Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002199.4
Sequence Length
2257 nt
GC Content
0.4524
CUCUCCUUGUUUUGCUUUCGAUCUGGACUGUUCUCAGGCAAGCCGGGGAGUAACUUUUAGUUUUGCUCCUGCGAUUAUUCAACUGACGGGCUUUCAUUUCCAUUUCACAUACCCUAGCAACACUUAUACCUUGCGGAAUUGUAUUGGUAGCGUGAAAAAAGCACACUGAGAGGGCACCAUGCCGGUGGAAAGGAUGCGCAUGCGCCCGUGGCUGGAGGAGCAGAUAAACUCCAACACGAUCCCGGGGCUCAAGUGGCUUAACAAGGAAAAGAAGAUUUUUCAGAUCCCCUGGAUGCAUGCGGCUAGACAUGGGUGGGAUGUGGAAAAAGAUGCACCACUCUUUAGAAACUGGGCAAUCCAUACAGGAAAGCAUCAACCAGGAGUAGAUAAACCUGAUCCCAAAACAUGGAAGGCGAAUUUCAGAUGCGCCAUGAAUUCCUUGCCUGAUAUUGAAGAAGUCAAGGAUAAAAGCAUAAAGAAAGGAAAUAAUGCCUUCAGGGUCUACCGAAUGCUGCCCCUAUCAGAACGGCCUUCUAAGAAAGGAAAGAAACCAAAGACAGAAAAAGAAGACAAAGUUAAGCACAUCAAGCAAGAACCAGUUGAGUCAUCUCUGGGGCUUAGUAAUGGAGUAAGUGAUCUUUCUCCUGAGUAUGCGGUCCUGACUUCAACUAUAAAAAAUGAAGUGGAUAGUACGGUGAACAUCAUAGUUGUAGGACAGUCCCAUCUGGACAGCAACAUUGAGAAUCAAGAGAUUGUCACCAAUCCGCCAGACAUUUGCCAAGUUGUAGAGGUGACCACUGAGAGCGACGAGCAGCCGGUCAGCAUGAGCGAGCUCUACCCUCUGCAGAUCUCCCCCGUGUCUUCCUAUGCAGAAAGCGAAACGACUGAUAGUGUGCCCAGCGAUGAAGAGAGUGCCGAGGGGCGGCCACACUGGCGGAAGAGGAAUAUUGAAGGCAAACAGUACCUCAGCAACAUGGGGACUCGAGGCUCCUACCUGCUGCCCGGCAUGGCGUCCUUCGUCACUUCCAACAAACCGGACCUCCAGGUCACCAUCAAAGAGGAGAGCAAUCCGGUGCCUUACAACAGCUCCUGGCCCCCUUUUCAAGACCUCCCCCUUUCUUCCUCCAUGACCCCAGCAUCCAGCAGCAGUCGGCCAGACCGGGAGACCCGGGCCAGCGUCAUCAAGAAAACAUCGGAUAUCACCCAGGCCCGCGUCAAGAGCUGUUAAGCCUCUGACUCUCCGCGGUGGUUGUUGGGGCUUCUUGGCUUUGUUUUGUUGUUUGUUUGUAUUUUAUUUUUUUCUCUCUGACACCUAUUUUAGACAAAUCUAAGGGAAAAAGCCUUGACAAUAGAACAUUGAUUGCUGUGUCCAACUCCAGUACUGGAGCUUCUCUUUAACUCAGGACUCCAGCCCAUUGGUAGACGUGUGUUUCUAGAGCCUGCUGGAUCUCCCAGGGCUACUCACUCAAGUUCAAGGACCAACAAGGGCAGUGGAGGUGCUGCAUUGCCUGCGGUCAAGGCCAGCAAGGUGGAGUGGAUGCCUCAGAACGGACGAGAUAAUGUGAACUAGCUGGAAUUUUUUAUUCUUGUGAAUAUGUACAUAGGCAGCACUAGCGACAUUGCAGUCUGCUUCUGCACCUUAUCUUAAAGCACUUACAGAUAGGCCUUCUUGUGAUCUUGCUCUAUCUCACAGCACACUCAGCACCCCCUUCUCUGCCCAUUCCCCAGCCUCUCUUCCUAUCCCAUCCCAUCCCAUCCCAUCCCAUCCCAUCCCAUCCCGCUCUUUUCCUACUUUUCCUUCCCUCAAAGCUUCCAUUCCACAUCCGGAGGAGAAGAAGGAAAUGAAUUUCUCUACAGAUGUCCCAUUUUCAGACUGCUUUAAAAAAAAUCCUUCUAAUCUGCUAUGCUUGAAUGCCACGCGGUACAAAGGAAAAAGUAUCAUGGAAAUAUUAUGCAAAUUCCCAGAUUUGAAGACAAAAAUACUCUAAUUCUAACCAGAGCAAGCUUUUUUAUUUUUUAUACAGGGGAAUAUUUUAUUCAAGGUAAAAUUCUAAAUAAAAUAUAAUUGUUUUUUAUCUUUUCUACAGCAAAUUUAUAAUUUUAAGAUUCCUUUUCUUGUUUAUCAGCAGUUGUUAUUACAUCCUUGUGGCACAUUUUUUUUUUUAAUUUUGUAAAGGUGAAAAAAGCUUUUAUGAGCUCAUGUAGCAAUCAGAUUUUCCUGUGGAUUGAUAAUAAAUGAAUAUGAUAUAUAGUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-606.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -651.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 643.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((.(((((((..((.(......).))..))))))).)))))))(((((.((((((((((....))))......)))))).(((........))).((((((.((((...((((..((..........))..))))...))))..))))))((((((..(((((((((((.(..((.((.(((..((((((((((((...((((..(((((...........))))).))))((((.((((.((..((......))..((((((.....)))))).)).)))).))))))))))).......((((((((((((.(((....(((((((..(((((((....(((((((.........((..(((((.......(.((((((...(((((..(((.....))).(((((.(((((..((((.........((((((.((...........)).)))))).....))))........)))))..)))))))))))))))))..)))))..))(((((((..((.((((......))))......................(((((((......((...(((..(((.((..((((.(.((((((((((.(((((.((((.((((.(((....))).))))...((((...((((..((((((...........)))))))))).))))((((.........(((((.(..(((......)))..).)))))..(((.((((....)))).)))......))))......)))).))))).)))))))))))))))(((((..((..((((......)).))..)).)))))....))))).)))))......)))))))....((.....))....)).)))))))..)))))))...))))))).)))).(((((((((.......((((((.((((......((((((....(((.(((((......)))))))).(((((((((((((((((.