Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002584.3
Sequence Length
2420 nt
GC Content
0.6182
AACACUUUUGCACAACUUACCCAGCUGAUCACUCGCGCCCCCUCGCUUUUCCAUUUCUCUUUCCCCAACCCCGUCACCCCCUGUCUCCUCCGUCCAGCCCUGAAACCCGAGGAGGCUCCUUCUUCCGUCUGUCCCCGGGUCUCCUAGGGGACGGGGCUGUGAAAGCUGGUGUGGAGGGAGAAGCGAGUGUGGUCCGGAGAAAGAAGGCGUGGAGAAGAGGGAGGGAGCGAGAGCGAGAGAAUAAAUAUAUAAAUAAAUACGAGAACGAAAUCCACUCCGCAGUCUCCGGGCUCGGAAACUUUGGCCCCGAGCGCCAGAGCGCCAGAGCGCGAGAGCGCGGCGCUCGCCACUCUGAGGCUGGCGGCCUCGAUUCCGGCCGCGUUCCCCCGGCCCCCCUCCGCCGCGGGGCCUGGUCUCCGGGUUCUGCCAGGCGCAUCAGCCCGCACAACUUCUGGCCGAGGCCAGCCGGCAGAGGCGGACUUGGGGUUGGAGUGUUUGUUUGUUUGAACUUCCUCGUCGUCGCCACCUUCCCUCCCCCCAACCUCCACCCCACCUCACCCCCCUCCCCAGCUUCUGGACGCGUUUGACUGCAGCCAGGGGUGGGGGGUGGGGGUAGGGAGUGUGUGUGGAGGGGAGGGAGAAGAGGUUAAAAAAAAGAAGACGAAGAAGACGGAAAGAAAGAGAUCGCAGCAGGGGUGAAGGGAGCGGACGGGAAGCGAUUUUUGCCGACUUUGGAUUCGUCCCCGGCGUGCGCAAGAAUGGCGGCCCUUCCCGGCACGGUACCGAGAAUGAUGCGGCCGGCUCCGGGGCAGAACUACCCCCGCACGGGAUUCCCUUUGGAAGUGUCCACCCCGCUUGGCCAAGGCCGGGUCAAUCAGCUGGGAGGGGUCUUCAUCAAUGGGCGACCCCUGCCUAACCACAUCCGCCACAAGAUAGUGGAGAUGGCCCACCAUGGCAUCCGGCCCUGUGUCAUCUCCCGACAGCUGCGUGUCUCCCACGGCUGCGUCUCCAAGAUUCUUUGCCGCUACCAGGAGACCGGGUCCAUCCGGCCUGGGGCCAUCGGCGGCAGCAAGCCCAGACAGGUGGCGACUCCGGAUGUAGAGAAAAAGAUUGAGGAGUACAAGAGGGAAAACCCAGGCAUGUUCAGCUGGGAGAUCCGGGACAGGCUGCUGAAGGAUGGGCACUGUGACCGAAGCACUGUGCCCUCAGGUUUAGUGAGUUCGAUUAGCCGCGUGCUCAGAAUCAAGUUCGGGAAGAAAGAGGAGGAGGAUGAAGCGGACAAGAAGGAGGACGACGGCGAAAAGAAGGCCAAACACAGCAUCGACGGCAUCCUGGGCGACAAAGGGAACCGGCUGGACGAGGGCUCGGAUGUGGAGUCGGAACCUGACCUCCCACUGAAGCGCAAGCAGCGACGCAGUCGGACCACAUUCACGGCCGAGCAGCUGGAGGAGCUGGAGAAGGCCUUUGAGAGGACCCACUACCCAGACAUAUACACCCGCGAGGAGCUGGCGCAGAGGACCAAGCUGACAGAGGCGCGUGUGCAGGUCUGGUUCAGUAACCGCCGCGCCCGUUGGCGUAAGCAGGCAGGAGCCAACCAGCUGGCGGCGUUCAACCACCUUCUGCCAGGAGGCUUCCCACCCACCGGCAUGCCCACGCUGCCCCCCUACCAGCUGCCGGACUCCACCUACCCCACCACCACCAUCUCCCAAGAUGGGGGCAGCACUGUGCACCGGCCUCAGCCCCUGCCACCGUCCACCAUGCACCAGGGCGGGCUGGCUGCAGCGGCUGCAGCCGCCGACACCAGCUCUGCCUACGGAGCCCGCCACAGCUUCUCCAGCUACUCUGACAGCUUCAUGAAUCCGGCGGCGCCCUCCAACCACAUGAACCCGGUCAGCAACGGCCUGUCUCCUCAGGUGAUGAGCAUCUUGGGCAACCCCAGUGCGGUGCCCCCGCAGCCACAGGCUGACUUCUCCAUCUCCCCGCUGCAUGGCGGCCUGGACUCGGCCACCUCCAUCUCAGCCAGCUGCAGCCAGCGGGCCGACUCCAUCAAGCCAGGAGACAGCCUGCCCACCUCCCAGGCCUACUGCCCACCCACCUACAGCACCACCGGCUACAGCGUGGACCCCGUGGCCGGCUAUCAGUACGGCCAGUACGGCCAGAGUGAGUGCCUGGUGCCCUGGGCGUCCCCCGUCCCCAUUCCUUCUCCCACCCCCAGGGCCUCCUGCUUGUUUAUGGAGAGCUACAAGGUGGUGUCAGGGUGGGGAAUGUCCAUUUCACAGAUGGAAAAAUUGAAGUCCAGCCAGAUGGAACAGUUCACCUAAAAUGACACUGAGUUGGGCAAAACCCAGGACAUCUCCUGGCUAAGCCUCUGCUUCCGUACUAUGGCUCCAACAGAAAUAAAAUACACAACACAAAUAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1009.