Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002627.5
Sequence Length
2626 nt
GC Content
0.5784
AUUGCCUGCUGCGCACCCGGACGUGCGGCUCCCCUCGGCCUCCUCGCCAUGGACGCGGACGACUCCCGGGCCCCCAAGGGCUCCUUGCGGAAGUUCCUGGAGCACCUCUCCGGGGCCGGCAAGGCCAUCGGCGUGCUGACCAGCGGCGGGGAUGCUCAAGGUAUGAACGCUGCCGUCCGUGCCGUGGUGCGCAUGGGUAUCUACGUGGGGGCCAAGGUGUACUUCAUCUACGAGGGCUACCAGGGCAUGGUGGACGGAGGCUCAAACAUCGCAGAGGCCGACUGGGAGAGUGUCUCCAGCAUCCUGCAAGUGGGCGGGACGAUCAUUGGCAGUGCGCGGUGCCAGGCCUUCCGCACGCGGGAAGGCCGCCUGAAGGCUGCUUGCAACCUGCUGCAGCGCGGCAUCACCAACCUGUGUGUGAUCGGCGGGGACGGGAGCCUCACCGGGGCCAACCUCUUCCGGAAGGAGUGGAGUGGGCUGCUGGAGGAGCUGGCCAGGAACGGCCAGAUCGAUAAGGAGGCCGUGCAGAAGUACGCCUACCUCAACGUGGUGGGCAUGGUGGGCUCCAUCGACAAUGAUUUCUGCGGCACCGACAUGACCAUCGGCACGGACUCCGCCCUGCACAGGAUCAUCGAGGUCGUCGACGCCAUCAUGACCACGGCCCAGAGCCACCAGAGGACCUUCGUUCUGGAGGUGAUGGGACGACACUGUGGGUACCUGGCCCUGGUGAGUGCCUUGGCCUGCGGUGCGGACUGGGUGUUCCUUCCAGAAUCUCCACCAGAGGAAGGCUGGGAGGAGCAGAUGUGUGUCAAACUCUCGGAGAACCGUGCCCGGAAAAAAAGGCUGAAUAUUAUUAUUGUGGCUGAAGGAGCAAUUGAUACCCAAAAUAAACCCAUCACCUCUGAGAAAAUCAAAGAGCUUGUCGUCACGCAGCUGGGCUAUGACACACGUGUGACCAUCCUCGGGCACGUGCAGAGAGGAGGGACCCCUUCGGCAUUCGACAGGAUCUUGGCCAGCCGCAUGGGAGUGGAGGCAGUCAUCGCCUUGCUAGAGGCCACCCCGGACACCCCAGCUUGCGUCGUGUCACUGAACGGGAACCACGCCGUGCGCCUGCCGCUGAUGGAGUGCGUGCAGAUGACUCAGGAUGUGCAGAAGGCGAUGGACGAGAGGAGAUUUCAAGAUGCGGUUCGACUCCGAGGGAGGAGCUUUGCGGGCAACCUGAACACCUACAAGCGACUUGCCAUCAAGCUGCCGGAUGAUCAGAUCCCAAAGACCAAUUGCAACGUAGCUGUCAUCAACGUGGGGGCACCCGCGGCUGGGAUGAACGCAGCCGUACGCUCAGCUGUGCGCGUGGGCAUUGCCGACGGCCACAGGAUGCUCGCCAUCUAUGAUGGCUUUGACGGCUUCGCCAAGGGCCAGAUCAAAGAAAUCGGCUGGACAGAUGUCGGGGGCUGGACCGGCCAAGGAGGCUCCAUUCUUGGGACAAAACGCGUUCUCCCGGGGAAGUACUUGGAAGAGAUCGCCACACAGAUGCGCACGCACAGCAUCAACGCGCUGCUGAUCAUCGGUGGAUUCGAGGCCUACCUGGGACUCCUGGAGCUGUCAGCCGCCCGGGAGAAGCACGAGGAGUUCUGUGUCCCCAUGGUCAUGGUUCCCGCUACUGUGUCCAACAAUGUGCCGGGUUCCGAUUUCAGCAUCGGGGCAGACACCGCCCUGAACACUAUCACCGACACCUGCGACCGCAUCAAGCAGUCCGCCAGCGGAACCAAGCGGCGCGUGUUCAUCAUCGAGACCAUGGGCGGCUACUGUGGCUACCUGGCCAACAUGGGGGGGCUCGCGGCCGGAGCUGAUGCCGCAUACAUUUUCGAAGAGCCCUUCGACAUCAGGGAUCUGCAGUCCAACGUGGAGCACCUGACGGAGAAAAUGAAGACCACCAUCCAGAGAGGCCUUGUGCUCAGAAAUGAGAGCUGCAGUGAAAACUACACCACCGACUUCAUUUACCAGCUGUAUUCAGAAGAGGGCAAAGGCGUGUUUGACUGCAGGAAGAACGUGCUGGGUCACAUGCAGCAGGGUGGGGCACCCUCUCCAUUUGAUAGAAACUUUGGAACCAAAAUCUCUGCCAGAGCUAUGGAGUGGAUCACUGCAAAACUCAAGGAGGCCCGGGGCAGAGGAAAAAAAUUUACCACCGAUGAUUCCAUUUGUGUGCUGGGAAUAAGCAAAAGAAACGUUAUUUUUCAACCUGUGGCAGAGCUGAAGAAGCAAACGGAUUUUGAGCACAGGAUUCCCAAAGAACAGUGGUGGCUCAAGCUACGGCCCCUCAUGAAAAUCCUGGCCAAGUACAAGGCCAGCUAUGACGUGUCGGACUCAGGCCAGCUGGAACAUGUGCAGCCCUGGAGUGUCUGACCCAGUCCCGCCUGCAUGUGCCUGCAGCCACCGUGGACUGUCUGUUUUUGUAACACUUAAGUUAUUUUAUCAGCACUUUAUGCACGUAUUAUUGACAUUAAUACCUAAUCGGCGAGUGCCCAUCUGCCCCACCUGCUCCAGUGCGUGCUGUCUGUGGAGUGUGUCUCAUGCUUUCAGAUGUGCAUAUGAGCAGAAUUAAUUAAACAUUUGCCUAUGACUCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1027.