Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_002690.3

Sequence Length

1290 nt

GC Content

0.4326

AUUGUUCCGCCGGUCGCGCCGGAGCUGGGUUGCUCCUGCUCCCGUCUCCAAGUCCUGGUACCUCCUUCAAGCUGGGAGAGGGCUCUAGUCCCUGGUUCUGAACACUCUGGGGUUCUCGGGUGCAGGCCGCCAUGAGCAAACGGAAGGCGCCGCAGGAGACUCUCAACGGGGGAAUCACCGACAUGCUCACAGAACUCGCAAACUUUGAGAAGAACGUGAGCCAAGCUAUCCACAAGUACAAUGCUUACAGAAAAGCAGCAUCUGUUAUAGCAAAAUACCCACACAAAAUAAAGAGUGGAGCUGAAGCUAAGAAAUUGCCUGGAGUAGGAACAAAAAUUGCUGAAAAGAUUGAUGAGUUUUUAGCAACUGGAAAAUUACGUAAACUGGAAAAGAUUCGGCAGGAUGAUACGAGUUCAUCCAUCAAUUUCCUGACUCGAGUUAGUGGCAUUGGUCCAUCUGCUGCAAGGAAGUUUGUAGAUGAAGGAAUUAAAACACUAGAAGAUCUCAGAAAAAAUGAAGAUAAAUUGAACCAUCAUCAGCGAAUUGGGCUGAAAUAUUUUGGGGACUUUGAAAAAAGAAUUCCUCGUGAAGAGAUGUUACAAAUGCAAGAUAUUGUACUAAAUGAAGUUAAAAAAGUGGAUUCUGAAUACAUUGCUACAGUCUGUGGCAGUUUCAGAAGAGGUGCAGAGUCCAGUGGUGACAUGGAUGUUCUCCUGACCCAUCCCAGCUUCACUUCAGAAUCAACCAAACAGCCAAAACUGUUACAUCAGGUUGUGGAGCAGUUACAAAAGGUUCAUUUUAUCACAGAUACCCUGUCAAAGGGUGAGACAAAGUUCAUGGGUGUUUGCCAGCUUCCCAGUAAAAAUGAUGAAAAAGAAUAUCCACACAGAAGAAUUGAUAUCAGGUUGAUACCCAAAGAUCAGUAUUACUGUGGUGUUCUCUAUUUCACUGGGAGUGAUAUUUUCAAUAAGAAUAUGAGGGCUCAUGCCCUAGAAAAGGGUUUCACAAUCAAUGAGUACACCAUCCGUCCCUUGGGAGUCACUGGAGUUGCAGGAGAACCCCUGCCAGUGGAUAGUGAAAAAGACAUCUUUGAUUACAUCCAGUGGAAAUACCGGGAACCCAAGGACCGGAGCGAAUGAGGCCUGUAUCCUCCCUGGCAGACACAACCCAAUAGGAGUCUUAAUUUAUUUCUUAACCUUUGCUAUGUAAGGGUCUUUGGUGUUUUUAAAUGAUUGUUUCUUCUUCAUGCUUUUGCUUGCAAUGUAGUCAAUAAAACCUCAUGUACUAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-375.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -397.88

Frequency: 0.0000

Diversity: 292.03

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((.((.(((((((((((((.((((..((....)).)))).))))...(((((((...........)))))))(((((((((((....((........))..))))))))))).))))).))))))...))))))..(((.(((.(((...(((...)))..)))((......)).....((((((....((((.......))))......))))))...))).)))...(((((..((((.(((((.........)))))...))))......((((.(........).))))(((.((.((((((..((((.((.(((((((((......((((((((((..........)))))))))).................(((((.....)))))..((((((.......))))))......))))).)))).)).))))..).)))))...)).)))((((((((((.((.(((.((((.(((((((((((((((.....(((.......))).((((((.((((((....(((((.......)))))........(((((((((....))))...)))))((((((..(((((((...((...(((.(((((((.....................(((((((...(((((((((...))))))))))))))))..))))))).)))))...)))))))(((((.((....))..)))))...))))))((((.((((.....(((((......)))))......)))).))))............)))))).))))))......(((((.....)))))(((((....(((.((((((((((((((.((((((((.........((((.(((((((...(((((.((.((((((....(((....))).....)))))).)).))))))))))))...))))))))))))..(((((((.....))))))).(((((....)))))......((((((((.......)))).)).)).((((..(((((((..((.((((.(((.((((......))))(((.(((((.((((.((((....))))..))))))))).))).))).)))))).)))))))..))))......((((.......)))).)))))))))...)))))...)))))))).............((((((((...)))))))).)))))))))).....))))).)))).))).)).)))))..))))).(((..((.......))..))))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,{((((,(.(((({(((({((((,((((..((.,,.)).))}}.||||...(((((((...........)))))))(((((((((((....{(........)}..))))))))))).))))).)))))},..))))},..{{{.{||,{{{,.||||,.,|||..|||||,.....)),....((((((....{((.{{,...,)),)}.....))))))...|||,|}},,.{({{{..(((({,,,,,.,}}}}...})))).,,))),......((((.{........}.)))){((.,,.|||{,,..{{{{.((.(((((((({......{(((((((((..,,....,,)))))))))}.,{........|.....(((({.....)))))..((((((.......))))))......}))))||))).)).)))}}}}.))))),,.}|{||{((((({((((.((.(((.((((.(((((((((((((((,{...(((.......})}.((((((.((((((....(((((.......))))).,..,{,{((((({(((....}}))...)))))|,,,,|,,|||||{{...(((({....))))|,,....,,,{{,.....,.{(({((((({{...(((((((({...}))))))))}}}}}},,,|}}})))})))}}.|.}}}))))(((((.{{....))..))))).,|||}}}{{{{{.{{{{.....{((((......))))}......)))),))))),,,,,......)))))).))))))......(((((.....)))))|{({{....{||.((((((((((((((.{(((((({........,((((.((((((,{,,(({((.{,.((((((....(((....))).....)))))).)).))))))))))))...)))))))))))).,(((((({.....})))))).(((((....))))}......{(({((((.......}}}}..,.,}.((((..(((((((..((.((((.{{{,((((......))))|((.(((((.((((.((((....))))..))))))))).))}.}}}.)))))).)))))))..)))).....}||||}}}...,)}},.)))))))))}..,))))..{||||}}},.......}}}},.{(((((((...))))))))})))))))))),....})))).)))).))).)).)))))..)))))}..|}}},.......,,,.,.})}}}}....