Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002421.4
Sequence Length
1971 nt
GC Content
0.4333
AUAUUGGAGCAGCAAGAGGCUGGGAAGCCAUCACUUACCUUGCACUGAGAAAGAAGACAAAGGCCAGUAUGCACAGCUUUCCUCCACUGCUGCUGCUGCUGUUCUGGGGUGUGGUGUCUCACAGCUUCCCAGCGACUCUAGAAACACAAGAGCAAGAUGUGGACUUAGUCCAGAAAUACCUGGAAAAAUACUACAACCUGAAGAAUGAUGGGAGGCAAGUUGAAAAGCGGAGAAAUAGUGGCCCAGUGGUUGAAAAAUUGAAGCAAAUGCAGGAAUUCUUUGGGCUGAAAGUGACUGGGAAACCAGAUGCUGAAACCCUGAAGGUGAUGAAGCAGCCCAGAUGUGGAGUGCCUGAUGUGGCUCAGUUUGUCCUCACUGAGGGGAACCCUCGCUGGGAGCAAACACAUCUGACCUACAGGAUUGAAAAUUACACGCCAGAUUUGCCAAGAGCAGAUGUGGACCAUGCCAUUGAGAAAGCCUUCCAACUCUGGAGUAAUGUCACACCUCUGACAUUCACCAAGGUCUCUGAGGGUCAAGCAGACAUCAUGAUAUCUUUUGUCAGGGGAGAUCAUCGGGACAACUCUCCUUUUGAUGGACCUGGAGGAAAUCUUGCUCAUGCUUUUCAACCAGGCCCAGGUAUUGGAGGGGAUGCUCAUUUUGAUGAAGAUGAAAGGUGGACCAACAAUUUCAGAGAGUACAACUUACAUCGUGUUGCAGCUCAUGAACUCGGCCAUUCUCUUGGACUCUCCCAUUCUACUGAUAUCGGGGCUUUGAUGUACCCUAGCUACACCUUCAGUGGUGAUGUUCAGCUAGCUCAGGAUGACAUUGAUGGCAUCCAAGCCAUAUAUGGACGUUCCCAAAAUCCUGUCCAGCCCAUCGGCCCACAAACCCCAAAAGCGUGUGACAGUAAGCUAACCUUUGAUGCUAUAACUACGAUUCGGGGAGAAGUGAUGUUCUUUAAAGACAGAUUCUACAUGCGCACAAAUCCCUUCUACCCGGAAGUUGAGCUCAAUUUCAUUUCUGUUUUCUGGCCACAACUGCCAAAUGGGCUUGAAGCUGCUUACGAAUUUGCCGACAGAGAUGAAGUCCGGUUUUUCAAAGGGAAUAAGUACUGGGCUGUUCAGGGACAGAAUGUGCUACACGGAUACCCCAAGGACAUCUACAGCUCCUUUGGCUUCCCUAGAACUGUGAAGCAUAUCGAUGCUGCUCUUUCUGAGGAAAACACUGGAAAAACCUACUUCUUUGUUGCUAACAAAUACUGGAGGUAUGAUGAAUAUAAACGAUCUAUGGAUCCAGGUUAUCCCAAAAUGAUAGCACAUGACUUUCCUGGAAUUGGCCACAAAGUUGAUGCAGUUUUCAUGAAAGAUGGAUUUUUCUAUUUCUUUCAUGGAACAAGACAAUACAAAUUUGAUCCUAAAACGAAGAGAAUUUUGACUCUCCAGAAAGCUAAUAGCUGGUUCAACUGCAGGAAAAAUUGAACAUUACUAAUUUGAAUGGAAAACACAUGGUGUGAGUCCAAAGAAGGUGUUUUCCUGAAGAACUGUCUAUUUUCUCAGUCAUUUUUAACCUCUAGAGUCACUGAUACACAGAAUAUAAUCUUAUUUAUACCUCAGUUUGCAUAUUUUUUUACUAUUUAGAAUGUAGCCCUUUUUGUACUGAUAUAAUUUAGUUCCACAAAUGGUGGGUACAAAAAGUCAAGUUUGUGGCUUAUGGAUUCAUAUAGGCCAGAGUUGCAAAGAUCUUUUCCAGAGUAUGCAACUCUGACGUUGAUCCCAGAGAGCAGCUUCAGUGACAAACAUAUCCUUUCAAGACAGAAAGAGACAGGAGACAUGAGUCUUUGCCGGAGGAAAAGCAGCUCAAGAACACAUGUGCAGUCACUGGUGUCACCCUGGAUAGGCAAGGGAUAACUCUUCUAACACAAAAUAAGUGUUUUAUGUUUGGAAUAAAGUCAACCUUGUUUCUACUGUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-574.14 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -611.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 464.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((...((((((....)))).)).....((((((.(((....((..(((....((((((.((((((((((((((((...((((..((((((.(((((((((((((....)))).((((((((.(..((((.(.....).))))((.(.(((((......(((((......)))))......))))).).))......).))))))))..(((....)))((............))((((((.(((((((....((((((..(((.(((((..(((.(((((((((((((((((..((((.(((...((((((..........(((((((((.(((((...(((.((((.((((..((((((.((((.((((((...)))))).)))).))))))...........((((((((............(((.((((((.....)))))).)))..........((((..(((.(((((....)))))..((((((......))))))((((((......((((((((..(((((((((((.....(((..((((((((((((((...((((...((((((......(((.(((((..((((....((....)).))))..))))).)))......)))))).....(((((((....)))))))...((((.((......((((..((((.((((.........))))..)))).))))...))))))))))...)).))))))......))))))..)))....))))))...)).)))..))))))))))))))......)))..))))(((((.(((..(((((......)))))..)))