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1069.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 734.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.((((((((((((((.(((((((.(((.(((.((((((((.(((.((.(((....)))))((((((..((((((((..((....))....))))).)))....))))))((((..(((...))).))))..)))..)))))))).)))..)))...))..)))))))))))......)))))))))))))).....(((((((((..((((..((((......))))..))))..)))..(((((..(.((((....((((.((((.((..(((((((..((...((((((..((((((......))))))(.((((.(((((((((((((((...((((((((.......))))))))...(((..((((((((((......))))).))))).)))....(((((..(((((((((((((..(((.(.....((((((.....(((((((((.((............)).)))))))))..(((((((.((((((...((......))))))))((((((((..(((((((.......)))))))..(((((...))))).......))))))))(((..((((..((((.((((((.((......)).)))..........)))))))))))..))).......((((((((((..(((.((((((........)))))).)))..))))......))))))...)))))))..(((((.((((((.((.(.(.((((((.((((.((((((((((((..(.(((......))))..)))))))))))).((((((((((......(((....))).((((.........(((((...........((((((.((..((((..(((((..............................)))))...)))).)))))))))))))))))..))))))))))....((.(((((..((....))...)))))))....((((((.....))).))).......)))))))))).).))).)))))).)))))(((((....)))))..))))))...))))..))).))))).)))))...))))).....))))))))).)))))).)))).).(.((((((.(((((((((((.(((.(..(((((......((.(((..((..............))..)))))........)))))..).))).))))).........(((.((((((.......((...((((......))))...)).......)))).)).)))))))))...(((((....)))))(((((.(.....).))))))))))).)..(((((..(((.(((...))).)))..)))))((((.....))))...(((..((((((((((((......))))).).))))))..)))(((((.(((..(((....((((((.((((((.....))))(((....)))........(((.(((((((((......)))))..)))).)))((((((((((.((((((...........))).))).((((((((((((...((((((((..(((((((((((.(.(((.((..((....))..))))).).)))))))..((((((((((((((.((((...(((....)))...((((.((((((((((((((.........(((((((.......)))))))................(((((((.((.....)).)).)).))))))))))...)))))))))))....)))).))))))))).))).))..(((((....)))))..(((((((((((((((((..........))))).............))))))(((..(.(((((..(((((........)))))...))))).)..)))........)).))))))))..))))))))..((((....))))..(((((((.(((..(((.((.((..((((...(((.....)))....))))..))....)).)))))).))))))).......((.(((((((...(((((.((((((...)))))).(((((((.((((...((((((..............)))))))))).)))))))...)))))...........))))))).))................)))))))))))).)))))))))).(((((((..((..((((..((((.(((((((.((((...))).).)))))))...))))..))))..)).....))))))).......((.(((((....))))).))((..((((......((((((........))))))......))))..)).....))))))))...)))))).)))))))))))...))..)))))))))..)))))))))))).)..)))))(((.(..(((((.....(((((......))))).....))).))....).)))((((((.......))))))......(((....)))......))))))((((((..