Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002385.3
Sequence Length
2202 nt
GC Content
0.5536
AGACCAUCCAAGAAGACAGUGCAGCCACCUCCGAGAGCCUGGAUGUGAUGGCGUCACAGAAGAGACCCUCCCAGAGGCACGGAUCCAAGUACCUGGCCACAGCAAGUACCAUGGACCAUGCCAGGCAUGGCUUCCUCCCAAGGCACAGAGACACGGGCAUCCUUGACUCCAUCGGGCGCUUCUUUGGCGGUGACAGGGGUGCGCCCAAGCGGGGCUCUGGCAAGGUACCCUGGCUAAAGCCGGGCCGGAGCCCUCUGCCCUCUCAUGCCCGCAGCCAGCCUGGGCUGUGCAACAUGUACAAGGACUCACACCACCCGGCAAGAACUGCUCACUACGGCUCCCUGCCCCAGAAGUCACACGGCCGGACCCAAGAUGAAAACCCCGUAGUCCACUUCUUCAAGAACAUUGUGACGCCUCGCACACCACCCCCGUCGCAGGGAAAGGGGGCCGAAGGCCAGAGACCAGGAUUUGGCUACGGAGGCAGAGCGUCCGACUAUAAAUCGGCUCACAAGGGAUUCAAGGGAGUCGAUGCCCAGGGCACGCUUUCCAAAAUUUUUAAGCUGGGAGGAAGAGAUAGUCGCUCUGGAUCACCCAUGGCUAGACGCUGAAAACCCACCUGGUUCCGGAAUCCUGUCCUCAGCUUCUUAAUAUAACUGCCUUAAAACUUUAAUCCCACUUGCCCCUGUUACCUAAUUAGAGCAGAUGACCCCUCCCCUAAUGCCUGCGGAGUUGUGCACGUAGUAGGGUCAGGCCACGGCAGCCUACCGGCAAUUUCCGGCCAACAGUUAAAUGAGAACAUGAAAACAGAAAACGGUUAAAACUGUCCCUUUCUGUGUGAAGAUCACGUUCCUUCCCCCGCAAUGUGCCCCCAGACGCACGUGGGUCUUCAGGGGGCCAGGUGCACAGACGUCCCUCCACGUUCACCCCUCCACCCUUGGACUUUCUUUUCGCCGUGGCUGCGGCACCCUUGCGCUUUUGCUGGUCACUGCCAUGGAGGCACACAGCUGCAGAGACAGAGAGGACGUGGGCGGCAGAGAGGACUGUUGACAUCCAAGCUUCCUUUGUUUUUUUUUCCUGUCCUUCUCUCACCUCCUAAAGUAGACUUCAUUUUUCCUAACAGGAUUAGACAGUCAAGGAGUGGCUUACUACAUGUGGGAGCUUUUGGUAUGUGACAUGCGGGCUGGGCAGCUGUUAGAGUCCAACGUGGGGCAGCACAGAGAGGGGGCCACCUCCCCAGGCCGUGGCUGCCCACACACCCCAAUUAGCUGAAUUCGCGUGUGGCAGAGGGAGGAAAAGGAGGCAAACGUGGGCUGGGCAAUGGCCUCACAUAGGAAACAGGGUCUUCCUGGAGAUUUGGUGAUGGAGAUGUCAAGCAGGUGGCCUCUGGACGUCACCGUUGCCCUGCAUGGUGGCCCCAGAGCAGCCUCUAUGAACAACCUCGUUUCCAAACCACAGCCCACAGCCGGAGAGUCCAGGAAGACUUGCGCACUCAGAGCAGAAGGGUAGGAGUCCUCUAGACAGCCUCGCAGCCGCGCCAGUCGCCCAUAGACACUGGCUGUGACCGGGCGUGCUGGCAGCGGCAGUGCACAGUGGCCAGCACUAACCCUCCCUGAGAAGAUAACCGGCUCAUUCACUUCCUCCCAGAAGACGCGUGGUAGCGAGUAGGCACAGGCGUGCACCUGCUCCCGAAUUACUCACCGAGACACACGGGCUGAGCAGACGGCCCCGUGGAUGGAGACAAAGAGCUCUUCUGACCAUAUCCUUCUUAACACCCGCUGGCAUCUCCUUUCGCGCCUCCCUCCCUAACCUACUGACCCACCUUUUGAUUUUAGCGCACCUGUGAUUGAUAGGCCUUCCAAAGAGUCCCACGCUGGCAUCACCCUCCCCGAGGACGGAGAUGAGGAGUAGUCAGCGUGAUGCCAAAACGCGUCUUCUUAAUCCAAUUCUAAUUCUGAAUGUUUCGUGUGGGCUUAAUACCAUGUCUAUUAAUAUAUAGCCUCGAUGAUGAGAGAGUUACAAAGAACAAAACUCCAGACACAAACCUCCAAAUUUUUCAGCAGAAGCACUCUGCGUCGCUGAGCUGAGGUCGGCUCUGCGAUCCAUACGUGGCCGCACCCACACAGCACGUGCUGUGACGAUGGCUGAACGGAAAGUGUACACUGUUCCUGAAUAUUGAAAUAAAACAAUAAACUUUUAAUGGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-767.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -804.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 726.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((...(((((...((((.(((((.((((...((((...((.((.((.(((........))))))).)).)))).))))((((.(((((((....)))...))))..))))((((((...)))))).((((((((..((((..((((...(((((..............((((((.((((((.......)))))).))))))....(((((((((((........(((((....)))))))))))))))).))))))))).)))).((((((((((((((((((((..(((((....((((((.........((((.....))))....(((((((((.((((((...((((((..((((((((((.............((((((((((((((.........(((((((................)))))))((((.((((((((((.(((((((........))))))).((((.((...)).))))........)))))))((((((((..(..(((.(((((((((...)))..((((............)))).(((.(((((.((..((((((.(((.....))).)))..)))(((((.((((.....))))..(((......))))))))((((((...((((((.................((.((((..(((.........))).)))).)).......(((((.(((.((((......)))).))).)))))...((((..((..(((....))).....))))))..))))))..)))))).......((((((((((((....)))))...)))))))((((...))))..))))))))))(((.((.((((((((((.(....).))))...))))))))..)))......(((((((..(((((((...((((....))))...(((((((...((..