Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002644.4
Sequence Length
4275 nt
GC Content
0.5387
GAGCAGAGUUUCAGUUUUGGCAGCAGCGUCCAGUGCCCUGCCAGUAGCUCCUAGAGAGGCAGGGGUUACCAACUGGCCAGCAGGCUGUGUCCCUGAAGUCAGAUCAACGGGAGAGAAGGAAGUGGCUAAAACAUUGCACAGGAGAAGUCGGCCUGAGUGGUGCGGCGCUCGGGACCCACCAGCAAUGCUGCUCUUCGUGCUCACCUGCCUGCUGGCGGUCUUCCCAGCCAUCUCCACGAAGAGUCCCAUAUUUGGUCCCGAGGAGGUGAAUAGUGUGGAAGGUAACUCAGUGUCCAUCACGUGCUACUACCCACCCACCUCUGUCAACCGGCACACCCGGAAGUACUGGUGCCGGCAGGGAGCUAGAGGUGGCUGCAUAACCCUCAUCUCCUCGGAGGGCUACGUCUCCAGCAAAUAUGCAGGCAGGGCUAACCUCACCAACUUCCCGGAGAACGGCACAUUUGUGGUGAACAUUGCCCAGCUGAGCCAGGAUGACUCCGGGCGCUACAAGUGUGGCCUGGGCAUCAAUAGCCGAGGCCUGUCCUUUGAUGUCAGCCUGGAGGUCAGCCAGGGUCCUGGGCUCCUAAAUGACACUAAAGUCUACACAGUGGACCUGGGCAGAACGGUGACCAUCAACUGCCCUUUCAAGACUGAGAAUGCUCAAAAGAGGAAGUCCUUGUACAAGCAGAUAGGCCUGUACCCUGUGCUGGUCAUCGACUCCAGUGGUUAUGUAAAUCCCAACUAUACAGGAAGAAUACGCCUUGAUAUUCAGGGUACUGGCCAGUUACUGUUCAGCGUUGUCAUCAACCAACUCAGGCUCAGCGAUGCUGGGCAGUAUCUCUGCCAGGCUGGGGAUGAUUCCAAUAGUAAUAAGAAGAAUGCUGACCUCCAAGUGCUAAAGCCCGAGCCCGAGCUGGUUUAUGAAGACCUGAGGGGCUCAGUGACCUUCCACUGUGCCCUGGGCCCUGAGGUGGCAAACGUGGCCAAAUUUCUGUGCCGACAGAGCAGUGGGGAAAACUGUGACGUGGUCGUCAACACCCUGGGGAAGAGGGCCCCAGCCUUUGAGGGCAGGAUCCUGCUCAACCCCCAGGACAAGGAUGGCUCAUUCAGUGUGGUGAUCACAGGCCUGAGGAAGGAGGAUGCAGGGCGCUACCUGUGUGGAGCCCAUUCGGAUGGUCAGCUGCAGGAAGGCUCGCCUAUCCAGGCCUGGCAACUCUUCGUCAAUGAGGAGUCCACGAUUCCCCGCAGCCCCACUGUGGUGAAGGGGGUGGCAGGAGGCUCUGUGGCCGUGCUCUGCCCCUACAACCGUAAGGAAAGCAAAAGCAUCAAGUACUGGUGUCUCUGGGAAGGGGCCCAGAAUGGCCGCUGCCCCCUGCUGGUGGACAGCGAGGGGUGGGUUAAGGCCCAGUACGAGGGCCGCCUCUCCCUGCUGGAGGAGCCAGGCAACGGCACCUUCACUGUCAUCCUCAACCAGCUCACCAGCCGGGACGCCGGCUUCUACUGGUGUCUGACCAACGGCGAUACUCUCUGGAGGACCACCGUGGAGAUCAAGAUUAUCGAAGGAGAACCAAACCUCAAGGUACCAGGGAAUGUCACGGCUGUGCUGGGAGAGACUCUCAAGGUCCCCUGUCACUUUCCAUGCAAAUUCUCCUCGUACGAGAAAUACUGGUGCAAGUGGAAUAACACGGGCUGCCAGGCCCUGCCCAGCCAAGACGAAGGCCCCAGCAAGGCCUUCGUGAACUGUGACGAGAACAGCCGGCUUGUCUCCCUGACCCUGAACCUGGUGACCAGGGCUGAUGAGGGCUGGUACUGGUGUGGAGUGAAGCAGGGCCACUUCUAUGGAGAGACUGCAGCCGUCUAUGUGGCAGUUGAAGAGAGGAAGGCAGCGGGGUCCCGCGAUGUCAGCCUAGCGAAGGCAGACGCUGCUCCUGAUGAGAAGGUGCUAGACUCUGGUUUUCGGGAGAUUGAGAACAAAGCCAUUCAGGAUCCCAGGCUUUUUGCAGAGGAAAAGGCGGUGGCAGAUACAAGAGAUCAAGCCGAUGGGAGCAGAGCAUCUGUGGAUUCCGGCAGCUCUGAGGAACAAGGUGGAAGCUCCAGAGCGCUGGUCUCCACCCUGGUGCCCCUGGGCCUGGUGCUGGCAGUGGGAGCCGUGGCUGUGGGGGUGGCCAGAGCCCGGCACAGGAAGAACGUCGACCGAGUUUCAAUCAGAAGCUACAGGACAGACAUUAGCAUGUCAGACUUCGAGAACUCCAGGGAAUUUGGAGCCAAUGACAACAUGGGAGCCUCUUCGAUCACUCAGGAGACAUCCCUCGGAGGAAAAGAAGAGUUUGUUGCCACCACUGAGAGCACCACAGAGACCAAAGAACCCAAGAAGGCAAAAAGGUCAUCCAAGGAGGAAGCCGAGAUGGCCUACAAAGACUUCCUGCUCCAGUCCAGCACCGUGGCCGCCGAGGCCCAGGACGGCCCCCAGGAAGCCUAGACGGUGUCGCCGCCUGCUCCCUGCACCCAUGACAAUCACCUUCAGAAUCAUGUCGAUCCUGGGGCCCUCAGCUCCUGGGGACCCCACUCCCUGCUCUAACACCUGCCUAGGUUUUUCCUACUGUCCUCAGAGGCGUGCUGGUCCCCUCCUCAGUGACAUCAAAGCCUGGCCUAAUUGUUCCUAUUGGGGAUGAGGGUGGCAUGAGGAGGUCCCACUUGCAACUUCUUUCUGUUGAGAGAACCUCAGGUACGGAGAAGAAUAGAGGUCCUCAUGGGUCCCUUGAAGGAAGAGGGACCAGGGUGGGAGAGCUGAUUGCAGAAAGGAGAGACGUGCAGCGCCCCUCUGCACCCUUAUCAUGGGAUGUCAACAGAAUUUUUCCCUCCACUCCAUCCCUCCCUCCCGUCCUUCCCCUCUUCUUCUUUCCUUCCAUCAAAAGAUGUAUUUGAAUUCAUACUAGAAUUCAGGUGCUUUGCUAGAUGCUGUGACAGGUAUGCCACCAACACUGCUCACAGCCUUUCUGAGGACACCAGUGAAAGAAGCCACAGCUCUUCUUGGCGUAUUUAUACUCACUGAGUCUUAACUUUUCACCAGGGGUGCUCACCUCUGCCCCUAUUGGGAGAGGUCAUAAAAUGUCUCGAGUCCUAAGGCCUUAGGGGUCAUGUAUGAUGAGCAUACACACAGGUAAUUAUAAACCCACAUUCUUACCAUUUCACACAUAAGAAAAUUGAGGUUUGGAAGAGUGAAGCGUUUUUCUUUUUCUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCUCACUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCAGGUUGACACCAUUCUCCUGCCUCACCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCAGCACGCCUGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCGCCUGCCUCUGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGUCCGGCCUCUUUUUUUCUUUUCUUUUUUUUGAGACAAAGUCUCACUGUGUCACCCAGACUGGAAUGCAGUGACACAAUCUCGGCUCACUGAAACCUCUGCCUUCCAGGUUCAAGCUAUUCUCAUGCCUCAGCCUCUCAAGUAGCUGGGACUACAGAUGUGGGCCACCAUGUCUGGCUAAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGUAGAGACAGGGUUUCGCCAUGUUGACGAGACUGGUCUCGAACUCCUGGCCUCAAGUGAUCUGCCGCCUCAGCUUCUCAAAGUACUGGGAUUAUAUAGGCAUGAGCCACUGAGCCUGGCCCUGAAGCGUUUUUCUCAAAGGCCCUCAGUGAGAUAAAUUAGAUUUGGCAUCUCCUGUCCUGGGCCAGGGAUCUCUCUACAAGAGCCCCUGCCCCUCUGUUGGAGGCACAGUUUUAGAAUAAGGAGGAGGAGGGAGAAGAGAAAAUGUAAAGGAGGGAGAUCUUUCCCAGGCCGCACCAUUUCUGUCACUCACAUGGACCCAAGAUAAAAGAAUGGCCAAACCCUCACAACCCCUGAUGUUUGAAGAGUUCCAAGUUGAAGGGAAACAAAGAAGUGUUUGAUGGUGCCAGAGAGGGGCUGCUCUCCAGAAAGCUAAAAUUUAAUUUCUUUUUUCCUCUGAGUUCUGUACUUCAACCAGCCUACAAGCUGGCACUUGCUAACAAAUCAGAAAUAUGACAAUUAAUGAUUAAAGACUGUGAUUGCCACCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1611.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1684.57
Frequency: 0.0000
Diversity: 1302.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((..(((.((((((((((((..(((.....))).))))).(((((((((........)))))))))......((((((((((((.((...(((((((((((((..((((((((((((((((((.......((((...(((((((((((((((((((......)))))))).)).(((((..(((..((((((((((......((...(((((.(.....))))))))....))))))))))..)))..))))).((((((((((((.....((((..((((.(...(((.....)))..).))))..))))(((((((((((..((((((...((((.....))))))))))....))..)))))))))...........))))))))))))..))))...))))).)))).......(((.((((.....((((((.....(((.....)))........)))))).....)))).)))..(((.(((....))).))))))))..((((((((((((...((((((.(((((((....(((((((((((....(((((.((((((((((.(.(((((................((((((...))))))..((((((...(((....)))..))))))(((((....))))).