(((((...((((((.((((((((...)))))))))))))))))))..))))))..............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((.((((((((((((((.(((((((.(((.(((.((((((((.(((.((,(((....|}}|}((((((..((((((((..{{,,..}}.},.))))).)))....)))))){{{,,.{{{..,))),)})}..)))..)))))))).))},.)))...)}..)}})))))})),.,,,.)))))))))))))).....(((((({{...(({(,,({{{...{{(((((((...(((..((((((((..(.((((....((((.((({.((,.(((((((..((...(((((({,((((((,..,,,}}||||{{((((,(((((((({((((((,,.((((((((.......)))))))){{{,,,..(((((,,(((....,,,))))}}}))),}},....{{{{{..{{{{{({((((((.{(((.{{((({(((((((({,{(({((((,,.,||,{,||,|{.||||,||||||||}{{((((....,,||||}}.{(.....||||}||||(({{{{||,|(((((((.......))))))).,{{{{|.,,)))))}.....,})))))))|||.||{{{..{{|{.|||||,,{{,,|}}}}}}},|,{{|}.||.,||}||||||}|,.}}}.}}}}},||{||{((((..(((.((((((........)))))).)))..))))..,,..))))))},..,)))))}}|||||,((((((.({{(.(.((((((.((((.((((((((((((..{.(((......)))}..)))))))))))|.((((((((((...,,,(((,,..|||.((((|,.......{((({{(((....})}}{{|||,{,.,({{{..{((,,...,,...........}}..||}|}}},...}},...,||||,|}}}}}}})})))))))..)))))))))).}..((.(((((..((....))...)))))})|..,({{(((,...,))).})).,...,.)))))))))).).))).)))))).}},,,(((((....)))))..,}}}}|,,,})}},|,,.,|}}}},|}}}},..}|||}.....}}))))|}}||||}}|,||||{|{({(({(({{(,((.,{{,({{({({({.,,((({{({{.(({((({.{..{{{,.,.{{{,{{,,..|||{......}}})}}}}},}.))).)}))),,.,)}....||..))}})))))..,},}}},|||},,}..}))),...}.,)}.))))},}}},|||||}}}}..||||{{.,,.)}}||(((((,(.,,..|.))))))),}||,},,|{{||.,|||,(((...))),)))}.}))))}}}))..{(((((...))))))((((({(((({......))))).}.))))),.....(((((.{({..{{(|.,.((((((.({{{((,,,||}}}}||,}}}}))),.......(((.(((((((((......)))))..)))).)))((((((((((.{{{{((...{{......))),))).((((((((((((...((((((((..((((({(((((,(.(({.{{..{{,,,,)),,),}||,|.}}}}}}},,|{({((((((((((,{(((..,(((....|||,,,{{{,,((((((((((((((.........(((((((.......)))))))................{{(((((.((.....)).))}})}.}})))))))...))))))))))}....,,,}.))))))))),))).,,.||((({....))))}.,||||||(((((((((((,.........))))).............)))))){((..(.(((((..(((((........)))))...))))).)..))}........,}.,)}}))))..)))))))).,((({....}}}).,{((((((,({,.,.{{.{{.((..((((...(((.....)))....))))..))....)),})|})),}}}}||}.......{|,{{{{{||.,,|||{(.((((((...)))))).(((((((.((((...((((((..............)))))))))).))))))).,.)))))...|||..,},))))))).))................)))))))))))).)))))))))).(((((((..((..((((..((({.(((((((.((((...))).).)))))))...})))..))))..)).....))))))).......((.(((((....))))).))((..((((......((((((........))))))......))))..)).....)))))))),,.,},))).)))))))))))...))..))))))),,}})))))))))))).)..))))))))..)))...)))))))||{{......}}},,.......(({,....}}}..((((((.......))))))......|||}}}})))}....,))))))((((((..(((({.,,,(((((.{(((((((...)))))))})))))))))))..))))))...........,,,......,,,.......
Back