Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002592.2
Sequence Length
1355 nt
GC Content
0.4509
GGAUGGCCGGAGCUGGCGCCCUGGUUCUGGAGGUAACCGGUUACUGAGGGCGAGAAGCGCCACCCGGAGGCUCUAGCCUGACAAAUGCUUGCUGACCUGGGCCAGAGCUCUUCCCUUACGCAAGUCUCAGCCGGUCGUCGCGACGUUCGCCCGCUCGCUCUGAGGCUCCUGAAGCCGAAACCAGCUAGACUUUCCUCCUUCCCGCCUGCCUGUAGCGGCGUUGUUGCCACUCCGCCACCAUGUUCGAGGCGCGCCUGGUCCAGGGCUCCAUCCUCAAGAAGGUGUUGGAGGCACUCAAGGACCUCAUCAACGAGGCCUGCUGGGAUAUUAGCUCCAGCGGUGUAAACCUGCAGAGCAUGGACUCGUCCCACGUCUCUUUGGUGCAGCUCACCCUGCGGUCUGAGGGCUUCGACACCUACCGCUGCGACCGCAACCUGGCCAUGGGCGUGAACCUCACCAGUAUGUCCAAAAUACUAAAAUGCGCCGGCAAUGAAGAUAUCAUUACACUAAGGGCCGAAGAUAACGCGGAUACCUUGGCGCUAGUAUUUGAAGCACCAAACCAGGAGAAAGUUUCAGACUAUGAAAUGAAGUUGAUGGAUUUAGAUGUUGAACAACUUGGAAUUCCAGAACAGGAGUACAGCUGUGUAGUAAAGAUGCCUUCUGGUGAAUUUGCACGUAUAUGCCGAGAUCUCAGCCAUAUUGGAGAUGCUGUUGUAAUUUCCUGUGCAAAAGACGGAGUGAAAUUUUCUGCAAGUGGAGAACUUGGAAAUGGAAACAUUAAAUUGUCACAGACAAGUAAUGUCGAUAAAGAGGAGGAAGCUGUUACCAUAGAGAUGAAUGAACCAGUUCAACUAACUUUUGCACUGAGGUACCUGAACUUCUUUACAAAAGCCACUCCACUCUCUUCAACGGUGACACUCAGUAUGUCUGCAGAUGUACCCCUUGUUGUAGAGUAUAAAAUUGCGGAUAUGGGACACUUAAAAUACUACUUGGCUCCCAAGAUCGAGGAUGAAGAAGGAUCUUAGGCAUUCUUAAAAUUCAAGAAAAUAAAACUAAGCUCUUUGAGAACUGCUUCUAAGAUGCCAGCAUAUACUGAAGUCUUUUCUGUCACCAAAUUUGUACCUCUAAGUACAUAUGUAGAUAUUGUUUUCUGUAAAUAACCUAUUUUUUUCUCUAUUCUCUGCAAUUUGUUUAAAGAAUAAAGUCCAAAGUCAGAUCUGGUCUAGUUAACCUAGAAGUAUUUUUGUCUCUUAGAAAUACUUGUGAUUUUUAUAAUACAAAAGGGUCUUGACUCUAAAUGCAGUUUUAAGAAUUGUUUUUGAAUUUAAAUAAAGUUACUUGAAUUUCAAACAUCA

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-383.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -408.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 320.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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