((((.....((((....)))).....))))....)))))).)))))).))))(((...)))(((.((((((..(.....)..))))))...))).......(((((((...)))))))...(((((((.((...((((.(((.((((.(((((.(((.(((((((((.....(((((((((((((.....((((.(((....)))..))))....)).)).)))))).))).....)))).......))))).))).))))).)))).)))))))(((((.(((((......))))).)))))..(((((((((((((.......))))....(((((....)))))(((((((((((((((.(((((....)))))....(((((((..((((((....))))))..((((((....))))))...)))))))(((.((((((((....((((.((((((.(...((..((((((((((((.(((.((((.((((....)))).))))....(((((((.((((.......)))).))).))))..(((((((.(((((((......)))))))((((...(((((...(((.......)))...))))).((((((.(((...(((((((((((.(((.(((((....)).)))...)))..)))))......((((.((((((....))))))))))...)))))).))).)))))).)))).((((.(((((.((((...(((((.......))))))))).))))))))).....)))))))....))).)))).))....)))))).)).).))))))(((((((((((((......)))))))))......))))....((((((..((.((..((((((...((.....((((....(((........)))..)))).....))...))))))..)).)).)))))).((((((((...((((((((((((........(((((.((.((((.((.....)).)))).)).))))).((((.((.((((((.((((...(((((...(((((((((.......)))))))))...((((.......)))).(((...(((.....))).)))...((((...)))))))))...)))))))))))).))))))))))..))))))...))).....))))))))).)))))))).)))(((((.((...((((..(((.((.(((((((((((.((((.((((.....)))).)))).))).(((.......))).(((((...)))))...((((((.(((((......(((..((((((((..........(((((.(((..((((((((((.(((.......)))..((((.((((.(((((...)))))(((..(((((.((((((((...((...))....)).)))))))))))..)))..(((((.((((((((((((((((((((.(.((((.((((.((((.(((......))).)))))))).(((((((...(((.....((((((.....))))))....))).(((((....)))))...((((.....(((((((((....((..((.(((....))).))..))(((((.........)))))..))))).)))).....))))..(((((((((........).)))..)))))..........((......)).....((((((((...((......))..)))))))).......))))))).)))).))))))))).(((...))))))))))))..)))..)))))...))))..))))))))))))))..))))))))..(((((...((.......)).)))))..))))))))))).))))))))))))))))))).)).))).))))..)).)))))..))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))))....)))))))))))...)))))...))...))))))((((((.((((((((((((((..(((.(((((....(((((((....)))))))...)))))..)))............))))))))((((((((.......))))))))((((((((((.(.((.(((((.............))))))).).)))).))))))......((((..((....)).....)))).))))))))))))(((((((..((((((((((((((((((((..(((((((....((.((((((((((((......)))))))))))).))....))))(((((((((((.((....)))).))).))))))((((...))))((.((((.(((.((.((....))))))))))).))((((((.(((((((((.....(((((((.(((((((.((........))))))..))))))))))........((((.(((....((.((.((((((....((((((.....))))))....(((((..((........))..))))).((((........))))...((((((((((((((.(((....))).)))))))............(((((...)))))....(((((.((((((.