Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002467.6
Sequence Length
3721 nt
GC Content
0.4878
AACUCGCUGUAGUAAUUCCAGCGAGAGGCAGAGGGAGCGAGCGGGCGGCCGGCUAGGGUGGAAGAGCCGGGCGAGCAGAGCUGCGCUGCGGGCGUCCUGGGAAGGGAGAUCCGGAGCGAAUAGGGGGCUUCGCCUCUGGCCCAGCCCUCCCGCUGAUCCCCCAGCCAGCGGUCCGCAACCCUUGCCGCAUCCACGAAACUUUGCCCAUAGCAGCGGGCGGGCACUUUGCACUGGAACUUACAACACCCGAGCAAGGACGCGACUCUCCCGACGCGGGGAGGCUAUUCUGCCCAUUUGGGGACACUUCCCCGCCGCUGCCAGGACCCGCUUCUCUGAAAGGCUCUCCUUGCAGCUGCUUAGACGCUGGAUUUUUUUCGGGUAGUGGAAAACCAGCAGCCUCCCGCGACGAUGCCCCUCAACGUUAGCUUCACCAACAGGAACUAUGACCUCGACUACGACUCGGUGCAGCCGUAUUUCUACUGCGACGAGGAGGAGAACUUCUACCAGCAGCAGCAGCAGAGCGAGCUGCAGCCCCCGGCGCCCAGCGAGGAUAUCUGGAAGAAAUUCGAGCUGCUGCCCACCCCGCCCCUGUCCCCUAGCCGCCGCUCCGGGCUCUGCUCGCCCUCCUACGUUGCGGUCACACCCUUCUCCCUUCGGGGAGACAACGACGGCGGUGGCGGGAGCUUCUCCACGGCCGACCAGCUGGAGAUGGUGACCGAGCUGCUGGGAGGAGACAUGGUGAACCAGAGUUUCAUCUGCGACCCGGACGACGAGACCUUCAUCAAAAACAUCAUCAUCCAGGACUGUAUGUGGAGCGGCUUCUCGGCCGCCGCCAAGCUCGUCUCAGAGAAGCUGGCCUCCUACCAGGCUGCGCGCAAAGACAGCGGCAGCCCGAACCCCGCCCGCGGCCACAGCGUCUGCUCCACCUCCAGCUUGUACCUGCAGGAUCUGAGCGCCGCCGCCUCAGAGUGCAUCGACCCCUCGGUGGUCUUCCCCUACCCUCUCAACGACAGCAGCUCGCCCAAGUCCUGCGCCUCGCAAGACUCCAGCGCCUUCUCUCCGUCCUCGGAUUCUCUGCUCUCCUCGACGGAGUCCUCCCCGCAGGGCAGCCCCGAGCCCCUGGUGCUCCAUGAGGAGACACCGCCCACCACCAGCAGCGACUCUGAGGAGGAACAAGAAGAUGAGGAAGAAAUCGAUGUUGUUUCUGUGGAAAAGAGGCAGGCUCCUGGCAAAAGGUCAGAGUCUGGAUCACCUUCUGCUGGAGGCCACAGCAAACCUCCUCACAGCCCACUGGUCCUCAAGAGGUGCCACGUCUCCACACAUCAGCACAACUACGCAGCGCCUCCCUCCACUCGGAAGGACUAUCCUGCUGCCAAGAGGGUCAAGUUGGACAGUGUCAGAGUCCUGAGACAGAUCAGCAACAACCGAAAAUGCACCAGCCCCAGGUCCUCGGACACCGAGGAGAAUGUCAAGAGGCGAACACACAACGUCUUGGAGCGCCAGAGGAGGAACGAGCUAAAACGGAGCUUUUUUGCCCUGCGUGACCAGAUCCCGGAGUUGGAAAACAAUGAAAAGGCCCCCAAGGUAGUUAUCCUUAAAAAAGCCACAGCAUACAUCCUGUCCGUCCAAGCAGAGGAGCAAAAGCUCAUUUCUGAAGAGGACUUGUUGCGGAAACGACGAGAACAGUUGAAACACAAACUUGAACAGCUACGGAACUCUUGUGCGUAAGGAAAAGUAAGGAAAACGAUUCCUUCUAACAGAAAUGUCCUGAGCAAUCACCUAUGAACUUGUUUCAAAUGCAUGAUCAAAUGCAACCUCACAACCUUGGCUGAGUCUUGAGACUGAAAGAUUUAGCCAUAAUGUAAACUGCCUCAAAUUGGACUUUGGGCAUAAAAGAACUUUUUUAUGCUUACCAUCUUUUUUUUUUCUUUAACAGAUUUGUAUUUAAGAAUUGUUUUUAAAAAAUUUUAAGAUUUACACAAUGUUUCUCUGUAAAUAUUGCCAUUAAAUGUAAAUAACUUUAAUAAAACGUUUAUAGCAGUUACACAGAAUUUCAAUCCUAGUAUAUAGUACCUAGUAUUAUAGGUACUAUAAACCCUAAUUUUUUUUAUUUAAGUACAUUUUGCUUUUUAAAGUUGAUUUUUUUCUAUUGUUUUUAGAAAAAAUAAAAUAACUGGCAAAUAUAUCAUUGAGCCAAAUCUUAAGUUGUGAAUGUUUUGUUUCGUUUCUUCCCCCUCCCAACCACCACCAUCCCUGUUUGUUUUCAUCAAUUGCCCCUUCAGAGGGUGGUCUUAAGAAAGGCAAGAGUUUUCCUCUGUUGAAAUGGGUCUGGGGGCCUUAAGGUCUUUAAGUUCUUGGAGGUUCUAAGAUGCUUCCUGGAGACUAUGAUAACAGCCAGAGUUGACAGUUAGAAGGAAUGGCAGAAGGCAGGUGAGAAGGUGAGAGGUAGGCAAAGGAGAUACAAGAGGUCAAAGGUAGCAGUUAAGUACACAAAGAGGCAUAAGGACUGGGGAGUUGGGAGGAAGGUGAGGAAGAAACUCCUGUUACUUUAGUUAACCAGUGCCAGUCCCCUGCUCACUCCAAACCCAGGAAUUCUGCCCAGUUGAUGGGGACACGGUGGGAACCAGCUUCUGCUGCCUUCACAACCAGGCGCCAGUCCUGUCCAUGGGUUAUCUCGCAAACCCCAGAGGAUCUCUGGGAGGAAUGCUACUAUUAACCCUAUUUCACAAACAAGGAAAUAGAAGAGCUCAAAGAGGUUAUGUAACUUAUCUGUAGCCACGCAGAUAAUACAAAGCAGCAAUCUGGACCCAUUCUGUUCAAAACACUUAACCCUUCGCUAUCAUGCCUUGGUUCAUCUGGGUCUAAUGUGCUGAGAUCAAGAAGGUUUAGGACCUAAUGGACAGACUCAAGUCAUAACAAUGCUAAGCUCUAUUUGUGUCCCAAGCACUCCUAAGCAUUUUAUCCCUAACUCUACAUCAACCCCAUGAAGGAGAUACUGUUGAUUUCCCCAUAUUAGAAGUAGAGAGGGAAGCUGAGGCACACAAAGACUCAUCCACAUGCCCAAGAUUCACUGAUAGGGAAAAGUGGAAGCGAGAUUUGAACCCAGGCUGUUUACUCCUAACCUGUCCAAGCCACCUCUCAGACGACGGUAGGAAUCAGCUGGCUGCUUGUGAGUACAGGAGUUACAGUCCAGUGGGUUAUGUUUUUUAAGUCUCAACAUCUAAGCCUGGUCAGGCAUCAGUUCCCCUUUUUUUGUGAUUUAUUUUGUUUUUAUUUUGUUGUUCAUUGUUUAAUUUUUCCUUUUACAAUGAGAAGGUCACCAUCUUGACUCCUACCUUAGCCAUUUGUUGAAUCAGACUCAUGACGGCUCCUGGGAAGAAGCCAGUUCAGAUCAUAAAAUAAAACAUAUUUAUUCUUUGUCAUGGGAGUCAUUAUUUUAGAAACUACAAACUCUCCUUGCUUCCAUCCUUUUUUACAUACUCAUGACACAUGCUCAUCCUGAGUCCUUGAAAAGGUAUUUUUGAACAUGUGUAUUAAUUAUAAGCCUCUGAAAACCUAUGGCCCAAACCAGAAAUGAUGUUGAUUAUAUAGGUAAAUGAAGGAUGCUAUUGCUGUUCUAAUUACCUCAUUGUCUCAGUCUCAAAGUAGGUCUUCAGCUCCCUGUACUUUGGGAUUUUAAUCUACCACCACCCAUAAAUCAAUAAAUAAUUACUUUCUUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1179.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1246.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 854.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((.........)))))))...(((((((((.(((((((((...((((.((((((.((.(((((((((((((((((.((..((((..((...((((((((......((((((....(((((((..(((...)))..)))))))((((((..........))))))...((((...))))))).))).........(((.....)))(((((.(((((((((((..(((............))).)))))).((((.(......).))))((((((((.............(((((....)))))((.(((((.((((...((((.......))))..)))).))))).))......(((((.((((((.(.....).)))))))))))))))))))((((((.((.....)).)))).))....((....)).......((((((....)))...)))(((((((.((((((.((((....(((((.....)))))....))))..(((((.......))))).(((...)))..((((.........)))).)))))).)).))))))))))..))))))))).))))...))..))))..)))))))))))))))).....(((((.(((...)))..((((((....)))))))))))..((((((((((((((((.(((((((.........((((((((((((.(((.(.(((..(((.(((((.(((....)))..))))).)))))).).)))..((.((.....)).)).....))))))).))))).......))))))).)))))))..))))))))).((((..((...))..))))))))).......((((((.(((.......)))))))))......))))))..))))....)))))))))(((.(((((((((....((((...((((((.((....)))))))).))))..(((((....).)))).......(((((((....(.((((((..(((...((((.((((...)))).))))...))).(((((.(((.((((((((.((.(((((((((.....))))...........((((........)))).(((((((((....)))).))))).........))))).)).)))))))))))...))))).((((((.......((.(..((((((((((....((..(((((((.((((.....)))))))))))..)).(((((....))))))))))).))))..).)).(((....))).)))))).(((((((..(((....................)))..)))))))(((((....)).)))......)))))))..))))))))))))))))..)))...(((..((((((((((((((((.((............(((((.((.(((((((((...))))))).........((((((.........))))))((.((((.((.((.((((.(((((.......))))))))).))))))))..))....)).)).)))))...........((((((((((.(((..((........))..)))((((........))))((((...(((((((((....((((((.(((((((((.((.(((((((......)))))))..(((((((.....((((..((((((....(((......