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1045.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 604.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((.((.((.....)).))....(((((.(((.(((.(((((((((.((((((((.((....(((.(((.(.((.(((((((((((((((((((...(((.(((((((((..................))))))))).)))..)))))))).)).........)))).))))))).).))))))...)).))))).))).))))))))).))).))).))))).)))))))....................................((((.((((....)))))))).((((((((((((((((((.(((((((...((((....)))))))))))(((.......)))..((((((........))))))...((((((((........)))).))))(((((...))))).((((((.(((((.((.(((.(........).))).)).))..)))))))))))))..))))))))))))))((((((((((.....((((.(((((.((...(((((..(((((.((..((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((..(((......)))..)))))))))))))).)))))).))).))).).))))))))).)))))..))))).........)).))))).)))).(((((((((.((((.((((((.((((.(((.(.(((...(((((.((.((((((((..((.((((........)))).))..)))))))).))(((((((((((((.((....)).((.((((.(((((((((.(((((..(((((.(((((....))).........)).))).))..)))))...))))..))))).)))).)).)))))))))))))........((((((.....)))))).(((((((........))).)))).((((((....((.(((.....))).)).)))))))))))...))).).).)).))).).)))))))))).....)))))).)))...((((((((((((((......(((((((((.....(((.(((((..((..(((.(((((((((.(((((............((((.(((((((.((...(((....((((((.(((((((.(((((......(((((((((((((((..((.((((((.(((.......))).)))))))).(((((((((.(((.((...(((((....((((((....(((.(((.((.....(((((((..((..((((.......((.(((((..((((......(((((...(((((.......((((.(.(((((......(((((((..((((..(((((...((((((((.(((((...))))).(((.((((...(((.....)))...)))).)))))))))))...((((..(((((((.((.((((((...((((((...)))).))......((((((...(((((.(((....(((((((......).)).)))).......))).)))))...))))))))))))..))((.(((((....)))))..)).(((....)))..))))))).)))).........)))))..))))..)).))))).((....))...))))).).)))).........((((((((......)).............((((((....)))))).)))))).)))))....))))).......))))..))))).))..((.((.(((((((((((.(((.(((((....))))).).))))))).))))))..)).))))))..)).)))))))..)).))).)))...))).))).....)))))....)).)))))).))))))...)))))...))))))))))))))).)))...))))))))))....)))..(((((.....)))))(((...)))))))))))).))))..(((((....))))).))))).)).)))))))...)))..))..))))).))).((((((.(.((((.........)))).).)))))).....)))))))))...(((((((((((((...((((((((((((((............))))))(((..(((.(..((((.....))))..).)))..)))....((((((((.((.......................)).))))))))((((...........))))........))))))))..))))))).....(((((((...)))))))..........((((......)))).(((((((.......))).))))...))))))