(((((((((((((.........)).)))))))..))))))))....)).)))))..........((((.....(((((......)))))....))))((((((((((((...(((...................((((((.(((((..((((...(((((...((((.(...).)))).)))))...))))..).)))).))))))...)))..))))))).....)))))(((((((.(((....)))........................((((((...)))))).((((((((.((........))..)))))))).....)))))))..)))))))......(((((((((.......(((((((((.....(((((((.(((((((....(((((((((....))))))))).............................((.(((((..(((((((.((...)).))))))).)))))..))...((((.((....))...)))).))))))).))........)))))......)))))))))....))))))))))))))).)).))...)))..)))).)))))))))))))))((((.(((((..((((......(((.(((((..((((.....)))).))))).)))......)))))).))).))))))).)))))))))))))).)))).)).........))))))).......))))))))))))....((((((.(......))))...)))........((((...(((.((.....((((....((((........))))....))))(((((......))))))).)))))))(((((......)))))..................))))))))))))).)))..)))).))))))))))))))....))))))...........(((((..(((......)))..))))).))))))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.(((..{((.((((((((((((..((,....,)}}.))))),(((((((((........))))))))),,....((((((((((((.((...(((((((((({({..(((((((((((((((((({........,..(((((((((((((((((.({(((,,((.((((((((((((((((..(((..((((((((((......,(,,.{{{({,{|....,)}}))},....))))))))))..)))..))))).((((((((((((.....((((..((((.{.{.(((.....)))..).))))..))))(((((((((((..((((((,..{(((.....))))))))))....}}..}))))))))...........)))))))))))).,((((.,{{,,,,.(({....})).|{{.((((.....((((((.....(((.....)))........)))))).....)))).}}},}}||.((.((((((((((({{.,((((.,.(((((.(((.......))).)))))...,,}}}).,)}..)))))))}}))).)).))))))))))).)).....,,|......|||{{{...}}}|}|{{((((.(.,((((({......,|||||,((((({{{.|||||.{{({,....((((....)))),....}))}{,,.((((.((((,,,|}}},||}}},,,,{{{|,{(((({..,.....,..}})}}}.,,|||,,.....(((((({...})))))).(((({,((.((((((((((((((((......((......))....)))))))))))))))).}},,)))))((((.(((....)))..))))...{(((((((((((,,||{,...,.||,..,{{.,{,}}.}),)}}(((((((({..(((((.{((((.(((((......))))).))))|{{,((((((((((((.......))).....(((((....))))){(((((((({{,{(((((({(.,,,||||,.,..(((((((..((((((....)))))}..((((((....))))))...))))))).,..{((({{{,|||,|.||||||},|}}.|{((((({.{{.|{{|{||{{{,(({{.(({{,,,.))}|.}})).,.,{{{{(({.,{{{,,,....)))),})),,))),}|||||{{.{((((((,....,))))))}{|{{..,|{{{|}},{|||},}})}|||{{{|||},{({((((,(({.,,((((({(((((.(((,(((((....))},))...)))..)))}}....,,(((({((({((.{{,|||||||||}.,,||||}|,|||{|}||||{},}}.||||},||||,{(((...(((((.......)))))}))|{|||}||||}|{|{.}}}}}||.,.{||||||||.{{{{({((({{,{(((({.,,,{(((((({{{{||||,,....)))))||||..{{,.{{{.(,,.{((,,{{|,},,.}.))}}}},,.|,.....,,||...,{{,..,,....|||..|||.|{{{{||,||||,((((({{{{{{(({{,{,||}}}.,||},|}}||{{{{||{{{,,|,..,((((,{{.