(((.((..(((..((.((((((.....))))))))...(((((((....(((((.((((.....((((((.......(((((......))))).....(((....((((((((((((........))))))))))))...)))......((.......))....((((((((((((....))))))))))))...............((((((((((..(((((((((..((((((((((((....))))))).....))))).....(((((....(((((...(((((((................)))))))..)))))...)))))............((.(((((((((((......))))))))))).))...............))))))))).))))....)))))).....(((((((((.......))))))))).........((((..(........)..)))).....)))))))))).))))).....)))))))......)))..))))).....)))))))))))))...))))))).)))))))))))...(((((....)))))..)))))))))))))))...))))...))))))))))..((((((((((((((((((...))))))).)))...)))))))).......((((....)))).........(((.....((((.(((..(((((((((.((..((.((((((.(((((.(((((.(((..(((((((.(((((((..((((((((((((...(((((((.(..((((....((((((((((......))))..))))))......))))).)))))))..))))...(((.......)))....(.((((.....)))).)...((.((((((.(((....)))((((.....(((((((...((((.(((((((((((((....(((..((((((((...))))))).)...)))......))))))((((((.(......)))))))...((.(((...))).)).((((..((((((((......))))))))))))...(((((...((((((((...((((...))))...((((....((......))...))))....))))))))...))))).........(((((...))))).)))))))))))..((.(((....))))).((.(((..((((((((..(((................(((((..((((((.((......(((..((((((.(....))))))).)))....)).))))))))))).)))..)).)))))))))))..(((((...(((..............)))....)))))...((((((((((((((((((((..((((((.(((......(((((.((.((..((....))..))...)).)))))......).))..)))))).))))))...)))))........))))))))).........))))))).))))....)))))))).))))))))........................((((((((..((.......))..))))))))..((...))..))))))).))))))).))).))))).......((((((((((((((.((....)).))))..............((((((.....))))))....)))))..))))).....................))))))))))))).))))))))))).........(((((((.(((....((..((((...))))..))..))).)))))))...........)))))))....))).(((......)))....)).))))))))....((((((....(((((((....)).)))))..))))))...)))))))).)))...((((((.......((((........)))).....))))))...........................))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((.........))))))),{{,(,(((((({((((((((({,,((((.((((((..(,(((((((((((((((((.((..(((({((..,,(((,,(((.,,,{.((((((....(((((((..(((...)))..)))))))((((((..........))))))...(((,...})))))).)))..,......|||.....|||(,((({(((,,((((((.,,((...........,)}).)))))).((((.,......).))))((((((((.............(((((....)))))((.(((((.((((...{(((.......}))}..)))).))))).))......(((((.,{(((({(.....,,)))))))))))))))))))((((((.({.....)}.)))}.)).,,.,,....}).......,||(((....))}..,||{(((((((,.(({((.((((..,.{((((,....})))).,,.)},)|,|{||,,,.}},.))))),{||...|||,.,((({..{{,,.{||,,.))),))}),.))))}})))}..)))))))))}),})}.,).))))))..)))))))))))))))).....{((((.{(|...})),.((((((....)))))))}}))..((((((((((((((((.(((((((......,..((((((((((((.(((.(.(((..(({.(((((.(((....)))..))))).)))))).).)))..{{.((,...,)).)).....))))))).)))))..,,}..))))))).)))))))}.))))))))).{{(({.