..)))).))...))))))))...((((..(((....)))....))))..................)))).))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{(((({.,,.,,....,{{{{|....((((({{{(,({{.(((((((((.(((((((({((.,{{(,(.(((,{,((.(({((((((((((((((((...(((.((((((({(...,........,.....))))))))).)))..)))))))).))...|,||.,}}}}||||||||.|,||},))...)).))))),|||.})))}}}}}.}|),))}.))}|},|||||,|,,.......,{,,{{,,{{,,,.,,.,,....,,,,((((,((((,,.,|||||||}..,,,,{{{{||||||{||.(((((((...((((....))))))))))){{{.,,,.|.)))|,((((((........))))))...{((((((({{,..,,.||||.|||(((((({{.}|||||{,{((,.(((,,....|||.}}}.,,||,,,}}|||,}))}.}}))))}))))})}.}}}))))))))}))))))))}}}},,,..{{{{.|({((.{(...{((((,.((((({((..(((((((,,(((((((((((((((((((.(((((((..(({......}))..)))))))))))))).)))))).))).))).).))))))))).)))))..))))).........}}.))))).}}}}.(((((((((.((((.((((((.((((.(({.(.(((.,.((((,.((.((((((((..((.((((........)))).))..)))))))).))(((((((((((((.((....)}.((.((((.(((((((((.(((((..((,{{{(.,((,...|||...|}}..})).,))}))..)))))...))))..))))).)))).)).)))))))))))))........((((({.....)))))).{((((((..,.....}}}.)))),((((((.,,.,,.(((.....))).)),))))))))))).}.))).).).)).))).}.)))))))))).....)))))).))),,.((((({{{(((({{.....,|||||||{|,....(((.(((((..((..(((.(((((((((.(((((............((((.(((((((.,....(((....((((((.(((((((,(({{(,,....(((((((((((((((..{{.((((((.(((.,....,))).))))))}}.(((((((((.(((.((...(((((..{.((({{,....(((,(((.((.....(((((((..((..((((.......((.(((((..((((......(((((...(((((.......((((({(((({.......(((((((..((((..(((((...((((((((.(((((...))))).(((.((((...(((.....)))...)))).)))))))))))..,((((..(((((((.((.((((({,..((((((...)))).))..||..((((((...(((((.(((....(((((((......).))}}))).......))).)))))...)))))),}})))..||((,(((((....)))))..}}.{{{....)))..))))))).)))),,.......)))))..))))..)).))))).,},.,,)).)))))...|{||||{,,......|,||,,((......,,.............{(((((....))))))))))))).)))))....))))).......))))..))))).))..((.((.(((((((((((.(((.(((((....))))).).))))))).))))))..)).))))))..)).)))))))..)).)))}}}}.},))).)))..,..)))))....)).)))))).))))))...))))),..}))))))))))))}),),,,}}))))))))))....)))..{((((.....))))|(((...))))}))))))).))))..{{(((,,..})))).))))).))}}))))))...)))..))..))))).))).((((((.(.((((.........)))).).))))))....,}))))}))),..|(((({,{((((,...((((((((((({((.{.{.{,.,,|,}}||||(((..(((.(..((((.....))))..).))),,))).})})}|,}))),|,...,}},,||||,,|||}|||||{||}}}}}{||{{||.,.........)))),)},....))})))),..)))))))}},..((((((,...}))))))..........((((......)))}.{{{{{{{.......})).)))),}})))))}..},||{||,..}}))))))...((((..{({....}}}....))))....,,,..........................
Back