(((((((.....((.(((((((.((((....))))))))))).))..)))))))..)).))))))).)))))))...))).)))).)))))).)))..)..))))))))........))).))))...................((((((.....((((...))))...)).)))))))))))))...)))))...))))....)))))).)))))).)).)))).))).))))))..)))))).))))).....)))))).((((......)))))))))))..)))))))((((((.(...((((.....)))).).))))))....))))))))..(((((.....(((((((((.....((((.(((((..(((((((((((((((((((..((((((..(((((((((((((.((((.((.(((((..((((((((.((...)))))))))).))))))).)))))).))).......))))))))..............))))))...)))))))))))))......((((((.(((((((.(((((((.....)))((((..(((((((((((((((((((...(.(((.....))).).))))).)))))).)))))..)))..((((.....))))....(((...))).........))))........)))))))(((((((((((((((.........((((((.((((..(((((((((.....(((...))).....))))...)))))..(((...(((((.(((((.....(((............................)))....))))).))))))))....................................)))).)))))).......((.(((.....))).))(((((((((...((((((((((....))).)..)))).)).))))))))).))))...)))))))))))........))))..)))))).))))))))))))))).....))).))))))...........(((......))).(((((...........)))))..........)))))..........(((((.....)))))(((((.((((((....)))))).)))))......))))).))))(((((((((....))))))....)))..((((((..........)))))).....(((((........)))))..))))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((...(({{({{{((({.((({{.((((.{{((((((.{({({.((,(((.,,,..{,|,}||||,,,}}|||{,({.((((.(((((((....}}),..))))..))))||,||||.{||||||(((((((((,.((((..((((...(((((.....,........((((((.((((((.......)))))).))))))....(((((((((({.......,(((((....)))))))))))))))).))))))))).)))).,.|{{|,|{(((((((((((,...}))))}.((,{,........,,((({.....)))}..,,.((((((((,||((({{{{((.((({,(||({...,....,,....,,}})},))||||}))},.........{((({{{,,,,,,,.....,,,,|}||}},}}),.})))))|||..(((((((........))))))}.((((.((...)).)))).......{{{{{({{.{.,{{,...}..{||}|}}}}}|}}}}})}},,|||{............,}}}}|||}|||||.,|,.|||{{{,{((.....))),))),.|||||{{...,,,{{{{,||||{{(((......}))(((..((((((.,.((((((...........,,.......,{{{..(((({........,},)))).||,,.,...(((({.(((.((((......)))).))).)))))..,((({..{{..(((....))).....}}))))..)))))).,))))))..)))..((((((((((((....)))))...))))))){(((,,,|}}},,,,,,,,,|||((..,({((,,,,,{{,,|}}}})})))),,,})))))))}|)),.,,|{|||,.....}}}}},,,,..|{{,,,,,})}|((((((.{(({({(((({(({(((,,...||,((((((({(({,....,,||{||{{||.|{||{,({{.((({.,((((({,,|{((({((.({.((((,({((((...,{{,|{{{|||||{{{{{{{{{{{{{|.||{{{||,|{{,|{{({....,.((((,,.,,..((((...))))..})}.)))),))))))))....{{{{{{{||||{{{{.||||,.|{||,|{||.|||{{,||{..,,))}..)))))..)))){{{{{{{||||.{.(((({....,})))).,,).,)))))))}}.|||}..}}}}..}}}}...))})})))))).}}}))))))))}}|||||}}}}.|,|||||||}}}}}})))}|.,.,{{({{.,,,{{,,|||||((({...,((({.,((((((((({{({,((({({((((((..(((((((,{((...)))))))))).))))))}.))}}}}.,||......,}|||||||.|{{{{.{{,,..,{{{||.,.,||||||,,}})}|{,,,.,{{,{.|}|{,(((({(((.(((.....))).,||,,{{,((((((((((((((((...{.(((.....))).,.))))).)))))).))))).||}|..,{{{....,)))).,}}}},,}||||..,....,}}})),.....{{{{....,,||||,,|||||||,{.((((((((((....)))}.,)))))),,......|{{...)}}...({{((((((......))))))})))|.}||||},..,|||,,,,}},,......,,,.,,....,}}}.)))))}})))))..,,,}}}},,,}}}}.....}}.}}).}}}}}}}}}},.}}}}.,,)}}.)))}){{{{|{|{|{........|{|,{{(((((((((,,,(((((({(({....})).}..)))).)}.)))))))}|,|||,...,})))})}}},.......,{{{.......))})},,,,)))})))))}........))))))}}}}.....}}|||.,,,..},},(((((...........}})))..........}}}}}.......,}}|||||}}}..,,||,(((((.((((((....)))))).))))).},...)))))}))},||,((((((....))))))....}))}.}}}.||}}}}}...})))))),.....(((((........)))))..})))}.))))).
Back