..)))))....))))))))..))))))))))))))))...(((((((((.((.(((.............((((.(((.(((((....((((((.(((((.(((................................))).))))).)))))))))))))))))).((((((((((((...((((.......))))..(((((........)))))..........)))))))))))))))))))))))....)))........))))))))))))))).))).((((.((....((....))..)).))))...((((((..(..(((((.(.......).)))))..)..)).)))).(((((...((((((((((.((.....))..((((((((..(((.(((....(((((..((((((...........))).)))..)))))((((((.......)))))).((((..(((((..(((((((......((((..((((((((((((((((((((((....))))..)))))))))))....(((((.......))).))..........((((........))))..(((((((...))))..)))))))))).....))))........)))))))....)))))...)))).))).))).)))))))))))))))))))))))...))))..))))))))))))))))).)))..)))))..(((.....)))..(((((......))))))))..))))))..))))))).)))))).....((((.((((.((((((((((......)))))...))))).)).)).))))....((((......(((((((((......)))))))))((((((((....(((.....)))...))))))))))))....)))))))))))))))..))))..........(((((((......))))).))..((((((....))))))...))))).)))))..............))))))...)))))))))...))...)))))))))............(((((.......))))).......(((((..(((.....)))..)))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{(((((((..,((((({,,,.}}}}.,,.....((((((.(({....,{..(((....{(((((.((((((((((((((((..,((((..((((((.(((((((((,{({,,,,,}}}.((((((((.{,.((((.{.....}.)))){,.{.(((((......(((((......)))))......))))).,.},......}.))))))))..{{{....}|},{........,,|||.{(((((.(((((((....((((((.{((,.(((((..(((.(((((((((((((((((..(((({(((...((((((,,,,......(((((((((.{((((...(((.((((.((({..((((((.((((.((((((...)))))).)))).)))))).....,,....{(((((({............(((.((((((.....)))))).))).....,,,.,{{{{..,{{.|{(({....)))}}.{((((((......})))))|(({((......((((((((..((({(((((((.,,,,(({..{({{{((((((({(,,{((((,,.((((((..,...(((.(((((..((((....((....)).))))..))))).)))...,..))))))..,,.(((((((....)))))))..{((((.((......((((..((((.((((.........))))..)))).)))).,.)))))))}))}},),.))))))......)))))),,)))....))))))...)}.)))..))))))))})))}}..,,}})),..}|||{((||,(((..(((((......)))))..}||,.}},,},...,}}}}))}..}|||}}}})))}||||...,,....{{{.||,|.{,{,,.,,,..{{{((((.(((.{((((....((((((.{((((.(((((.,.....{{{.....}}}....,.,.},..,)).))))}.))))))))))))))|,,{{((((((((((((...{(((.......}}}}..,{(((,.,.,,..}}},........}},)))))))))))))),.}}}},,)}}}})),......,,)))|||}}|||||||,}}}.((((((({((.((({{.((.,,(((,.{,,...,.|||,,{|,.((({.{{{{{..|.|.|||{{....}}))).,.}.}|}}},||||,,||,.||}....,|{{((((({((({,...,}}},..,,|||}}||.{{{...........}})..}}},))),)|{||||}.....}),))))}}}}...{||||||}|.{{||||.,,.{{(({,,,{{((((((((((((((((((....))))..)))))))))))}...{,{{{.......))).,,.......,.,(((,.......,)))},.,..{{{|...}))))},})))}),))))),|,,{||..,....,}},}}}...,({{,,{(((...,}}},..},)).,,,,})))))))))},,,},...))))..))))))))))))))))).)))..)))))..|||.....,,|,.(({{{....,,))}}},,}..))))))..))))))).)))))).....{(((.((((.((((((((((......)))))...))))).)).)).))))....|{{,..,,..,((((((((......)))))))){((((((((....(((.....)))...)))))))))))),,,.)))))))))))))))..)))),.........{{(((((......))))).}},,{(((((....)))))),..)))))))))))..............))))))...)))))))))...,}...))))))))),...,,,.{{{{((((,{{({{....))))}.))}}|||||..,||,...}))})})))).)))))))}
Back