{{{{,||.....||,|}||.,|{|,,,,..|||,(({({|{,||||||||||||{{...(((((((((.......)))))))))...{{||,,,.,,.))))|||,,,|{{{,|||||}}|,}}..,{{||...})))))}}),,,})))))))),}},))))))))))},)})}))))..,,,...||||,|||}}|||||||||.},,(((((.((...((((.,,((.((.(((((((((((.((((.((((.....)))).)))).))).(((.......))).{((((...)))))...((((((.(((((......(((..{(((((((...,,.....(((((.(((..((((((((((.(((.,....,}))..{(((.({((.{({{,,,.|},(((((..(((((.((((((((...(,...,}....)),}))))))))))..)))))(((((.((((((((((((((((((((.(.((({.((((.((((.(((......))).)))))))).(((((((...(((.....((((((.....))))))....))).(((((....)))))...{{((.....((((((({,..,,||,,((.{((....))},)}..||(((((.....,{|.}|||,..,}})),}))).....))))}}{{{||{{{{....,,,.}.))).,}}}},..,.......,{,..,..)}.....((((((((...((......))..)))))))).......))))))).)))).))))))))),{((...}},}))))))))..)))..)))))..,))}}..))))))))))))))..))))))))..(((((...{{.......)}.)))))..))))))))))).))))))))))))))))))).)),)}).))))..)).))))),{||,,,,,))))}})}}}})))})))},}}})}}},,|||||||}||||||,...,||,,}{{{,,{,,,,,,,}}})))}}}}))))))))},}|))}))},},,,}|}}...(((((((....))))))}||}},}}},.|||||,|,..,|{|||||||,,|||||}}|||,{|||,(((((||.{((({(((((.{{{,...})}|,.,(({{.,..((((((.|...}.))))))|}},.,,..{{|{||,,....|,.....})}},,,.,},},}}})|}|)}))})})))}}})))))}}}}}|||,,,,,,(((....||.((((((((((((......)))))))))))).,}..,,||,((((((((((({.{{....,,}}.))).))))))).,,}))})))||}||||}|,,,{..||}},}),,)))))))}}},.,,,,.{(((,,,)|}}..,.,|}||||}||{(((({({..,,,,,|}}||},..,}}||||||},,,...,}}}}}}|{.||||||.}}})))))).)).((((((.....))))))..)}}}}..}}}}}})))..{{{((((,{{,{{((........},,...}}|}}|.}))}})}))}.}))))))))))}.,}},,,,,,..,,,})}}}.)))))}..)))))))|))))|||{.(((((((((((((.{.......)).)))))))..))))))),..)))))))))....)))))))),,,,....(((((......))))).....(((....))).,((((((((,.{{{,,,,..{{{,,,{.,((((((.(((((..((((.,.(({((...((((,(...}.)))).)))))..,))))..}.)))).)))))).{{{{|,,,,}}})))),,,))))))))})))}}.,....,((((({{{{((((((((((((,,...((((((...)))))).((((((((,((....,,..,}..))))))))...((((....))))..(((({.((({(((((((({.{.....(((((((((.....(((({{({(((((((....(((((((((....))))))))).............................{,.(((((..(((((((.({...}).))))))).)))))..},...{(((.{{....}}...)))}.))))))}.,,......,})))))......)))))))))...})))))))))..{((((({.,..........{|{{{,|||,|{{{{,||,.....,}},.})})))))....|||}}((((..((((.....)))).))))|{|{(......)),))),,.)))))))...,}))}))}))))))))))))))))}...,}})}}((({|....}))))}))))|{{(({{{,..,.((((,...{({.{({...,.....,,,{}},||,,{,.{{,....,,,|},.}||||....,,}},,,)},..}))).,,||....,})),,,)))))))),.||{{{}|,,,,))))),......,..........))))))))))))).))}..)))).))))))))))))))....))))))..,}}......(((((..(((......)))..))))).,)))))).))))))}.....
Back