{{...))}.))))))))}.....{.((((((.(((.......))))))))).,....)))))),,||||...{|}}}})))}(((.(((((((((....((((...((((((.((....)))))))).)))}..(((((....).)))).......(((((((....(.((((((..(((...((((.((((...)))).))))...))).(((((.(((.((((((((.((.((((((((((({..(((((.......,,.((((........)))).,)).))))).})))))),..............})))).)).)))))))))))...))))).((((((.,.....,,.{..((((((((((....((..(((((({,((((.....)))))))))))..)).(((((....))))))))))).)))).,)})),{{{....}}){||||},.(((((((..(((............,.......)))..))))))){{(((....))}})),,....))))))}..))))))))))))))))..)))...(((..((((((({((((((((.{,.........,..(((((.((.(((((((((...)))))))....{{{...,|||{.........,||||{((.((({,((.((.,(((.(((((.......)))))}))).))))))))..)))},,}).)).)))))...........(((((((((({((,..,,..}}}}......||,,,,{,.......||}|{({{...,|{{{||||{,...,((((,{(((|,.(({(({{(({(((,{{{{.|||||||,,(({(((({{{{,{,,,.{{{.,,({{.,(({.,..,{{({.{,{{((({..({,,,,,..}}..))))))},.|}|||,..|}}},{|||,.|||....}}|...}}})))),.(((((......)))))...{{((({{..((((((((((((........))))))))))))...,||....,|{,..,....||,...((((((((((({....})))))))))))..,,,|...,,{{{,.,..{(({{,{{(,,,,,,{|}}||||||,,,|||,,,.,||||||{,,.,,||||{,,,,({(((,...{((((...{((((((................))))))),.))))),,,)})))............((.(((((((((((......))))))))))).))...,.......,,,.,,|||||,,.,,}|||,..,,,||{{|..(((((((((.......))))))))).....},,,||||,,{......,}),.)}))..,,}}}}))))))).})))))}},}))))}}),,,....,,........{(((((((((...|,..........,)......))).))))))}{{{....}))))}}})),,,))))))}},},,))))),.})))))))))..{{{{{{{{{{{{(({(({,,,}}}}))).)))}.{||}}||||.{{....,,,,},.,)))}.}}},,,,.{({..,..(((,{(((..(((((((((.((..((.(((({{{(((((.(((((.(({..(((((((.(((((((..{(((((((((((,,,((({{(({({,((((,.{{((((((((((......)))}.,}}))))..,,..}}}}|,}}}}}}|,,}}}}|,,{|{.....,,|},...,|,{{{|,,,..})))||,..{{{(({{{||{{{...,|}|((((.....(((((((...((({{((((((((((((,....(((..((((((((...))))))).)...)))......,,,}}(((((((.(......))))))))..((.(((...))).)).((((..((((((((......))))))))))))...(((((...((((((((...{(({...,})}...{(((....((......))...)))}....))))))))...))))),{,,,....,||||}..))))).}))))))))))..{{,{{,....}}||}.,|,{,,.,{((((({{,.{((.,.....|},......(((((..((((((.((......(((..((((((.(....))))))).)))....)).))))))))))).))),.)),)))}}}}}}}}..(((((...(((............,.)))....))))).,.((((((((((((((((((((..((((((..,{,.,,,,(((((.((.((..((....))..))...)).)))))...,}.}}),..)))))).))))))...)))))........})))))))).........))))))).))))}.},))))))),.)))))))).,,,..,,,,,.............{(((((((..{{.......,}..)))))))}..{{...,,..))))))).))))))).))).))))).......((((((((((((((.((....)).))))......,,.....,((((,,.....)))))}....)))))},)}))).....................))))))))))))).))))))))))).........(((((((.(((....((..((((...})))..))..))).)))))))...........)))))))....))).|||},....}}}....}).)))))))}....((((((.,..(((((((....)).))))).,))))))...)))))))).))).,,{{,||,,....}}}}))).}.))}{|||,................}}},....{{{{..,,......,,)),,))),
Back