.{({.,..((((..((((.............,..))))..)))).{||}....},)))|,.,,}}}}.....||||,,}))))}))))).)))))))(({.{....}))).((((.(((....))).))))......))))))))).)))))))))))))).))))}})}.)))))))..||{(({({(((..,.{{{{{{{,|||||||||.,|||||||||,|||,.|||||||((({{{......}))}),,}}}|{{{(,,.{{{((.((({{{{{|.|{{|....))))},)))}},,,)))}.|||||.,,,,|(((((........)))))|||||}||||((({({...,,{(((((((,,((..{,,(({((((((((.....))))))))|,(((,({,..,|||||{|{(((((({(,{((......))))}(((((((....)))))))..))))))}(((,.,,,||}.(((((...((((((((((((((((((((((..,,{{{....,|,...}},.....)))))}}}))))..{{....}}...))))))))))).)))))..}))))}},|||.{{{{{|,|||||||||,.,))|||||,,...,,,)))))).)))))))))))}))),,,,|}}}|||,|,,||}}}|}|}.((({.{(......))..)))),,....,,.............)))))))))|}}).)}}...((({..(((......)))...))))((((.....)))).,{{{{{{{({{|{({{.((.,((({{....,))))..)))))),,...,,,,.}}}))).))))),},|||||}},,.{{.(((((((((.(((.(((((........))))))))....)))))))))}|||((({{{......,,(((((({{{{((((((......))))))....)}..}))))))).,,......))))))}}}}}))))))))))}}))...((((((((((,{.((((({,.(((((.(({,((.((((,...,((,.,..(((.......)))...)))))))..))))).)))))..}}}{((((((((..(((((.......)))))...))))))))|(((....)))}})))),}.)))))))))).({.((((.((.((((((((((((((((((((((((((((.,,.{{..||{{....|}}.}..}).,..))))))))))))))))))))))))))))).)).)))).,)......)))))))).)).))).)))))))))|(((((..(((((.((.{(({.||........{(((((((((((..(((.((((.....)))))))..((((({....}))))))))))))).)))){({{{.(({(.,,,)}}}.},})..|{{{{(((((((.,.....(((((.......}}))).......,.))))))),)))})))).)).))))).)))))},,..(((((....))))).((((.......))))..))))))))))))))))))))))))))))))..(((((((((,{.(((({(((((((((((..........................,,.,.((((((((((.(((((((....))).....(((((((.(((,(({{.{||,,,,,,}})...}).)),}))))))))).......))))))))))))))...{((((....)))))..................((((((((.(((..((((.....)))).||..((((({....}))))),|,(((((((((.(..((((..((((((((,........,.))))))))......))))..)))))))))).},.................))).))))))))....))))))))...((((.,......)))})))))}))),},,,}))))))))......))))))))))..(((((((.((.......))..))))))).....(((((.....))).))(((((...)))))....................))))))..})))))))))))).))).....{(((..((((({.((((({.({(.(((..((((((..(((((((...(((((..(((((((.((.........)))))))))))))).))))))).....))))))..)))))),))).............(((((((((,,(({{......))))..}))))))))((((.((((((((((....((.((((((((....((((.(((.(((...((((((....{(.((((((({..(((......)))))).))))))}..)))))))))))).))))..)))))))).))))))).))))).))))}))..,.)}}}}..))}},,.......((((.......}}}}...{{.(((((((((.((,,((((((((...(,.......}...)))))))).{((((((.((....)).))))))),{{......,..}}..}).)))))))))},.{{{{{{{.{{{{,.{{||||(({(,.{{{{(({((((.......)))).,,..}}))))),)))))..,,,,,.}}}}}}),,,|,.||||{{.,.....,,|||},,}},}}})},.
Back