(((((.(((.(((((..((................((((....))))......((((((((((((((((.((.(((..............))))).......((((..........))))...(((.((((((((((.(((.(.((...(((.....)))(((((..((((((.(.((.(((..((.....)).)))...)).).)))))).((((.(((((....)).))))))))))))))).))).))))))))..)).)))...((((((((((((..............((((((((((..((...(((...))).....))..))))))))))....))))))))))))..)))))))........(((((....)))))))))))))).))..))))).))))))...(((.((((....))))))).((((..((((.....)))))))).................((((.....((((((((.((...)).))))))))..))))..)).)))).)))))....))).)))))(((((((((..(.((((((...(((((((........(((((....)))))..........))))..)))..))))))).))))).)))).....(((((((((.....))).)))))))))))).(((((............)))))((.......))....)))).))))))......)).))))))).....)))...)))))))))).)))))..)))))..)))...)).))((.((((((.((((((((((........................)))))))))).)))))).))...........).)))))...))))))..))))))........(((((.....((((...((......))...))))....)))))....((((((((....((((((.(((..((((((....(((((.........(((.((((((....((((((((((((((..((((((((((((((((((...)))))(((((((((..(................)..)))))))))....(((((......((((...(((((.......))))).)))).....)))))........)))))).......................)))))))..))))))))))......))))...))).))).))))))))))).))))))))))))......))))))))..)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((({((((((((((.(((((((.(((....))),.{((((.(((((((({{...}}}.,})))))}.}{,....,,..,,,,},)))}}..(((((((((((((.((((...((((..{........,,.)}..})))...))))..))))),((((((..(((((((((((....{{.((((({..((((((((((((...((((..(((((...........))))).))))((((.((((.((..{(,.....})..{(((((.....)))))).)).)))).))))))))))).......((((((((((((.(((....{{.((((..(((((((....(((((({.{((.....))}.{((({,.....,(.{(((((...((((,,,({,.....}))|,((((.{((,,.,||.|}}}.,....((((((.((........,..)).)))))).....,}}}......,,|,,,...,}))))))))))))))}|,}))}),.,,(((((((..|||{,{({,..,,,|||{,.,,......,,,,,,,...,{((((((..{{,.,(,...,,..||......((({,(.((((((((((.(((((.((((.((((.{((....))}.))))...{{,({{.((((..((((((...........)))))))))).))),{(((,...{{{..(((((.(..(((......)))..).)))))..|||.{{{|....))}},))),,...,}}},......)))).))))).)))))))))))))))((((,,.{(,{({{{{{.,{,}}.))}.)).))))}...}}}}||,},,,,......}}))))),,.,{{,},..))....}}.))))))).,)))))))...))))))).}))).((((((({(,,,...,((((({.((((......({{(((...,(((.(((((......)))))))).{{{{|||||{{{{{|||{{|||{.{((,(||||.,|,,,.............{((((....)))}......,{{({(((((({{{{{,((.(((.....,,,,,..,,||||,.......{{{,..........,,,,...{{,.((({{({(({.{{{,|.{{.|||||,,,}||||(((((..((((((.(.({.(((..((.....)).)))..,}).,.)))))).((({,(((((....))}})))))))))))})),))),)))))))),.}),))),,,|((((({{((({,|||,.........|||{{{{{{(,.({...,,...,|}},....}),,))))}}}}}}},..)))))))))))}..)}}}})},.,,,...(((((,,.,|||||}||||}}},.....))))),))))}}..||||.||{|,,{.|},,,,||((((..{(((.....)))))))).}.,,,...,}},,..}||||.....(((((({({(({,{||,}}}}||}|,,||}}..})}))))},|||||{{{||,{||},|((({,(((({{(,({({(({..,,.((,(,,,.....{||||,.,,}}}}}.,,.,,.{{{|||,{{{.|{,,,,,)))})))))})),)),,,{{((((({{{.....})}.)))))))}}))).,||{|,,,}},},,,,,),,,,||,...,}.})},,.)))),}))))),.....)).)))))))......})}}})))))}))))},,},,..)))))..)}),}.)}.))((.((((((.((((((((((........................)))))))))).)))))).))....{|....}),))))),..))))))..))))))........(((((.....((((...((......))...))))....))))).........}))))))).............))))))).)))).)))),...((((..........))))....................}}))))))((((((((((..(((......})).))))))))))..{(((({.(((((...(((((((.((((({.......{((((.......)))||,,....,},,{{((({{{{{{{....})))},,,.,,,,{,{{{{{{...,,,|}})}}|)}}}},{((({..,,)))}}...}})))}},.,))}))..)))))))..))))).}))))).,................
Back